# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr  4 16:36:31 2020
#   Inital geometry file: a 158 line input string
#   Ligand name: 4-{2-[5-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-1-[3-(1H-imidazol-1-yl)propyl]-1H-benzimidazol-5-yl}benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1ccc(cc1)c2ccc3n(CCCn4ccnc4)c(nc3c2)c5cn[nH]c5c6cccc(Cl)c6
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0OE  0OE  '4-{2-[5-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]-1-[3-(1H-imidazol-1-yl)propyl]-1H-benzimidazol-5-yl}benzoic acid'  ligand  60  38  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0OE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0OE  N1   N   NR15   0  -0.500   4.2670   2.0599  -2.0902
 0OE  N2   N   N      0  -0.246   4.3977   1.2854  -3.1592
 0OE  C3   C   CR15   0  -0.082   3.3476   0.4927  -3.1374
 0OE  C4   C   CR5    0  -0.284   2.5251   0.7614  -2.0247
 0OE  C5   C   CR5    0   0.466   3.1671   1.7974  -1.3637
 0OE  C6   C   CR6    0   0.043   2.8337   2.5244  -0.1400
 0OE  C7   C   CR16   0  -0.259   3.0317   3.9024  -0.0702
 0OE  C8   C   CR6    0  -0.025   2.7203   4.5742   1.1006
 0OE  C9   C   CR16   0  -0.216   2.2096   3.9094   2.2037
 0OE  C10  C   CR16   0  -0.246   2.0152   2.5372   2.1248
 0OE  C11  C   CR16   0  -0.282   2.3253   1.8456   0.9663
 0OE  C12  C   CR5    0   0.391   1.2382   0.1757  -1.6856
 0OE  N13  N   NR5    0  -0.544   1.0471  -1.1751  -1.5715
 0OE  C14  C   CR56   0   0.335  -0.2691  -1.3522  -1.2298
 0OE  C15  C   CR56   0   0.160  -0.8129  -0.0617  -1.1662
 0OE  N16  N   N      0  -0.464   0.1517   0.8667  -1.4629
 0OE  C17  C   CR16   0  -0.297  -1.0310  -2.4864  -0.9762
 0OE  C18  C   CR16   0  -0.331  -2.3613  -2.2875  -0.6600
 0OE  C19  C   CR6    0   0.074  -2.9398  -1.0019  -0.5940
 0OE  C20  C   CR16   0  -0.413  -2.1568   0.1176  -0.8507
 0OE  C21  C   CR6    0   0.085  -4.3698  -0.8518  -0.2550
 0OE  C22  C   CR16   0  -0.307  -5.3170  -1.7838  -0.6849
 0OE  C23  C   CR16   0  -0.274  -6.6589  -1.6341  -0.3717
 0OE  C24  C   CR6    0  -0.112  -7.1073  -0.5507   0.3791
 0OE  C25  C   CR16   0  -0.275  -6.1636   0.3783   0.8101
 0OE  C26  C   CR16   0  -0.304  -4.8206   0.2319   0.5019
 0OE  C27  C   C      0   0.394  -8.5820  -0.3847   0.7186
 0OE  O28  O   OC    -1  -0.594  -8.8889   0.6179   1.3922
 0OE  O29  O   O      0  -0.594  -9.3561  -1.2643   0.2943
 0OE  CL   CL  CL     0  -0.121   2.9657   6.2870   1.1779
 0OE  C31  C   CH2    0  -0.329   2.0516  -2.2177  -1.5711
 0OE  C32  C   CH2    0  -0.451   2.4989  -2.5726  -0.1589
 0OE  C33  C   CH2    0  -0.303   3.5690  -3.6551  -0.1845
 0OE  N34  N   NR5    0  -0.399   4.0070  -4.0155   1.1473
 0OE  C35  C   CR15   0   0.096   5.1023  -3.5492   1.7836
 0OE  N36  N   N      0  -0.456   5.1959  -4.0132   3.0035
 0OE  C37  C   CR15   0  -0.218   4.1022  -4.8151   3.1682
 0OE  C38  C   CR15   0  -0.107   3.3496  -4.8271   2.0288
 0OE  H1   H   HNR5   0   0.429   4.9938   2.7238  -1.8682
 0OE  H2   H   HCR5   0   0.276   3.1871  -0.2293  -3.9239
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 0OE  H4   H   HCR6   0   0.286   1.9665   4.4484   3.1090
 0OE  H5   H   HCR6   0   0.276   1.6249   2.0059   2.9821
 0OE  H6   H   HCR6   0   0.259   2.1862   0.7735   0.9308
 0OE  H7   H   HCR6   0   0.269  -0.6157  -3.4853  -1.0136
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 0OE  H9   H   HCR6   0   0.253  -2.5789   1.1146  -0.8256
 0OE  H10  H   HCR6   0   0.245  -5.0084  -2.6281  -1.2897
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 0OE  H12  H   HCR6   0   0.242  -6.4836   1.2260   1.4015
 0OE  H13  H   HCR6   0   0.245  -4.1112   0.9616   0.8733
 0OE  H15  H   HCH2   0   0.278   1.6395  -3.0897  -2.0819
 0OE  H16  H   HCH2   0   0.278   2.9010  -1.8838  -2.1648
 0OE  H17  H   HCH2   0   0.252   2.8954  -1.6813   0.3342
 0OE  H18  H   HCH2   0   0.256   1.6435  -2.9147   0.4290
 0OE  H19  H   HCH2   0   0.273   3.1983  -4.5531  -0.6805
 0OE  H20  H   HCH2   0   0.273   4.4428  -3.3170  -0.7427
 0OE  H21  H   HCR5   0   0.279   5.7989  -2.8778   1.3030
 0OE  H22  H   HCR5   0   0.250   3.9146  -5.3455   4.0892
 0OE  H23  H   HCR5   0   0.289   2.4341  -5.3342   1.7719

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0OE  CL   C8   single    1.732  0.020  1.732
 0OE  C9   C8   aromatic  1.386  0.020  1.386
 0OE  C9   C10  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0OE  C8   C7   aromatic  1.385  0.020  1.385
 0OE  C10  C11  aromatic  1.384  0.020  1.384
 0OE  C7   C6   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0OE  C11  C6   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0OE  C6   C5   single    1.462  0.020  1.462
 0OE  O29  C27  deloc     1.246  0.020  1.246
 0OE  C25  C26  aromatic  1.386  0.020  1.386
 0OE  C25  C24  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0OE  C26  C21  aromatic  1.397  0.020  1.397
 0OE  C27  C24  single    1.522  0.020  1.522
 0OE  C27  O28  deloc     1.246  0.020  1.246
 0OE  C24  C23  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0OE  C5   N1   aromatic  1.344  0.020  1.344
 0OE  C5   C4   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0OE  C21  C19  single    1.477  0.020  1.477
 0OE  C21  C22  aromatic  1.397  0.020  1.397
 0OE  N1   N2   aromatic  1.327  0.020  1.327
 0OE  C20  C19  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OE  C20  C15  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0OE  C19  C18  aromatic  1.411  0.020  1.411
 0OE  C15  N16  aromatic  1.371  0.020  1.371
 0OE  C15  C14  aromatic  1.402  0.020  1.402
 0OE  C18  C17  aromatic  1.382  0.020  1.382
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 0OE  C23  C22  aromatic  1.386  0.020  1.386
 0OE  C14  C17  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0OE  C14  N13  aromatic  1.371  0.020  1.371
 0OE  C12  N13  aromatic  1.369  0.020  1.369
 0OE  C12  C4   single    1.454  0.020  1.454
 0OE  N13  C31  single    1.448  0.020  1.448
 0OE  C4   C3   aromatic  1.409  0.020  1.409
 0OE  C31  C32  single    1.523  0.020  1.523
 0OE  N2   C3   aromatic  1.316  0.020  1.316
 0OE  N36  C35  aromatic  1.308  0.020  1.308
 0OE  N36  C37  aromatic  1.366  0.020  1.366
 0OE  C35  N34  aromatic  1.350  0.020  1.350
 0OE  C32  C33  single    1.522  0.020  1.522
 0OE  N34  C33  single    1.448  0.020  1.448
 0OE  N34  C38  aromatic  1.367  0.020  1.367
 0OE  C37  C38  aromatic  1.366  0.020  1.366
 0OE  N1   H1   single    0.860  0.020  1.020
 0OE  C3   H2   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C7   H3   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C9   H4   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C10  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C11  H6   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C17  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C18  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C20  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C22  H10  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C23  H11  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C25  H12  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C26  H13  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C31  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C31  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C32  H17  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C32  H18  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C33  H19  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C33  H20  single    0.970  0.020  1.090
 0OE  C35  H21  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C37  H22  single    0.930  0.020  1.080
 0OE  C38  H23  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0OE  H1   N1   C5   126.80  3.000
 0OE  H1   N1   N2   119.37  3.000
 0OE  C5   N1   N2   113.71  3.000
 0OE  C3   N2   N1   105.06  3.000
 0OE  H2   C3   C4   128.01  3.000
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 0OE  C4   C3   N2   111.34  3.000
 0OE  C12  C4   C5   126.84  3.000
 0OE  C12  C4   C3   128.59  3.000
 0OE  C5   C4   C3   104.40  3.000
 0OE  C6   C5   C4   131.69  3.000
 0OE  C4   C5   N1   105.49  3.000
 0OE  C6   C5   N1   122.82  3.000
 0OE  C11  C6   C7   119.57  3.000
 0OE  C11  C6   C5   120.35  3.000
 0OE  C7   C6   C5   120.08  3.000
 0OE  H3   C7   C8   119.96  3.000
 0OE  H3   C7   C6   120.69  3.000
 0OE  C8   C7   C6   119.33  3.000
 0OE  CL   C8   C9   119.42  3.000
 0OE  C9   C8   C7   121.54  3.000
 0OE  CL   C8   C7   119.04  3.000
 0OE  H4   C9   C10  120.59  3.000
 0OE  H4   C9   C8   120.68  3.000
 0OE  C10  C9   C8   118.73  3.000
 0OE  H5   C10  C11  119.92  3.000
 0OE  H5   C10  C9   119.41  3.000
 0OE  C11  C10  C9   120.67  3.000
 0OE  H6   C11  C10  119.59  3.000
 0OE  H6   C11  C6   120.23  3.000
 0OE  C10  C11  C6   120.17  3.000
 0OE  N16  C12  N13  113.05  3.000
 0OE  N13  C12  C4   122.71  3.000
 0OE  N16  C12  C4   124.24  3.000
 0OE  C31  N13  C14  124.95  3.000
 0OE  C31  N13  C12  127.86  3.000
 0OE  C14  N13  C12  106.39  3.000
 0OE  C17  C14  C15  122.03  3.000
 0OE  C17  C14  N13  132.61  3.000
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 0OE  C20  C15  N16  129.86  3.000
 0OE  N16  C15  C14  109.91  3.000
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 0OE  H7   C17  C18  120.67  3.000
 0OE  H7   C17  C14  122.45  3.000
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 0OE  C19  C18  C17  122.44  3.000
 0OE  C21  C19  C20  120.39  3.000
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 0OE  C21  C19  C18  120.00  3.000
 0OE  H9   C20  C19  121.18  3.000
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 0OE  C19  C20  C15  118.81  3.000
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_chem_comp_tor.id
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_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
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