# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  2 08:10:50 2020
#   Inital geometry file: a 171 line input string
#   Ligand name: 3-{5-[3-ethyl-5-(5-methylfuran-2-yl)-1H-pyrazol-1-yl]-1-[(6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)methyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-4-hydroxybenzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCc1cc(n(n1)c2ccc3n(CC4=CNC(=O)C=C4)c(nc3c2)c5cc(ccc5O)C(O)=O)c6oc(C)cc6
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0OG  0OG  '3-{5-[3-ethyl-5-(5-methylfuran-2-yl)-1H-pyrazol-1-yl]-1-[(6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)methyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-4-hydroxybenzoic acid'  ligand  65  40  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0OG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0OG  C01  C  CR5   0   0.174  -6.0086   1.2642  -1.5292
 0OG  C02  C  CR15  0  -0.587  -6.5325   0.5732  -0.4233
 0OG  C03  C  CR5   0   0.495  -5.4372   0.0466   0.2265
 0OG  N04  N  NR5   0  -0.485  -4.3530   0.4250  -0.4997
 0OG  N05  N  N     0  -0.248  -4.6920   1.1684  -1.5572
 0OG  C06  C  CR6   0   0.320  -2.9944   0.0902  -0.2911
 0OG  C07  C  CR16  0  -0.286  -2.6388  -1.2589  -0.1485
 0OG  C08  C  CR16  0  -0.260  -1.3264  -1.6344   0.0583
 0OG  C09  C  CR56  0   0.261  -0.3759  -0.6207   0.0947
 0OG  C10  C  CR56  0   0.154  -0.7275   0.7251  -0.0660
 0OG  C11  C  CR16  0  -0.355  -2.0536   1.1004  -0.2571
 0OG  N12  N  NR5   0  -0.518   0.9922  -0.6355   0.2612
 0OG  C13  C  CR5   0   0.496   1.4009   0.6690   0.2175
 0OG  N14  N  N     0  -0.495   0.3985   1.4951   0.0135
 0OG  C15  C  CR6   0  -0.081   2.7677   1.1630   0.3282
 0OG  C16  C  CR16  0  -0.306   3.7677   0.4675   0.9955
 0OG  C17  C  CR6   0  -0.136   5.0770   0.9234   1.0339
 0OG  C18  C  CR16  0  -0.222   5.3903   2.1257   0.3923
 0OG  C19  C  CR16  0  -0.365   4.4088   2.8591  -0.2351
 0OG  C20  C  CR6   0   0.447   3.0844   2.4119  -0.2570
 0OG  C21  C  CR5   0   0.212  -5.3873  -0.7295   1.4434
 0OG  C22  C  CR15  0  -0.329  -6.2345  -1.6579   1.9569
 0OG  C23  C  CR15  0  -0.336  -5.6733  -2.0570   3.2045
 0OG  C24  C  CR5   0   0.281  -4.5266  -1.3464   3.3586
 0OG  O25  O  O     0  -0.416  -4.3536  -0.5339   2.2943
 0OG  C26  C  CH3   0  -0.700  -3.4972  -1.3088   4.4218
 0OG  C27  C  CH2   0  -0.459  -6.7529   2.0579  -2.5535
 0OG  C28  C  CH3   0  -0.658  -6.5436   3.5623  -2.3976
 0OG  C29  C  CH2   0  -0.492   1.7952  -1.8522   0.2230
 0OG  C30  C  CR6   0  -0.018   2.7950  -1.8413  -0.8949
 0OG  C31  C  CR16  0   0.049   4.0861  -2.2058  -0.6913
 0OG  N32  N  NR16  0  -0.645   4.9800  -2.2123  -1.7030
 0OG  C33  C  CR6   0   0.486   4.7097  -1.8523  -3.0100
 0OG  C34  C  CR16  0  -0.443   3.3380  -1.4677  -3.2265
 0OG  C35  C  CR16  0  -0.073   2.4323  -1.4683  -2.2155
 0OG  O36  O  O     0  -0.504   5.5917  -1.8767  -3.8628
 0OG  O37  O  OH1   0  -0.642   2.1783   3.1874  -0.8348
 0OG  C38  C  C     0   0.543   6.0803   0.1035   1.7396
 0OG  O39  O  OH1   0  -0.561   7.2837   0.6597   1.7606
 0OG  O40  O  O     0  -0.446   5.8408  -0.9701   2.2450
 0OG  H1   H  HCR5  0   0.268  -7.5635   0.4980  -0.1176
 0OG  H2   H  HCR6  0   0.255  -3.4023  -2.0228  -0.2080
 0OG  H3   H  HCR6  0   0.273  -1.0743  -2.6786   0.1793
 0OG  H4   H  HCR6  0   0.274  -2.3353   2.1387  -0.3697
 0OG  H5   H  HCR6  0   0.291   3.5224  -0.4376   1.5305
 0OG  H6   H  HCR6  0   0.288   6.4027   2.5048   0.3899
 0OG  H7   H  HCR6  0   0.240   4.6500   3.8022  -0.7075
 0OG  H8   H  HCR5  0   0.249  -7.1370  -2.0231   1.4940
 0OG  H9   H  HCR5  0   0.240  -6.0684  -2.7850   3.8945
 0OG  H10  H  HCH3  0   0.263  -2.5088  -1.5625   4.0345
 0OG  H11  H  HCH3  0   0.240  -3.4274  -0.3223   4.8839
 0OG  H12  H  HCH3  0   0.292  -3.7488  -2.0260   5.2002
 0OG  H13  H  HCH2  0   0.235  -6.4418   1.7493  -3.5542
 0OG  H14  H  HCH2  0   0.277  -7.8156   1.8228  -2.4749
 0OG  H15  H  HCH3  0   0.175  -6.8720   3.9070  -1.4166
 0OG  H16  H  HCH3  0   0.209  -5.4913   3.8244  -2.5084
 0OG  H17  H  HCH3  0   0.277  -7.1062   4.1118  -3.1524
 0OG  H18  H  HCH2  0   0.282   2.2768  -2.0283   1.1855
 0OG  H19  H  HCH2  0   0.278   1.0963  -2.6770   0.0867
 0OG  H21  H  HCR6  0   0.316   4.4693  -2.5074   0.2736
 0OG  H22  H  HCR6  0   0.256   3.0509  -1.1793  -4.2282
 0OG  H23  H  HCR6  0   0.274   1.4106  -1.1732  -2.4272
 0OG  H24  H  HOH1  0   0.474   1.2780   2.8140  -0.6558
 0OG  H25  H  HOH1  0   0.508   7.9076   0.0830   2.2260
 0OG  H20  H  HNR6  0   0.414   5.9291  -2.4944  -1.4970

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0OG  O40  C38  double    1.211  0.020  1.211
 0OG  C38  O39  single    1.326  0.020  1.326
 0OG  C38  C17  single    1.475  0.020  1.475
 0OG  C17  C18  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0OG  C17  C16  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0OG  C18  C19  aromatic  1.376  0.020  1.376
 0OG  C16  C15  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0OG  C19  C20  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0OG  C15  C20  aromatic  1.415  0.020  1.415
 0OG  C15  C13  single    1.458  0.020  1.458
 0OG  C20  O37  single    1.325  0.020  1.325
 0OG  N14  C13  aromatic  1.315  0.020  1.315
 0OG  N14  C10  aromatic  1.366  0.020  1.366
 0OG  C13  N12  aromatic  1.368  0.020  1.368
 0OG  C10  C11  aromatic  1.391  0.020  1.391
 0OG  C10  C09  aromatic  1.400  0.020  1.400
 0OG  C11  C06  aromatic  1.381  0.020  1.381
 0OG  C34  C35  double    1.357  0.020  1.357
 0OG  C34  C33  single    1.441  0.020  1.441
 0OG  C35  C30  single    1.419  0.020  1.419
 0OG  N12  C09  aromatic  1.378  0.020  1.378
 0OG  N12  C29  single    1.458  0.020  1.458
 0OG  C09  C08  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OG  C28  C27  single    1.527  0.020  1.527
 0OG  C06  N04  single    1.415  0.020  1.415
 0OG  C06  C07  aromatic  1.402  0.020  1.402
 0OG  N05  N04  aromatic  1.336  0.020  1.336
 0OG  N05  C01  aromatic  1.320  0.020  1.320
 0OG  N04  C03  aromatic  1.359  0.020  1.359
 0OG  C27  C01  single    1.494  0.020  1.494
 0OG  C01  C02  aromatic  1.405  0.020  1.405
 0OG  C03  C02  aromatic  1.378  0.020  1.378
 0OG  C03  C21  single    1.444  0.020  1.444
 0OG  O25  C21  aromatic  1.353  0.020  1.353
 0OG  O25  C24  aromatic  1.350  0.020  1.350
 0OG  C26  C24  single    1.480  0.020  1.480
 0OG  C21  C22  aromatic  1.358  0.020  1.358
 0OG  C24  C23  aromatic  1.358  0.020  1.358
 0OG  C22  C23  aromatic  1.425  0.020  1.425
 0OG  C29  C30  single    1.500  0.020  1.500
 0OG  C30  C31  double    1.357  0.020  1.357
 0OG  C33  O36  double    1.227  0.020  1.227
 0OG  C33  N32  single    1.382  0.020  1.382
 0OG  C08  C07  aromatic  1.381  0.020  1.381
 0OG  C31  N32  single    1.350  0.020  1.350
 0OG  C02  H1   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C07  H2   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C08  H3   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C11  H4   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C16  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C18  H6   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C19  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C22  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C23  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C26  H10  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C26  H11  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C26  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C27  H13  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C27  H14  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C28  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C28  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C28  H17  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C29  H18  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C29  H19  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C31  H21  single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C34  H22  single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C35  H23  single    0.930  0.020  1.080
 0OG  O37  H24  single    0.850  0.020  0.980
 0OG  O39  H25  single    0.850  0.020  0.980
 0OG  N32  H20  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0OG  C27  C01  N05  121.38  3.000
 0OG  C27  C01  C02  127.94  3.000
 0OG  N05  C01  C02  110.65  3.000
 0OG  H1   C02  C03  126.85  3.000
 0OG  H1   C02  C01  127.88  3.000
 0OG  C03  C02  C01  105.23  3.000
 0OG  C21  C03  N04  124.93  3.000
 0OG  C21  C03  C02  129.06  3.000
 0OG  N04  C03  C02  106.00  3.000
 0OG  C06  N04  N05  119.47  3.000
 0OG  N05  N04  C03  112.06  3.000
 0OG  C06  N04  C03  128.43  3.000
 0OG  N04  N05  C01  106.05  3.000
 0OG  C11  C06  C07  121.90  3.000
 0OG  C07  C06  N04  119.09  3.000
 0OG  C11  C06  N04  119.00  3.000
 0OG  H2   C07  C08  119.15  3.000
 0OG  H2   C07  C06  119.65  3.000
 0OG  C08  C07  C06  121.20  3.000
 0OG  H3   C08  C09  122.82  3.000
 0OG  H3   C08  C07  120.08  3.000
 0OG  C09  C08  C07  117.10  3.000
 0OG  N12  C09  C10  105.87  3.000
 0OG  N12  C09  C08  132.38  3.000
 0OG  C10  C09  C08  121.75  3.000
 0OG  N14  C10  C11  129.90  3.000
 0OG  C11  C10  C09  120.96  3.000
 0OG  N14  C10  C09  109.14  3.000
 0OG  H4   C11  C10  121.43  3.000
 0OG  H4   C11  C06  121.48  3.000
 0OG  C10  C11  C06  117.09  3.000
 0OG  C29  N12  C13  129.08  3.000
 0OG  C29  N12  C09  123.53  3.000
 0OG  C13  N12  C09  106.41  3.000
 0OG  C15  C13  N14  120.91  3.000
 0OG  N14  C13  N12  112.11  3.000
 0OG  C15  C13  N12  126.95  3.000
 0OG  C13  N14  C10  106.46  3.000
 0OG  C20  C15  C16  118.66  3.000
 0OG  C20  C15  C13  118.53  3.000
 0OG  C16  C15  C13  122.81  3.000
 0OG  H5   C16  C17  118.45  3.000
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