# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 07:48:32 2020
#   Inital geometry file: a 178 line input string
#   Ligand name: 4-{[(R)-hydroxy(octadecyloxy)phosphoryl]oxy}-1,1-dimethylpiperidinium
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCCCCCCCCCO[P](O)(=O)OC1CC[N+](C)(C)CC1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0O8  0O8  4-{[(R)-hydroxy(octadecyloxy)phosphoryl]oxy}-1,1-dimethylpiperidinium  ligand  84  31  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0O8
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0O8  O1   O  OH1   0  -0.892    6.5244  -2.2733  -1.0292
 0O8  P1   P  P     0   1.449    6.2931  -1.2138   0.1456
 0O8  O2   O  O     0  -0.783    6.4564  -1.8845   1.4484
 0O8  O3   O  O2    0  -0.587    4.9193  -0.4668  -0.1348
 0O8  C1   C  CH2   0  -0.279    3.6728  -1.1808  -0.0165
 0O8  C2   C  CH2   0  -0.506    2.5348  -0.1858  -0.0454
 0O8  C3   C  CH2   0  -0.376    1.1899  -0.8981   0.0441
 0O8  O4   O  O2    0  -0.533    7.2534   0.0293  -0.1438
 0O8  C4   C  CH1   0   0.032    8.6659  -0.0966   0.0566
 0O8  C5   C  CH2   0  -0.384    9.3750   0.1273  -1.2666
 0O8  C6   C  CH2   0  -0.253   10.8791   0.1226  -1.0727
 0O8  N1   N  NT    1  -0.405   11.3422   1.1335  -0.0605
 0O8  C7   C  CH3   0  -0.405   11.1281   2.5209  -0.5563
 0O8  C8   C  CH3   0  -0.382   12.7996   0.9417   0.1721
 0O8  C9   C  CH2   0  -0.254   10.6167   0.9094   1.2369
 0O8  C10  C  CH2   0  -0.343    9.1093   0.9309   1.0817
 0O8  H1   H  HOH1  0   0.628    6.4183  -1.9374  -1.9296
 0O8  H2   H  HCH2  0   0.424    3.5834  -1.8869  -0.8460
 0O8  H3   H  HCH2  0   0.273    3.6569  -1.7507   0.9163
 0O8  H4   H  HCH2  0   0.326    2.6401   0.5159   0.7868
 0O8  H5   H  HCH2  0   0.265    2.5822   0.3987  -0.9691
 0O8  H6   H  HCH1  0   0.214    8.9173  -1.0967   0.4294
 0O8  H7   H  HCH2  0   0.329    9.1455  -0.6775  -1.9672
 0O8  H8   H  HCH2  0   0.238    9.0334   1.0564  -1.7282
 0O8  H9   H  HCH2  0   0.205   11.2164  -0.8501  -0.7124
 0O8  H10  H  HCH2  0   0.294   11.3983   0.3340  -2.0061
 0O8  H11  H  HCH3  0   0.304   10.0782   2.7017  -0.7552
 0O8  H12  H  HCH3  0   0.188   11.4775   3.2193   0.1992
 0O8  H13  H  HCH3  0   0.245   11.6985   2.6582  -1.4709
 0O8  H14  H  HCH3  0   0.262   13.3329   1.0968  -0.7619
 0O8  H15  H  HCH3  0   0.208   13.1388   1.6620   0.9118
 0O8  H16  H  HCH3  0   0.229   12.9757  -0.0675   0.5340
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 0O8  H18  H  HCH2  0   0.252   10.9525   1.6744   1.9350
 0O8  H19  H  HCH2  0   0.271    8.7501   1.9244   0.8044
 0O8  H20  H  HCH2  0   0.238    8.6841   0.7014   2.0600
 0O8  H21  H  HCH2  0   0.215    1.0969  -1.6081  -0.7846
 0O8  H22  H  HCH2  0   0.168    1.1512  -1.4945   0.9620
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 0O8  C22  C  CH2   0  -0.401  -14.0167  -0.1309   0.0430
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 0O8  H34  H  HCH2  0   0.195   -6.4309  -0.8610   1.1051
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 0O8  H40  H  HCH2  0   0.199  -10.1557   1.1229  -1.0081
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 0O8  H44  H  HCH2  0   0.199  -12.7028   1.1641  -1.0631
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 0O8  H48  H  HCH2  0   0.199  -15.2470   1.2003  -1.1166
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 0O8  H50  H  HCH2  0   0.204  -16.5904  -0.5932   0.9572
 0O8  H51  H  HCH3  0   0.208  -17.8728   1.5316   0.5545
 0O8  H52  H  HCH3  0   0.208  -17.8172   1.2352  -1.1798
 0O8  H53  H  HCH3  0   0.212  -18.7203   0.1477  -0.1303

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0O8  O1   H1   single  0.850  0.020  0.980
 0O8  P1   O1   single  1.599  0.020  1.599
 0O8  P1   O4   single  1.597  0.020  1.597
 0O8  O2   P1   double  1.474  0.020  1.474
 0O8  O3   P1   single  1.589  0.020  1.589
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 0O8  C1   H3   single  0.970  0.020  1.090
 0O8  C2   C1   single  1.512  0.020  1.512
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 0O8  C3   C2   single  1.525  0.020  1.525
 0O8  O4   C4   single  1.432  0.020  1.432
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 0O8  C5   C4   single  1.518  0.020  1.518
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 0O8  C5   H8   single  0.970  0.020  1.090
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.volume_sign
 0O8  chir_02  C4  O4  C10  C5  positiv
 0O8  chir_03  P1  O4  O2   O3  both

