# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Tue May 19 20:29:53 2020
#   Inital geometry file: a 158 line input string
#   Ligand name: beta-D-fructofuranosyl 6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCC(=O)OC[C@H]1O[C@H](O[C@]2(CO)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]2O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 1AT  1AT  'beta-D-fructofuranosyl 6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranoside'  ligand  74  34  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_1AT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 1AT  C5N  C  CH2   0  -0.412   6.1164  -0.9155   0.2905
 1AT  C4N  C  CH2   0  -0.416   4.6938  -0.3735   0.3528
 1AT  C3N  C  CH2   0  -0.413   3.6576  -1.4890   0.3621
 1AT  C2N  C  CH2   0  -0.597   2.2305  -0.9680   0.4082
 1AT  C1N  C  C     0   0.618   1.1993  -2.0652   0.4145
 1AT  O1N  O  O     0  -0.450   1.4417  -3.2455   0.3860
 1AT  O6   O  O2    0  -0.459  -0.0358  -1.5785   0.4519
 1AT  C6   C  CH2   0  -0.182  -1.1210  -2.5066   0.4236
 1AT  C5   C  CH1   0  -0.026  -2.4034  -1.7062   0.3717
 1AT  C4   C  CH1   0   0.031  -3.6228  -2.6302   0.3958
 1AT  C3   C  CH1   0  -0.013  -4.8895  -1.8183   0.1549
 1AT  C2   C  CH1   0   0.009  -4.7484  -1.0225  -1.1406
 1AT  C1   C  CH1   0   0.198  -3.4872  -0.1589  -1.0773
 1AT  O5   O  O2    0  -0.496  -2.3696  -0.9609  -0.8323
 1AT  O1   O  O2    0  -0.529  -3.6804   0.7755  -0.0597
 1AT  C2'  C  CT    0   0.488  -3.2060   2.1046  -0.1424
 1AT  C3'  C  CH1   0  -0.012  -2.3257   2.4013   1.0769
 1AT  C4'  C  CH1   0  -0.061  -0.9484   1.9806   0.5908
 1AT  C5'  C  CH1   0  -0.004  -1.0074   2.4218  -0.8707
 1AT  O2'  O  O2    0  -0.509  -2.3840   2.3145  -1.2473
 1AT  C6'  C  CH2   0  -0.163  -0.1331   1.6038  -1.7872
 1AT  O6'  O  OH1   0  -0.669  -0.1937   2.1400  -3.0857
 1AT  O4'  O  OH1   0  -0.658   0.0557   2.6117   1.3419
 1AT  O3'  O  OH1   0  -0.653  -2.7954   1.7548   2.2188
 1AT  C1'  C  CH2   0  -0.161  -4.4239   3.0150  -0.2020
 1AT  O1'  O  OH1   0  -0.666  -5.2439   2.6091  -1.2716
 1AT  O2   O  OH1   0  -0.692  -5.9031  -0.2769  -1.4282
 1AT  O3   O  OH1   0  -0.677  -5.9642  -2.7283   0.0931
 1AT  O4   O  OH1   0  -0.673  -3.6399  -3.2780   1.6439
 1AT  H1   H  HCH2  0   0.209   6.2813  -1.5867   1.1406
 1AT  H2   H  HCH2  0   0.209   6.2250  -1.5359  -0.6061
 1AT  H4   H  HCH2  0   0.213   4.5775   0.2483   1.2471
 1AT  H5   H  HCH2  0   0.212   4.5190   0.2888  -0.5021
 1AT  H6   H  HCH2  0   0.226   3.7889  -2.1114  -0.5269
 1AT  H7   H  HCH2  0   0.226   3.8356  -2.1416   1.2208
 1AT  H8   H  HCH2  0   0.270   2.0752  -0.3439   1.2951
 1AT  H9   H  HCH2  0   0.270   2.0344  -0.3178  -0.4513
 1AT  H10  H  HCH2  0   0.239  -1.0437  -3.1553  -0.4535
 1AT  H11  H  HCH2  0   0.253  -1.1056  -3.1336   1.3163
 1AT  H12  H  HCH1  0   0.242  -2.4526  -1.0364   1.2414
 1AT  H13  H  HCH1  0   0.213  -3.5207  -3.3583  -0.4256
 1AT  H14  H  HCH1  0   0.216  -5.0199  -1.1205   0.9954
 1AT  H15  H  HCH1  0   0.230  -4.6073  -1.7360  -1.9622
 1AT  H16  H  HCH1  0   0.262  -3.3028   0.3135  -2.0446
 1AT  H17  H  HCH1  0   0.237  -2.3082   3.4943   1.2138
 1AT  H18  H  HCH1  0   0.249  -0.8562   0.8892   0.6510
 1AT  H19  H  HCH1  0   0.236  -0.7107   3.4772  -0.9349
 1AT  H20  H  HCH2  0   0.189   0.8902   1.6421  -1.3840
 1AT  H21  H  HCH2  0   0.213  -0.4550   0.5561  -1.7540
 1AT  H22  H  HOH1  0   0.458   0.3715   1.6110  -3.6559
 1AT  H23  H  HOH1  0   0.452   0.8755   2.1188   1.2523
 1AT  H24  H  HOH1  0   0.460  -2.3946   2.1737   2.9861
 1AT  H25  H  HCH2  0   0.218  -4.9511   2.9547   0.7580
 1AT  H26  H  HCH2  0   0.217  -4.0807   4.0493  -0.3221
 1AT  H27  H  HOH1  0   0.471  -6.0465   3.1396  -1.2602
 1AT  H28  H  HOH1  0   0.446  -5.7765   0.6403  -1.1411
 1AT  H29  H  HOH1  0   0.455  -6.7845  -2.2254   0.0774
 1AT  H30  H  HOH1  0   0.455  -4.4195  -3.8420   1.6784
 1AT  C7   C  CH2   0  -0.412   7.1889   0.1654   0.2875
 1AT  C8   C  CH2   0  -0.411   8.6002  -0.4056   0.2206
 1AT  C9   C  CH2   0  -0.406   9.6909   0.6573   0.2214
 1AT  C10  C  CH2   0  -0.419  11.0967   0.0721   0.1533
 1AT  C11  C  CH3   0  -0.662  12.1847   1.1366   0.1575
 1AT  H3   H  HCH2  0   0.207   7.0291   0.8390  -0.5617
 1AT  H31  H  HCH2  0   0.207   7.0882   0.7840   1.1863
 1AT  H32  H  HCH2  0   0.206   8.7541  -1.0837   1.0674
 1AT  H33  H  HCH2  0   0.206   8.6969  -1.0237  -0.6792
 1AT  H34  H  HCH2  0   0.205   9.5408   1.3364  -0.6254
 1AT  H35  H  HCH2  0   0.205   9.5986   1.2750   1.1221
 1AT  H36  H  HCH2  0   0.210  11.2443  -0.6084   0.9979
 1AT  H37  H  HCH2  0   0.210  11.1874  -0.5432  -0.7475
 1AT  H38  H  HCH3  0   0.225  13.1804   0.6938   0.1133
 1AT  H39  H  HCH3  0   0.216  12.0832   1.8071  -0.6977
 1AT  H40  H  HCH3  0   0.215  12.1349   1.7469   1.0612

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 1AT  C5N  C4N  single  1.524  0.020  1.524
 1AT  C4N  C3N  single  1.522  0.020  1.522
 1AT  C3N  C2N  single  1.520  0.020  1.520
 1AT  C2N  C1N  single  1.506  0.020  1.506
 1AT  C1N  O1N  double  1.205  0.020  1.205
 1AT  C1N  O6   single  1.328  0.020  1.328
 1AT  O6   C6   single  1.428  0.020  1.428
 1AT  O4   C4   single  1.406  0.020  1.406
 1AT  O2   C2   single  1.404  0.020  1.404
 1AT  C6   C5   single  1.513  0.020  1.513
 1AT  C5   C4   single  1.530  0.020  1.530
 1AT  C5   O5   single  1.416  0.020  1.416
 1AT  C3   C4   single  1.524  0.020  1.524
 1AT  C3   O3   single  1.410  0.020  1.410
 1AT  C3   C2   single  1.527  0.020  1.527
 1AT  C2   C1   single  1.530  0.020  1.530
 1AT  O5   C1   single  1.397  0.020  1.397
 1AT  C1   O1   single  1.395  0.020  1.395
 1AT  C6'  O6'  single  1.406  0.020  1.406
 1AT  C6'  C5'  single  1.508  0.020  1.508
 1AT  O1   C2'  single  1.414  0.020  1.414
 1AT  O2'  C5'  single  1.431  0.020  1.431
 1AT  O2'  C2'  single  1.393  0.020  1.393
 1AT  C5'  C4'  single  1.528  0.020  1.528
 1AT  C2'  C1'  single  1.522  0.020  1.522
 1AT  C2'  C3'  single  1.533  0.020  1.533
 1AT  C1'  O1'  single  1.408  0.020  1.408
 1AT  C4'  C3'  single  1.520  0.020  1.520
 1AT  C4'  O4'  single  1.404  0.020  1.404
 1AT  C3'  O3'  single  1.394  0.020  1.394
 1AT  C5N  H1   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C5N  H2   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C4N  H4   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C4N  H5   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C3N  H6   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C3N  H7   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C2N  H8   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C2N  H9   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C6   H10  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C6   H11  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C5   H12  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C4   H13  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C3   H14  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C2   H15  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C1   H16  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C3'  H17  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C4'  H18  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C5'  H19  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C6'  H20  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C6'  H21  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  O6'  H22  single  0.850  0.020  0.980
 1AT  O4'  H23  single  0.850  0.020  0.980
 1AT  O3'  H24  single  0.850  0.020  0.980
 1AT  C1'  H25  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C1'  H26  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  O1'  H27  single  0.850  0.020  0.980
 1AT  O2   H28  single  0.850  0.020  0.980
 1AT  O3   H29  single  0.850  0.020  0.980
 1AT  O4   H30  single  0.850  0.020  0.980
 1AT  C5N  C7   single  1.523  0.020  1.523
 1AT  C7   C8   single  1.524  0.020  1.524
 1AT  C8   C9   single  1.523  0.020  1.523
 1AT  C9   C10  single  1.524  0.020  1.524
 1AT  C10  C11  single  1.522  0.020  1.522
 1AT  C7   H3   single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C7   H31  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C8   H32  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C8   H33  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C9   H34  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C9   H35  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C10  H36  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C10  H37  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C11  H38  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C11  H39  single  0.970  0.020  1.090
 1AT  C11  H40  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 1AT  C7   C5N  H2   109.30  3.000
 1AT  C7   C5N  H1   109.30  3.000
 1AT  H2   C5N  H1   105.85  3.000
 1AT  C7   C5N  C4N  113.90  3.000
 1AT  H2   C5N  C4N  109.11  3.000
 1AT  H1   C5N  C4N  109.07  3.000
 1AT  H5   C4N  H4   106.08  3.000
 1AT  H5   C4N  C3N  109.83  3.000
 1AT  H4   C4N  C3N  109.79  3.000
 1AT  H5   C4N  C5N  109.40  3.000
 1AT  H4   C4N  C5N  109.54  3.000
 1AT  C3N  C4N  C5N  112.03  3.000
 1AT  H7   C3N  H6   106.22  3.000
 1AT  H7   C3N  C2N  109.49  3.000
 1AT  H6   C3N  C2N  109.42  3.000
 1AT  H7   C3N  C4N  109.36  3.000
 1AT  H6   C3N  C4N  109.30  3.000
 1AT  C2N  C3N  C4N  112.84  3.000
 1AT  H9   C2N  H8   105.77  3.000
 1AT  H9   C2N  C1N  108.26  3.000
 1AT  H8   C2N  C1N  108.34  3.000
 1AT  H9   C2N  C3N  110.35  3.000
 1AT  H8   C2N  C3N  110.66  3.000
 1AT  C1N  C2N  C3N  113.16  3.000
 1AT  O6   C1N  O1N  123.13  3.000
 1AT  O6   C1N  C2N  111.71  3.000
 1AT  O1N  C1N  C2N  125.16  3.000
 1AT  C6   O6   C1N  117.90  3.000
 1AT  H11  C6   H10  108.32  3.000
 1AT  H11  C6   C5   110.13  3.000
 1AT  H10  C6   C5   110.26  3.000
 1AT  H11  C6   O6   110.28  3.000
 1AT  H10  C6   O6   110.34  3.000
 1AT  C5   C6   O6   107.52  3.000
 1AT  H12  C5   O5   110.68  3.000
 1AT  H12  C5   C4   108.66  3.000
 1AT  O5   C5   C4   110.49  3.000
 1AT  H12  C5   C6   109.47  3.000
 1AT  O5   C5   C6   106.70  3.000
 1AT  C4   C5   C6   110.83  3.000
 1AT  H13  C4   O4   110.99  3.000
 1AT  H13  C4   C3   108.12  3.000
 1AT  O4   C4   C3   112.07  3.000
 1AT  H13  C4   C5   108.26  3.000
 1AT  C3   C4   C5   109.77  3.000
 1AT  O4   C4   C5   107.57  3.000
 1AT  H14  C3   O3   110.64  3.000
 1AT  H14  C3   C2   109.18  3.000
 1AT  O3   C3   C2   111.70  3.000
 1AT  H14  C3   C4   108.40  3.000
 1AT  C2   C3   C4   109.57  3.000
 1AT  O3   C3   C4   107.26  3.000
 1AT  H15  C2   O2   107.31  3.000
 1AT  H15  C2   C1   106.99  3.000
 1AT  O2   C2   C1   112.75  3.000
 1AT  H15  C2   C3   107.95  3.000
 1AT  C1   C2   C3   109.59  3.000
 1AT  O2   C2   C3   111.99  3.000
 1AT  H16  C1   O1   112.32  3.000
 1AT  H16  C1   O5   105.58  3.000
 1AT  O1   C1   O5   111.55  3.000
 1AT  H16  C1   C2   110.28  3.000
 1AT  O1   C1   C2   107.10  3.000
 1AT  O5   C1   C2   110.04  3.000
 1AT  C1   O5   C5   115.60  3.000
 1AT  C2'  O1   C1   122.72  3.000
 1AT  C1'  C2'  O2'  110.55  3.000
 1AT  C1'  C2'  C3'  112.02  3.000
 1AT  O2'  C2'  C3'  105.24  3.000
 1AT  C3'  C2'  O1   109.16  3.000
 1AT  C1'  C2'  O1   107.23  3.000
 1AT  O2'  C2'  O1   112.71  3.000
 1AT  H17  C3'  O3'  111.33  3.000
 1AT  H17  C3'  C4'  107.46  3.000
 1AT  O3'  C3'  C4'  116.04  3.000
 1AT  H17  C3'  C2'  107.46  3.000
 1AT  O3'  C3'  C2'  111.61  3.000
 1AT  C4'  C3'  C2'  102.26  3.000
 1AT  H18  C4'  O4'  110.97  3.000
 1AT  H18  C4'  C5'  110.06  3.000
 1AT  O4'  C4'  C5'  114.18  3.000
 1AT  H18  C4'  C3'  109.51  3.000
 1AT  O4'  C4'  C3'  110.65  3.000
 1AT  C5'  C4'  C3'  101.01  3.000
 1AT  H19  C5'  C6'  109.21  3.000
 1AT  H19  C5'  O2'  108.45  3.000
 1AT  C6'  C5'  O2'  110.92  3.000
 1AT  H19  C5'  C4'  108.85  3.000
 1AT  O2'  C5'  C4'  105.50  3.000
 1AT  C6'  C5'  C4'  113.73  3.000
 1AT  C5'  O2'  C2'  111.72  3.000
 1AT  H21  C6'  H20  107.17  3.000
 1AT  H21  C6'  O6'  112.32  3.000
 1AT  H20  C6'  O6'  111.42  3.000
 1AT  H21  C6'  C5'  109.25  3.000
 1AT  H20  C6'  C5'  107.31  3.000
 1AT  O6'  C6'  C5'  109.24  3.000
 1AT  H22  O6'  C6'  108.21  3.000
 1AT  H23  O4'  C4'  109.25  3.000
 1AT  H24  O3'  C3'  108.13  3.000
 1AT  H26  C1'  H25  107.35  3.000
 1AT  H26  C1'  O1'  111.79  3.000
 1AT  H25  C1'  O1'  111.66  3.000
 1AT  H26  C1'  C2'  108.55  3.000
 1AT  H25  C1'  C2'  108.51  3.000
 1AT  O1'  C1'  C2'  108.87  3.000
 1AT  H27  O1'  C1'  108.54  3.000
 1AT  H28  O2   C2   109.53  3.000
 1AT  H29  O3   C3   108.25  3.000
 1AT  H30  O4   C4   108.14  3.000
 1AT  H31  C7   H3   105.98  3.000
 1AT  H31  C7   C8   109.43  3.000
 1AT  H3   C7   C8   109.36  3.000
 1AT  H31  C7   C5N  109.53  3.000
 1AT  H3   C7   C5N  109.58  3.000
 1AT  C8   C7   C5N  112.73  3.000
 1AT  H33  C8   H32  105.85  3.000
 1AT  H33  C8   C9   109.33  3.000
 1AT  H32  C8   C9   109.32  3.000
 1AT  H33  C8   C7   109.21  3.000
 1AT  H32  C8   C7   109.15  3.000
 1AT  C9   C8   C7   113.69  3.000
 1AT  H35  C9   H34  105.92  3.000
 1AT  H35  C9   C10  109.31  3.000
 1AT  H34  C9   C10  109.25  3.000
 1AT  H35  C9   C8   109.48  3.000
 1AT  H34  C9   C8   109.51  3.000
 1AT  C10  C9   C8   113.11  3.000
 1AT  H37  C10  H36  105.92  3.000
 1AT  H37  C10  C11  109.64  3.000
 1AT  H36  C10  C11  109.65  3.000
 1AT  H37  C10  C9   109.21  3.000
 1AT  H36  C10  C9   109.18  3.000
 1AT  C11  C10  C9   112.99  3.000
 1AT  H40  C11  H39  107.51  3.000
 1AT  H40  C11  H38  107.59  3.000
 1AT  H39  C11  H38  107.61  3.000
 1AT  H40  C11  C10  111.14  3.000
 1AT  H39  C11  C10  111.17  3.000
 1AT  H38  C11  C10  111.63  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 1AT  Var_01  C5   C6   O6   C1N  -175.87  30.0  3
 1AT  Var_02  C2N  C3N  C4N  C5N  -179.35  30.0  3
 1AT  Var_03  C9   C8   C7   C5N  -179.79  30.0  3
 1AT  Var_04  C8   C7   C5N  C4N  -179.83  30.0  3
 1AT  Var_05  C1N  C2N  C3N  C4N   179.87  30.0  3
 1AT  Var_06  C7   C5N  C4N  C3N  -179.66  30.0  1
 1AT  Var_07  O1N  C1N  C2N  C3N    -0.04  30.0  3
 1AT  Var_08  C10  C9   C8   C7   -179.96  30.0  3
 1AT  Var_09  C11  C10  C9   C8   -179.87  30.0  3
 1AT  Var_10  H38  C11  C10  C9    179.71  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 1AT  chir_01  C5   C6   C4   O5   positiv
 1AT  chir_02  C4   O4   C5   C3   positiv
 1AT  chir_03  C3   O3   C2   C4   positiv
 1AT  chir_04  C2   O2   C3   C1   positiv
 1AT  chir_05  C1   O1   O5   C2   negativ
 1AT  chir_06  C2'  O2'  C3'  C1'  negativ
 1AT  chir_07  C3'  O3'  C2'  C4'  positiv
 1AT  chir_08  C4'  O4'  C5'  C3'  positiv
 1AT  chir_09  C5'  O2'  C4'  C6'  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 1AT  plan-1  C2N  0.020
 1AT  plan-1  C1N  0.020
 1AT  plan-1  O1N  0.020
 1AT  plan-1  O6   0.020

