# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 22 16:39:15 2016
#
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: 5-chloro-L-tryptophan
#   Quantum optimisation: True
#   Method: AM1
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccc(Cl)cc12)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
5CW        5CW '5-chloro-L-tryptophan    ' L-peptide 26 16 .
2016-04-22 2016-04-22
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_5CW
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
5CW         N      N   NH2    0    .       2.9534   -0.1622    1.6491
5CW         CA     C   CH1    0    .       2.8203   -0.1231    0.1981
5CW         C      C   C      0    .       3.8494    0.8170   -0.5198
5CW         O      O   O      0    .       4.7380    1.3710    0.1880
5CW         CB     C   CH2    0    .       1.4192    0.2622   -0.2825
5CW         CG     C   CR5    0    .       0.3577   -0.6773    0.1036
5CW         CD1    C   CR15   0    .       0.4762   -1.8504    0.8440
5CW         CD2    C   CR56   0    .      -1.0488   -0.5408   -0.2372
5CW         CE2    C   CR56   0    .      -1.7297   -1.6822    0.3427
5CW         CE3    C   CR16   0    .      -1.7782    0.4041   -0.9543
5CW         NE1    N   NR15   0    .      -0.7723   -2.4859    0.9614
5CW         CZ2    C   CR16   0    .      -3.1152   -1.8446    0.1996
5CW         CZ3    C   CR6    0    .      -3.1525    0.2206   -1.0798
5CW         CH2    C   CR16   0    .      -3.8160   -0.8836   -0.5133
5CW        CL1     CL  CL     0    .      -4.0759    1.3675   -1.9487
5CW         H      H   HNH2   0    .       3.9372   -0.0894    1.8587
5CW         H2     H   HNH2   0    .       2.5218    0.6584    2.0354
5CW         HA     H   HCH1   0    .       3.0436   -1.1684   -0.1668
5CW         HB2    H   HCH2   0    .       1.1566    1.2871    0.0981
5CW         HB3    H   HCH2   0    .       1.4708    0.3323   -1.4067
5CW         HD1    H   HCR5   0    .       1.3711   -2.2906    1.2918
5CW         HE3    H   HCR6   0    .      -1.2666    1.2675   -1.4060
5CW         HE1    H   HNR5   0    .      -0.9759   -3.2206    1.5821
5CW         HZ2    H   HCR6   0    .      -3.6332   -2.7073    0.6373
5CW         HH2    H   HCR6   0    .      -4.9039   -0.9853   -0.6383
5CW         OXT    O   OC    -1    .       3.7425    0.9483   -1.7696
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
5CW   CH2     CZ2   aromatic      1.387 0.020     1.387
5CW   CH2     CZ3   aromatic      1.407 0.020     1.407
5CW  CL1      CZ3   single        1.710 0.020     1.710
5CW   CZ2     CE2   aromatic      1.402 0.020     1.402
5CW   CZ3     CE3   aromatic      1.392 0.020     1.392
5CW   CE2     NE1   aromatic      1.395 0.020     1.395
5CW   CE2     CD2   aromatic      1.450 0.020     1.450
5CW   CE3     CD2   aromatic      1.392 0.020     1.392
5CW   NE1     CD1   aromatic      1.406 0.020     1.406
5CW   CD2     CG    aromatic      1.454 0.020     1.454
5CW   CD1     CG    aromatic      1.392 0.020     1.392
5CW   CG      CB    single        1.469 0.020     1.469
5CW   CB      CA    single        1.530 0.020     1.530
5CW   N       CA    single        1.458 0.020     1.458
5CW   CA      C     single        1.568 0.020     1.568
5CW   C       O     deloc         1.264 0.020     1.264
5CW   N       H     single        0.860 0.020     1.020
5CW   N       H2    single        0.890 0.020     1.040
5CW   CA      HA    single        0.970 0.020     1.090
5CW   CB      HB2   single        0.970 0.020     1.090
5CW   CB      HB3   single        0.970 0.020     1.090
5CW   CD1     HD1   single        0.930 0.020     1.080
5CW   CE3     HE3   single        0.930 0.020     1.080
5CW   NE1     HE1   single        0.860 0.020     1.020
5CW   CZ2     HZ2   single        0.930 0.020     1.080
5CW   CH2     HH2   single        0.930 0.020     1.080
5CW   C       OXT   deloc         1.261 0.020     1.261
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
5CW   H2      N       H           106.27 3.000
5CW   H2      N       CA          108.76 3.000
5CW   H       N       CA          107.10 3.000
5CW   HA      CA      CB          108.22 3.000
5CW   HA      CA      C           106.09 3.000
5CW   CB      CA      C           107.83 3.000
5CW   HA      CA      N           106.18 3.000
5CW   C       CA      N           114.33 3.000
5CW   CB      CA      N           113.76 3.000
5CW   OXT     C       O           124.67 3.000
5CW   OXT     C       CA          117.42 3.000
5CW   O       C       CA          117.90 3.000
5CW   HB3     CB      HB2         106.95 3.000
5CW   HB3     CB      CG          109.56 3.000
5CW   HB2     CB      CG          108.98 3.000
5CW   HB3     CB      CA          106.67 3.000
5CW   HB2     CB      CA          109.69 3.000
5CW   CG      CB      CA          114.70 3.000
5CW   CD2     CG      CD1         106.63 3.000
5CW   CD1     CG      CB          128.11 3.000
5CW   CD2     CG      CB          125.26 3.000
5CW   HD1     CD1     NE1         120.71 3.000
5CW   HD1     CD1     CG          128.81 3.000
5CW   NE1     CD1     CG          110.47 3.000
5CW   CE3     CD2     CE2         119.61 3.000
5CW   CE3     CD2     CG          133.74 3.000
5CW   CE2     CD2     CG          106.66 3.000
5CW   CZ2     CE2     NE1         131.05 3.000
5CW   NE1     CE2     CD2         107.97 3.000
5CW   CZ2     CE2     CD2         120.95 3.000
5CW   HE3     CE3     CZ3         121.69 3.000
5CW   HE3     CE3     CD2         120.01 3.000
5CW   CZ3     CE3     CD2         118.30 3.000
5CW   HE1     NE1     CE2         124.64 3.000
5CW   HE1     NE1     CD1         125.06 3.000
5CW   CE2     NE1     CD1         108.19 3.000
5CW   HZ2     CZ2     CH2         120.75 3.000
5CW   HZ2     CZ2     CE2         121.12 3.000
5CW   CH2     CZ2     CE2         118.13 3.000
5CW  CL1      CZ3     CH2         118.44 3.000
5CW  CL1      CZ3     CE3         119.38 3.000
5CW   CH2     CZ3     CE3         122.18 3.000
5CW   HH2     CH2     CZ3         119.55 3.000
5CW   HH2     CH2     CZ2         119.62 3.000
5CW   CZ3     CH2     CZ2         120.83 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
5CW CONST_01       CZ2     CE2     CD2     CG          179.62   0.0 0
5CW CONST_02       NE1     CE2     CD2     CG           -1.88   0.0 0
5CW CONST_03       CZ3     CE3     CD2     CG         -179.54   0.0 0
5CW CONST_04       CE2     NE1     CD1     CG           -2.83   0.0 0
5CW CONST_05       CZ2     CE2     NE1     CD1        -178.84   0.0 0
5CW CONST_06       CD2     CE2     NE1     CD1           2.86   0.0 0
5CW CONST_07       CE2     CD2     CG      CD1           0.18   0.0 0
5CW CONST_08       CE3     CD2     CG      CD1        -179.77   0.0 0
5CW CONST_09       CH2     CZ2     CE2     CD2           0.06   0.0 0
5CW CONST_10       CH2     CZ3     CE3     CD2          -0.27   0.0 0
5CW CONST_11       NE1     CD1     CG      CD2           1.60   0.0 0
5CW CONST_12       CZ3     CH2     CZ2     CE2           0.19   0.0 0
5CW CONST_13       CZ3     CE3     CD2     CE2           0.52   0.0 0
5CW CONST_14       CZ2     CH2     CZ3     CE3          -0.09   0.0 0
5CW CONST_15       CZ2     CE2     CD2     CE3          -0.43   0.0 0
5CW CONST_16       NE1     CE2     CD2     CE3         178.08   0.0 0
5CW CONST_17       CH2     CZ2     CE2     NE1        -178.05   0.0 0
5CW CONST_18       CE2     CD2     CG      CB          179.99   0.0 0
5CW CONST_19       CE3     CD2     CG      CB            0.04   0.0 0
5CW CONST_20       NE1     CD1     CG      CB         -178.21   0.0 0
5CW CONST_21      CL1      CZ3     CE3     CD2         179.74   0.0 0
5CW CONST_22      CL1      CZ3     CH2     CZ2         179.90   0.0 0
5CW CONST_23       HE3     CE3     CD2     CG            0.57   0.0 0
5CW CONST_24       HE1     NE1     CD1     CG         -166.90   0.0 0
5CW CONST_25       HZ2     CZ2     CE2     CD2        -180.00   0.0 0
5CW CONST_26       HD1     CD1     CG      CD2        -179.18   0.0 0
5CW CONST_27       HH2     CH2     CZ2     CE2        -179.84   0.0 0
5CW Var_01         CD2     CG      CB      CA         -179.55  30.0 2
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
5CW chir_01   CA      CB      N       C     positiv
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
5CW plan-1     CB 0.020
5CW plan-1     CG 0.020
5CW plan-1    CD1 0.020
5CW plan-1    CD2 0.020
5CW plan-1    CE2 0.020
5CW plan-1    CE3 0.020
5CW plan-1    NE1 0.020
5CW plan-1    CZ2 0.020
5CW plan-1    CZ3 0.020
5CW plan-1    CH2 0.020
5CW plan-1    CL1 0.020
5CW plan-1    HD1 0.020
5CW plan-1    HE3 0.020
5CW plan-1    HE1 0.020
5CW plan-1    HZ2 0.020
5CW plan-1    HH2 0.020
5CW plan-2     CA 0.020
5CW plan-2      C 0.020
5CW plan-2      O 0.020
5CW plan-2    OXT 0.020
