# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr  5 23:32:33 2020
#   Inital geometry file: a 171 line input string
#   Ligand name: 3-{5-[3-ethyl-5-(5-methylfuran-2-yl)-1H-pyrazol-1-yl]-1-[(6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)methyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-4-hydroxybenzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCc1cc(n(n1)c2ccc3n(CC4=CNC(=O)C=C4)c(nc3c2)c5cc(ccc5O)C(O)=O)c6oc(C)cc6
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0OG  0OG  '3-{5-[3-ethyl-5-(5-methylfuran-2-yl)-1H-pyrazol-1-yl]-1-[(6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)methyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-4-hydroxybenzoic acid'  ligand  64  40  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0OG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0OG  C01  C  CR5    0   0.277  -6.0575   1.3455  -1.4000
 0OG  C02  C  CR15   0  -0.591  -6.5401   0.6157  -0.3006
 0OG  C03  C  CR5    0   0.372  -5.4205   0.0655   0.2868
 0OG  N04  N  NR5    0  -0.457  -4.3646   0.4708  -0.4641
 0OG  N05  N  N      0  -0.299  -4.7426   1.2501  -1.4817
 0OG  C06  C  C      0   0.311  -2.9990   0.1235  -0.3173
 0OG  C07  C  C1     0  -0.282  -2.6399  -1.2318  -0.3177
 0OG  C08  C  C1     0  -0.312  -1.3220  -1.6190  -0.1741
 0OG  C09  C  CR5    0   0.359  -0.3763  -0.6076  -0.0503
 0OG  C10  C  CR5    0   0.133  -0.7274   0.7523  -0.0701
 0OG  C11  C  C1     0  -0.374  -2.0610   1.1303  -0.1986
 0OG  N12  N  NR5    0  -0.531   0.9856  -0.6192   0.1013
 0OG  C13  C  CR5    0   0.464   1.3852   0.6868   0.1582
 0OG  N14  N  N      0  -0.463   0.3944   1.5300   0.0632
 0OG  C15  C  C      0  -0.136   2.8039   1.0350   0.3207
 0OG  C16  C  C1     0  -0.300   3.4583   0.7798   1.5198
 0OG  C17  C  C      0  -0.114   4.8153   1.0335   1.6814
 0OG  C18  C  C1     0  -0.274   5.5103   1.5579   0.5949
 0OG  C19  C  C1     0  -0.367   4.8791   1.8254  -0.6084
 0OG  C20  C  C      0   0.347   3.5204   1.5631  -0.7570
 0OG  C21  C  CR5    0   0.327  -5.3250  -0.7598   1.4683
 0OG  C22  C  CR15   0  -0.361  -6.1636  -1.6945   1.9851
 0OG  C23  C  CR15   0  -0.373  -5.5505  -2.1528   3.1873
 0OG  C24  C  CR5    0   0.353  -4.3853  -1.4672   3.3135
 0OG  O25  O  O      0  -0.424  -4.2487  -0.6159   2.2746
 0OG  C26  C  CH3    0  -0.755  -3.3070  -1.4859   4.3277
 0OG  C27  C  CH2    0  -0.505  -6.8362   2.1852  -2.3595
 0OG  C28  C  CH3    0  -0.657  -6.7455   3.6751  -2.0354
 0OG  C29  C  CH2    0  -0.424   1.8607  -1.7812   0.0638
 0OG  C30  C  CR6    0  -0.025   2.7367  -1.7768  -1.1517
 0OG  C31  C  CR16   0   0.035   4.0796  -1.6062  -1.0543
 0OG  N32  N  NR16   0  -0.657   4.8599  -1.5668  -2.1551
 0OG  C33  C  CR6    0   0.533   4.4117  -1.6758  -3.4584
 0OG  C34  C  CR16   0  -0.459   2.9860  -1.8520  -3.5623
 0OG  C35  C  CR16   0  -0.122   2.1963  -1.8953  -2.4585
 0OG  O36  O  O      0  -0.510   5.2010  -1.6211  -4.3974
 0OG  O37  O  OH1    0  -0.611   2.8617   1.7610  -1.9091
 0OG  C38  C  C      0   0.396   5.5138   0.7435   3.0003
 0OG  O39  O  OC    -1  -0.594   6.7343   0.9885   3.0496
 0OG  O40  O  O      0  -0.594   4.8050   0.2845   3.9173
 0OG  H1   H  HCR5   0   0.269  -7.5592   0.5277   0.0400
 0OG  H2   H  H      0   0.274  -3.4052  -1.9872  -0.4385
 0OG  H3   H  H      0   0.274  -1.0579  -2.6681  -0.1710
 0OG  H4   H  H      0   0.266  -2.3521   2.1727  -0.2015
 0OG  H5   H  H      0   0.253   2.8989   0.3641   2.3491
 0OG  H6   H  H      0   0.253   6.5685   1.7615   0.6914
 0OG  H7   H  H      0   0.269   5.4447   2.2304  -1.4404
 0OG  H8   H  HCR5   0   0.262  -7.0940  -2.0261   1.5529
 0OG  H9   H  HCR5   0   0.263  -5.9254  -2.9013   3.8666
 0OG  H10  H  HCH3   0   0.255  -2.3416  -1.7376   3.8850
 0OG  H11  H  HCH3   0   0.257  -3.2008  -0.5188   4.8229
 0OG  H12  H  HCH3   0   0.258  -3.5333  -2.2294   5.0889
 0OG  H13  H  HCH2   0   0.244  -6.4743   2.0105  -3.3751
 0OG  H14  H  HCH2   0   0.242  -7.8798   1.8663  -2.3424
 0OG  H15  H  HCH3   0   0.225  -7.1265   3.8851  -1.0355
 0OG  H16  H  HCH3   0   0.225  -5.7125   4.0209  -2.0788
 0OG  H17  H  HCH3   0   0.231  -7.3266   4.2631  -2.7461
 0OG  H18  H  HCH2   0   0.295   2.4637  -1.8151   0.9716
 0OG  H19  H  HCH2   0   0.296   1.2251  -2.6664   0.0824
 0OG  H21  H  HCR6   0   0.310   4.5915  -1.4829  -0.1094
 0OG  H22  H  HCR6   0   0.275   2.5642  -1.9483  -4.5534
 0OG  H23  H  HCR6   0   0.271   1.1268  -2.0251  -2.5806
 0OG  H24  H  HOH1   0   0.477   3.4627   2.0873  -2.5884
 0OG  H20  H  HNR6   0   0.421   5.8548  -1.4381  -2.0289

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0OG  O40  C38  deloc     1.247  0.020  1.247
 0OG  C38  O39  deloc     1.246  0.020  1.246
 0OG  C38  C17  single    1.520  0.020  1.520
 0OG  C17  C18  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0OG  C17  C16  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OG  C18  C19  aromatic  1.385  0.020  1.385
 0OG  C16  C15  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OG  C19  C20  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0OG  C15  C20  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0OG  C15  C13  single    1.470  0.020  1.470
 0OG  C20  O37  single    1.342  0.020  1.342
 0OG  N14  C13  aromatic  1.305  0.020  1.305
 0OG  N14  C10  aromatic  1.371  0.020  1.371
 0OG  C13  N12  aromatic  1.367  0.020  1.367
 0OG  C10  C11  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0OG  C10  C09  aromatic  1.405  0.020  1.405
 0OG  C11  C06  aromatic  1.381  0.020  1.381
 0OG  C34  C35  double    1.358  0.020  1.358
 0OG  C34  C33  single    1.440  0.020  1.440
 0OG  C35  C30  single    1.419  0.020  1.419
 0OG  N12  C09  aromatic  1.370  0.020  1.370
 0OG  N12  C29  single    1.455  0.020  1.455
 0OG  C09  C08  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OG  C28  C27  single    1.527  0.020  1.527
 0OG  C06  N04  single    1.417  0.020  1.417
 0OG  C06  C07  aromatic  1.402  0.020  1.402
 0OG  N05  N04  aromatic  1.336  0.020  1.336
 0OG  N05  C01  aromatic  1.321  0.020  1.321
 0OG  N04  C03  aromatic  1.358  0.020  1.358
 0OG  C27  C01  single    1.494  0.020  1.494
 0OG  C01  C02  aromatic  1.405  0.020  1.405
 0OG  C03  C02  aromatic  1.379  0.020  1.379
 0OG  C03  C21  single    1.444  0.020  1.444
 0OG  O25  C21  aromatic  1.352  0.020  1.352
 0OG  O25  C24  aromatic  1.350  0.020  1.350
 0OG  C26  C24  single    1.480  0.020  1.480
 0OG  C21  C22  aromatic  1.358  0.020  1.358
 0OG  C24  C23  aromatic  1.358  0.020  1.358
 0OG  C22  C23  aromatic  1.425  0.020  1.425
 0OG  C29  C30  single    1.498  0.020  1.498
 0OG  C30  C31  double    1.357  0.020  1.357
 0OG  C33  O36  double    1.228  0.020  1.228
 0OG  C33  N32  single    1.382  0.020  1.382
 0OG  C08  C07  aromatic  1.381  0.020  1.381
 0OG  C31  N32  single    1.350  0.020  1.350
 0OG  C02  H1   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C07  H2   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C08  H3   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C11  H4   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C16  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C18  H6   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C19  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C22  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C23  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C26  H10  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C26  H11  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C26  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C27  H13  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C27  H14  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C28  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C28  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C28  H17  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C29  H18  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C29  H19  single    0.970  0.020  1.090
 0OG  C31  H21  single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C34  H22  single    0.930  0.020  1.080
 0OG  C35  H23  single    0.930  0.020  1.080
 0OG  O37  H24  single    0.850  0.020  0.980
 0OG  N32  H20  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0OG  C27  C01  N05  121.31  3.000
 0OG  C27  C01  C02  127.98  3.000
 0OG  N05  C01  C02  110.66  3.000
 0OG  H1   C02  C03  126.90  3.000
 0OG  H1   C02  C01  127.90  3.000
 0OG  C03  C02  C01  105.17  3.000
 0OG  C21  C03  N04  124.86  3.000
 0OG  C21  C03  C02  129.06  3.000
 0OG  N04  C03  C02  106.07  3.000
 0OG  C06  N04  N05  119.64  3.000
 0OG  N05  N04  C03  112.04  3.000
 0OG  C06  N04  C03  128.26  3.000
 0OG  N04  N05  C01  106.06  3.000
 0OG  C11  C06  C07  122.05  3.000
 0OG  C07  C06  N04  118.94  3.000
 0OG  C11  C06  N04  119.00  3.000
 0OG  H2   C07  C08  119.39  3.000
 0OG  H2   C07  C06  119.58  3.000
 0OG  C08  C07  C06  121.03  3.000
 0OG  H3   C08  C09  122.63  3.000
 0OG  H3   C08  C07  120.34  3.000
 0OG  C09  C08  C07  117.03  3.000
 0OG  N12  C09  C10  104.96  3.000
 0OG  N12  C09  C08  132.83  3.000
 0OG  C10  C09  C08  122.21  3.000
 0OG  N14  C10  C11  129.68  3.000
 0OG  C11  C10  C09  120.24  3.000
 0OG  N14  C10  C09  110.08  3.000
 0OG  H4   C11  C10  121.29  3.000
 0OG  H4   C11  C06  121.28  3.000
 0OG  C10  C11  C06  117.42  3.000
 0OG  C29  N12  C13  126.03  3.000
 0OG  C29  N12  C09  126.98  3.000
 0OG  C13  N12  C09  106.68  3.000
 0OG  C15  C13  N14  126.02  3.000
 0OG  N14  C13  N12  113.11  3.000
 0OG  C15  C13  N12  120.87  3.000
 0OG  C13  N14  C10  105.17  3.000
 0OG  C20  C15  C16  119.56  3.000
 0OG  C20  C15  C13  119.94  3.000
 0OG  C16  C15  C13  120.42  3.000
 0OG  H5   C16  C17  119.02  3.000
 0OG  H5   C16  C15  119.21  3.000
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_chem_comp_plane_atom.plane_id
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