# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr  1 17:54:40 2020
#   Inital geometry file: a 92 line input string
#   Ligand name: (2S)-2,3-dihydroxypropyl 2-(acetylamino)-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1OC[C@@H](O)CO
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 3YW  3YW  '(2S)-2,3-dihydroxypropyl 2-(acetylamino)-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside'  D-saccharide  41  20  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_3YW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 3YW  O3   O  OH1   0  -0.668  -5.2562   1.7880  -0.7875
 3YW  C4   C  CH2   0  -0.161  -2.0316   0.6540   0.6684
 3YW  C5   C  CH1   0  -0.051  -3.0080   1.0928  -0.4095
 3YW  O4   O  O2    0  -0.500   0.1369  -1.1452   1.3449
 3YW  C6   C  CH2   0  -0.164  -4.3861   1.2925   0.2006
 3YW  C7   C  CH1   0  -0.020   0.2199  -2.0739   0.2738
 3YW  C8   C  CH2   0  -0.165   0.0138  -3.4523   0.8625
 3YW  C9   C  CH1   0  -0.002   1.5796  -1.9370  -0.4173
 3YW  O5   O  OH1   0  -0.667  -1.2872  -3.5310   1.3929
 3YW  C10  C  CH1   0   0.049   1.7887  -0.4992  -0.8839
 3YW  O6   O  OH1   0  -0.674   1.6722  -2.7637  -1.5568
 3YW  O7   O  OH1   0  -0.663   3.0783  -0.3034  -1.4023
 3YW  O    O  O     0  -0.504   3.6990   2.2591   0.9187
 3YW  C    C  C     0   0.525   2.7627   2.6237   0.2217
 3YW  C1   C  CH3   0  -0.779   2.6987   4.0190  -0.3481
 3YW  N    N  NH1   0  -0.627   1.7210   1.8315  -0.0951
 3YW  C2   C  CH1   0  -0.163   1.6067   0.4513   0.2962
 3YW  C3   C  CH1   0   0.301   0.2636   0.1959   0.9820
 3YW  O1   O  O2    0  -0.499  -0.7369   0.6092   0.1088
 3YW  O2   O  OH1   0  -0.655  -3.0242   0.2013  -1.4992
 3YW  H1   H  HOH1  0   0.456  -6.1307   1.8712  -0.3975
 3YW  H2   H  HCH2  0   0.219  -2.0575   1.3598   1.5090
 3YW  H3   H  HCH2  0   0.215  -2.3265  -0.3286   1.0593
 3YW  H4   H  HCH1  0   0.234  -2.6675   2.0518  -0.8150
 3YW  H5   H  HCH2  0   0.201  -4.2977   1.9847   1.0479
 3YW  H6   H  HCH2  0   0.196  -4.7413   0.3353   0.6098
 3YW  H7   H  HCH1  0   0.228  -0.5716  -1.8864  -0.4660
 3YW  H8   H  HCH2  0   0.202   0.1682  -4.1937   0.0693
 3YW  H9   H  HCH2  0   0.199   0.7801  -3.6346   1.6286
 3YW  H10  H  HCH1  0   0.224   2.3686  -2.1766   0.3107
 3YW  H11  H  HOH1  0   0.456  -1.3983  -4.4069   1.7731
 3YW  H12  H  HCH1  0   0.212   1.0250  -0.2754  -1.6450
 3YW  H13  H  HOH1  0   0.462   2.0319  -3.6170  -1.3000
 3YW  H14  H  HOH1  0   0.450   3.1895  -0.9056  -2.1455
 3YW  H15  H  HCH3  0   0.267   3.5037   4.1480  -1.0724
 3YW  H16  H  HCH3  0   0.248   1.7563   4.2474  -0.8423
 3YW  H17  H  HCH3  0   0.264   2.8592   4.7446   0.4482
 3YW  H18  H  HNH1  0   0.396   0.9932   2.2067  -0.6822
 3YW  H19  H  HCH1  0   0.277   2.3915   0.2524   1.0292
 3YW  H20  H  HCH1  0   0.241   0.2177   0.7592   1.9238
 3YW  H21  H  HOH1  0   0.442  -3.3522  -0.6518  -1.1940

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 3YW  O7   C10  single  1.404  0.020  1.404
 3YW  O6   C9   single  1.411  0.020  1.411
 3YW  O    C    double  1.223  0.020  1.223
 3YW  C9   C10  single  1.526  0.020  1.526
 3YW  C9   C7   single  1.531  0.020  1.531
 3YW  C10  C2   single  1.526  0.020  1.526
 3YW  O5   C8   single  1.407  0.020  1.407
 3YW  C    N    single  1.347  0.020  1.347
 3YW  C    C1   single  1.508  0.020  1.508
 3YW  C2   N    single  1.439  0.020  1.439
 3YW  C2   C3   single  1.530  0.020  1.530
 3YW  C8   C7   single  1.513  0.020  1.513
 3YW  C7   O4   single  1.420  0.020  1.420
 3YW  O4   C3   single  1.395  0.020  1.395
 3YW  C3   O1   single  1.391  0.020  1.391
 3YW  O1   C4   single  1.411  0.020  1.411
 3YW  C4   C5   single  1.519  0.020  1.519
 3YW  C5   C6   single  1.520  0.020  1.520
 3YW  C5   O2   single  1.408  0.020  1.408
 3YW  C6   O3   single  1.407  0.020  1.407
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 3YW  C4   H3   single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C5   H4   single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C6   H5   single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C6   H6   single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C7   H7   single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C8   H8   single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C8   H9   single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C9   H10  single  0.970  0.020  1.090
 3YW  O5   H11  single  0.850  0.020  0.980
 3YW  C10  H12  single  0.970  0.020  1.090
 3YW  O6   H13  single  0.850  0.020  0.980
 3YW  O7   H14  single  0.850  0.020  0.980
 3YW  C1   H15  single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C1   H16  single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C1   H17  single  0.970  0.020  1.090
 3YW  N    H18  single  0.860  0.020  1.020
 3YW  C2   H19  single  0.970  0.020  1.090
 3YW  C3   H20  single  0.970  0.020  1.090
 3YW  O2   H21  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 3YW  H1   O3   C6   107.96  3.000
 3YW  H3   C4   H2   107.24  3.000
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 3YW  H3   C4   C5   109.79  3.000
 3YW  H2   C4   C5   110.02  3.000
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 3YW  H4   C5   O2   105.75  3.000
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 3YW  O2   C5   C4   111.94  3.000
 3YW  C6   C5   C4   109.62  3.000
 3YW  C3   O4   C7   115.29  3.000
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 3YW  H6   C6   O3   111.60  3.000
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 3YW  C5   C6   O3   108.97  3.000
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 3YW  C9   C7   C8   112.21  3.000
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 3YW  H8   C8   O5   111.41  3.000
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 3YW  O5   C8   C7   108.88  3.000
 3YW  H10  C9   O6   111.09  3.000
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 3YW  O6   C9   C10  107.23  3.000
 3YW  H10  C9   C7   108.58  3.000
 3YW  C10  C9   C7   110.11  3.000
 3YW  O6   C9   C7   111.74  3.000
 3YW  H11  O5   C8   107.87  3.000
 3YW  H12  C10  C2   108.98  3.000
 3YW  H12  C10  O7   110.70  3.000
 3YW  C2   C10  O7   107.96  3.000
 3YW  H12  C10  C9   107.93  3.000
 3YW  C2   C10  C9   109.52  3.000
 3YW  O7   C10  C9   111.73  3.000
 3YW  H13  O6   C9   109.21  3.000
 3YW  H14  O7   C10  107.70  3.000
 3YW  N    C    C1   115.00  3.000
 3YW  C1   C    O    121.57  3.000
 3YW  N    C    O    123.44  3.000
 3YW  H17  C1   H16  108.64  3.000
 3YW  H17  C1   H15  107.34  3.000
 3YW  H16  C1   H15  108.23  3.000
 3YW  H17  C1   C    109.50  3.000
 3YW  H16  C1   C    113.73  3.000
 3YW  H15  C1   C    109.21  3.000
 3YW  H18  N    C2   117.27  3.000
 3YW  H18  N    C    118.47  3.000
 3YW  C2   N    C    124.18  3.000
 3YW  H19  C2   C3   107.43  3.000
 3YW  H19  C2   N    107.47  3.000
 3YW  C3   C2   N    110.60  3.000
 3YW  H19  C2   C10  108.65  3.000
 3YW  C3   C2   C10  110.33  3.000
 3YW  N    C2   C10  112.18  3.000
 3YW  H20  C3   O1   110.85  3.000
 3YW  H20  C3   C2   109.60  3.000
 3YW  O1   C3   C2   107.49  3.000
 3YW  H20  C3   O4   105.43  3.000
 3YW  O1   C3   O4   112.56  3.000
 3YW  C2   C3   O4   110.91  3.000
 3YW  C3   O1   C4   114.86  3.000
 3YW  H21  O2   C5   108.62  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 3YW  CONST_01  C2   N   C   O     0.00   0.0  0
 3YW  CONST_02  C2   N   C   C1  180.00   0.0  0
 3YW  CONST_03  H18  N   C   O   180.00   0.0  0
 3YW  Var_01    H2   C4  O1  C3   60.59  30.0  3
 3YW  Var_02    H15  C1  C   O    66.29  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 3YW  chir_01  C5   C4  C6   O2   positiv
 3YW  chir_02  C7   O4  C9   C8   negativ
 3YW  chir_03  C9   O6  C7   C10  positiv
 3YW  chir_04  C10  O7  C9   C2   negativ
 3YW  chir_05  C2   N   C10  C3   positiv
 3YW  chir_06  C3   O1  O4   C2   negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 3YW  plan-1  O    0.020
 3YW  plan-1  C    0.020
 3YW  plan-1  C1   0.020
 3YW  plan-1  N    0.020
 3YW  plan-1  C2   0.020
 3YW  plan-1  H18  0.020

