# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar  8 14:20:23 2022
#   Inital geometry file: a 126 line input string
#   Ligand name: 8-(dibenzo[b,d]thiophen-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-chromen-4-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O=C1C=C(Oc2c1cccc2c3cccc4c3sc5ccccc45)N6CCOCC6
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 2R4  2R4  8-(dibenzo[b,d]thiophen-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-chromen-4-one  ligand  49  30  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_2R4
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 2R4  O01   O  O     0  -0.483  -5.1547   0.0394  -1.3521
 2R4  C02   C  CR6   0   0.451  -4.0391  -0.0002  -0.8313
 2R4  C03   C  CR66  0  -0.119  -3.2657   1.2390  -0.6017
 2R4  C04   C  CR66  0   0.340  -2.0234   1.1562   0.0072
 2R4  C05   C  CR6   0  -0.051  -1.2203   2.2757   0.2361
 2R4  C06   C  CR6   0   0.129   0.1069   2.1471   0.8725
 2R4  C07   C  CR16  0  -0.322   0.3906   2.8034   2.0629
 2R4  C08   C  CR16  0  -0.234   1.6390   2.6908   2.6749
 2R4  C09   C  CR16  0  -0.354   2.6333   1.9153   2.1098
 2R4  C10   C  CR56  0   0.244   2.3832   1.2514   0.9098
 2R4  C11   C  CR56  0  -0.300   1.1268   1.3818   0.3025
 2R4  S12   S  S2    0   0.201   1.0276   0.5203  -1.2122
 2R4  C13   C  CR56  0  -0.233   2.6643  -0.0564  -1.0346
 2R4  C14   C  CR56  0   0.217   3.2713   0.4074   0.1399
 2R4  C15   C  CR16  0  -0.340   4.5818   0.0235   0.4242
 2R4  C16   C  CR16  0  -0.248   5.2529  -0.8081  -0.4529
 2R4  C17   C  CR16  0  -0.265   4.6305  -1.2645  -1.6176
 2R4  C18   C  CR16  0  -0.277   3.3319  -0.8935  -1.9205
 2R4  C19   C  CR16  0  -0.301  -1.7296   3.5110  -0.1392
 2R4  C20   C  CR16  0  -0.236  -2.9819   3.6246  -0.7383
 2R4  C21   C  CR16  0  -0.315  -3.7410   2.4956  -0.9750
 2R4  O22   O  O     0  -0.476  -1.5240  -0.0305   0.4235
 2R4  C23   C  CR6   0   0.701  -2.1503  -1.1847   0.1771
 2R4  N24   N  NT    0  -0.521  -1.4339  -2.2393   0.5802
 2R4  C25   C  CH2   0  -0.334  -1.8753  -3.6121   0.4030
 2R4  C26   C  CH2   0  -0.180  -0.7811  -4.4089  -0.2895
 2R4  O27   O  O2    0  -0.478   0.4413  -4.3338   0.4061
 2R4  C28   C  CH2   0  -0.184   0.8746  -3.0002   0.5402
 2R4  C29   C  CH2   0  -0.342  -0.1513  -2.1513   1.2703
 2R4  C30   C  CR16  0  -0.623  -3.3920  -1.1998  -0.4191
 2R4  H071  H  HCR6  0   0.262  -0.3801   3.4026   2.5307
 2R4  H081  H  HCR6  0   0.265   1.8241   3.2113   3.6047
 2R4  H091  H  HCR6  0   0.257   3.5993   1.8311   2.5914
 2R4  H151  H  HCR6  0   0.255   5.0708   0.3721   1.3256
 2R4  H161  H  HCR6  0   0.263   6.2684  -1.1106  -0.2355
 2R4  H171  H  HCR6  0   0.265   5.1679  -1.9171  -2.2926
 2R4  H181  H  HCR6  0   0.272   2.8506  -1.2493  -2.8220
 2R4  H191  H  HCR6  0   0.269  -1.1307   4.3974   0.0266
 2R4  H201  H  HCR6  0   0.268  -3.3520   4.5994  -1.0241
 2R4  H211  H  HCR6  0   0.268  -4.7095   2.5715  -1.4508
 2R4  H252  H  HCH2  0   0.262  -2.1047  -4.0440   1.3818
 2R4  H251  H  HCH2  0   0.282  -2.7773  -3.6620  -0.1991
 2R4  H261  H  HCH2  0   0.252  -1.0706  -5.4593  -0.3347
 2R4  H262  H  HCH2  0   0.215  -0.6668  -4.0421  -1.3190
 2R4  H282  H  HCH2  0   0.249   1.8056  -3.0128   1.1083
 2R4  H281  H  HCH2  0   0.211   1.0819  -2.5525  -0.4418
 2R4  H291  H  HCH2  0   0.284   0.2033  -1.1271   1.3283
 2R4  H292  H  HCH2  0   0.262  -0.2819  -2.5150   2.2946
 2R4  H301  H  HCR6  0   0.273  -3.9062  -2.1336  -0.5876

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 2R4  O27  C28   single    1.409  0.020  1.409
 2R4  O27  C26   single    1.408  0.020  1.408
 2R4  C28  C29   single    1.519  0.020  1.519
 2R4  C26  C25   single    1.520  0.020  1.520
 2R4  C29  N24   single    1.459  0.020  1.459
 2R4  C25  N24   single    1.453  0.020  1.453
 2R4  N24  C23   single    1.337  0.020  1.337
 2R4  C23  C30   double    1.378  0.020  1.378
 2R4  C23  O22   single    1.336  0.020  1.336
 2R4  C08  C07   aromatic  1.395  0.020  1.395
 2R4  C08  C09   aromatic  1.382  0.020  1.382
 2R4  C30  C02   single    1.424  0.020  1.424
 2R4  C07  C06   aromatic  1.389  0.020  1.389
 2R4  O22  C04   single    1.353  0.020  1.353
 2R4  C09  C10   aromatic  1.394  0.020  1.394
 2R4  C02  O01   double    1.232  0.020  1.232
 2R4  C02  C03   single    1.479  0.020  1.479
 2R4  C04  C03   aromatic  1.386  0.020  1.386
 2R4  C04  C05   aromatic  1.397  0.020  1.397
 2R4  C06  C05   single    1.478  0.020  1.478
 2R4  C06  C11   aromatic  1.397  0.020  1.397
 2R4  C03  C21   aromatic  1.394  0.020  1.394
 2R4  C05  C19   aromatic  1.388  0.020  1.388
 2R4  C10  C11   aromatic  1.402  0.020  1.402
 2R4  C10  C14   aromatic  1.447  0.020  1.447
 2R4  C21  C20   aromatic  1.381  0.020  1.381
 2R4  C11  S12   aromatic  1.745  0.020  1.745
 2R4  C19  C20   aromatic  1.393  0.020  1.393
 2R4  C14  C15   aromatic  1.395  0.020  1.395
 2R4  C14  C13   aromatic  1.401  0.020  1.401
 2R4  C15  C16   aromatic  1.382  0.020  1.382
 2R4  S12  C13   aromatic  1.744  0.020  1.744
 2R4  C13  C18   aromatic  1.390  0.020  1.390
 2R4  C16  C17   aromatic  1.397  0.020  1.397
 2R4  C18  C17   aromatic  1.384  0.020  1.384
 2R4  C07  H071  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C08  H081  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C09  H091  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C15  H151  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C16  H161  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C17  H171  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C18  H181  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C19  H191  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C20  H201  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C21  H211  single    0.930  0.020  1.080
 2R4  C25  H252  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C25  H251  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C26  H261  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C26  H262  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C28  H282  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C28  H281  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C29  H291  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C29  H292  single    0.970  0.020  1.090
 2R4  C30  H301  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 2R4  C30   C02  C03   115.05  3.000
 2R4  C03   C02  O01   120.82  3.000
 2R4  C30   C02  O01   124.13  3.000
 2R4  C21   C03  C04   118.48  3.000
 2R4  C21   C03  C02   122.37  3.000
 2R4  C04   C03  C02   119.14  3.000
 2R4  O22   C04  C05   116.12  3.000
 2R4  C05   C04  C03   122.65  3.000
 2R4  O22   C04  C03   121.22  3.000
 2R4  C19   C05  C06   121.57  3.000
 2R4  C19   C05  C04   117.26  3.000
 2R4  C06   C05  C04   121.15  3.000
 2R4  C11   C06  C07   117.37  3.000
 2R4  C11   C06  C05   121.86  3.000
 2R4  C07   C06  C05   120.77  3.000
 2R4  H071  C07  C08   119.49  3.000
 2R4  H071  C07  C06   119.12  3.000
 2R4  C08   C07  C06   121.39  3.000
 2R4  H081  C08  C09   119.90  3.000
 2R4  H081  C08  C07   119.44  3.000
 2R4  C09   C08  C07   120.65  3.000
 2R4  H091  C09  C10   120.39  3.000
 2R4  H091  C09  C08   120.25  3.000
 2R4  C10   C09  C08   119.36  3.000
 2R4  C14   C10  C11   111.96  3.000
 2R4  C14   C10  C09   128.73  3.000
 2R4  C11   C10  C09   119.31  3.000
 2R4  S12   C11  C10   112.40  3.000
 2R4  S12   C11  C06   125.67  3.000
 2R4  C10   C11  C06   121.92  3.000
 2R4  C13   S12  C11    91.23  3.000
 2R4  C18   C13  C14   121.72  3.000
 2R4  C18   C13  S12   125.80  3.000
 2R4  C14   C13  S12   112.48  3.000
 2R4  C15   C14  C13   119.13  3.000
 2R4  C13   C14  C10   111.92  3.000
 2R4  C15   C14  C10   128.96  3.000
 2R4  H151  C15  C16   120.16  3.000
 2R4  H151  C15  C14   120.34  3.000
 2R4  C16   C15  C14   119.49  3.000
 2R4  H161  C16  C17   119.63  3.000
 2R4  H161  C16  C15   119.76  3.000
 2R4  C17   C16  C15   120.60  3.000
 2R4  H171  C17  C18   119.42  3.000
 2R4  H171  C17  C16   119.72  3.000
 2R4  C18   C17  C16   120.86  3.000
 2R4  H181  C18  C17   120.77  3.000
 2R4  H181  C18  C13   121.03  3.000
 2R4  C17   C18  C13   118.20  3.000
 2R4  H191  C19  C20   119.78  3.000
 2R4  H191  C19  C05   118.97  3.000
 2R4  C20   C19  C05   121.25  3.000
 2R4  H201  C20  C21   120.24  3.000
 2R4  H201  C20  C19   119.67  3.000
 2R4  C21   C20  C19   120.09  3.000
 2R4  H211  C21  C20   120.68  3.000
 2R4  H211  C21  C03   119.09  3.000
 2R4  C20   C21  C03   120.24  3.000
 2R4  C23   O22  C04   121.86  3.000
 2R4  C30   C23  N24   127.21  3.000
 2R4  C30   C23  O22   120.79  3.000
 2R4  N24   C23  O22   112.00  3.000
 2R4  C29   N24  C25   112.44  3.000
 2R4  C25   N24  C23   123.08  3.000
 2R4  C29   N24  C23   124.47  3.000
 2R4  H251  C25  H252  107.69  3.000
 2R4  H251  C25  C26   108.74  3.000
 2R4  H252  C25  C26   110.58  3.000
 2R4  H251  C25  N24   111.31  3.000
 2R4  H252  C25  N24   109.12  3.000
 2R4  C26   C25  N24   109.40  3.000
 2R4  H262  C26  H261  108.08  3.000
 2R4  H262  C26  O27   110.77  3.000
 2R4  H261  C26  O27   107.59  3.000
 2R4  H262  C26  C25   109.07  3.000
 2R4  H261  C26  C25   109.43  3.000
 2R4  O27   C26  C25   111.82  3.000
 2R4  C28   O27  C26   111.37  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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