# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 19 01:38:26 2020
#   Inital geometry file: a 128 line input string
#   Ligand name: 2-({3-[(3,5-dibromo-2-ethoxybenzyl)amino]propyl}amino)quinolin-4(1H)-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCOc1c(Br)cc(Br)cc1CNCCCNC2=CC(=O)c3ccccc3N2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0OT  0OT  2-({3-[(3,5-dibromo-2-ethoxybenzyl)amino]propyl}amino)quinolin-4(1H)-one  ligand  51  28  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0OT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0OT  CAA  C   CH3   0  -0.688    1.6231   3.7985   1.8267
 0OT  CAL  C   CH2   0  -0.177    2.6439   2.6929   1.7280
 0OT  OAT  O   O2    0  -0.471    2.4464   2.0168   0.4783
 0OT  CAY  C   CR6   0   0.395    3.2320   0.9389   0.2724
 0OT  CAV  C   CR6   0  -0.202    4.4693   1.0718  -0.3542
 0OT  BR2  BR  BR    0  -0.013    5.0335   2.7720  -0.9305
 0OT  CAI  C   CR16  0  -0.224    5.2854  -0.0244  -0.5977
 0OT  CAU  C   CR6   0  -0.110    4.8449  -1.2718  -0.1911
 0OT  BR1  BR  BR    0  -0.032    5.9347  -2.7793  -0.5017
 0OT  CAJ  C   CR16  0  -0.273    3.6149  -1.4322   0.4287
 0OT  CAX  C   CR6   0   0.008    2.8031  -0.3317   0.6678
 0OT  CAP  C   CH2   0  -0.328    1.4380  -0.5276   1.2703
 0OT  NAQ  N   NH1   0  -0.585    0.4253  -0.4832   0.2330
 0OT  CAN  C   CH2   0  -0.254   -0.9215  -0.5220   0.7684
 0OT  CAM  C   CH2   0  -0.492   -1.9455  -0.4879  -0.3531
 0OT  CAO  C   CH2   0  -0.288   -3.3674  -0.4713   0.1828
 0OT  NAR  N   NH1   0  -0.687   -4.3077  -0.4545  -0.9179
 0OT  CAW  C   CR6   0   0.692   -5.6410  -0.3465  -0.8107
 0OT  CAK  C   CR16  0  -0.619   -6.4796  -0.4525  -1.9111
 0OT  CAZ  C   CR6   0   0.433   -7.8862  -0.3197  -1.8120
 0OT  OAB  O   O     0  -0.519   -8.6603  -0.4051  -2.7769
 0OT  CBB  C   CR66  0  -0.115   -8.3985  -0.0683  -0.4492
 0OT  CAH  C   CR16  0  -0.306   -9.7675   0.0743  -0.2070
 0OT  CAF  C   CR16  0  -0.258  -10.2447   0.3044   1.0662
 0OT  CAE  C   CR16  0  -0.257   -9.3476   0.3981   2.1327
 0OT  CAG  C   CR16  0  -0.321   -7.9920   0.2614   1.9224
 0OT  CBA  C   CR66  0   0.369   -7.5140   0.0271   0.6297
 0OT  NAS  N   NR16  0  -0.795   -6.1614  -0.1144   0.4162
 0OT  H1   H   HCH3  0   0.234    0.6073   3.4033   1.8038
 0OT  H2   H   HCH3  0   0.239    1.7539   4.3322   2.7674
 0OT  H3   H   HCH3  0   0.236    1.7369   4.5159   1.0141
 0OT  H4   H   HCH2  0   0.229    3.6592   3.0967   1.7811
 0OT  H5   H   HCH2  0   0.226    2.5300   1.9858   2.5554
 0OT  H6   H   HCR6  0   0.301    6.2402   0.0993  -1.0902
 0OT  H7   H   HCR6  0   0.284    3.2726  -2.4140   0.7307
 0OT  H8   H   HCH2  0   0.226    1.4318  -1.4681   1.8401
 0OT  H9   H   HCH2  0   0.244    1.2221   0.2619   1.9923
 0OT  H10  H   HNH1  0   0.344    0.5589  -1.2751  -0.3861
 0OT  H12  H   HCH2  0   0.198   -1.1018  -1.4010   1.4075
 0OT  H13  H   HCH2  0   0.223   -1.0545   0.3545   1.4105
 0OT  H14  H   HCH2  0   0.244   -1.7798   0.3965  -0.9729
 0OT  H15  H   HCH2  0   0.240   -1.8132  -1.3636  -0.9970
 0OT  H16  H   HCH2  0   0.245   -3.5330  -1.3412   0.8290
 0OT  H17  H   HCH2  0   0.245   -3.4999   0.4214   0.8017
 0OT  H18  H   HNH1  0   0.411   -3.9619  -0.7262  -1.8239
 0OT  H19  H   HCR6  0   0.254   -6.0328  -0.6424  -2.8792
 0OT  H21  H   HCR6  0   0.258  -10.4526  -0.0006  -1.0409
 0OT  H22  H   HCR6  0   0.257  -11.3070   0.4105   1.2401
 0OT  H23  H   HCR6  0   0.265   -9.7137   0.5792   3.1347
 0OT  H24  H   HCR6  0   0.275   -7.2974   0.3325   2.7505
 0OT  H11  H   HNR6  0   0.435   -5.5508  -0.0432   1.2161

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0OT  CAF  CAE  aromatic  1.397  0.020  1.397
 0OT  CAF  CAH  aromatic  1.379  0.020  1.379
 0OT  CAE  CAG  aromatic  1.379  0.020  1.379
 0OT  CAH  CBB  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0OT  CAG  CBA  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0OT  CBB  CBA  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0OT  CBB  CAZ  single    1.478  0.020  1.478
 0OT  OAB  CAZ  double    1.240  0.020  1.240
 0OT  CBA  NAS  single    1.377  0.020  1.377
 0OT  CAZ  CAK  single    1.416  0.020  1.416
 0OT  NAS  CAW  single    1.353  0.020  1.353
 0OT  CAK  CAW  double    1.388  0.020  1.388
 0OT  CAW  NAR  single    1.342  0.020  1.342
 0OT  NAR  CAO  single    1.448  0.020  1.448
 0OT  CAO  CAM  single    1.520  0.020  1.520
 0OT  CAM  CAN  single    1.519  0.020  1.519
 0OT  CAN  NAQ  single    1.450  0.020  1.450
 0OT  NAQ  CAP  single    1.450  0.020  1.450
 0OT  CAL  CAA  single    1.508  0.020  1.508
 0OT  CAL  OAT  single    1.435  0.020  1.435
 0OT  BR2  CAV  single    1.882  0.020  1.882
 0OT  OAT  CAY  single    1.350  0.020  1.350
 0OT  CAV  CAY  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0OT  CAV  CAI  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0OT  CAY  CAX  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0OT  CAI  CAU  aromatic  1.384  0.020  1.384
 0OT  CAX  CAP  single    1.505  0.020  1.505
 0OT  CAX  CAJ  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0OT  CAU  CAJ  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0OT  CAU  BR1  single    1.886  0.020  1.886
 0OT  CAA  H1   single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAA  H2   single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAA  H3   single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAL  H4   single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAL  H5   single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAI  H6   single    0.930  0.020  1.080
 0OT  CAJ  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0OT  CAP  H8   single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAP  H9   single    0.970  0.020  1.090
 0OT  NAQ  H10  single    0.890  0.020  1.040
 0OT  CAN  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAN  H13  single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAM  H14  single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAM  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAO  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0OT  CAO  H17  single    0.970  0.020  1.090
 0OT  NAR  H18  single    0.860  0.020  1.020
 0OT  CAK  H19  single    0.930  0.020  1.080
 0OT  CAH  H21  single    0.930  0.020  1.080
 0OT  CAF  H22  single    0.930  0.020  1.080
 0OT  CAE  H23  single    0.930  0.020  1.080
 0OT  CAG  H24  single    0.930  0.020  1.080
 0OT  NAS  H11  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0OT  H3   CAA  H2   107.99  3.000
 0OT  H3   CAA  H1   108.67  3.000
 0OT  H2   CAA  H1   107.91  3.000
 0OT  H3   CAA  CAL  111.29  3.000
 0OT  H2   CAA  CAL  109.54  3.000
 0OT  H1   CAA  CAL  111.32  3.000
 0OT  H5   CAL  H4   107.36  3.000
 0OT  H5   CAL  OAT  109.86  3.000
 0OT  H4   CAL  OAT  110.12  3.000
 0OT  H5   CAL  CAA  110.72  3.000
 0OT  H4   CAL  CAA  110.76  3.000
 0OT  OAT  CAL  CAA  108.02  3.000
 0OT  CAY  OAT  CAL  115.42  3.000
 0OT  CAX  CAY  CAV  119.10  3.000
 0OT  CAX  CAY  OAT  120.27  3.000
 0OT  CAV  CAY  OAT  120.62  3.000
 0OT  CAI  CAV  BR2  118.91  3.000
 0OT  CAI  CAV  CAY  121.71  3.000
 0OT  BR2  CAV  CAY  119.35  3.000
 0OT  H6   CAI  CAU  121.18  3.000
 0OT  H6   CAI  CAV  120.58  3.000
 0OT  CAU  CAI  CAV  118.24  3.000
 0OT  CAJ  CAU  BR1  119.58  3.000
 0OT  BR1  CAU  CAI  119.22  3.000
 0OT  CAJ  CAU  CAI  121.19  3.000
 0OT  H7   CAJ  CAX  119.08  3.000
 0OT  H7   CAJ  CAU  120.66  3.000
 0OT  CAX  CAJ  CAU  120.26  3.000
 0OT  CAP  CAX  CAJ  119.74  3.000
 0OT  CAJ  CAX  CAY  119.50  3.000
 0OT  CAP  CAX  CAY  120.65  3.000
 0OT  H9   CAP  H8   105.95  3.000
 0OT  H9   CAP  NAQ  108.23  3.000
 0OT  H8   CAP  NAQ  113.14  3.000
 0OT  H9   CAP  CAX  110.49  3.000
 0OT  H8   CAP  CAX  108.90  3.000
 0OT  NAQ  CAP  CAX  110.06  3.000
 0OT  H10  NAQ  CAN  109.08  3.000
 0OT  H10  NAQ  CAP  108.71  3.000
 0OT  CAN  NAQ  CAP  112.57  3.000
 0OT  H13  CAN  H12  106.18  3.000
 0OT  H13  CAN  CAM  109.47  3.000
 0OT  H12  CAN  CAM  109.63  3.000
 0OT  H13  CAN  NAQ  107.94  3.000
 0OT  H12  CAN  NAQ  112.80  3.000
 0OT  CAM  CAN  NAQ  110.67  3.000
 0OT  H15  CAM  H14  107.18  3.000
 0OT  H15  CAM  CAO  109.22  3.000
 0OT  H14  CAM  CAO  109.46  3.000
 0OT  H15  CAM  CAN  109.56  3.000
 0OT  H14  CAM  CAN  109.56  3.000
 0OT  CAO  CAM  CAN  111.76  3.000
 0OT  H17  CAO  H16  107.20  3.000
 0OT  H17  CAO  NAR  109.99  3.000
 0OT  H16  CAO  NAR  111.05  3.000
 0OT  H17  CAO  CAM  108.77  3.000
 0OT  H16  CAO  CAM  109.91  3.000
 0OT  NAR  CAO  CAM  109.86  3.000
 0OT  H18  NAR  CAW  115.78  3.000
 0OT  H18  NAR  CAO  117.24  3.000
 0OT  CAW  NAR  CAO  125.84  3.000
 0OT  NAS  CAW  CAK  119.99  3.000
 0OT  CAK  CAW  NAR  122.07  3.000
 0OT  NAS  CAW  NAR  117.94  3.000
 0OT  H19  CAK  CAZ  119.25  3.000
 0OT  H19  CAK  CAW  118.23  3.000
 0OT  CAZ  CAK  CAW  122.52  3.000
 0OT  CBB  CAZ  OAB  120.86  3.000
 0OT  OAB  CAZ  CAK  123.99  3.000
 0OT  CBB  CAZ  CAK  115.14  3.000
 0OT  CBA  CBB  CAH  118.62  3.000
 0OT  CBA  CBB  CAZ  120.26  3.000
 0OT  CAH  CBB  CAZ  121.12  3.000
 0OT  H21  CAH  CAF  120.27  3.000
 0OT  H21  CAH  CBB  118.67  3.000
 0OT  CAF  CAH  CBB  121.06  3.000
 0OT  H22  CAF  CAE  120.09  3.000
 0OT  H22  CAF  CAH  120.31  3.000
 0OT  CAE  CAF  CAH  119.60  3.000
 0OT  H23  CAE  CAG  119.37  3.000
 0OT  H23  CAE  CAF  120.07  3.000
 0OT  CAG  CAE  CAF  120.56  3.000
 0OT  H24  CAG  CBA  119.91  3.000
 0OT  H24  CAG  CAE  120.50  3.000
 0OT  CBA  CAG  CAE  119.59  3.000
 0OT  NAS  CBA  CAG  119.77  3.000
 0OT  NAS  CBA  CBB  119.66  3.000
 0OT  CAG  CBA  CBB  120.57  3.000
 0OT  H11  NAS  CBA  117.67  3.000
 0OT  H11  NAS  CAW  119.89  3.000
 0OT  CBA  NAS  CAW  122.43  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0OT  CONST_01  CAU  CAI  CAV  CAY     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_02  CAU  CAJ  CAX  CAY     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_03  CAJ  CAX  CAY  CAV     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_04  CAJ  CAU  CAI  CAV     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_05  CAX  CAY  CAV  CAI     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_06  CAX  CAJ  CAU  CAI     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_07  CAE  CAF  CAH  CBB     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_08  CAE  CAG  CBA  CBB     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_09  CAG  CAE  CAF  CAH     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_10  CAG  CBA  CBB  CAH     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_11  CBA  CAG  CAE  CAF     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_12  CBA  CBB  CAH  CAF     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_13  CBA  NAS  CAW  CAK     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_14  CAI  CAV  CAY  OAT   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_15  CAJ  CAX  CAY  OAT   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_16  CAP  CAX  CAY  CAV   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_17  BR1  CAU  CAI  CAV   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_18  CAX  CAY  CAV  BR2   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_19  CAU  CAI  CAV  BR2   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_20  CAP  CAX  CAJ  CAU   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_21  CAX  CAJ  CAU  BR1   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_22  CBA  NAS  CAW  NAR   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_23  H6   CAI  CAV  CAY   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_24  H7   CAJ  CAX  CAY   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_25  H21  CAH  CBB  CAZ     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_26  H22  CAF  CAH  CBB   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_27  H24  CAG  CBA  CBB   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_28  H23  CAE  CAF  CAH   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_29  H11  NAS  CAW  CAK   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_30  NAS  CAW  NAR  CAO     0.00   0.0  0
 0OT  CONST_31  CAK  CAW  NAR  CAO   180.00   0.0  0
 0OT  CONST_32  H18  NAR  CAW  CAK     0.00   0.0  0
 0OT  Var_01    CAV  CAY  OAT  CAL   -90.44  30.0  2
 0OT  Var_02    NAQ  CAP  CAX  CAY    76.34  30.0  2
 0OT  Var_03    CAN  NAQ  CAP  CAX  -173.77  30.0  1
 0OT  Var_04    CAW  NAR  CAO  CAM  -175.21  30.0  2
 0OT  Var_05    H4   CAL  OAT  CAY    62.94  30.0  1
 0OT  Var_06    CAM  CAN  NAQ  CAP  -179.41  30.0  1
 0OT  Var_07    CAO  CAM  CAN  NAQ  -177.72  30.0  2
 0OT  Var_08    NAR  CAO  CAM  CAN  -179.35  30.0  1
 0OT  Var_09    H1   CAA  CAL  OAT    60.97  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0OT  plan-1  OAT  0.020
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 0OT  plan-1  CAV  0.020
 0OT  plan-1  BR2  0.020
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 0OT  plan-1  CAU  0.020
 0OT  plan-1  BR1  0.020
 0OT  plan-1  CAJ  0.020
 0OT  plan-1  CAX  0.020
 0OT  plan-1  CAP  0.020
 0OT  plan-1  H6   0.020
 0OT  plan-1  H7   0.020
 0OT  plan-2  CAO  0.020
 0OT  plan-2  NAR  0.020
 0OT  plan-2  CAW  0.020
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 0OT  plan-2  CAZ  0.020
 0OT  plan-2  OAB  0.020
 0OT  plan-2  CBB  0.020
 0OT  plan-2  CAH  0.020
 0OT  plan-2  CAF  0.020
 0OT  plan-2  CAE  0.020
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 0OT  plan-2  H21  0.020
 0OT  plan-2  H22  0.020
 0OT  plan-2  H23  0.020
 0OT  plan-2  H24  0.020
 0OT  plan-2  H11  0.020

