# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Jul 28 22:30:09 2022
#   Inital geometry file: a 58 line input string
#   Ligand name: N-(2-fluorophenyl)-N'-methylurea
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNC(=O)Nc1ccccc1F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0OI  0OI  "N-(2-fluorophenyl)-N'-methylurea"  ligand  21  12  .  2022-09-22  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_0OI
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0OI  O12  O  O     0  -0.514  29.0674  -47.0896  -5.4958
 0OI  C01  C  CH3   0  -0.505  27.9335  -49.3334  -6.6608
 0OI  C03  C  C     0   0.715  28.3453  -47.8005  -4.8136
 0OI  C05  C  CR6   0   0.196  28.5246  -46.4074  -2.8067
 0OI  C06  C  CR16  0  -0.283  29.8429  -45.9575  -2.8684
 0OI  C07  C  CR16  0  -0.266  30.2432  -44.8383  -2.1528
 0OI  C08  C  CR16  0  -0.254  29.3443  -44.1566  -1.3447
 0OI  C09  C  CR16  0  -0.409  28.0322  -44.5990  -1.2532
 0OI  C10  C  CR6   0   0.482  27.6479  -45.7012  -1.9867
 0OI  F11  F  F     0  -0.313  26.3748  -46.1267  -1.9044
 0OI  N02  N  NH1   0  -0.668  27.7535  -48.9151  -5.2918
 0OI  N04  N  NH1   0  -0.771  28.0701  -47.5378  -3.4867
 0OI  H1   H  HCH3  0   0.247  27.3502  -50.2363  -6.8181
 0OI  H2   H  HCH3  0   0.234  27.5862  -48.5792  -7.3678
 0OI  H3   H  HCH3  0   0.233  28.9764  -49.5597  -6.8873
 0OI  H4   H  HCR6  0   0.271  30.5611  -46.4925  -3.4721
 0OI  H5   H  HCR6  0   0.259  31.2710  -44.5077  -2.2199
 0OI  H6   H  HCR6  0   0.264  29.6591  -43.2887  -0.7813
 0OI  H7   H  HCR6  0   0.279  27.3087  -44.0904  -0.6292
 0OI  H8   H  HNH1  0   0.400  27.1852  -49.4906  -4.6933
 0OI  H9   H  HNH1  0   0.403  27.3170  -48.0492  -3.0530

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0OI  C01  N02  single    1.443  0.020  1.443
 0OI  O12  C03  double    1.222  0.020  1.222
 0OI  N02  C03  single    1.350  0.020  1.350
 0OI  C03  N04  single    1.380  0.020  1.380
 0OI  N04  C05  single    1.395  0.020  1.395
 0OI  C06  C05  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0OI  C06  C07  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0OI  C05  C10  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0OI  C07  C08  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0OI  C10  F11  single    1.345  0.020  1.345
 0OI  C10  C09  aromatic  1.379  0.020  1.379
 0OI  C08  C09  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0OI  C01  H1   single    0.970  0.020  1.090
 0OI  C01  H2   single    0.970  0.020  1.090
 0OI  C01  H3   single    0.970  0.020  1.090
 0OI  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 0OI  C07  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0OI  C08  H6   single    0.930  0.020  1.080
 0OI  C09  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0OI  N02  H8   single    0.860  0.020  1.020
 0OI  N04  H9   single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0OI  H3   C01  H2   108.25  3.000
 0OI  H3   C01  H1   108.11  3.000
 0OI  H2   C01  H1   108.06  3.000
 0OI  H3   C01  N02  112.11  3.000
 0OI  H2   C01  N02  112.02  3.000
 0OI  H1   C01  N02  108.14  3.000
 0OI  N04  C03  N02  114.23  3.000
 0OI  N04  C03  O12  122.95  3.000
 0OI  N02  C03  O12  122.82  3.000
 0OI  N04  C05  C10  119.52  3.000
 0OI  C10  C05  C06  117.23  3.000
 0OI  N04  C05  C06  123.22  3.000
 0OI  H4   C06  C07  119.74  3.000
 0OI  H4   C06  C05  119.58  3.000
 0OI  C07  C06  C05  120.68  3.000
 0OI  H5   C07  C08  120.09  3.000
 0OI  H5   C07  C06  119.25  3.000
 0OI  C08  C07  C06  120.65  3.000
 0OI  H6   C08  C09  119.79  3.000
 0OI  H6   C08  C07  120.60  3.000
 0OI  C09  C08  C07  119.62  3.000
 0OI  H7   C09  C10  119.74  3.000
 0OI  H7   C09  C08  121.35  3.000
 0OI  C10  C09  C08  118.91  3.000
 0OI  F11  C10  C09  118.96  3.000
 0OI  C09  C10  C05  122.90  3.000
 0OI  F11  C10  C05  118.13  3.000
 0OI  H8   N02  C03  120.62  3.000
 0OI  H8   N02  C01  117.97  3.000
 0OI  C03  N02  C01  121.40  3.000
 0OI  H9   N04  C05  116.40  3.000
 0OI  H9   N04  C03  117.76  3.000
 0OI  C05  N04  C03  123.90  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0OI  CONST_01  C08  C07  C06  C05     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_02  C08  C09  C10  C05     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_03  C09  C10  C05  C06     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_04  C09  C08  C07  C06     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_05  C10  C05  C06  C07     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_06  C10  C09  C08  C07     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_07  F11  C10  C05  C06   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_08  N04  C05  C06  C07   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_09  F11  C10  C09  C08   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_10  N04  C05  C10  C09   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_11  H5   C07  C06  C05   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_12  H7   C09  C10  C05   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_13  H6   C08  C07  C06   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_14  H7   C09  C08  C07   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_15  H4   C06  C07  C08   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_16  H5   C07  C08  C09   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_17  H4   C06  C05  C10   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_18  H6   C08  C09  C10   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_23  C05  N04  C03  O12     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_24  N02  C03  N04  C05   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_25  C01  N02  C03  O12     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_26  N04  C03  N02  C01   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_27  H8   N02  C03  O12   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_28  H9   N04  C03  O12   180.00   0.0  0
 0OI  CONST_29  H9   N04  C03  N02     0.00   0.0  0
 0OI  CONST_30  H8   N02  C03  N04     0.00   0.0  0
 0OI  Var_01    H1   C01  N02  C03  -178.84  30.0  3
 0OI  Var_02    H2   C01  N02  C03   -59.88  30.0  3
 0OI  Var_03    H3   C01  N02  C03    62.06  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0OI  plan-1  C05  0.020
 0OI  plan-1  C06  0.020
 0OI  plan-1  C07  0.020
 0OI  plan-1  C08  0.020
 0OI  plan-1  C09  0.020
 0OI  plan-1  C10  0.020
 0OI  plan-1  F11  0.020
 0OI  plan-1  N04  0.020
 0OI  plan-1  H4   0.020
 0OI  plan-1  H5   0.020
 0OI  plan-1  H6   0.020
 0OI  plan-1  H7   0.020
 0OI  plan-2  O12  0.020
 0OI  plan-2  C01  0.020
 0OI  plan-2  C03  0.020
 0OI  plan-2  C05  0.020
 0OI  plan-2  N02  0.020
 0OI  plan-2  N04  0.020
 0OI  plan-2  H8   0.020
 0OI  plan-2  H9   0.020

