# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Mar  7 17:23:38 2022
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: N-phenylpyridine-3-carboxamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O=C(Nc1ccccc1)c2cccnc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0ON  0ON  N-phenylpyridine-3-carboxamide  ligand  25  15  .  2022-03-09  2022-03-09
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0ON
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0ON  CAG  C  CR16  0  -0.315  -2.5417  -1.0408   0.4639
 0ON  CAC  C  CR16  0  -0.245  -3.9309  -1.0465   0.4816
 0ON  CAB  C  CR16  0  -0.271  -4.6635   0.0557   0.0686
 0ON  CAD  C  CR16  0  -0.243  -3.9866   1.1872  -0.3684
 0ON  CAH  C  CR16  0  -0.353  -2.6032   1.2085  -0.3926
 0ON  CAN  C  CR6   0   0.380  -1.8647   0.0966   0.0213
 0ON  NAL  N  NH1   0  -0.757  -0.4709   0.2206  -0.0321
 0ON  CAM  C  C     0   0.530   0.4791  -0.7159   0.2039
 0ON  OAA  O  O     0  -0.456   0.2454  -1.8808   0.4739
 0ON  CAO  C  CR6   0  -0.141   1.8863  -0.2283   0.0965
 0ON  CAI  C  CR16  0  -0.145   2.8834  -1.1334  -0.2555
 0ON  CAE  C  CR16  0  -0.317   4.1907  -0.6909  -0.3355
 0ON  CAF  C  CR16  0  -0.052   4.4592   0.6382  -0.0388
 0ON  NAK  N  N     0  -0.398   3.5228   1.5060   0.3236
 0ON  CAJ  C  CR16  0  -0.078   2.2695   1.0788   0.3864
 0ON  H1   H  HCR6  0   0.281  -2.0070  -1.9153   0.7940
 0ON  H2   H  HCR6  0   0.260  -4.4412  -1.9360   0.8279
 0ON  H3   H  HCR6  0   0.257  -5.7449   0.0356   0.0876
 0ON  H4   H  HCR6  0   0.261  -4.5346   2.0612  -0.6952
 0ON  H5   H  HCR6  0   0.272  -2.0882   2.0974  -0.7373
 0ON  H6   H  HNH1  0   0.424  -0.1488   1.1180  -0.3616
 0ON  H7   H  HCR6  0   0.281   2.6379  -2.1643  -0.4729
 0ON  H8   H  HCR6  0   0.280   4.9917  -1.3594  -0.6187
 0ON  H9   H  HCR6  0   0.276   5.4746   1.0143  -0.0905
 0ON  H10  H  HCR6  0   0.270   1.5404   1.8147   0.7101

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0ON  CAB  CAC  aromatic  1.386  0.020  1.386
 0ON  CAB  CAD  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0ON  CAC  CAG  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0ON  CAD  CAH  aromatic  1.384  0.020  1.384
 0ON  CAG  CAN  aromatic  1.396  0.020  1.396
 0ON  CAH  CAN  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0ON  CAN  NAL  single    1.400  0.020  1.400
 0ON  NAL  CAM  single    1.355  0.020  1.355
 0ON  CAM  OAA  double    1.218  0.020  1.218
 0ON  CAM  CAO  single    1.493  0.020  1.493
 0ON  CAJ  CAO  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0ON  CAJ  NAK  aromatic  1.326  0.020  1.326
 0ON  CAO  CAI  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0ON  NAK  CAF  aromatic  1.327  0.020  1.327
 0ON  CAI  CAE  aromatic  1.382  0.020  1.382
 0ON  CAF  CAE  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0ON  CAG  H1   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  CAC  H2   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  CAB  H3   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  CAD  H4   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  CAH  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  NAL  H6   single    0.860  0.020  1.020
 0ON  CAI  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  CAE  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  CAF  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0ON  CAJ  H10  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0ON  H1   CAG  CAN  121.21  3.000
 0ON  H1   CAG  CAC  119.29  3.000
 0ON  CAN  CAG  CAC  119.50  3.000
 0ON  H2   CAC  CAB  119.97  3.000
 0ON  H2   CAC  CAG  118.61  3.000
 0ON  CAB  CAC  CAG  121.42  3.000
 0ON  H3   CAB  CAD  120.52  3.000
 0ON  H3   CAB  CAC  120.54  3.000
 0ON  CAD  CAB  CAC  118.93  3.000
 0ON  H4   CAD  CAH  119.25  3.000
 0ON  H4   CAD  CAB  120.40  3.000
 0ON  CAH  CAD  CAB  120.35  3.000
 0ON  H5   CAH  CAN  119.72  3.000
 0ON  H5   CAH  CAD  119.56  3.000
 0ON  CAN  CAH  CAD  120.73  3.000
 0ON  NAL  CAN  CAH  116.38  3.000
 0ON  NAL  CAN  CAG  124.54  3.000
 0ON  CAH  CAN  CAG  119.08  3.000
 0ON  H6   NAL  CAM  116.61  3.000
 0ON  H6   NAL  CAN  114.14  3.000
 0ON  CAM  NAL  CAN  129.06  3.000
 0ON  CAO  CAM  OAA  120.59  3.000
 0ON  CAO  CAM  NAL  115.00  3.000
 0ON  OAA  CAM  NAL  124.40  3.000
 0ON  CAJ  CAO  CAI  117.77  3.000
 0ON  CAI  CAO  CAM  118.75  3.000
 0ON  CAJ  CAO  CAM  123.42  3.000
 0ON  H7   CAI  CAE  120.53  3.000
 0ON  H7   CAI  CAO  120.53  3.000
 0ON  CAE  CAI  CAO  118.94  3.000
 0ON  H8   CAE  CAF  120.32  3.000
 0ON  H8   CAE  CAI  121.19  3.000
 0ON  CAF  CAE  CAI  118.49  3.000
 0ON  H9   CAF  NAK  116.56  3.000
 0ON  H9   CAF  CAE  120.21  3.000
 0ON  NAK  CAF  CAE  123.23  3.000
 0ON  CAJ  NAK  CAF  117.99  3.000
 0ON  H10  CAJ  NAK  115.51  3.000
 0ON  H10  CAJ  CAO  120.91  3.000
 0ON  NAK  CAJ  CAO  123.56  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0ON  CONST_01  CAD  CAB  CAC  CAG    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_02  CAD  CAH  CAN  CAG    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_03  CAH  CAD  CAB  CAC    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_04  CAH  CAN  CAG  CAC    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_05  CAN  CAG  CAC  CAB    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_06  CAN  CAH  CAD  CAB    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_07  CAF  NAK  CAJ  CAO    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_08  CAF  CAE  CAI  CAO    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_09  NAK  CAJ  CAO  CAI    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_10  NAK  CAF  CAE  CAI    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_11  CAJ  CAO  CAI  CAE    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_12  CAJ  NAK  CAF  CAE    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_13  NAL  CAN  CAG  CAC  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_14  NAL  CAN  CAH  CAD  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_15  NAK  CAJ  CAO  CAM  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_16  CAE  CAI  CAO  CAM  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_17  H3   CAB  CAC  CAG  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_18  H5   CAH  CAN  CAG  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_19  H4   CAD  CAB  CAC  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_20  H1   CAG  CAC  CAB  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_21  H2   CAC  CAB  CAD  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_22  H8   CAE  CAI  CAO  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_23  H10  CAJ  CAO  CAI  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_24  H9   CAF  CAE  CAI  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_25  H7   CAI  CAE  CAF  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_26  CAO  CAM  NAL  CAN  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_27  CAM  NAL  CAN  CAG    0.00   0.0  0
 0ON  CONST_28  CAM  NAL  CAN  CAH  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_29  H6   NAL  CAN  CAG  180.00   0.0  0
 0ON  CONST_30  OAA  CAM  NAL  CAN    0.00   0.0  0
 0ON  Var_01    CAJ  CAO  CAM  NAL   30.39  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0ON  plan-1  CAG  0.020
 0ON  plan-1  CAC  0.020
 0ON  plan-1  CAB  0.020
 0ON  plan-1  CAD  0.020
 0ON  plan-1  CAH  0.020
 0ON  plan-1  CAN  0.020
 0ON  plan-1  NAL  0.020
 0ON  plan-1  H1   0.020
 0ON  plan-1  H2   0.020
 0ON  plan-1  H3   0.020
 0ON  plan-1  H4   0.020
 0ON  plan-1  H5   0.020
 0ON  plan-2  CAM  0.020
 0ON  plan-2  CAO  0.020
 0ON  plan-2  CAI  0.020
 0ON  plan-2  CAE  0.020
 0ON  plan-2  CAF  0.020
 0ON  plan-2  NAK  0.020
 0ON  plan-2  CAJ  0.020
 0ON  plan-2  H7   0.020
 0ON  plan-2  H8   0.020
 0ON  plan-2  H9   0.020
 0ON  plan-2  H10  0.020
 0ON  plan-3  CAN  0.020
 0ON  plan-3  NAL  0.020
 0ON  plan-3  CAM  0.020
 0ON  plan-3  OAA  0.020
 0ON  plan-3  CAO  0.020
 0ON  plan-3  H6   0.020

