# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr  6 02:37:10 2020
#   Inital geometry file: a 116 line input string
#   Ligand name: 1-ethyl-3-[1-(pyridin-2-yl)-6-(pyridin-3-yl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridin-3-yl]urea
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCNC(=O)Nc1cn(c2ccccn2)c3cc(cnc13)c4cccnc4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 57W  57W  1-ethyl-3-[1-(pyridin-2-yl)-6-(pyridin-3-yl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridin-3-yl]urea  ligand  45  27  .  2021-08-04  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_57W
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 57W  O    O  O     0  -0.525   4.5986  -0.2937  -0.0261
 57W  C1   C  CH3   0  -0.691   7.2481   3.0204   0.2502
 57W  C8   C  CR16  0  -0.139  -1.2380   2.2140   0.1409
 57W  C7   C  CR56  0   0.055   0.4994   0.7867   0.0670
 57W  C6   C  CR56  0   0.352  -0.3372  -0.3443   0.0230
 57W  C5   C  CR15  0  -0.068   1.8086  -1.0246  -0.0253
 57W  C4   C  CR5   0   0.245   1.8570   0.3328   0.0331
 57W  C3   C  C     0   0.735   4.2351   0.8746   0.0066
 57W  C2   C  CH2   0  -0.261   6.5150   1.7550  -0.1547
 57W  N1   N  NH1   0  -0.684   5.0869   1.9245   0.0218
 57W  C9   C  CR6   0   0.004  -2.1691   1.1615   0.0921
 57W  C10  C  CR16  0  -0.240  -1.7125  -0.1513   0.0303
 57W  C14  C  CR16  0  -0.315  -5.5159   2.7649  -0.5293
 57W  N2   N  NH1   0  -0.782   2.9103   1.2223   0.0537
 57W  C13  C  CR16  0  -0.071  -6.3068   1.8886   0.1984
 57W  C12  C  CR16  0  -0.101  -4.5031   0.6472   0.8156
 57W  C11  C  CR6   0  -0.013  -3.6114   1.4540   0.1067
 57W  N4   N  N     0  -0.413   0.0691   2.0409   0.1265
 57W  C15  C  CR16  0  -0.195  -4.1506   2.5412  -0.5783
 57W  N5   N  N     0  -0.397  -5.8115   0.8493   0.8608
 57W  N3   N  NR5   0  -0.660   0.4793  -1.4532  -0.0336
 57W  C16  C  CR6   0   0.546   0.0840  -2.7912  -0.0789
 57W  N6   N  N     0  -0.459  -1.2177  -3.0152  -0.1246
 57W  C20  C  CR16  0  -0.043  -1.6521  -4.2690  -0.1686
 57W  C19  C  CR16  0  -0.349  -0.8124  -5.3669  -0.1722
 57W  C18  C  CR16  0  -0.143   0.5549  -5.1254  -0.1235
 57W  C17  C  CR16  0  -0.403   1.0232  -3.8271  -0.0744
 57W  H1   H  HCH3  0   0.230   6.9268   3.8767  -0.3455
 57W  H2   H  HCH3  0   0.233   7.0809   3.2547   1.3017
 57W  H3   H  HCH3  0   0.242   8.3194   2.8968   0.0966
 57W  H4   H  HCR6  0   0.261  -1.5885   3.2384   0.2087
 57W  H5   H  HCR5  0   0.309   2.6178  -1.7273  -0.0638
 57W  H6   H  HCH2  0   0.227   6.7541   1.5016  -1.1926
 57W  H7   H  HCH2  0   0.238   6.8506   0.9208   0.4609
 57W  H8   H  HNH1  0   0.394   4.7185   2.8489  -0.1401
 57W  H9   H  HCR6  0   0.290  -2.3992  -0.9797  -0.0326
 57W  H10  H  HCR6  0   0.275  -5.9634   3.5982  -1.0531
 57W  H11  H  HNH1  0   0.407   2.6505   2.1958   0.1165
 57W  H12  H  HCR6  0   0.267  -7.3803   2.0315   0.2491
 57W  H13  H  HCR6  0   0.261  -4.1302  -0.1966   1.3879
 57W  H14  H  HCR6  0   0.272  -3.5129   3.1960  -1.1587
 57W  H15  H  HCR6  0   0.269  -2.7278  -4.3969  -0.2030
 57W  H16  H  HCR6  0   0.272  -1.2118  -6.3702  -0.2104
 57W  H17  H  HCR6  0   0.280   1.2608  -5.9450  -0.1213
 57W  H18  H  HCR6  0   0.287   2.0864  -3.6479  -0.0324

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 57W  C19  C20  aromatic  1.382  0.020  1.382
 57W  C19  C18  aromatic  1.389  0.020  1.389
 57W  C20  N6   aromatic  1.328  0.020  1.328
 57W  C18  C17  aromatic  1.381  0.020  1.381
 57W  N6   C16  aromatic  1.322  0.020  1.322
 57W  C17  C16  aromatic  1.398  0.020  1.398
 57W  C16  N3   single    1.396  0.020  1.396
 57W  O    C3   double    1.224  0.020  1.224
 57W  N3   C5   aromatic  1.397  0.020  1.397
 57W  N3   C6   aromatic  1.378  0.020  1.378
 57W  C5   C4   aromatic  1.359  0.020  1.359
 57W  C2   C1   single    1.517  0.020  1.517
 57W  C2   N1   single    1.449  0.020  1.449
 57W  C3   N1   single    1.352  0.020  1.352
 57W  C3   N2   single    1.370  0.020  1.370
 57W  C6   C10  aromatic  1.389  0.020  1.389
 57W  C6   C7   aromatic  1.408  0.020  1.408
 57W  C4   N2   single    1.379  0.020  1.379
 57W  C4   C7   aromatic  1.432  0.020  1.432
 57W  C10  C9   aromatic  1.391  0.020  1.391
 57W  C7   N4   aromatic  1.327  0.020  1.327
 57W  C9   C11  single    1.472  0.020  1.472
 57W  C9   C8   aromatic  1.406  0.020  1.406
 57W  N4   C8   aromatic  1.319  0.020  1.319
 57W  C11  C12  aromatic  1.396  0.020  1.396
 57W  C11  C15  aromatic  1.394  0.020  1.394
 57W  C12  N5   aromatic  1.325  0.020  1.325
 57W  C15  C14  aromatic  1.384  0.020  1.384
 57W  N5   C13  aromatic  1.328  0.020  1.328
 57W  C14  C13  aromatic  1.387  0.020  1.387
 57W  C1   H1   single    0.970  0.020  1.090
 57W  C1   H2   single    0.970  0.020  1.090
 57W  C1   H3   single    0.970  0.020  1.090
 57W  C8   H4   single    0.930  0.020  1.080
 57W  C5   H5   single    0.930  0.020  1.080
 57W  C2   H6   single    0.970  0.020  1.090
 57W  C2   H7   single    0.970  0.020  1.090
 57W  N1   H8   single    0.860  0.020  1.020
 57W  C10  H9   single    0.930  0.020  1.080
 57W  C14  H10  single    0.930  0.020  1.080
 57W  N2   H11  single    0.860  0.020  1.020
 57W  C13  H12  single    0.930  0.020  1.080
 57W  C12  H13  single    0.930  0.020  1.080
 57W  C15  H14  single    0.930  0.020  1.080
 57W  C20  H15  single    0.930  0.020  1.080
 57W  C19  H16  single    0.930  0.020  1.080
 57W  C18  H17  single    0.930  0.020  1.080
 57W  C17  H18  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 57W  H3   C1   H2   108.13  3.000
 57W  H3   C1   H1   107.55  3.000
 57W  H2   C1   H1   108.22  3.000
 57W  H3   C1   C2   110.06  3.000
 57W  H2   C1   C2   111.25  3.000
 57W  H1   C1   C2   111.49  3.000
 57W  H4   C8   N4   116.42  3.000
 57W  H4   C8   C9   119.67  3.000
 57W  N4   C8   C9   123.90  3.000
 57W  N4   C7   C4   127.45  3.000
 57W  N4   C7   C6   124.61  3.000
 57W  C4   C7   C6   107.94  3.000
 57W  N3   C6   C10  134.33  3.000
 57W  C10  C6   C7   118.48  3.000
 57W  N3   C6   C7   107.19  3.000
 57W  H5   C5   N3   121.12  3.000
 57W  H5   C5   C4   128.97  3.000
 57W  N3   C5   C4   109.91  3.000
 57W  N2   C4   C5   132.22  3.000
 57W  N2   C4   C7   121.29  3.000
 57W  C5   C4   C7   106.49  3.000
 57W  N2   C3   N1   114.30  3.000
 57W  N2   C3   O    122.03  3.000
 57W  N1   C3   O    123.66  3.000
 57W  H7   C2   H6   106.93  3.000
 57W  H7   C2   N1   108.92  3.000
 57W  H6   C2   N1   110.96  3.000
 57W  H7   C2   C1   109.80  3.000
 57W  H6   C2   C1   109.91  3.000
 57W  N1   C2   C1   110.25  3.000
 57W  H8   N1   C2   116.61  3.000
 57W  H8   N1   C3   118.68  3.000
 57W  C2   N1   C3   121.92  3.000
 57W  C11  C9   C10  120.64  3.000
 57W  C11  C9   C8   119.99  3.000
 57W  C10  C9   C8   119.37  3.000
 57W  H9   C10  C9   121.24  3.000
 57W  H9   C10  C6   121.59  3.000
 57W  C9   C10  C6   117.16  3.000
 57W  H10  C14  C15  121.03  3.000
 57W  H10  C14  C13  120.35  3.000
 57W  C15  C14  C13  118.62  3.000
 57W  H11  N2   C3   119.71  3.000
 57W  H11  N2   C4   115.24  3.000
 57W  C3   N2   C4   125.04  3.000
 57W  H12  C13  N5   116.68  3.000
 57W  H12  C13  C14  120.39  3.000
 57W  N5   C13  C14  122.92  3.000
 57W  H13  C12  N5   116.10  3.000
 57W  H13  C12  C11  119.83  3.000
 57W  N5   C12  C11  124.06  3.000
 57W  C15  C11  C12  116.96  3.000
 57W  C15  C11  C9   121.96  3.000
 57W  C12  C11  C9   121.08  3.000
 57W  C7   N4   C8   116.48  3.000
 57W  H14  C15  C11  120.49  3.000
 57W  H14  C15  C14  120.14  3.000
 57W  C11  C15  C14  119.36  3.000
 57W  C12  N5   C13  118.08  3.000
 57W  C16  N3   C5   124.32  3.000
 57W  C5   N3   C6   108.46  3.000
 57W  C16  N3   C6   127.21  3.000
 57W  C17  C16  N6   122.42  3.000
 57W  C17  C16  N3   121.32  3.000
 57W  N6   C16  N3   116.26  3.000
 57W  C20  N6   C16  118.91  3.000
 57W  H15  C20  C19  120.60  3.000
 57W  H15  C20  N6   115.94  3.000
 57W  C19  C20  N6   123.46  3.000
 57W  H16  C19  C18  121.76  3.000
 57W  H16  C19  C20  120.87  3.000
 57W  C18  C19  C20  117.37  3.000
 57W  H17  C18  C17  119.40  3.000
 57W  H17  C18  C19  120.71  3.000
 57W  C17  C18  C19  119.89  3.000
 57W  H18  C17  C18  119.44  3.000
 57W  H18  C17  C16  122.62  3.000
 57W  C18  C17  C16  117.94  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 57W  CONST_01  C6   C10  C9   C8      0.00   0.0  0
 57W  CONST_04  C6   C7   N4   C8      0.00   0.0  0
 57W  CONST_05  C4   C7   N4   C8    180.00   0.0  0
 57W  CONST_06  C16  N3   C6   C7    180.00   0.0  0
 57W  CONST_07  C5   N3   C6   C7      0.00   0.0  0
 57W  CONST_08  C9   C10  C6   C7      0.00   0.0  0
 57W  CONST_09  N3   C5   C4   C7      0.00   0.0  0
 57W  CONST_10  C9   C8   N4   C7      0.00   0.0  0
 57W  CONST_11  N6   C16  N3   C6      0.00   0.0  0
 57W  CONST_12  C17  C16  N3   C6    180.00   0.0  0
 57W  CONST_13  C4   C5   N3   C6      0.00   0.0  0
 57W  CONST_14  C11  C9   C10  C6    180.00   0.0  0
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
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 57W  plan-4  H11  0.020

