# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 17 22:47:26 2020
#   Inital geometry file: a 79 line input string
#   Ligand name: [3-(benzyloxy)phenyl]methanol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OCc1cccc(OCc2ccccc2)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0OP  0OP  '[3-(benzyloxy)phenyl]methanol'  ligand  30  16  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0OP
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0OP  CAF  C  CR16  0  -0.285  -3.1131  -0.0532  -1.1056
 0OP  CAC  C  CR16  0  -0.243  -4.3241   0.6025  -1.2701
 0OP  CAB  C  CR16  0  -0.262  -5.0439   1.0253  -0.1583
 0OP  CAD  C  CR16  0  -0.241  -4.5473   0.7886   1.1156
 0OP  CAG  C  CR16  0  -0.302  -3.3318   0.1345   1.2765
 0OP  CAN  C  CR6   0   0.100  -2.6075  -0.2942   0.1700
 0OP  CAL  C  CH2   0  -0.268  -1.2898  -0.9886   0.3383
 0OP  OAM  O  O2    0  -0.471  -0.2708  -0.0589  -0.0020
 0OP  CAP  C  CR6   0   0.400   1.0139  -0.4705   0.0275
 0OP  CAJ  C  CR16  0  -0.380   1.9661   0.4705  -0.3638
 0OP  CAI  C  CR16  0  -0.391   1.4242  -1.7447   0.4147
 0OP  CAE  C  CR16  0  -0.229   2.7790  -2.0554   0.4023
 0OP  CAH  C  CR16  0  -0.321   3.7239  -1.1203   0.0124
 0OP  CAO  C  CR6   0   0.103   3.3163   0.1535  -0.3786
 0OP  CAK  C  CH2   0  -0.229   4.3224   1.1991  -0.7687
 0OP  OAA  O  OH1   0  -0.668   4.5357   2.0422   0.3459
 0OP  H1   H  HCR6  0   0.254  -2.5603  -0.3861  -1.9762
 0OP  H2   H  HCR6  0   0.258  -4.7098   0.7809  -2.2654
 0OP  H3   H  HCR6  0   0.259  -5.9899   1.5354  -0.2875
 0OP  H4   H  HCR6  0   0.258  -5.1042   1.1116   1.9856
 0OP  H5   H  HCR6  0   0.255  -2.9468  -0.0466   2.2730
 0OP  H6   H  HCH2  0   0.243  -1.1682  -1.3336   1.3703
 0OP  H7   H  HCH2  0   0.241  -1.2334  -1.8658  -0.3158
 0OP  H8   H  HCR6  0   0.256   1.6351   1.4562  -0.6711
 0OP  H9   H  HCR6  0   0.281   0.7139  -2.5002   0.7222
 0OP  H10  H  HCR6  0   0.259   3.0921  -3.0460   0.7057
 0OP  H11  H  HCR6  0   0.248   4.7757  -1.3783   0.0092
 0OP  H12  H  HCH2  0   0.209   5.2510   0.7101  -1.0868
 0OP  H13  H  HCH2  0   0.210   3.9467   1.7641  -1.6298
 0OP  H14  H  HOH1  0   0.455   5.1033   2.7657   0.0630

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0OP  CAB  CAD  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0OP  CAB  CAC  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OP  CAD  CAG  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OP  CAC  CAF  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0OP  CAG  CAN  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OP  CAF  CAN  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0OP  CAN  CAL  single    1.499  0.020  1.499
 0OP  CAI  CAE  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OP  CAI  CAP  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0OP  CAE  CAH  aromatic  1.385  0.020  1.385
 0OP  CAL  OAM  single    1.421  0.020  1.421
 0OP  OAM  CAP  single    1.349  0.020  1.349
 0OP  CAP  CAJ  aromatic  1.395  0.020  1.395
 0OP  OAA  CAK  single    1.414  0.020  1.414
 0OP  CAH  CAO  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0OP  CAJ  CAO  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0OP  CAO  CAK  single    1.503  0.020  1.503
 0OP  CAF  H1   single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAC  H2   single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAB  H3   single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAD  H4   single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAG  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAL  H6   single    0.970  0.020  1.090
 0OP  CAL  H7   single    0.970  0.020  1.090
 0OP  CAJ  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAI  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAE  H10  single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAH  H11  single    0.930  0.020  1.080
 0OP  CAK  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0OP  CAK  H13  single    0.970  0.020  1.090
 0OP  OAA  H14  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0OP  H1   CAF  CAN  119.82  3.000
 0OP  H1   CAF  CAC  119.69  3.000
 0OP  CAN  CAF  CAC  120.48  3.000
 0OP  H2   CAC  CAB  120.05  3.000
 0OP  H2   CAC  CAF  119.89  3.000
 0OP  CAB  CAC  CAF  120.07  3.000
 0OP  H3   CAB  CAD  120.18  3.000
 0OP  H3   CAB  CAC  120.03  3.000
 0OP  CAD  CAB  CAC  119.80  3.000
 0OP  H4   CAD  CAG  119.83  3.000
 0OP  H4   CAD  CAB  120.19  3.000
 0OP  CAG  CAD  CAB  119.97  3.000
 0OP  H5   CAG  CAN  119.69  3.000
 0OP  H5   CAG  CAD  119.73  3.000
 0OP  CAN  CAG  CAD  120.58  3.000
 0OP  CAL  CAN  CAG  120.76  3.000
 0OP  CAL  CAN  CAF  120.13  3.000
 0OP  CAG  CAN  CAF  119.10  3.000
 0OP  H7   CAL  H6   107.74  3.000
 0OP  H7   CAL  OAM  110.12  3.000
 0OP  H6   CAL  OAM  110.62  3.000
 0OP  H7   CAL  CAN  110.44  3.000
 0OP  H6   CAL  CAN  110.45  3.000
 0OP  OAM  CAL  CAN  107.49  3.000
 0OP  CAP  OAM  CAL  118.56  3.000
 0OP  CAI  CAP  CAJ  119.59  3.000
 0OP  CAJ  CAP  OAM  115.98  3.000
 0OP  CAI  CAP  OAM  124.43  3.000
 0OP  H8   CAJ  CAO  120.13  3.000
 0OP  H8   CAJ  CAP  118.98  3.000
 0OP  CAO  CAJ  CAP  120.89  3.000
 0OP  H9   CAI  CAE  119.11  3.000
 0OP  H9   CAI  CAP  121.62  3.000
 0OP  CAE  CAI  CAP  119.27  3.000
 0OP  H10  CAE  CAH  119.96  3.000
 0OP  H10  CAE  CAI  118.95  3.000
 0OP  CAH  CAE  CAI  121.09  3.000
 0OP  H11  CAH  CAO  120.07  3.000
 0OP  H11  CAH  CAE  120.16  3.000
 0OP  CAO  CAH  CAE  119.77  3.000
 0OP  CAK  CAO  CAH  120.87  3.000
 0OP  CAK  CAO  CAJ  119.71  3.000
 0OP  CAH  CAO  CAJ  119.38  3.000
 0OP  H13  CAK  H12  106.98  3.000
 0OP  H13  CAK  OAA  111.32  3.000
 0OP  H12  CAK  OAA  111.52  3.000
 0OP  H13  CAK  CAO  109.45  3.000
 0OP  H12  CAK  CAO  109.39  3.000
 0OP  OAA  CAK  CAO  108.14  3.000
 0OP  H14  OAA  CAK  107.80  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0OP  CONST_01  CAD  CAB  CAC  CAF    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_02  CAD  CAG  CAN  CAF    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_03  CAG  CAD  CAB  CAC    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_04  CAG  CAN  CAF  CAC    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_05  CAN  CAG  CAD  CAB    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_06  CAN  CAF  CAC  CAB    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_07  CAH  CAE  CAI  CAP    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_08  CAH  CAO  CAJ  CAP    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_09  CAE  CAI  CAP  CAJ    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_10  CAE  CAH  CAO  CAJ    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_11  CAO  CAH  CAE  CAI    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_12  CAO  CAJ  CAP  CAI    0.00   0.0  0
 0OP  CONST_13  CAL  CAN  CAF  CAC  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_14  CAL  CAN  CAG  CAD  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_15  CAE  CAI  CAP  OAM  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_16  CAO  CAJ  CAP  OAM  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_17  CAK  CAO  CAJ  CAP  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_18  CAK  CAO  CAH  CAE  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_19  H3   CAB  CAC  CAF  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_20  H5   CAG  CAN  CAF  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_21  H4   CAD  CAB  CAC  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_22  H1   CAF  CAC  CAB  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_23  H2   CAC  CAB  CAD  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_24  H10  CAE  CAI  CAP  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_25  H9   CAI  CAP  CAJ  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_26  H11  CAH  CAO  CAJ  180.00   0.0  0
 0OP  CONST_27  H8   CAJ  CAP  CAI  180.00   0.0  0
 0OP  Var_01    OAM  CAL  CAN  CAF   74.32  30.0  2
 0OP  Var_02    CAI  CAP  OAM  CAL   -2.25  30.0  2
 0OP  Var_03    OAA  CAK  CAO  CAJ   79.38  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0OP  plan-1  CAF  0.020
 0OP  plan-1  CAC  0.020
 0OP  plan-1  CAB  0.020
 0OP  plan-1  CAD  0.020
 0OP  plan-1  CAG  0.020
 0OP  plan-1  CAN  0.020
 0OP  plan-1  CAL  0.020
 0OP  plan-1  H1   0.020
 0OP  plan-1  H2   0.020
 0OP  plan-1  H3   0.020
 0OP  plan-1  H4   0.020
 0OP  plan-1  H5   0.020
 0OP  plan-2  OAM  0.020
 0OP  plan-2  CAP  0.020
 0OP  plan-2  CAJ  0.020
 0OP  plan-2  CAI  0.020
 0OP  plan-2  CAE  0.020
 0OP  plan-2  CAH  0.020
 0OP  plan-2  CAO  0.020
 0OP  plan-2  CAK  0.020
 0OP  plan-2  H8   0.020
 0OP  plan-2  H9   0.020
 0OP  plan-2  H10  0.020
 0OP  plan-2  H11  0.020

