# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr  9 07:30:32 2020
#   Inital geometry file: a 143 line input string
#   Ligand name: 5-(2-aminoquinazolin-6-yl)-N-(4,4-dimethyl-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-7-yl)-2-fluorobenzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC1(C)CC(=O)Nc2cc(NC(=O)c3cc(ccc3F)c4ccc5nc(N)ncc5c4)ccc12
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 2GU  2GU  5-(2-aminoquinazolin-6-yl)-N-(4,4-dimethyl-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-7-yl)-2-fluorobenzamide  ligand  56  34  .  2021-08-04  2021-08-04  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_2GU
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 2GU  C1   C  CR16  0  -0.368  -4.9630   0.4340   0.5468
 2GU  C2   C  CR66  0   0.012  -5.9506  -0.4739   0.1304
 2GU  C3   C  CR16  0  -0.021  -7.1520  -0.7026   0.8409
 2GU  N1   N  N     0  -0.442  -8.0577  -1.5463   0.4502
 2GU  C4   C  CR6   0   0.532  -7.8065  -2.2285  -0.7060
 2GU  N2   N  NH2   0  -0.819  -8.7521  -3.1138  -1.0641
 2GU  N3   N  N     0  -0.495  -6.7332  -2.1064  -1.4575
 2GU  C5   C  CR66  0   0.269  -5.7928  -1.2332  -1.0487
 2GU  C6   C  CR16  0  -0.308  -4.6099  -1.0489  -1.7984
 2GU  C7   C  CR16  0  -0.291  -3.6602  -0.1597  -1.3755
 2GU  C8   C  CR6   0   0.078  -3.8145   0.6046  -0.1913
 2GU  C9   C  CR6   0   0.103  -2.7667   1.5546   0.2255
 2GU  C10  C  CR16  0  -0.317  -1.4190   1.2620   0.0262
 2GU  C11  C  CR16  0  -0.293  -3.0929   2.7712   0.8258
 2GU  C12  C  CR16  0  -0.394  -2.1102   3.6663   1.2144
 2GU  C13  C  CR6   0   0.537  -0.7868   3.3499   0.9856
 2GU  F1   F  F     0  -0.295   0.1580   4.2129   1.3722
 2GU  C14  C  CR6   0  -0.244  -0.4148   2.1505   0.3962
 2GU  C15  C  C     0   0.522   1.0222   1.8477   0.1129
 2GU  O1   O  O     0  -0.449   1.7472   2.6522  -0.4406
 2GU  N4   N  NH1   0  -0.745   1.4006   0.6107   0.5154
 2GU  C16  C  CR6   0   0.379   2.6405  -0.0210   0.3714
 2GU  C17  C  CR16  0  -0.417   3.6643   0.4577  -0.4403
 2GU  C18  C  CR16  0  -0.349   2.8275  -1.2118   1.0726
 2GU  C19  C  CR16  0  -0.335   4.0248  -1.8985   0.9685
 2GU  C20  C  CR6   0   0.126   5.0674  -1.4378   0.1767
 2GU  C21  C  CR6   0   0.393   4.8568  -0.2527  -0.5308
 2GU  N5   N  NH1   0  -0.731   5.8708   0.2548  -1.3423
 2GU  C22  C  C     0   0.502   6.9401  -0.4586  -1.7799
 2GU  O2   O  O     0  -0.465   7.7816   0.0337  -2.5107
 2GU  C23  C  CH2   0  -0.566   6.9599  -1.8942  -1.3297
 2GU  C24  C  CT    0  -0.171   6.4254  -2.1026   0.0909
 2GU  C25  C  CH3   0  -0.655   6.3640  -3.6022   0.3698
 2GU  C26  C  CH3   0  -0.628   7.3648  -1.4380   1.1080
 2GU  H1   H  HCR6  0   0.264  -5.1151   0.9814   1.4703
 2GU  H2   H  HCR6  0   0.278  -7.3458  -0.1556   1.7600
 2GU  H3   H  HNH2  0   0.400  -9.6444  -3.0931  -0.6027
 2GU  H4   H  HNH2  0   0.398  -8.7085  -3.5401  -1.9733
 2GU  H5   H  HCR6  0   0.262  -4.4718  -1.6118  -2.7123
 2GU  H6   H  HCR6  0   0.266  -2.7716  -0.0254  -1.9802
 2GU  H7   H  HCR6  0   0.282  -1.1389   0.3221  -0.4338
 2GU  H8   H  HCR6  0   0.274  -4.1302   3.0393   0.9788
 2GU  H9   H  HCR6  0   0.290  -2.3710   4.6068   1.6810
 2GU  H10  H  HNH1  0   0.426   0.7255   0.0940   1.0592
 2GU  H11  H  HCR6  0   0.291   3.5490   1.3668  -1.0093
 2GU  H12  H  HCR6  0   0.269   2.0382  -1.6020   1.7032
 2GU  H13  H  HCR6  0   0.258   4.1421  -2.8135   1.5341
 2GU  H14  H  HNH1  0   0.406   5.7662   1.1946  -1.6992
 2GU  H15  H  HCH2  0   0.285   6.3428  -2.4588  -2.0394
 2GU  H16  H  HCH2  0   0.273   7.9783  -2.2736  -1.4213
 2GU  H17  H  HCH3  0   0.236   5.6516  -4.1032  -0.2874
 2GU  H18  H  HCH3  0   0.241   7.3449  -4.0509   0.2053
 2GU  H19  H  HCH3  0   0.239   6.0810  -3.8113   1.4016
 2GU  H20  H  HCH3  0   0.238   7.0100  -1.6106   2.1249
 2GU  H21  H  HCH3  0   0.233   8.3726  -1.8514   1.0298
 2GU  H22  H  HCH3  0   0.234   7.4355  -0.3584   0.9626

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 2GU  C7   C6   aromatic  1.368  0.020  1.368
 2GU  C7   C8   aromatic  1.418  0.020  1.418
 2GU  C6   C5   aromatic  1.413  0.020  1.413
 2GU  O1   C15  double    1.216  0.020  1.216
 2GU  C12  C11  aromatic  1.385  0.020  1.385
 2GU  C12  C13  aromatic  1.380  0.020  1.380
 2GU  F1   C13  single    1.337  0.020  1.337
 2GU  C11  C9   aromatic  1.395  0.020  1.395
 2GU  C13  C14  aromatic  1.387  0.020  1.387
 2GU  C9   C10  aromatic  1.393  0.020  1.393
 2GU  C9   C8   single    1.474  0.020  1.474
 2GU  C14  C10  aromatic  1.391  0.020  1.391
 2GU  C14  C15  single    1.496  0.020  1.496
 2GU  C8   C1   aromatic  1.376  0.020  1.376
 2GU  C15  N4   single    1.355  0.020  1.355
 2GU  C5   N3   aromatic  1.347  0.020  1.347
 2GU  C5   C2   aromatic  1.411  0.020  1.411
 2GU  N3   C4   aromatic  1.316  0.020  1.316
 2GU  C18  C19  aromatic  1.384  0.020  1.384
 2GU  C18  C16  aromatic  1.394  0.020  1.394
 2GU  C26  C24  single    1.536  0.020  1.536
 2GU  C19  C20  aromatic  1.388  0.020  1.388
 2GU  N4   C16  single    1.399  0.020  1.399
 2GU  C1   C2   aromatic  1.405  0.020  1.405
 2GU  C16  C17  aromatic  1.391  0.020  1.391
 2GU  C2   C3   aromatic  1.414  0.020  1.414
 2GU  C4   N2   single    1.344  0.020  1.344
 2GU  C4   N1   aromatic  1.366  0.020  1.366
 2GU  C20  C24  single    1.514  0.020  1.514
 2GU  C20  C21  aromatic  1.396  0.020  1.396
 2GU  C17  C21  aromatic  1.391  0.020  1.391
 2GU  C3   N1   aromatic  1.298  0.020  1.298
 2GU  C24  C23  single    1.532  0.020  1.532
 2GU  C24  C25  single    1.527  0.020  1.527
 2GU  C21  N5   single    1.394  0.020  1.394
 2GU  C23  C22  single    1.505  0.020  1.505
 2GU  N5   C22  single    1.358  0.020  1.358
 2GU  C22  O2   double    1.218  0.020  1.218
 2GU  C1   H1   single    0.930  0.020  1.080
 2GU  C3   H2   single    0.930  0.020  1.080
 2GU  N2   H3   single    0.890  0.020  1.040
 2GU  N2   H4   single    0.890  0.020  1.040
 2GU  C6   H5   single    0.930  0.020  1.080
 2GU  C7   H6   single    0.930  0.020  1.080
 2GU  C10  H7   single    0.930  0.020  1.080
 2GU  C11  H8   single    0.930  0.020  1.080
 2GU  C12  H9   single    0.930  0.020  1.080
 2GU  N4   H10  single    0.860  0.020  1.020
 2GU  C17  H11  single    0.930  0.020  1.080
 2GU  C18  H12  single    0.930  0.020  1.080
 2GU  C19  H13  single    0.930  0.020  1.080
 2GU  N5   H14  single    0.860  0.020  1.020
 2GU  C23  H15  single    0.970  0.020  1.090
 2GU  C23  H16  single    0.970  0.020  1.090
 2GU  C25  H17  single    0.970  0.020  1.090
 2GU  C25  H18  single    0.970  0.020  1.090
 2GU  C25  H19  single    0.970  0.020  1.090
 2GU  C26  H20  single    0.970  0.020  1.090
 2GU  C26  H21  single    0.970  0.020  1.090
 2GU  C26  H22  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 2GU  H1   C1   C8   120.76  3.000
 2GU  H1   C1   C2   118.70  3.000
 2GU  C8   C1   C2   120.53  3.000
 2GU  C5   C2   C3   115.32  3.000
 2GU  C3   C2   C1   123.56  3.000
 2GU  C5   C2   C1   121.12  3.000
 2GU  H2   C3   N1   117.20  3.000
 2GU  H2   C3   C2   119.66  3.000
 2GU  N1   C3   C2   123.14  3.000
 2GU  C4   N1   C3   116.82  3.000
 2GU  N3   C4   N2   118.87  3.000
 2GU  N2   C4   N1   115.17  3.000
 2GU  N3   C4   N1   125.95  3.000
 2GU  H4   N2   H3   117.55  3.000
 2GU  H4   N2   C4   119.34  3.000
 2GU  H3   N2   C4   119.27  3.000
 2GU  C5   N3   C4   117.15  3.000
 2GU  C6   C5   N3   120.55  3.000
 2GU  N3   C5   C2   121.62  3.000
 2GU  C6   C5   C2   117.83  3.000
 2GU  H5   C6   C7   120.70  3.000
 2GU  H5   C6   C5   119.16  3.000
 2GU  C7   C6   C5   120.14  3.000
 2GU  H6   C7   C8   119.26  3.000
 2GU  H6   C7   C6   118.52  3.000
 2GU  C8   C7   C6   122.21  3.000
 2GU  C9   C8   C7   120.41  3.000
 2GU  C9   C8   C1   121.43  3.000
 2GU  C7   C8   C1   118.17  3.000
 2GU  C11  C9   C10  118.09  3.000
 2GU  C10  C9   C8   120.77  3.000
 2GU  C11  C9   C8   121.15  3.000
 2GU  H7   C10  C14  118.72  3.000
 2GU  H7   C10  C9   119.54  3.000
 2GU  C14  C10  C9   121.74  3.000
 2GU  H8   C11  C12  118.71  3.000
 2GU  H8   C11  C9   120.06  3.000
 2GU  C12  C11  C9   121.22  3.000
 2GU  H9   C12  C13  120.14  3.000
 2GU  H9   C12  C11  120.78  3.000
 2GU  C13  C12  C11  119.07  3.000
 2GU  C14  C13  F1   119.45  3.000
 2GU  C14  C13  C12  121.73  3.000
 2GU  F1   C13  C12  118.81  3.000
 2GU  C15  C14  C13  120.88  3.000
 2GU  C15  C14  C10  120.92  3.000
 2GU  C13  C14  C10  118.15  3.000
 2GU  N4   C15  O1   124.94  3.000
 2GU  N4   C15  C14  113.39  3.000
 2GU  O1   C15  C14  121.66  3.000
 2GU  H10  N4   C16  114.66  3.000
 2GU  H10  N4   C15  116.15  3.000
 2GU  C16  N4   C15  129.00  3.000
 2GU  C18  C16  C17  119.24  3.000
 2GU  C17  C16  N4   123.83  3.000
 2GU  C18  C16  N4   116.92  3.000
 2GU  H11  C17  C21  119.19  3.000
 2GU  H11  C17  C16  121.27  3.000
 2GU  C21  C17  C16  119.54  3.000
 2GU  H12  C18  C19  119.70  3.000
 2GU  H12  C18  C16  120.18  3.000
 2GU  C19  C18  C16  120.12  3.000
 2GU  H13  C19  C20  119.83  3.000
 2GU  H13  C19  C18  118.29  3.000
 2GU  C20  C19  C18  121.87  3.000
 2GU  C24  C20  C21  118.63  3.000
 2GU  C21  C20  C19  117.23  3.000
 2GU  C24  C20  C19  124.07  3.000
 2GU  N5   C21  C20  119.62  3.000
 2GU  N5   C21  C17  118.39  3.000
 2GU  C20  C21  C17  121.99  3.000
 2GU  H14  N5   C22  117.14  3.000
 2GU  H14  N5   C21  117.95  3.000
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 2GU  H15  C23  C22  106.87  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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