# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar  8 14:22:02 2022
#   Inital geometry file: a 81 line input string
#   Ligand name: (1S,2S)-1-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propane-1,2-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc2cc(ccc2c1)[C@H](O)[C@H](C)O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 2V7  2V7  (1S,2S)-1-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propane-1,2-diol  ligand  33  17  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_2V7
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 2V7  C14  C  CH3   0  -0.706   5.0749   1.0021   0.6916
 2V7  C13  C  CH1   0   0.009   3.6877   0.3867   0.7679
 2V7  O03  O  OH1   0  -0.665   3.7190  -0.9172   1.3184
 2V7  C11  C  CH1   0  -0.058   2.9779   0.3899  -0.5972
 2V7  O02  O  OH1   0  -0.664   3.6658  -0.3798  -1.5570
 2V7  C09  C  CR6   0   0.135   1.5254  -0.0075  -0.4628
 2V7  C10  C  CR16  0  -0.385   0.5573   0.9563  -0.3693
 2V7  C05  C  CR66  0   0.123  -0.8087   0.6249  -0.2089
 2V7  C06  C  CR16  0  -0.298  -1.8177   1.6059  -0.1157
 2V7  C01  C  CR16  0  -0.378  -3.1358   1.2644   0.0316
 2V7  C02  C  CR6   0   0.392  -3.5124  -0.0981   0.0933
 2V7  O01  O  O2    0  -0.474  -4.7880  -0.5078   0.2364
 2V7  C12  C  CH3   0  -0.438  -5.8194   0.4582   0.2920
 2V7  C03  C  CR16  0  -0.428  -2.5490  -1.0774   0.0048
 2V7  C04  C  CR66  0   0.124  -1.1905  -0.7395  -0.1470
 2V7  C07  C  CR16  0  -0.307  -0.1754  -1.7229  -0.2500
 2V7  C08  C  CR16  0  -0.318   1.1352  -1.3687  -0.4011
 2V7  H1   H  HCH3  0   0.228   5.7319   0.4341   0.0296
 2V7  H2   H  HCH3  0   0.237   5.0239   2.0228   0.3123
 2V7  H3   H  HCH3  0   0.244   5.5353   1.0376   1.6795
 2V7  H4   H  HCH1  0   0.233   3.0752   0.9925   1.4431
 2V7  H5   H  HOH1  0   0.450   4.5428  -1.3434   1.0625
 2V7  H6   H  HCH1  0   0.246   3.0078   1.4205  -0.9643
 2V7  H7   H  HOH1  0   0.445   3.7737  -1.2779  -1.2262
 2V7  H8   H  HCR6  0   0.245   0.8317   2.0051  -0.4258
 2V7  H9   H  HCR6  0   0.259  -1.5437   2.6530  -0.1636
 2V7  H10  H  HCR6  0   0.282  -3.8746   2.0508   0.0977
 2V7  H11  H  HCH3  0   0.260  -6.7511  -0.0935   0.3902
 2V7  H12  H  HCH3  0   0.229  -5.7153   1.1233   1.1529
 2V7  H13  H  HCH3  0   0.229  -5.8663   1.0614  -0.6181
 2V7  H14  H  HCR6  0   0.257  -2.8387  -2.1210   0.0524
 2V7  H15  H  HCR6  0   0.250  -0.4509  -2.7699  -0.2057
 2V7  H16  H  HCR6  0   0.243   1.8754  -2.1544  -0.4757

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 2V7  O01  C12  single    1.414  0.020  1.414
 2V7  O01  C02  single    1.347  0.020  1.347
 2V7  C01  C02  aromatic  1.415  0.020  1.415
 2V7  C01  C06  aromatic  1.370  0.020  1.370
 2V7  C02  C03  aromatic  1.377  0.020  1.377
 2V7  C06  C05  aromatic  1.410  0.020  1.410
 2V7  C03  C04  aromatic  1.408  0.020  1.408
 2V7  C05  C04  aromatic  1.418  0.020  1.418
 2V7  C05  C10  aromatic  1.415  0.020  1.415
 2V7  C04  C07  aromatic  1.417  0.020  1.417
 2V7  C10  C09  aromatic  1.369  0.020  1.369
 2V7  C07  C08  aromatic  1.366  0.020  1.366
 2V7  C09  C08  aromatic  1.417  0.020  1.417
 2V7  C09  C11  single    1.512  0.020  1.512
 2V7  C11  C13  single    1.539  0.020  1.539
 2V7  C11  O02  single    1.410  0.020  1.410
 2V7  C13  O03  single    1.416  0.020  1.416
 2V7  C13  C14  single    1.520  0.020  1.520
 2V7  C14  H1   single    0.970  0.020  1.090
 2V7  C14  H2   single    0.970  0.020  1.090
 2V7  C14  H3   single    0.970  0.020  1.090
 2V7  C13  H4   single    0.970  0.020  1.090
 2V7  O03  H5   single    0.850  0.020  0.980
 2V7  C11  H6   single    0.970  0.020  1.090
 2V7  O02  H7   single    0.850  0.020  0.980
 2V7  C10  H8   single    0.930  0.020  1.080
 2V7  C06  H9   single    0.930  0.020  1.080
 2V7  C01  H10  single    0.930  0.020  1.080
 2V7  C12  H11  single    0.970  0.020  1.090
 2V7  C12  H12  single    0.970  0.020  1.090
 2V7  C12  H13  single    0.970  0.020  1.090
 2V7  C03  H14  single    0.930  0.020  1.080
 2V7  C07  H15  single    0.930  0.020  1.080
 2V7  C08  H16  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 2V7  H3   C14  H2   107.73  3.000
 2V7  H3   C14  H1   108.19  3.000
 2V7  H2   C14  H1   107.71  3.000
 2V7  H3   C14  C13  110.68  3.000
 2V7  H2   C14  C13  110.73  3.000
 2V7  H1   C14  C13  111.66  3.000
 2V7  H4   C13  C11  106.74  3.000
 2V7  H4   C13  O03  106.40  3.000
 2V7  C11  C13  O03  110.92  3.000
 2V7  H4   C13  C14  108.52  3.000
 2V7  O03  C13  C14  111.86  3.000
 2V7  C11  C13  C14  112.07  3.000
 2V7  H5   O03  C13  108.87  3.000
 2V7  H6   C11  C09  107.67  3.000
 2V7  H6   C11  O02  105.81  3.000
 2V7  C09  C11  O02  112.69  3.000
 2V7  H6   C11  C13  106.68  3.000
 2V7  O02  C11  C13  112.20  3.000
 2V7  C09  C11  C13  111.34  3.000
 2V7  H7   O02  C11  109.27  3.000
 2V7  C08  C09  C10  118.58  3.000
 2V7  C08  C09  C11  121.39  3.000
 2V7  C10  C09  C11  120.02  3.000
 2V7  H8   C10  C05  118.44  3.000
 2V7  H8   C10  C09  119.86  3.000
 2V7  C05  C10  C09  121.70  3.000
 2V7  C04  C05  C06  118.27  3.000
 2V7  C04  C05  C10  119.36  3.000
 2V7  C06  C05  C10  122.36  3.000
 2V7  H9   C06  C01  119.29  3.000
 2V7  H9   C06  C05  119.23  3.000
 2V7  C01  C06  C05  121.48  3.000
 2V7  H10  C01  C02  121.06  3.000
 2V7  H10  C01  C06  118.87  3.000
 2V7  C02  C01  C06  120.07  3.000
 2V7  C03  C02  O01  116.94  3.000
 2V7  C03  C02  C01  119.73  3.000
 2V7  O01  C02  C01  123.33  3.000
 2V7  C12  O01  C02  119.14  3.000
 2V7  H13  C12  H12  108.92  3.000
 2V7  H13  C12  H11  108.57  3.000
 2V7  H12  C12  H11  108.62  3.000
 2V7  H13  C12  O01  112.06  3.000
 2V7  H12  C12  O01  112.16  3.000
 2V7  H11  C12  O01  106.37  3.000
 2V7  H14  C03  C04  119.57  3.000
 2V7  H14  C03  C02  119.67  3.000
 2V7  C04  C03  C02  120.76  3.000
 2V7  C07  C04  C03  122.17  3.000
 2V7  C07  C04  C05  118.14  3.000
 2V7  C03  C04  C05  119.69  3.000
 2V7  H15  C07  C08  119.94  3.000
 2V7  H15  C07  C04  119.04  3.000
 2V7  C08  C07  C04  121.02  3.000
 2V7  H16  C08  C07  118.40  3.000
 2V7  H16  C08  C09  120.40  3.000
 2V7  C07  C08  C09  121.20  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 2V7  CONST_01  C06  C05  C10  C09   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_02  C04  C05  C10  C09     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_03  C04  C07  C08  C09     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_04  C01  C06  C05  C10   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_05  C03  C04  C05  C10   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_06  C07  C04  C05  C10     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_07  C07  C08  C09  C10     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_08  C02  C01  C06  C05     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_09  C02  C03  C04  C05     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_10  C08  C07  C04  C05     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_11  C08  C09  C10  C05     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_12  C03  C02  C01  C06     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_13  C03  C04  C05  C06     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_14  C07  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_15  C04  C03  C02  C01     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_16  C04  C05  C06  C01     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_17  C07  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_18  C08  C07  C04  C03   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_19  C05  C10  C09  C11   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_20  C07  C08  C09  C11   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_21  O01  C02  C01  C06   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_22  C04  C03  C02  O01   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_23  H15  C07  C08  C09   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_24  H9   C06  C05  C10     0.00   0.0  0
 2V7  CONST_25  H16  C08  C09  C10   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_26  H10  C01  C06  C05   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_27  H14  C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 2V7  CONST_28  H8   C10  C05  C06     0.00   0.0  0
 2V7  Var_01    C03  C02  O01  C12  -178.14  30.0  2
 2V7  Var_02    H11  C12  O01  C02   179.01  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 2V7  chir_01  C13  C11  O03  C14  negativ
 2V7  chir_02  C11  O02  C13  C09  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 2V7  plan-1  C11  0.020
 2V7  plan-1  C09  0.020
 2V7  plan-1  C10  0.020
 2V7  plan-1  C05  0.020
 2V7  plan-1  C06  0.020
 2V7  plan-1  C01  0.020
 2V7  plan-1  C02  0.020
 2V7  plan-1  O01  0.020
 2V7  plan-1  C03  0.020
 2V7  plan-1  C04  0.020
 2V7  plan-1  C07  0.020
 2V7  plan-1  C08  0.020
 2V7  plan-1  H8   0.020
 2V7  plan-1  H9   0.020
 2V7  plan-1  H10  0.020
 2V7  plan-1  H14  0.020
 2V7  plan-1  H15  0.020
 2V7  plan-1  H16  0.020

