# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Thu May 21 07:02:43 2020
#   Inital geometry file: a 240 line input string
#   Ligand name: N-{(2S,3S)-3-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-2-hydroxy-4-phenylbutyl}-L-phenylalanyl-L-alpha-glutamyl-L-phenylalaninamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)(C)OC(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)[C@@H](O)CN[C@@H](Cc2ccccc2)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](Cc3ccccc3)C(N)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0ZT  0ZT  N-{(2S,3S)-3-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-2-hydroxy-4-phenylbutyl}-L-phenylalanyl-L-alpha-glutamyl-L-phenylalaninamide  peptide  99  51  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0ZT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0ZT  O1    O  O      0  -0.511   -5.5661   0.3566   1.6646
 0ZT  C     C  C      0   0.768   -5.8213   0.7756   0.5553
 0ZT  O2    O  O2     0  -0.502   -6.6001   1.8192   0.2775
 0ZT  CT    C  CT     0   0.193   -7.3327   2.5466   1.2965
 0ZT  C1    C  CH3    0  -0.671   -6.3791   3.2809   2.2308
 0ZT  C2    C  CH3    0  -0.660   -8.1399   3.5527   0.4839
 0ZT  C3    C  CH3    0  -0.674   -8.2796   1.6266   2.0585
 0ZT  N     N  NH1    0  -0.668   -5.3223   0.2582  -0.5944
 0ZT  CA    C  CH1    0  -0.099   -4.7155  -1.0547  -0.6608
 0ZT  C4    C  CH1    0   0.013   -3.2867  -0.9863  -1.2086
 0ZT  OS    O  OH1    0  -0.667   -3.2422  -0.4516  -2.5162
 0ZT  CB    C  CH2    0  -0.529   -5.6074  -2.0017  -1.4760
 0ZT  CG    C  CR6    0   0.150   -6.9643  -2.1496  -0.8477
 0ZT  CD1   C  CR16   0  -0.317   -8.0343  -1.3533  -1.2477
 0ZT  CD2   C  CR16   0  -0.305   -7.1647  -3.0513   0.1956
 0ZT  CE1   C  CR16   0  -0.231   -9.2694  -1.4476  -0.6197
 0ZT  CE2   C  CR16   0  -0.239   -8.3974  -3.1525   0.8248
 0ZT  CZ    C  CR16   0  -0.272   -9.4549  -2.3474   0.4204
 0ZT  CM    C  CH2    0  -0.285   -2.3589  -0.2389  -0.2621
 0ZT  N1    N  NH1    0  -0.599   -0.9831  -0.3613  -0.6889
 0ZT  CA1   C  CH1    0  -0.180   -0.0440   0.2828   0.1937
 0ZT  C5    C  C      0   0.549    1.2211   0.6581  -0.5719
 0ZT  O     O  O      0  -0.479    1.4222   0.3025  -1.7214
 0ZT  CB1   C  CH2    0  -0.526    0.3250  -0.6368   1.3809
 0ZT  CG1   C  CR6    0   0.139    1.1642  -1.8122   0.9719
 0ZT  CD11  C  CR16   0  -0.315    2.5425  -1.8015   1.1770
 0ZT  CD21  C  CR16   0  -0.293    0.5960  -2.9184   0.3416
 0ZT  CE11  C  CR16   0  -0.228    3.3406  -2.8519   0.7445
 0ZT  CE21  C  CR16   0  -0.245    1.3877  -3.9780  -0.0794
 0ZT  CZ1   C  CR16   0  -0.278    2.7637  -3.9443   0.1122
 0ZT  N2    N  NH1    0  -0.627    2.0842   1.4077   0.1359
 0ZT  CA2   C  CH1    0  -0.233    3.4076   1.7684  -0.3126
 0ZT  C6    C  C      0   0.602    4.4170   1.2951   0.7224
 0ZT  O3    O  O      0  -0.499    4.2508   1.4961   1.9175
 0ZT  CB2   C  CH2    0  -0.399    3.5597   3.2807  -0.5118
 0ZT  CG2   C  CH2    0  -0.592    2.6751   3.8031  -1.6301
 0ZT  CD    C  C      0   0.416    2.7461   5.3215  -1.8729
 0ZT  OE1   O  O      0  -0.607    3.5665   5.9816  -1.2060
 0ZT  OE2   O  OC    -1  -0.631    1.9643   5.7684  -2.7380
 0ZT  N3    N  NH1    0  -0.632    5.5000   0.6725   0.2379
 0ZT  CA3   C  CH1    0  -0.174    6.6224   0.3686   1.0825
 0ZT  C7    C  C      0   0.513    7.2509   1.6615   1.6145
 0ZT  O4    O  O      0  -0.477    7.2263   2.6959   0.9702
 0ZT  CB3   C  CH2    0  -0.575    7.6774  -0.4246   0.2988
 0ZT  CG3   C  C      0   0.158    7.2090  -1.8050  -0.0716
 0ZT  CD12  C  C1     0  -0.320    6.6711  -2.0757  -1.3264
 0ZT  CD22  C  C1     0  -0.305    7.3003  -2.8439   0.8530
 0ZT  CE12  C  C1     0  -0.231    6.2356  -3.3536  -1.6522
 0ZT  CE22  C  C1     0  -0.244    6.8711  -4.1235   0.5301
 0ZT  CZ2   C  C1     0  -0.267    6.3380  -4.3822  -0.7265
 0ZT  N4    N  NH2    0  -0.799    7.8589   1.5303   2.7992
 0ZT  H11   H  HCH3   0   0.234   -5.6907   3.9148   1.6687
 0ZT  H12   H  HCH3   0   0.233   -6.9526   3.9274   2.8968
 0ZT  H13   H  HCH3   0   0.245   -5.7994   2.5984   2.8480
 0ZT  H21   H  HCH3   0   0.236   -8.8250   3.0500  -0.2008
 0ZT  H22   H  HCH3   0   0.230   -8.7322   4.1770   1.1522
 0ZT  H23   H  HCH3   0   0.237   -7.4890   4.2076  -0.0969
 0ZT  H31   H  HCH3   0   0.245   -7.7545   0.9405   2.7184
 0ZT  H32   H  HCH3   0   0.232   -8.9494   2.2331   2.6696
 0ZT  H33   H  HCH3   0   0.238   -8.8923   1.0419   1.3705
 0ZT  H     H  HNH1   0   0.389   -5.7055   0.6244  -1.4530
 0ZT  HA    H  HCH1   0   0.264   -4.6474  -1.4410   0.3580
 0ZT  HC    H  HCH1   0   0.236   -2.9181  -2.0137  -1.2955
 0ZT  HOS   H  HOH1   0   0.444   -3.4480   0.4889  -2.4657
 0ZT  HB1   H  HCH2   0   0.253   -5.7009  -1.6273  -2.4988
 0ZT  HB2   H  HCH2   0   0.255   -5.1123  -2.9737  -1.5399
 0ZT  HD1   H  HCR6   0   0.243   -7.9044  -0.6507  -2.0624
 0ZT  HD2   H  HCR6   0   0.243   -6.3450  -3.6833   0.5196
 0ZT  HE1   H  HCR6   0   0.250  -10.0868  -0.8167  -0.9451
 0ZT  HE2   H  HCR6   0   0.251   -8.5314  -3.8616   1.6319
 0ZT  HZ    H  HCR6   0   0.251  -10.4174  -2.4246   0.9098
 0ZT  HM1   H  HCH2   0   0.204   -2.6867   0.8109  -0.1691
 0ZT  HM2   H  HCH2   0   0.228   -2.4661  -0.6769   0.7340
 0ZT  H1    H  HNH1   0   0.346   -0.8758  -0.0100  -1.6309
 0ZT  HA1   H  HCH1   0   0.247   -0.4549   1.2144   0.6204
 0ZT  HB21  H  HCH2   0   0.248    0.8491  -0.0516   2.1402
 0ZT  HB3   H  HCH2   0   0.263   -0.6025  -0.9722   1.8510
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 0ZT  HD21  H  HCR6   0   0.244   -0.4732  -2.9464   0.1765
 0ZT  HE11  H  HCR6   0   0.256    4.4125  -2.8146   0.8947
 0ZT  HE21  H  HCR6   0   0.247    0.9298  -4.8316  -0.5634
 0ZT  HZ1   H  HCR6   0   0.243    3.3817  -4.7663  -0.2257
 0ZT  H2    H  HNH1   0   0.396    1.8324   1.6879   1.0718
 0ZT  HA2   H  HCH1   0   0.270    3.5816   1.2638  -1.2646
 0ZT  HB22  H  HCH2   0   0.224    3.3265   3.7859   0.4288
 0ZT  HB31  H  HCH2   0   0.232    4.6090   3.4973  -0.7266
 0ZT  HG2   H  HCH2   0   0.227    2.9330   3.2974  -2.5676
 0ZT  HG3   H  HCH2   0   0.228    1.6316   3.5360  -1.4371
 0ZT  H3    H  HNH1   0   0.406    5.6116   0.6010  -0.7608
 0ZT  HA3   H  HCH1   0   0.284    6.2821  -0.2400   1.9262
 0ZT  HB23  H  HCH2   0   0.275    7.9580   0.1393  -0.5951
 0ZT  HB32  H  HCH2   0   0.284    8.5768  -0.4960   0.9130
 0ZT  HD12  H  H      0   0.249    6.6050  -1.2868  -2.0670
 0ZT  HD22  H  H      0   0.248    7.7207  -2.6517   1.8340
 0ZT  HE12  H  H      0   0.255    5.8218  -3.5471  -2.6335
 0ZT  HE23  H  H      0   0.256    6.9547  -4.9196   1.2588
 0ZT  HZ2   H  H      0   0.256    6.0070  -5.3801  -0.9834
 0ZT  HN1   H  HNH2   0   0.408    7.8388   0.6697   3.3191
 0ZT  HN2   H  HNH2   0   0.406    8.3690   2.2995   3.2021

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0ZT  O1    C     double    1.213  0.020  1.213
 0ZT  C     O2    single    1.331  0.020  1.331
 0ZT  O2    CT    single    1.451  0.020  1.451
 0ZT  CT    C1    single    1.524  0.020  1.524
 0ZT  CT    C2    single    1.524  0.020  1.524
 0ZT  CT    C3    single    1.524  0.020  1.524
 0ZT  C1    H11   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C1    H12   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C1    H13   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C2    H21   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C2    H22   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C2    H23   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C3    H31   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C3    H32   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C3    H33   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  N     CA    single    1.458  0.019  1.458
 0ZT  N     H     single    0.860  0.020  0.860
 0ZT  CA    C4    single    1.532  0.020  1.532
 0ZT  CA    CB    single    1.521  0.033  1.521
 0ZT  CA    HA    single    0.970  0.020  0.970
 0ZT  C4    OS    single    1.413  0.020  1.413
 0ZT  C4    CM    single    1.522  0.020  1.522
 0ZT  C4    HC    single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  OS    HOS   single    0.850  0.020  0.980
 0ZT  CB    CG    single    1.503  0.020  1.503
 0ZT  CB    HB1   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  CB    HB2   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  CG    CD1   aromatic  1.392  0.020  1.392
 0ZT  CG    CD2   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0ZT  CD1   CE1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 0ZT  CD1   HD1   single    0.930  0.020  1.080
 0ZT  CD2   CE2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 0ZT  CD2   HD2   single    0.930  0.020  1.080
 0ZT  CE1   CZ    aromatic  1.388  0.020  1.388
 0ZT  CE1   HE1   single    0.930  0.020  1.080
 0ZT  CE2   CZ    aromatic  1.389  0.020  1.389
 0ZT  CE2   HE2   single    0.930  0.020  1.080
 0ZT  CZ    HZ    single    0.930  0.020  1.080
 0ZT  CM    HM1   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  CM    HM2   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  N1    CA1   single    1.441  0.020  1.441
 0ZT  N1    H1    single    0.890  0.020  1.040
 0ZT  CA1   C5    single    1.526  0.020  1.526
 0ZT  CA1   CB1   single    1.546  0.020  1.546
 0ZT  CA1   HA1   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  C5    O     double    1.220  0.020  1.220
 0ZT  CB1   CG1   single    1.501  0.020  1.501
 0ZT  CB1   HB21  single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  CB1   HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0ZT  CG1   CD11  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0ZT  CG1   CD21  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0ZT  CD11  CE11  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0ZT  CD11  HD11  single    0.930  0.020  1.080
 0ZT  CD21  CE21  aromatic  1.388  0.020  1.388
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 0ZT  CE11  CZ1   aromatic  1.388  0.020  1.388
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_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
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 0ZT  CONST_09  CE21  CD21  CG1   CD11     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_10  CE21  CZ1   CE11  CD11     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_11  CE11  CD11  CG1   CD21     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_12  CE11  CZ1   CE21  CD21     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_13  CZ2   CE12  CD12  CG3      0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_14  CZ2   CE22  CD22  CG3      0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_15  CE22  CD22  CG3   CD12     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_16  CE22  CZ2   CE12  CD12     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_17  CE12  CD12  CG3   CD22     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_18  CE12  CZ2   CE22  CD22     0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_19  CE1   CD1   CG    CB     180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_20  CE2   CD2   CG    CB     180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_21  CE11  CD11  CG1   CB1    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_22  CE21  CD21  CG1   CB1    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_23  CE12  CD12  CG3   CB3    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_24  CE22  CD22  CG3   CB3    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_25  HE1   CE1   CD1   CG     180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_26  HE2   CE2   CD2   CG     180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_27  HD2   CD2   CG    CD1    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_28  HZ    CZ    CE1   CD1    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_29  HD1   CD1   CG    CD2    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_30  HE11  CE11  CD11  CG1    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_31  HE21  CE21  CD21  CG1    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_32  HD21  CD21  CG1   CD11   180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_33  HZ1   CZ1   CE11  CD11   180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_34  HD11  CD11  CG1   CD21   180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_35  HE12  CE12  CD12  CG3    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_36  HE23  CE22  CD22  CG3    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_37  HD22  CD22  CG3   CD12   180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_38  HZ2   CZ2   CE12  CD12   180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_39  HD12  CD12  CG3   CD22   180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_40  CA2   N2    C5    CA1    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_41  CA2   N2    C5    O        0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_42  CA3   N3    C6    CA2    180.00   0.0  0
 0ZT  CONST_43  CA3   N3    C6    O3       0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_44  H2    N2    C5    CA1      0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_45  H3    N3    C6    CA2      0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_46  HN1   N4    C7    CA3      0.00   0.0  0
 0ZT  CONST_47  HN2   N4    C7    CA3    180.00   0.0  0
 0ZT  Var_01    CD1   CG    CB    CA      94.19  30.0  2
 0ZT  Var_02    CD11  CG1   CB1   CA1    100.66  30.0  2
 0ZT  Var_03    CD12  CG3   CB3   CA3     96.86  30.0  2
 0ZT  Var_04    CA    N     C     O1      16.76  30.0  2
 0ZT  Var_05    C1    CT    O2    C       66.79  30.0  3
 0ZT  Var_06    N     C     O2    CT     176.90  30.0  1
 0ZT  Var_07    CA1   N1    CM    C4    -177.78  30.0  3
 0ZT  Var_08    CD    CG2   CB2   CA2    178.68  30.0  3
 0ZT  Var_09    OE1   CD    CG2   CB2      4.30  30.0  3
 0ZT  Var_10    H11   C1    CT    O2      53.66  30.0  3
 0ZT  Var_11    H21   C2    CT    O2      61.31  30.0  3
 0ZT  Var_12    H31   C3    CT    O2      71.49  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0ZT  chir_01  CA   N   C4   CB  positiv
 0ZT  chir_02  C4   OS  CA   CM  positiv
 0ZT  chir_03  CA1  N1  CB1  C5  negativ
 0ZT  chir_04  CA2  N2  CB2  C6  negativ
 0ZT  chir_05  CA3  N3  CB3  C7  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0ZT  plan-1  CB    0.020
 0ZT  plan-1  CG    0.020
 0ZT  plan-1  CD1   0.020
 0ZT  plan-1  CD2   0.020
 0ZT  plan-1  CE1   0.020
 0ZT  plan-1  CE2   0.020
 0ZT  plan-1  CZ    0.020
 0ZT  plan-1  HD1   0.020
 0ZT  plan-1  HD2   0.020
 0ZT  plan-1  HE1   0.020
 0ZT  plan-1  HE2   0.020
 0ZT  plan-1  HZ    0.020
 0ZT  plan-2  CG2   0.020
 0ZT  plan-2  CD    0.020
 0ZT  plan-2  OE1   0.020
 0ZT  plan-2  OE2   0.020
 0ZT  plan-3  O1    0.020
 0ZT  plan-3  C     0.020
 0ZT  plan-3  O2    0.020
 0ZT  plan-3  N     0.020
 0ZT  plan-4  CB1   0.020
 0ZT  plan-4  CG1   0.020
 0ZT  plan-4  CD11  0.020
 0ZT  plan-4  CD21  0.020
 0ZT  plan-4  CE11  0.020
 0ZT  plan-4  CE21  0.020
 0ZT  plan-4  CZ1   0.020
 0ZT  plan-4  HD11  0.020
 0ZT  plan-4  HD21  0.020
 0ZT  plan-4  HE11  0.020
 0ZT  plan-4  HE21  0.020
 0ZT  plan-4  HZ1   0.020
 0ZT  plan-5  CB3   0.020
 0ZT  plan-5  CG3   0.020
 0ZT  plan-5  CD12  0.020
 0ZT  plan-5  CD22  0.020
 0ZT  plan-5  CE12  0.020
 0ZT  plan-5  CE22  0.020
 0ZT  plan-5  CZ2   0.020
 0ZT  plan-5  HD12  0.020
 0ZT  plan-5  HD22  0.020
 0ZT  plan-5  HE12  0.020
 0ZT  plan-5  HE23  0.020
 0ZT  plan-5  HZ2   0.020
 0ZT  plan-6  CA1   0.020
 0ZT  plan-6  C5    0.020
 0ZT  plan-6  O     0.020
 0ZT  plan-6  N2    0.020
 0ZT  plan-6  CA2   0.020
 0ZT  plan-6  H2    0.020
 0ZT  plan-7  CA2   0.020
 0ZT  plan-7  C6    0.020
 0ZT  plan-7  O3    0.020
 0ZT  plan-7  N3    0.020
 0ZT  plan-7  CA3   0.020
 0ZT  plan-7  H3    0.020
 0ZT  plan-8  CA3   0.020
 0ZT  plan-8  C7    0.020
 0ZT  plan-8  O4    0.020
 0ZT  plan-8  N4    0.020
 0ZT  plan-8  HN1   0.020
 0ZT  plan-8  HN2   0.020

