# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 18 19:54:47 2020
#   Inital geometry file: a 106 line input string
#   Ligand name: (1R)-6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-phenyl-2,3-dihydro-1H-inden-1-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1onc(C)c1c2ccc3CC[C@@](O)(c4ccccc4)c3c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0Q1  0Q1  (1R)-6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-phenyl-2,3-dihydro-1H-inden-1-ol  ligand  42  23  .  2022-07-22  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_0Q1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0Q1  CAU  C  CH3   0  -0.759   4.6577   1.4136   0.4848
 0Q1  CAT  C  CR5   0   0.417   4.0001   0.0890   0.4207
 0Q1  OAV  O  O     0  -0.347   4.7477  -0.9871   0.6772
 0Q1  NAW  N  N     0  -0.182   3.9857  -2.1166   0.5884
 0Q1  CAB  C  CR5   0   0.250   2.7829  -1.7256   0.2874
 0Q1  CAA  C  CH3   0  -0.749   1.6819  -2.7080   0.1008
 0Q1  CAC  C  CR5   0  -0.184   2.7250  -0.3046   0.1591
 0Q1  CAD  C  CR6   0   0.050   1.5631   0.5161  -0.1912
 0Q1  CAR  C  CR16  0  -0.374   0.3468   0.3318   0.4668
 0Q1  CAQ  C  CR56  0   0.147  -0.7424   1.1075   0.1135
 0Q1  CAE  C  CR16  0  -0.323   1.6512   1.4877  -1.1941
 0Q1  CAF  C  CR16  0  -0.304   0.5566   2.2700  -1.5354
 0Q1  CAG  C  CR56  0   0.081  -0.6485   2.0739  -0.8765
 0Q1  CAH  C  CH2   0  -0.511  -1.9619   2.7752  -1.0717
 0Q1  CAI  C  CH2   0  -0.512  -2.7714   2.3498   0.1645
 0Q1  CAJ  C  CR5   0   0.131  -2.1433   1.0327   0.6831
 0Q1  OAS  O  OH1   0  -0.658  -2.0490   0.9954   2.0871
 0Q1  CAK  C  CR6   0   0.094  -2.8141  -0.2316   0.1546
 0Q1  CAL  C  CR16  0  -0.300  -2.6653  -1.4335   0.8472
 0Q1  CAM  C  CR16  0  -0.235  -3.2235  -2.6083   0.3638
 0Q1  CAN  C  CR16  0  -0.271  -3.9448  -2.6054  -0.8224
 0Q1  CAO  C  CR16  0  -0.235  -4.0991  -1.4159  -1.5200
 0Q1  CAP  C  CR16  0  -0.315  -3.5384  -0.2413  -1.0351
 0Q1  H1   H  HCH3  0   0.272   5.2395   1.5181   1.4010
 0Q1  H2   H  HCH3  0   0.271   5.3355   1.5614  -0.3577
 0Q1  H3   H  HCH3  0   0.263   3.9124   2.2053   0.4603
 0Q1  H4   H  HCH3  0   0.258   0.9608  -2.6502   0.9161
 0Q1  H5   H  HCH3  0   0.258   1.1413  -2.5083  -0.8239
 0Q1  H6   H  HCH3  0   0.265   2.0707  -3.7237   0.0648
 0Q1  H7   H  HCR6  0   0.246   0.2616  -0.4061   1.2554
 0Q1  H8   H  HCR6  0   0.253   2.5864   1.6214  -1.7239
 0Q1  H9   H  HCR6  0   0.252   0.6482   3.0192  -2.3123
 0Q1  H10  H  HCH2  0   0.261  -1.8521   3.8585  -1.1420
 0Q1  H11  H  HCH2  0   0.254  -2.4356   2.4513  -2.0027
 0Q1  H12  H  HCH2  0   0.266  -2.6390   3.0970   0.9488
 0Q1  H13  H  HCH2  0   0.250  -3.8413   2.2684  -0.0290
 0Q1  H14  H  HOH1  0   0.451  -2.9347   0.8854   2.4508
 0Q1  H15  H  HCR6  0   0.253  -2.1070  -1.4600   1.7738
 0Q1  H16  H  HCR6  0   0.253  -3.0948  -3.5288   0.9189
 0Q1  H17  H  HCR6  0   0.255  -4.3834  -3.5207  -1.1983
 0Q1  H18  H  HCR6  0   0.255  -4.6618  -1.3966  -2.4446
 0Q1  H19  H  HCR6  0   0.252  -3.6764   0.6702  -1.6018

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0Q1  CAO  CAN  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0Q1  CAO  CAP  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0Q1  CAN  CAM  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0Q1  CAP  CAK  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0Q1  CAM  CAL  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0Q1  CAK  CAL  aromatic  1.395  0.020  1.395
 0Q1  CAK  CAJ  single    1.526  0.020  1.526
 0Q1  OAS  CAJ  single    1.408  0.020  1.408
 0Q1  CAJ  CAI  single    1.549  0.020  1.549
 0Q1  CAJ  CAQ  single    1.514  0.020  1.514
 0Q1  CAI  CAH  single    1.538  0.020  1.538
 0Q1  CAQ  CAR  aromatic  1.383  0.020  1.383
 0Q1  CAQ  CAG  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0Q1  CAR  CAD  aromatic  1.395  0.020  1.395
 0Q1  CAU  CAT  single    1.480  0.020  1.480
 0Q1  CAH  CAG  single    1.502  0.020  1.502
 0Q1  CAG  CAF  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0Q1  CAT  OAV  aromatic  1.335  0.020  1.335
 0Q1  CAT  CAC  aromatic  1.360  0.020  1.360
 0Q1  CAD  CAC  single    1.465  0.020  1.465
 0Q1  CAD  CAE  aromatic  1.399  0.020  1.399
 0Q1  OAV  NAW  aromatic  1.365  0.020  1.365
 0Q1  CAC  CAB  aromatic  1.428  0.020  1.428
 0Q1  CAF  CAE  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0Q1  NAW  CAB  aromatic  1.300  0.020  1.300
 0Q1  CAB  CAA  single    1.487  0.020  1.487
 0Q1  CAU  H1   single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAU  H2   single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAU  H3   single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAA  H4   single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAA  H5   single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAA  H6   single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAR  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0Q1  CAE  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0Q1  CAF  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0Q1  CAH  H10  single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAH  H11  single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAI  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  CAI  H13  single    0.970  0.020  1.090
 0Q1  OAS  H14  single    0.850  0.020  0.980
 0Q1  CAL  H15  single    0.930  0.020  1.080
 0Q1  CAM  H16  single    0.930  0.020  1.080
 0Q1  CAN  H17  single    0.930  0.020  1.080
 0Q1  CAO  H18  single    0.930  0.020  1.080
 0Q1  CAP  H19  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0Q1  H3   CAU  H2   108.04  3.000
 0Q1  H3   CAU  H1   108.36  3.000
 0Q1  H2   CAU  H1   107.71  3.000
 0Q1  H3   CAU  CAT  110.24  3.000
 0Q1  H2   CAU  CAT  111.32  3.000
 0Q1  H1   CAU  CAT  111.04  3.000
 0Q1  CAC  CAT  OAV  109.19  3.000
 0Q1  CAC  CAT  CAU  133.14  3.000
 0Q1  OAV  CAT  CAU  117.66  3.000
 0Q1  NAW  OAV  CAT  109.98  3.000
 0Q1  CAB  NAW  OAV  106.41  3.000
 0Q1  CAC  CAB  CAA  128.03  3.000
 0Q1  CAA  CAB  NAW  121.01  3.000
 0Q1  CAC  CAB  NAW  110.95  3.000
 0Q1  H6   CAA  H5   108.68  3.000
 0Q1  H6   CAA  H4   108.10  3.000
 0Q1  H5   CAA  H4   107.27  3.000
 0Q1  H6   CAA  CAB  110.87  3.000
 0Q1  H5   CAA  CAB  110.65  3.000
 0Q1  H4   CAA  CAB  111.15  3.000
 0Q1  CAD  CAC  CAB  127.67  3.000
 0Q1  CAB  CAC  CAT  103.45  3.000
 0Q1  CAD  CAC  CAT  128.87  3.000
 0Q1  CAE  CAD  CAR  118.99  3.000
 0Q1  CAE  CAD  CAC  120.70  3.000
 0Q1  CAR  CAD  CAC  120.31  3.000
 0Q1  H7   CAR  CAQ  120.40  3.000
 0Q1  H7   CAR  CAD  120.12  3.000
 0Q1  CAQ  CAR  CAD  119.47  3.000
 0Q1  CAJ  CAQ  CAG  111.44  3.000
 0Q1  CAG  CAQ  CAR  121.33  3.000
 0Q1  CAJ  CAQ  CAR  127.22  3.000
 0Q1  H8   CAE  CAF  119.41  3.000
 0Q1  H8   CAE  CAD  119.39  3.000
 0Q1  CAF  CAE  CAD  121.20  3.000
 0Q1  H9   CAF  CAG  120.78  3.000
 0Q1  H9   CAF  CAE  119.97  3.000
 0Q1  CAG  CAF  CAE  119.25  3.000
 0Q1  CAH  CAG  CAF  129.20  3.000
 0Q1  CAF  CAG  CAQ  119.75  3.000
 0Q1  CAH  CAG  CAQ  111.05  3.000
 0Q1  H11  CAH  H10  106.42  3.000
 0Q1  H11  CAH  CAI  111.99  3.000
 0Q1  H10  CAH  CAI  112.30  3.000
 0Q1  H11  CAH  CAG  110.56  3.000
 0Q1  H10  CAH  CAG  112.59  3.000
 0Q1  CAI  CAH  CAG  103.11  3.000
 0Q1  H13  CAI  H12  107.32  3.000
 0Q1  H13  CAI  CAJ  113.20  3.000
 0Q1  H12  CAI  CAJ  107.01  3.000
 0Q1  H13  CAI  CAH  113.24  3.000
 0Q1  H12  CAI  CAH  108.93  3.000
 0Q1  CAJ  CAI  CAH  106.92  3.000
 0Q1  CAK  CAJ  OAS  110.67  3.000
 0Q1  OAS  CAJ  CAI  112.57  3.000
 0Q1  CAK  CAJ  CAI  114.24  3.000
 0Q1  CAI  CAJ  CAQ  101.96  3.000
 0Q1  OAS  CAJ  CAQ  108.33  3.000
 0Q1  CAK  CAJ  CAQ  108.50  3.000
 0Q1  H14  OAS  CAJ  108.54  3.000
 0Q1  CAP  CAK  CAL  118.26  3.000
 0Q1  CAL  CAK  CAJ  119.68  3.000
 0Q1  CAP  CAK  CAJ  122.02  3.000
 0Q1  H15  CAL  CAM  119.02  3.000
 0Q1  H15  CAL  CAK  120.08  3.000
 0Q1  CAM  CAL  CAK  120.90  3.000
 0Q1  H16  CAM  CAN  120.11  3.000
 0Q1  H16  CAM  CAL  119.57  3.000
 0Q1  CAN  CAM  CAL  120.33  3.000
 0Q1  H17  CAN  CAO  120.35  3.000
 0Q1  H17  CAN  CAM  120.37  3.000
 0Q1  CAO  CAN  CAM  119.28  3.000
 0Q1  H18  CAO  CAP  119.54  3.000
 0Q1  H18  CAO  CAN  120.16  3.000
 0Q1  CAP  CAO  CAN  120.30  3.000
 0Q1  H19  CAP  CAO  118.55  3.000
 0Q1  H19  CAP  CAK  120.52  3.000
 0Q1  CAO  CAP  CAK  120.93  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0Q1  CONST_01  CAB  NAW  OAV  CAT    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_04  NAW  CAB  CAC  CAT    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_05  CAD  CAC  CAT  OAV  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_06  CAB  CAC  CAT  OAV    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_07  CAC  CAB  NAW  OAV    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_08  CAC  CAT  OAV  NAW    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_09  CAD  CAC  CAB  NAW  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_12  CAQ  CAR  CAD  CAC  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_13  CAF  CAE  CAD  CAC  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_14  CAG  CAQ  CAR  CAD    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_15  CAG  CAF  CAE  CAD    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_16  CAF  CAG  CAQ  CAR    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_17  CAF  CAE  CAD  CAR    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_18  CAE  CAD  CAR  CAQ    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_19  CAE  CAF  CAG  CAQ    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_20  CAN  CAO  CAP  CAK    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_21  CAN  CAM  CAL  CAK    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_22  CAO  CAN  CAM  CAL    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_23  CAO  CAP  CAK  CAL    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_24  CAP  CAO  CAN  CAM    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_25  CAP  CAK  CAL  CAM    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_26  CAO  CAP  CAK  CAJ  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_27  CAM  CAL  CAK  CAJ  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_28  NAW  OAV  CAT  CAU  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_29  CAD  CAC  CAT  CAU    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_30  CAB  CAC  CAT  CAU  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_31  CAA  CAB  CAC  CAT  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_32  CAA  CAB  NAW  OAV  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_33  CAD  CAC  CAB  CAA    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_34  H7   CAR  CAD  CAC    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_35  H8   CAE  CAD  CAC    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_36  H9   CAF  CAE  CAD  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_37  H19  CAP  CAK  CAJ    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_38  H15  CAL  CAK  CAJ    0.00   0.0  0
 0Q1  CONST_39  H18  CAO  CAP  CAK  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_40  H16  CAM  CAL  CAK  180.00   0.0  0
 0Q1  CONST_41  H17  CAN  CAM  CAL  180.00   0.0  0
 0Q1  Var_01    CAI  CAH  CAG  CAQ   13.51  30.0  1
 0Q1  Var_02    CAJ  CAI  CAH  CAG  -22.40  30.0  1
 0Q1  Var_03    H1   CAU  CAT  OAV  -48.32  30.0  2
 0Q1  Var_04    H4   CAA  CAB  NAW  109.66  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0Q1  chir_01  CAJ  CAK  CAI  CAQ  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0Q1  plan-1  CAU  0.020
 0Q1  plan-1  CAT  0.020
 0Q1  plan-1  OAV  0.020
 0Q1  plan-1  NAW  0.020
 0Q1  plan-1  CAB  0.020
 0Q1  plan-1  CAA  0.020
 0Q1  plan-1  CAC  0.020
 0Q1  plan-1  CAD  0.020
 0Q1  plan-2  CAJ  0.020
 0Q1  plan-2  CAK  0.020
 0Q1  plan-2  CAL  0.020
 0Q1  plan-2  CAM  0.020
 0Q1  plan-2  CAN  0.020
 0Q1  plan-2  CAO  0.020
 0Q1  plan-2  CAP  0.020
 0Q1  plan-2  H15  0.020
 0Q1  plan-2  H16  0.020
 0Q1  plan-2  H17  0.020
 0Q1  plan-2  H18  0.020
 0Q1  plan-2  H19  0.020
 0Q1  plan-3  CAC  0.020
 0Q1  plan-3  CAD  0.020
 0Q1  plan-3  CAR  0.020
 0Q1  plan-3  CAQ  0.020
 0Q1  plan-3  CAE  0.020
 0Q1  plan-3  CAF  0.020
 0Q1  plan-3  CAG  0.020
 0Q1  plan-3  CAH  0.020
 0Q1  plan-3  CAJ  0.020
 0Q1  plan-3  H7   0.020
 0Q1  plan-3  H8   0.020
 0Q1  plan-3  H9   0.020

