# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 16:57:02 2020
#   Inital geometry file: a 158 line input string
#   Ligand name: 4-{2-[5-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-1-[3-(1H-imidazol-1-yl)propyl]-1H-benzimidazol-5-yl}benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1ccc(cc1)c2ccc3n(CCCn4ccnc4)c(nc3c2)c5cn[nH]c5c6cccc(Cl)c6
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0OE  0OE  '4-{2-[5-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-1-[3-(1H-imidazol-1-yl)propyl]-1H-benzimidazol-5-yl}benzoic acid'  ligand  61  38  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0OE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0OE  N1   N   NR15  0  -0.500   4.2764   2.0355  -2.1067
 0OE  N2   N   N     0  -0.245   4.4042   1.2539  -3.1709
 0OE  C3   C   CR15  0  -0.081   3.3482   0.4694  -3.1476
 0OE  C4   C   CR5   0  -0.284   2.5245   0.7511  -2.0388
 0OE  C5   C   CR5   0   0.467   3.1726   1.7860  -1.3820
 0OE  C6   C   CR6   0   0.043   2.8418   2.5230  -0.1635
 0OE  C7   C   CR16  0  -0.258   3.0497   3.8999  -0.1022
 0OE  C8   C   CR6   0  -0.025   2.7414   4.5815   1.0636
 0OE  C9   C   CR16  0  -0.216   2.2240   3.9277   2.1701
 0OE  C10  C   CR16  0  -0.247   2.0197   2.5564   2.0997
 0OE  C11  C   CR16  0  -0.282   2.3266   1.8550   0.9462
 0OE  C12  C   CR5   0   0.392   1.2325   0.1765  -1.7014
 0OE  N13  N   NR5   0  -0.545   1.0297  -1.1736  -1.5906
 0OE  C14  C   CR56  0   0.340  -0.2880  -1.3406  -1.2546
 0OE  C15  C   CR56  0   0.160  -0.8214  -0.0452  -1.1890
 0OE  N16  N   N     0  -0.462   0.1512   0.8758  -1.4803
 0OE  C17  C   CR16  0  -0.296  -1.0586  -2.4704  -1.0071
 0OE  C18  C   CR16  0  -0.327  -2.3883  -2.2630  -0.6966
 0OE  C19  C   CR6   0   0.072  -2.9537  -0.9722  -0.6257
 0OE  C20  C   CR16  0  -0.406  -2.1632   0.1441  -0.8734
 0OE  C21  C   CR6   0   0.101  -4.3813  -0.8132  -0.2893
 0OE  C22  C   CR16  0  -0.303  -5.3319  -1.7381  -0.7295
 0OE  C23  C   CR16  0  -0.239  -6.6697  -1.5871  -0.4162
 0OE  C24  C   CR6   0  -0.098  -7.1005  -0.5044   0.3477
 0OE  C25  C   CR16  0  -0.243  -6.1605   0.4245   0.7918
 0OE  C26  C   CR16  0  -0.299  -4.8223   0.2680   0.4772
 0OE  C27  C   C     0   0.531  -8.5434  -0.3887   0.6614
 0OE  O28  O   OH1   0  -0.594  -8.8318   0.6756   1.3981
 0OE  O29  O   O     0  -0.441  -9.3783  -1.1797   0.2893
 0OE  CL   CL  CL    0  -0.121   2.9991   6.2929   1.1302
 0OE  C31  C   CH2   0  -0.330   2.0274  -2.2234  -1.5833
 0OE  C32  C   CH2   0  -0.451   2.4670  -2.5744  -0.1678
 0OE  C33  C   CH2   0  -0.302   3.5342  -3.6600  -0.1835
 0OE  N34  N   NR5   0  -0.399   3.9644  -4.0145   1.1524
 0OE  C35  C   CR15  0   0.096   5.0633  -3.5562   1.7881
 0OE  N36  N   N     0  -0.456   5.1493  -4.0131   3.0111
 0OE  C37  C   CR15  0  -0.218   4.0467  -4.8020   3.1787
 0OE  C38  C   CR15  0  -0.107   3.2962  -4.8132   2.0377
 0OE  H1   H   HNR5  0   0.429   5.0079   2.6946  -1.8857
 0OE  H2   H   HCR5  0   0.276   3.1843  -0.2553  -3.9307
 0OE  H3   H   HCR6  0   0.285   3.4271   4.4404  -0.9607
 0OE  H4   H   HCR6  0   0.286   1.9835   4.4741   3.0716
 0OE  H5   H   HCR6  0   0.276   1.6241   2.0333   2.9595
 0OE  H6   H   HCR6  0   0.259   2.1800   0.7837   0.9177
 0OE  H7   H   HCR6  0   0.272  -0.6501  -3.4719  -1.0457
 0OE  H8   H   HCR6  0   0.259  -3.0072  -3.1240  -0.4792
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 0OE  H10  H   HCR6  0   0.261  -5.0291  -2.5782  -1.3413
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 0OE  H12  H   HCR6  0   0.268  -6.4579   1.2725   1.3930
 0OE  H13  H   HCR6  0   0.262  -4.1090   0.9892   0.8550
 0OE  H14  H   HOH1  0   0.487  -9.7823   0.7005   1.5828
 0OE  H15  H   HCH2  0   0.279   1.6108  -3.0947  -2.0916
 0OE  H16  H   HCH2  0   0.279   2.8805  -1.8975  -2.1758
 0OE  H17  H   HCH2  0   0.252   2.8641  -1.6826   0.3238
 0OE  H18  H   HCH2  0   0.256   1.6075  -2.9119   0.4169
 0OE  H19  H   HCH2  0   0.273   3.1640  -4.5592  -0.6777
 0OE  H20  H   HCH2  0   0.273   4.4118  -3.3258  -0.7381
 0OE  H21  H   HCR5  0   0.279   5.7678  -2.8951   1.3047
 0OE  H22  H   HCR5  0   0.250   3.8517  -5.3251   4.1023
 0OE  H23  H   HCR5  0   0.289   2.3754  -5.3115   1.7828

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0OE  CL   C8   single    1.732  0.020  1.732
 0OE  C9   C8   aromatic  1.386  0.020  1.386
 0OE  C9   C10  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0OE  C8   C7   aromatic  1.385  0.020  1.385
 0OE  C10  C11  aromatic  1.384  0.020  1.384
 0OE  C7   C6   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0OE  C11  C6   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0OE  C6   C5   single    1.462  0.020  1.462
 0OE  O29  C27  double    1.209  0.020  1.209
 0OE  C25  C26  aromatic  1.384  0.020  1.384
 0OE  C25  C24  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0OE  C26  C21  aromatic  1.397  0.020  1.397
 0OE  C27  C24  single    1.481  0.020  1.481
 0OE  C27  O28  single    1.326  0.020  1.326
 0OE  C24  C23  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0OE  C5   N1   aromatic  1.344  0.020  1.344
 0OE  C5   C4   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0OE  C21  C19  single    1.475  0.020  1.475
 0OE  C21  C22  aromatic  1.397  0.020  1.397
 0OE  N1   N2   aromatic  1.327  0.020  1.327
 0OE  C20  C19  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OE  C20  C15  aromatic  1.391  0.020  1.391
 0OE  C19  C18  aromatic  1.411  0.020  1.411
 0OE  C15  N16  aromatic  1.371  0.020  1.371
 0OE  C15  C14  aromatic  1.402  0.020  1.402
 0OE  C18  C17  aromatic  1.381  0.020  1.381
 0OE  N16  C12  aromatic  1.307  0.020  1.307
 0OE  C23  C22  aromatic  1.382  0.020  1.382
 0OE  C14  C17  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OE  C14  N13  aromatic  1.370  0.020  1.370
 0OE  C12  N13  aromatic  1.370  0.020  1.370
 0OE  C12  C4   single    1.454  0.020  1.454
 0OE  N13  C31  single    1.448  0.020  1.448
 0OE  C4   C3   aromatic  1.410  0.020  1.410
 0OE  C31  C32  single    1.523  0.020  1.523
 0OE  N2   C3   aromatic  1.316  0.020  1.316
 0OE  N36  C35  aromatic  1.308  0.020  1.308
 0OE  N36  C37  aromatic  1.366  0.020  1.366
 0OE  C35  N34  aromatic  1.350  0.020  1.350
 0OE  C32  C33  single    1.522  0.020  1.522
 0OE  N34  C33  single    1.448  0.020  1.448
 0OE  N34  C38  aromatic  1.367  0.020  1.367
 0OE  C37  C38  aromatic  1.366  0.020  1.366
 0OE  N1   H1   single    0.860  0.020  1.020
 0OE  C3   H2   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C7   H3   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C9   H4   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C10  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C11  H6   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C17  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C18  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C20  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C22  H10  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C23  H11  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C25  H12  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C26  H13  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  O28  H14  single    0.850  0.020  0.980
 0OE  C31  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C31  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C32  H17  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C32  H18  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C33  H19  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C33  H20  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C35  H21  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C37  H22  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C38  H23  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0OE  H1   N1   C5   126.77  3.000
 0OE  H1   N1   N2   119.39  3.000
 0OE  C5   N1   N2   113.72  3.000
 0OE  C3   N2   N1   105.06  3.000
 0OE  H2   C3   C4   128.02  3.000
 0OE  H2   C3   N2   120.62  3.000
 0OE  C4   C3   N2   111.33  3.000
 0OE  C12  C4   C5   126.90  3.000
 0OE  C12  C4   C3   128.53  3.000
 0OE  C5   C4   C3   104.40  3.000
 0OE  C6   C5   C4   131.71  3.000
 0OE  C4   C5   N1   105.49  3.000
 0OE  C6   C5   N1   122.80  3.000
 0OE  C11  C6   C7   119.57  3.000
 0OE  C11  C6   C5   120.37  3.000
 0OE  C7   C6   C5   120.06  3.000
 0OE  H3   C7   C8   119.96  3.000
 0OE  H3   C7   C6   120.69  3.000
 0OE  C8   C7   C6   119.33  3.000
 0OE  CL   C8   C9   119.42  3.000
 0OE  C9   C8   C7   121.54  3.000
 0OE  CL   C8   C7   119.04  3.000
 0OE  H4   C9   C10  120.59  3.000
 0OE  H4   C9   C8   120.69  3.000
 0OE  C10  C9   C8   118.73  3.000
 0OE  H5   C10  C11  119.90  3.000
 0OE  H5   C10  C9   119.42  3.000
 0OE  C11  C10  C9   120.67  3.000
 0OE  H6   C11  C10  119.58  3.000
 0OE  H6   C11  C6   120.25  3.000
 0OE  C10  C11  C6   120.16  3.000
 0OE  N16  C12  N13  113.04  3.000
 0OE  N13  C12  C4   122.68  3.000
 0OE  N16  C12  C4   124.28  3.000
 0OE  C31  N13  C14  124.96  3.000
 0OE  C31  N13  C12  127.80  3.000
 0OE  C14  N13  C12  106.40  3.000
 0OE  C17  C14  C15  122.12  3.000
 0OE  C17  C14  N13  132.53  3.000
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 0OE  C20  C15  N16  129.87  3.000
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 0OE  H7   C17  C18  120.68  3.000
 0OE  H7   C17  C14  122.46  3.000
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 0OE  H8   C18  C17  118.43  3.000
 0OE  C19  C18  C17  122.31  3.000
 0OE  C21  C19  C20  120.29  3.000
 0OE  C20  C19  C18  119.85  3.000
 0OE  C21  C19  C18  119.85  3.000
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 0OE  H9   C20  C15  120.03  3.000
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