# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Sun May 31 13:32:06 2020
#   Inital geometry file: a 180 line input string
#   Ligand name: methyl (4-{4-chloro-2-[(1S)-1-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-3-(morpholin-4-yl)-3-oxopropyl]-1H-imidazol-5-yl}phenyl)carbamate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COC(=O)Nc1ccc(cc1)c2[nH]c(nc2Cl)[C@H](CC(=O)N3CCOCC3)NC(=O)/C=C/c4cc(Cl)ccc4n5cnnn5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 4D5  4D5  'methyl (4-{4-chloro-2-[(1S)-1-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-3-(morpholin-4-yl)-3-oxopropyl]-1H-imidazol-5-yl}phenyl)carbamate'  ligand  71  44  .  2021-08-04  2021-08-04  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_4D5
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 4D5  C13  C   CR6   0   0.368   5.7399   0.9397  -0.7892
 4D5  C17  C   C     0   0.750   8.0324   1.5428  -1.5098
 4D5  C15  C   CR16  0  -0.303   4.9927  -0.9573   0.4937
 4D5  C20  C   C     0   0.588  -1.7277  -0.0103   1.1058
 4D5  C21  C   C1    0  -0.396  -2.4425   0.9504   0.2319
 4D5  C23  C   C1    0  -0.227  -2.6684   2.1973   0.6460
 4D5  C24  C   CR6   0   0.137  -3.3248   3.2334  -0.1514
 4D5  C11  C   CR16  0  -0.294   3.4084   0.6875  -0.2021
 4D5  C12  C   CR16  0  -0.332   4.4187   1.3938  -0.8228
 4D5  C27  C   CR6   0   0.308  -4.0004   4.2983   0.4510
 4D5  C33  C   CR15  0   0.151  -3.7621   5.3333   2.7032
 4D5  C1   C   CR5   0   0.478   0.5631  -1.9929   1.5125
 4D5  N2   N   N     0  -0.420   1.2739  -2.4183   2.5270
 4D5  C3   C   CR5   0  -0.054   2.5251  -1.9636   2.2936
 4D5  C4   C   CR5   0   0.378   2.6042  -1.2428   1.1294
 4D5  N5   N   NR15  0  -0.664   1.3176  -1.2857   0.6529
 4D5  C6   C   CH1   0  -0.145  -0.8887  -2.2916   1.2874
 4D5  N7   N   NH1   0  -0.676  -1.5160  -1.2191   0.5505
 4D5  C8   C   CH2   0  -0.650  -1.0473  -3.6104   0.5354
 4D5  C10  C   CR6   0   0.054   3.6744  -0.5063   0.4726
 4D5  C14  C   CR16  0  -0.301   6.0166  -0.2533  -0.1198
 4D5  N16  N   NH1   0  -0.768   6.6867   1.7234  -1.4444
 4D5  O18  O   O     0  -0.491   8.6585   0.6411  -1.0014
 4D5  O19  O   O2    0  -0.476   8.5758   2.5222  -2.2292
 4D5  O22  O   O     0  -0.479  -1.3455   0.2659   2.2338
 4D5  C25  C   C     0   0.591  -2.4844  -4.1090   0.5477
 4D5  C26  C   CH3   0  -0.417   9.9897   2.4874  -2.4054
 4D5  C28  C   CR16  0  -0.263  -4.5835   5.3087  -0.2954
 4D5  C29  C   CR16  0  -0.225  -4.5018   5.2845  -1.6762
 4D5  C30  C   CR6   0  -0.014  -3.8450   4.2262  -2.2862
 4D5  C31  C   CR16  0  -0.278  -3.2626   3.2145  -1.5446
 4D5  N32  N   NR5   0  -0.409  -4.1144   4.3567   1.8599
 4D5  N34  N   N     0  -0.076  -4.6788   3.3824   2.5712
 4D5  N35  N   N     0  -0.117  -4.6563   3.7591   3.7847
 4D5  N36  N   N     0  -0.325  -4.0968   4.9654   3.9096
 4D5  CL3  CL  CL    0  -0.101  -3.7342   4.1771  -4.0085
 4D5  O38  O   O     0  -0.490  -3.3438  -3.5174   1.1860
 4D5  N39  N   NT    0  -0.479  -2.7506  -5.2228  -0.1636
 4D5  C40  C   CH2   0  -0.323  -4.0894  -5.7886  -0.1933
 4D5  C41  C   CH2   0  -0.185  -4.4795  -6.1013  -1.6270
 4D5  O42  O   O2    0  -0.482  -3.5358  -6.9429  -2.2520
 4D5  C43  C   CH2   0  -0.177  -2.2568  -6.3521  -2.2599
 4D5  C44  C   CH2   0  -0.330  -1.7719  -6.0456  -0.8526
 4D5  H53  H   HCR6  0   0.253   5.2398  -1.8901   0.9822
 4D5  H55  H   H     0   0.284  -2.7828   0.6036  -0.7374
 4D5  H56  H   H     0   0.276  -2.3294   2.4738   1.6382
 4D5  H50  H   HCR6  0   0.256   2.4039   1.0909  -0.2356
 4D5  H51  H   HCR6  0   0.276   4.1796   2.3198  -1.3315
 4D5  H63  H   HCR5  0   0.337  -3.2753   6.2481   2.4081
 4D5  H45  H   HNR5  0   0.421   1.0035  -0.8946  -0.2231
 4D5  H46  H   HCH1  0   0.290  -1.3509  -2.3889   2.2725
 4D5  H47  H   HNH1  0   0.415  -1.8970  -1.4168  -0.3614
 4D5  H48  H   HCH2  0   0.289  -0.6781  -3.4989  -0.4878
 4D5  H49  H   HCH2  0   0.316  -0.4048  -4.3574   1.0084
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 4D5  H58  H   HCH3  0   0.239  10.5147   2.5773  -1.4546
 4D5  H59  H   HCH3  0   0.239  10.3093   1.5761  -2.9102
 4D5  H57  H   HCH3  0   0.253  10.2300   3.3439  -3.0286
 4D5  H60  H   HCR6  0   0.303  -5.1121   6.1131   0.1984
 4D5  H61  H   HCR6  0   0.300  -4.9502   6.0741  -2.2620
 4D5  H62  H   HCR6  0   0.294  -2.7264   2.4219  -2.0483
 4D5  H64  H   HCH2  0   0.247  -4.1117  -6.7004   0.4131
 4D5  H65  H   HCH2  0   0.270  -4.7980  -5.0851   0.2361
 4D5  H66  H   HCH2  0   0.245  -5.4407  -6.6167  -1.6431
 4D5  H67  H   HCH2  0   0.209  -4.5871  -5.1615  -2.1864
 4D5  H69  H   HCH2  0   0.247  -1.5725  -7.0535  -2.7384
 4D5  H68  H   HCH2  0   0.210  -2.2630  -5.4253  -2.8505
 4D5  H71  H   HCH2  0   0.278  -0.8068  -5.5502  -0.9138
 4D5  H70  H   HCH2  0   0.253  -1.6249  -6.9776  -0.2963
 4D5  CL9  CL  CL    0  -0.135   3.7841  -2.2473   3.4206

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 4D5  N36  C33  aromatic  1.305  0.020  1.305
 4D5  N36  N35  aromatic  1.336  0.020  1.336
 4D5  O42  C41  single    1.410  0.020  1.410
 4D5  O42  C43  single    1.409  0.020  1.409
 4D5  C33  N32  aromatic  1.337  0.020  1.337
 4D5  C41  C40  single    1.518  0.020  1.518
 4D5  C40  N39  single    1.454  0.020  1.454
 4D5  N35  N34  aromatic  1.271  0.020  1.271
 4D5  C43  C44  single    1.520  0.020  1.520
 4D5  C44  N39  single    1.452  0.020  1.452
 4D5  N39  C25  single    1.348  0.020  1.348
 4D5  N32  N34  aromatic  1.332  0.020  1.332
 4D5  N32  C27  single    1.415  0.020  1.415
 4D5  CL9  C3   single    1.713  0.020  1.713
 4D5  C28  C27  aromatic  1.385  0.020  1.385
 4D5  C28  C29  aromatic  1.383  0.020  1.383
 4D5  C27  C24  aromatic  1.398  0.020  1.398
 4D5  C8   C25  single    1.521  0.020  1.521
 4D5  C8   C6   single    1.526  0.020  1.526
 4D5  C25  O38  double    1.223  0.020  1.223
 4D5  N2   C3   aromatic  1.352  0.020  1.352
 4D5  N2   C1   aromatic  1.310  0.020  1.310
 4D5  C29  C30  aromatic  1.387  0.020  1.387
 4D5  C3   C4   aromatic  1.372  0.020  1.372
 4D5  C24  C23  single    1.463  0.020  1.463
 4D5  C24  C31  aromatic  1.395  0.020  1.395
 4D5  C23  C21  double    1.333  0.020  1.333
 4D5  N7   C6   single    1.445  0.020  1.445
 4D5  N7   C20  single    1.347  0.020  1.347
 4D5  C6   C1   single    1.499  0.020  1.499
 4D5  C1   N5   aromatic  1.345  0.020  1.345
 4D5  C30  C31  aromatic  1.383  0.020  1.383
 4D5  C30  CL3  single    1.727  0.020  1.727
 4D5  C4   N5   aromatic  1.373  0.020  1.373
 4D5  C4   C10  single    1.456  0.020  1.456
 4D5  C21  C20  single    1.482  0.020  1.482
 4D5  C20  O22  double    1.223  0.020  1.223
 4D5  C15  C10  aromatic  1.393  0.020  1.393
 4D5  C15  C14  aromatic  1.386  0.020  1.386
 4D5  C10  C11  aromatic  1.397  0.020  1.397
 4D5  C14  C13  aromatic  1.396  0.020  1.396
 4D5  C11  C12  aromatic  1.380  0.020  1.380
 4D5  C13  C12  aromatic  1.397  0.020  1.397
 4D5  C13  N16  single    1.393  0.020  1.393
 4D5  O18  C17  double    1.210  0.020  1.210
 4D5  N16  C17  single    1.359  0.020  1.359
 4D5  C17  O19  single    1.331  0.020  1.331
 4D5  O19  C26  single    1.425  0.020  1.425
 4D5  C15  H53  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C21  H55  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C23  H56  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C11  H50  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C12  H51  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C33  H63  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  N5   H45  single    0.860  0.020  1.020
 4D5  C6   H46  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  N7   H47  single    0.860  0.020  1.020
 4D5  C8   H48  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C8   H49  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C14  H52  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  N16  H54  single    0.860  0.020  1.020
 4D5  C26  H58  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C26  H59  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C26  H57  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C28  H60  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C29  H61  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C31  H62  single    0.930  0.020  1.080
 4D5  C40  H64  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C40  H65  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C41  H66  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C41  H67  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C43  H69  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C43  H68  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C44  H71  single    0.970  0.020  1.090
 4D5  C44  H70  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 4D5  N16  C13  C14  124.88  3.000
 4D5  N16  C13  C12  116.65  3.000
 4D5  C14  C13  C12  118.47  3.000
 4D5  O19  C17  O18  124.35  3.000
 4D5  O19  C17  N16  109.41  3.000
 4D5  O18  C17  N16  126.24  3.000
 4D5  H53  C15  C14  117.99  3.000
 4D5  H53  C15  C10  120.14  3.000
 4D5  C14  C15  C10  121.86  3.000
 4D5  O22  C20  N7   122.27  3.000
 4D5  O22  C20  C21  123.24  3.000
 4D5  N7   C20  C21  114.48  3.000
 4D5  H55  C21  C23  121.58  3.000
 4D5  H55  C21  C20  118.10  3.000
 4D5  C23  C21  C20  120.31  3.000
 4D5  H56  C23  C24  117.29  3.000
 4D5  H56  C23  C21  118.02  3.000
 4D5  C24  C23  C21  124.69  3.000
 4D5  C31  C24  C27  117.54  3.000
 4D5  C31  C24  C23  120.99  3.000
 4D5  C27  C24  C23  121.44  3.000
 4D5  H50  C11  C10  120.66  3.000
 4D5  H50  C11  C12  118.32  3.000
 4D5  C10  C11  C12  121.01  3.000
 4D5  H51  C12  C11  119.15  3.000
 4D5  H51  C12  C13  119.85  3.000
 4D5  C11  C12  C13  121.00  3.000
 4D5  N32  C27  C28  118.21  3.000
 4D5  C28  C27  C24  121.81  3.000
 4D5  N32  C27  C24  119.98  3.000
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 4D5  H63  C33  N32  124.49  3.000
 4D5  N36  C33  N32  108.03  3.000
 4D5  C6   C1   N5   123.51  3.000
 4D5  N5   C1   N2   111.19  3.000
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 4D5  C3   N2   C1   105.03  3.000
 4D5  CL9  C3   C4   127.09  3.000
 4D5  C4   C3   N2   112.13  3.000
 4D5  CL9  C3   N2   120.72  3.000
 4D5  C10  C4   N5   123.25  3.000
 4D5  C10  C4   C3   133.73  3.000
 4D5  N5   C4   C3   102.96  3.000
 4D5  H45  N5   C4   125.50  3.000
 4D5  H45  N5   C1   125.73  3.000
 4D5  C4   N5   C1   108.69  3.000
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 4D5  H46  C6   N7   110.02  3.000
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 4D5  H46  C6   C1   106.98  3.000
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 4D5  C8   C6   C1   110.29  3.000
 4D5  H47  N7   C6   118.69  3.000
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 4D5  C6   N7   C20  121.62  3.000
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 4D5  H49  C8   C25  109.14  3.000
 4D5  H48  C8   C25  111.10  3.000
 4D5  H49  C8   C6   108.43  3.000
 4D5  H48  C8   C6   109.74  3.000
 4D5  C25  C8   C6   112.17  3.000
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 4D5  C11  C10  C15  117.65  3.000
 4D5  C4   C10  C15  121.66  3.000
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 4D5  H52  C14  C13  121.24  3.000
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 4D5  H54  N16  C13  115.51  3.000
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 4D5  O38  C25  C8   120.63  3.000
 4D5  N39  C25  C8   116.94  3.000
 4D5  H57  C26  H59  109.20  3.000
 4D5  H57  C26  H58  109.21  3.000
 4D5  H59  C26  H58  109.38  3.000
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 4D5  H60  C28  C27  120.14  3.000
 4D5  C29  C28  C27  120.02  3.000
 4D5  H61  C29  C30  121.04  3.000
 4D5  H61  C29  C28  120.25  3.000
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 4D5  CL3  C30  C29  119.40  3.000
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 4D5  H62  C31  C30  119.68  3.000
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 4D5  C30  C31  C24  120.46  3.000
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 4D5  N34  N32  C27  122.40  3.000
 4D5  C33  N32  C27  129.56  3.000
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 4D5  N35  N36  C33  106.00  3.000
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 4D5  H64  C40  C41  110.25  3.000
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 4D5  H64  C40  N39  109.35  3.000
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 4D5  H67  C41  H66  108.08  3.000
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 4D5  H68  C43  C44  109.23  3.000
 4D5  H69  C43  C44  109.62  3.000
 4D5  H68  C43  O42  110.58  3.000
 4D5  H69  C43  O42  107.60  3.000
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 4D5  H70  C44  H71  107.30  3.000
 4D5  H70  C44  C43  109.97  3.000
 4D5  H71  C44  C43  108.85  3.000
 4D5  H70  C44  N39  109.36  3.000
 4D5  H71  C44  N39  111.52  3.000
 4D5  C43  C44  N39  109.79  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 4D5  CONST_06  C12  C13  C14  C15     0.00   0.0  0
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 4D5  CONST_14  C14  C13  C12  C11     0.00   0.0  0
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 4D5  CONST_23  C4   C3   N2   C1      0.00   0.0  0
 4D5  CONST_24  C3   C4   N5   C1      0.00   0.0  0
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 4D5  CONST_26  N5   C4   C3   N2      0.00   0.0  0
 4D5  CONST_27  C10  C4   C3   N2    180.00   0.0  0
 4D5  CONST_28  C4   N5   C1   N2      0.00   0.0  0
 4D5  CONST_29  N5   C1   N2   C3      0.00   0.0  0
 4D5  CONST_30  C14  C15  C10  C4    180.00   0.0  0
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 4D5  CONST_33  C31  C30  C29  C28     0.00   0.0  0
 4D5  CONST_34  N32  C27  C28  C29   180.00   0.0  0
 4D5  CONST_35  N32  C27  C24  C31   180.00   0.0  0
 4D5  CONST_36  N35  N36  C33  N32     0.00   0.0  0
 4D5  CONST_37  N36  N35  N34  N32     0.00   0.0  0
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 4D5  CONST_41  C28  C27  C24  C23   180.00   0.0  0
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 4D5  CONST_43  CL3  C30  C31  C24   180.00   0.0  0
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 4D5  CONST_45  CL9  C3   N2   C1    180.00   0.0  0
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 4D5  CONST_63  C44  N39  C25  O38   180.00   0.0  0
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 4D5  CONST_65  C12  C13  N16  C17   180.00   0.0  0
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 4D5  CONST_67  O18  C17  N16  C13     0.00   0.0  0
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 4D5  CONST_70  O22  C20  N7   C6      0.00   0.0  0
 4D5  CONST_71  H47  N7   C20  C21     0.00   0.0  0
 4D5  Var_01    O42  C41  C40  N39    55.24  30.0  1
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 4D5  Var_04    C44  C43  O42  C41    58.75  30.0  1
 4D5  Var_05    C44  N39  C40  C41   -52.93  30.0  1
 4D5  Var_06    C27  C24  C23  C21   154.20  30.0  1
 4D5  Var_07    C24  C23  C21  C20   177.98   0.0  2
 4D5  Var_08    N39  C25  C8   C6    175.78  30.0  3
 4D5  Var_09    N7   C20  C21  C23  -177.46  30.0  2
 4D5  Var_10    H58  C26  O19  C17   -62.61  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 4D5  chir_01  C6  C8  N7  C1  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 4D5  plan-1  C1   0.020
 4D5  plan-1  N2   0.020
 4D5  plan-1  C3   0.020
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 4D5  plan-1  N5   0.020
 4D5  plan-1  C6   0.020
 4D5  plan-1  C10  0.020
 4D5  plan-1  H45  0.020
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 4D5  plan-2  H55  0.020
 4D5  plan-2  H56  0.020
 4D5  plan-3  C17  0.020
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 4D5  plan-3  O19  0.020
 4D5  plan-4  C27  0.020
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 4D5  plan-6  H60  0.020
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 4D5  plan-7  C20  0.020
 4D5  plan-7  C21  0.020
 4D5  plan-7  C6   0.020
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 4D5  plan-7  H47  0.020
 4D5  plan-8  C8   0.020
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 4D5  plan-9  C13  0.020
 4D5  plan-9  C17  0.020
 4D5  plan-9  N16  0.020
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