# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 27 16:07:59 2020
#   Inital geometry file: a 122 line input string
#   Ligand name: 5-{[3-carbamoyl-4-(3,4-dimethylphenyl)-5-methylthiophen-2-yl]amino}-5-oxopentanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1sc(NC(=O)CCCC(O)=O)c(C(N)=O)c1c2ccc(C)c(C)c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 37W  37W  '5-{[3-carbamoyl-4-(3,4-dimethylphenyl)-5-methylthiophen-2-yl]amino}-5-oxopentanoic acid'  ligand  48  26  .  2023-02-16  2023-02-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_37W
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 37W  C10  C  CR5   0   0.260   0.4285  -0.2303  -0.0759
 37W  C02  C  CR6   0  -0.042  -6.0536   0.4783  -0.1831
 37W  C03  C  CR16  0  -0.247  -5.1933   0.8877  -1.1981
 37W  C04  C  CR16  0  -0.326  -3.8437   0.5721  -1.1771
 37W  C05  C  CR6   0   0.067  -3.3192  -0.1737  -0.1257
 37W  C06  C  CR5   0   0.374  -1.8855  -0.5345  -0.0998
 37W  C07  C  CR5   0  -0.384  -1.4655  -1.8144  -0.2877
 37W  C08  C  CH3   0  -0.726  -2.2719  -3.0523  -0.4974
 37W  S09  S  S2    0   0.162   0.2627  -1.9268  -0.3113
 37W  N11  N  NH1   0  -0.730   1.6562   0.3775  -0.0067
 37W  C12  C  C     0   0.536   2.8539  -0.2599  -0.0960
 37W  O13  O  O     0  -0.417   2.9232  -1.4694  -0.2215
 37W  C14  C  CH2   0  -0.545   4.0473   0.6592  -0.0498
 37W  C15  C  CH2   0  -0.452   5.3746  -0.0750   0.0477
 37W  C16  C  CH2   0  -0.613   6.5255   0.9176   0.0686
 37W  C17  C  C     0   0.522   7.8779   0.2664   0.1511
 37W  O18  O  O     0  -0.278   8.0772  -0.9222   0.1902
 37W  O19  O  OH1   0  -0.654   8.8569   1.1659   0.1694
 37W  C20  C  CR5   0  -0.262  -0.7937   0.3994   0.0423
 37W  C21  C  C     0   0.400  -0.8585   1.8435   0.3573
 37W  N22  N  NH2   0  -0.724  -2.0098   2.3364   0.8265
 37W  O23  O  O     0  -0.518   0.1346   2.5668   0.2225
 37W  C24  C  CR16  0  -0.385  -4.1790  -0.5860   0.8907
 37W  C25  C  CR6   0   0.207  -5.5352  -0.2745   0.8797
 37W  C26  C  CH3   0  -0.815  -6.4256  -0.7409   1.9929
 37W  H1   H  HCH3  0   0.244  -7.7903   1.4703   0.6188
 37W  H2   H  HCH3  0   0.207  -7.7534   1.3832  -1.1396
 37W  H3   H  HCH3  0   0.285  -8.1450  -0.0453  -0.1855
 37W  H4   H  HCR6  0   0.263  -5.5891   1.4631  -2.0266
 37W  H5   H  HCR6  0   0.238  -3.1999   0.9055  -1.9817
 37W  H6   H  HCH3  0   0.272  -1.9119  -3.6221  -1.3544
 37W  H7   H  HCH3  0   0.286  -2.2326  -3.7106   0.3720
 37W  H8   H  HCH3  0   0.219  -3.3162  -2.8038  -0.6765
 37W  H9   H  HNH1  0   0.405   1.6046   1.3907   0.0723
 37W  H10  H  HCH2  0   0.275   4.0217   1.2822  -0.9511
 37W  H11  H  HCH2  0   0.313   3.9263   1.3518   0.7887
 37W  H12  H  HCH2  0   0.264   5.3954  -0.6874   0.9510
 37W  H13  H  HCH2  0   0.235   5.4860  -0.7547  -0.7981
 37W  H14  H  HCH2  0   0.287   6.5069   1.5487  -0.8258
 37W  H15  H  HCH2  0   0.255   6.4268   1.6066   0.9133
 37W  H16  H  HOH1  0   0.462   9.7161   0.7204   0.2140
 37W  H17  H  HNH2  0   0.406  -2.8276   1.7726   0.9806
 37W  H18  H  HNH2  0   0.409  -2.0676   3.3139   1.0619
 37W  H19  H  HCR6  0   0.228  -3.7770  -1.1596   1.7186
 37W  H20  H  HCH3  0   0.249  -7.2292  -1.3801   1.6208
 37W  H21  H  HCH3  0   0.256  -5.8674  -1.3073   2.7366
 37W  H22  H  HCH3  0   0.260  -6.9033   0.0972   2.5043
 37W  C01  C  CH3   0  -0.728  -7.5083   0.8405  -0.2278

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 37W  C08  C07  single    1.492  0.020  1.492
 37W  C07  S09  aromatic  1.732  0.020  1.732
 37W  C07  C06  aromatic  1.360  0.020  1.360
 37W  S09  C10  aromatic  1.721  0.020  1.721
 37W  C04  C03  aromatic  1.386  0.020  1.386
 37W  C04  C05  aromatic  1.392  0.020  1.392
 37W  C03  C02  aromatic  1.392  0.020  1.392
 37W  O13  C12  double    1.218  0.020  1.218
 37W  C06  C05  single    1.479  0.020  1.479
 37W  C06  C20  aromatic  1.444  0.020  1.444
 37W  C05  C24  aromatic  1.394  0.020  1.394
 37W  C02  C01  single    1.500  0.020  1.500
 37W  C02  C25  aromatic  1.402  0.020  1.402
 37W  C24  C25  aromatic  1.392  0.020  1.392
 37W  C10  C20  aromatic  1.380  0.020  1.380
 37W  C10  N11  single    1.372  0.020  1.372
 37W  C25  C26  single    1.500  0.020  1.500
 37W  C20  C21  single    1.479  0.020  1.479
 37W  C12  N11  single    1.360  0.020  1.360
 37W  C12  C14  single    1.507  0.020  1.507
 37W  C15  C14  single    1.520  0.020  1.520
 37W  C15  C16  single    1.520  0.020  1.520
 37W  O18  C17  double    1.206  0.020  1.206
 37W  C21  N22  single    1.337  0.020  1.337
 37W  C21  O23  double    1.236  0.020  1.236
 37W  C16  C17  single    1.503  0.020  1.503
 37W  C17  O19  single    1.330  0.020  1.330
 37W  C01  H1   single    0.970  0.020  1.090
 37W  C01  H2   single    0.970  0.020  1.090
 37W  C01  H3   single    0.970  0.020  1.090
 37W  C03  H4   single    0.930  0.020  1.080
 37W  C04  H5   single    0.930  0.020  1.080
 37W  C08  H6   single    0.970  0.020  1.090
 37W  C08  H7   single    0.970  0.020  1.090
 37W  C08  H8   single    0.970  0.020  1.090
 37W  N11  H9   single    0.860  0.020  1.020
 37W  C14  H10  single    0.970  0.020  1.090
 37W  C14  H11  single    0.970  0.020  1.090
 37W  C15  H12  single    0.970  0.020  1.090
 37W  C15  H13  single    0.970  0.020  1.090
 37W  C16  H14  single    0.970  0.020  1.090
 37W  C16  H15  single    0.970  0.020  1.090
 37W  O19  H16  single    0.850  0.020  0.980
 37W  N22  H17  single    0.860  0.020  1.020
 37W  N22  H18  single    0.860  0.020  1.020
 37W  C24  H19  single    0.930  0.020  1.080
 37W  C26  H20  single    0.970  0.020  1.090
 37W  C26  H21  single    0.970  0.020  1.090
 37W  C26  H22  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 37W  C20  C10  N11  125.89  3.000
 37W  N11  C10  S09  122.01  3.000
 37W  C20  C10  S09  112.10  3.000
 37W  C25  C02  C03  118.83  3.000
 37W  C25  C02  C01  120.73  3.000
 37W  C03  C02  C01  120.44  3.000
 37W  H4   C03  C04  119.21  3.000
 37W  H4   C03  C02  119.20  3.000
 37W  C04  C03  C02  121.58  3.000
 37W  H5   C04  C05  120.14  3.000
 37W  H5   C04  C03  119.83  3.000
 37W  C05  C04  C03  120.03  3.000
 37W  C24  C05  C06  120.88  3.000
 37W  C24  C05  C04  118.49  3.000
 37W  C06  C05  C04  120.63  3.000
 37W  C20  C06  C07  112.87  3.000
 37W  C20  C06  C05  125.25  3.000
 37W  C07  C06  C05  121.78  3.000
 37W  S09  C07  C08  118.91  3.000
 37W  S09  C07  C06  111.78  3.000
 37W  C08  C07  C06  129.29  3.000
 37W  H8   C08  H7   107.66  3.000
 37W  H8   C08  H6   107.87  3.000
 37W  H7   C08  H6   107.40  3.000
 37W  H8   C08  C07  110.63  3.000
 37W  H7   C08  C07  111.65  3.000
 37W  H6   C08  C07  111.44  3.000
 37W  C07  S09  C10   91.73  3.000
 37W  H9   N11  C12  121.10  3.000
 37W  H9   N11  C10  113.56  3.000
 37W  C12  N11  C10  125.26  3.000
 37W  C14  C12  O13  124.32  3.000
 37W  C14  C12  N11  114.18  3.000
 37W  O13  C12  N11  121.49  3.000
 37W  H11  C14  H10  105.53  3.000
 37W  H11  C14  C15  110.68  3.000
 37W  H10  C14  C15  110.35  3.000
 37W  H11  C14  C12  108.78  3.000
 37W  H10  C14  C12  107.64  3.000
 37W  C15  C14  C12  113.51  3.000
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 37W  H12  C15  C14  109.92  3.000
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 37W  H15  C16  H14  105.43  3.000
 37W  H15  C16  C17  108.15  3.000
 37W  H14  C16  C17  108.05  3.000
 37W  H15  C16  C15  110.70  3.000
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 37W  C17  C16  C15  113.52  3.000
 37W  O19  C17  O18  123.01  3.000
 37W  O19  C17  C16  111.72  3.000
 37W  O18  C17  C16  125.27  3.000
 37W  H16  O19  C17  110.03  3.000
 37W  C21  C20  C06  128.26  3.000
 37W  C21  C20  C10  120.16  3.000
 37W  C06  C20  C10  111.49  3.000
 37W  O23  C21  N22  120.95  3.000
 37W  O23  C21  C20  120.85  3.000
 37W  N22  C21  C20  118.17  3.000
 37W  H18  N22  H17  117.51  3.000
 37W  H18  N22  C21  119.28  3.000
 37W  H17  N22  C21  123.19  3.000
 37W  H19  C24  C25  119.06  3.000
 37W  H19  C24  C05  118.98  3.000
 37W  C25  C24  C05  121.96  3.000
 37W  C26  C25  C24  120.20  3.000
 37W  C26  C25  C02  120.68  3.000
 37W  C24  C25  C02  119.12  3.000
 37W  H22  C26  H21  107.68  3.000
 37W  H22  C26  H20  106.67  3.000
 37W  H21  C26  H20  107.79  3.000
 37W  H22  C26  C25  111.63  3.000
 37W  H21  C26  C25  111.37  3.000
 37W  H20  C26  C25  111.46  3.000
 37W  H3   C01  H2   107.79  3.000
 37W  H3   C01  H1   106.69  3.000
 37W  H2   C01  H1   107.66  3.000
 37W  H3   C01  C02  111.63  3.000
 37W  H2   C01  C02  111.32  3.000
 37W  H1   C01  C02  111.50  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 37W  CONST_01  C06  C07  S09  C10     0.00   0.0  0
 37W  CONST_02  C07  C06  C20  C10     0.00   0.0  0
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loop_
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