# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr  4 17:10:04 2020
#   Inital geometry file: a 154 line input string
#   Ligand name: 6-amino-4-{2-[(cyclopentylmethyl)amino]ethyl}-2-[(2-phenylethyl)amino]-3,7-dihydro-8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC1=Nc2c(CCNCC3CCCC3)c4[nH]c(NCCc5ccccc5)nc4cc2C(=O)N1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0O1  0O1  6-amino-4-{2-[(cyclopentylmethyl)amino]ethyl}-2-[(2-phenylethyl)amino]-3,7-dihydro-8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one  ligand  64  33  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0O1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0O1  C1   C  CH2   0  -0.262  -0.8345   4.1043   0.4772
 0O1  N1   N  NH1   0  -0.597  -0.8524   3.0350  -0.5008
 0O1  C2   C  CH2   0  -0.244  -1.3975   1.7996   0.0234
 0O1  C3   C  CH2   0  -0.528  -1.4440   0.7187  -1.0544
 0O1  C4   C  CR6   0  -0.009  -1.9334  -0.5885  -0.5080
 0O1  C5   C  CR66  0   0.206  -3.3055  -0.8597  -0.3313
 0O1  N2   N  N     0  -0.512  -4.2015   0.1039  -0.7185
 0O1  C6   C  CR6   0   0.639  -5.4613  -0.1329  -0.5669
 0O1  N3   N  NR16  0  -0.718  -5.9413  -1.2962  -0.0288
 0O1  C7   C  CR6   0   0.546  -5.1412  -2.3307   0.4016
 0O1  C8   C  CR66  0  -0.134  -3.7182  -2.0891   0.2355
 0O1  C9   C  CR16  0  -0.420  -2.8054  -3.0704   0.6413
 0O1  C10  C  CR56  0   0.167  -1.4639  -2.8138   0.4733
 0O1  C11  C  CR56  0   0.339  -1.0675  -1.5799  -0.0966
 0O1  N4   N  NR15  0  -0.759   0.3044  -1.6425  -0.1198
 0O1  C12  C  CR5   0   0.679   0.6653  -2.8552   0.4035
 0O1  N5   N  N     0  -0.535  -0.3605  -3.5804   0.7743
 0O1  N6   N  NH1   0  -0.693   1.9517  -3.2376   0.4845
 0O1  C13  C  CH2   0  -0.270   3.0657  -2.3431   0.2522
 0O1  O1   O  O     0  -0.472  -5.6399  -3.3412   0.8734
 0O1  C14  C  CR15  0  -0.242  -0.2202   5.3737  -0.0918
 0O1  N7   N  NH2   0  -0.836  -6.3893   0.7575  -0.9853
 0O1  C15  C  CH2   0  -0.547   4.3767  -3.1220   0.2839
 0O1  C16  C  CR6   0   0.120   5.5443  -2.2211  -0.0059
 0O1  C17  C  CR16  0  -0.240   7.1519  -0.5677   0.7219
 0O1  C18  C  CR16  0  -0.303   6.1008  -1.4314   0.9984
 0O1  C19  C  CR16  0  -0.270   7.6641  -0.4823  -0.5666
 0O1  C20  C  CR16  0  -0.307   6.0644  -2.1258  -1.2942
 0O1  C21  C  CR16  0  -0.240   7.1173  -1.2647  -1.5750
 0O1  C22  C  CH2   0  -0.449  -0.1682   6.5183   0.9523
 0O1  C23  C  CH2   0  -0.427   1.2362   5.1755  -0.5558
 0O1  C24  C  CH2   0  -0.440   1.3176   6.8300   1.1612
 0O1  C25  C  CH2   0  -0.445   1.9518   6.4706  -0.1789
 0O1  H1   H  HCH2  0   0.196  -1.8394   4.3282   0.8718
 0O1  H2   H  HCH2  0   0.210  -0.2362   3.7763   1.3362
 0O1  H3   H  HNH1  0   0.335  -1.4152   3.3318  -1.2912
 0O1  H5   H  HCH2  0   0.217  -0.7565   1.4634   0.8450
 0O1  H6   H  HCH2  0   0.198  -2.4065   1.9195   0.4464
 0O1  H7   H  HCH2  0   0.247  -2.0951   1.0479  -1.8672
 0O1  H8   H  HCH2  0   0.233  -0.4460   0.6044  -1.4870
 0O1  H9   H  HNR6  0   0.420  -6.9406  -1.4319   0.0540
 0O1  H10  H  HCR6  0   0.252  -3.1526  -3.9993   1.0740
 0O1  H11  H  HNR5  0   0.422   0.9269  -0.9317  -0.4681
 0O1  H13  H  HNH1  0   0.401   2.1181  -4.0487   1.0593
 0O1  H14  H  HCH2  0   0.245   2.9605  -1.8767  -0.7312
 0O1  H15  H  HCH2  0   0.244   3.0986  -1.5354   0.9930
 0O1  H16  H  HCR5  0   0.224  -0.8306   5.6939  -0.9436
 0O1  H17  H  HNH2  0   0.401  -6.0453   1.6794  -1.1973
 0O1  H18  H  HNH2  0   0.404  -7.3126   0.7342  -0.5848
 0O1  H19  H  HCH2  0   0.260   4.4944  -3.5882   1.2661
 0O1  H20  H  HCH2  0   0.261   4.3306  -3.9275  -0.4523
 0O1  H21  H  HCR6  0   0.255   7.5732   0.0382   1.5137
 0O1  H22  H  HCR6  0   0.249   5.7116  -1.4954   2.0081
 0O1  H23  H  HCR6  0   0.255   8.4868   0.1876  -0.7812
 0O1  H24  H  HCR6  0   0.249   5.6431  -2.7355  -2.0853
 0O1  H25  H  HCR6  0   0.255   7.5116  -1.2071  -2.5815
 0O1  H26  H  HCH2  0   0.226  -0.6863   7.4018   0.5735
 0O1  H27  H  HCH2  0   0.226  -0.6653   6.2429   1.8857
 0O1  H28  H  HCH2  0   0.213   1.6838   4.3400  -0.0083
 0O1  H29  H  HCH2  0   0.226   1.3146   4.9354  -1.6167
 0O1  H30  H  HCH2  0   0.227   1.4953   7.8637   1.4626
 0O1  H31  H  HCH2  0   0.215   1.7325   6.1904   1.9456
 0O1  H32  H  HCH2  0   0.225   3.0366   6.3603  -0.1283
 0O1  H33  H  HCH2  0   0.213   1.7401   7.2520  -0.9152

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0O1  C19  C21  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0O1  C19  C17  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0O1  C21  C20  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0O1  C17  C18  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0O1  C20  C16  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0O1  C18  C16  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0O1  C16  C15  single    1.503  0.020  1.503
 0O1  C15  C13  single    1.525  0.020  1.525
 0O1  C13  N6   single    1.447  0.020  1.447
 0O1  C25  C23  single    1.527  0.020  1.527
 0O1  C25  C24  single    1.525  0.020  1.525
 0O1  N6   C12  single    1.344  0.020  1.344
 0O1  C23  C14  single    1.541  0.020  1.541
 0O1  C24  C22  single    1.532  0.020  1.532
 0O1  C14  C22  single    1.550  0.020  1.550
 0O1  C14  C1   single    1.521  0.020  1.521
 0O1  C12  N4   aromatic  1.369  0.020  1.369
 0O1  C12  N5   aromatic  1.310  0.020  1.310
 0O1  N1   C1   single    1.449  0.020  1.449
 0O1  N1   C2   single    1.448  0.020  1.448
 0O1  N4   C11  aromatic  1.374  0.020  1.374
 0O1  N5   C10  aromatic  1.377  0.020  1.377
 0O1  C2   C3   single    1.527  0.020  1.527
 0O1  C11  C10  aromatic  1.416  0.020  1.416
 0O1  C11  C4   aromatic  1.379  0.020  1.379
 0O1  C3   C4   single    1.499  0.020  1.499
 0O1  C10  C9   aromatic  1.376  0.020  1.376
 0O1  C4   C5   aromatic  1.410  0.020  1.410
 0O1  C9   C8   aromatic  1.400  0.020  1.400
 0O1  C5   C8   aromatic  1.415  0.020  1.415
 0O1  C5   N2   single    1.372  0.020  1.372
 0O1  C8   C7   single    1.453  0.020  1.453
 0O1  N2   C6   double    1.291  0.020  1.291
 0O1  C7   O1   double    1.222  0.020  1.222
 0O1  C7   N3   single    1.377  0.020  1.377
 0O1  C6   N3   single    1.369  0.020  1.369
 0O1  C6   N7   single    1.352  0.020  1.352
 0O1  C1   H1   single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C1   H2   single    0.970  0.020  1.090
 0O1  N1   H3   single    0.890  0.020  1.040
 0O1  C2   H5   single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C2   H6   single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C3   H7   single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C3   H8   single    0.970  0.020  1.090
 0O1  N3   H9   single    0.860  0.020  1.020
 0O1  C9   H10  single    0.930  0.020  1.080
 0O1  N4   H11  single    0.860  0.020  1.020
 0O1  N6   H13  single    0.890  0.020  1.040
 0O1  C13  H14  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C13  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C14  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  N7   H17  single    0.890  0.020  1.040
 0O1  N7   H18  single    0.890  0.020  1.040
 0O1  C15  H19  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C15  H20  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C17  H21  single    0.930  0.020  1.080
 0O1  C18  H22  single    0.930  0.020  1.080
 0O1  C19  H23  single    0.930  0.020  1.080
 0O1  C20  H24  single    0.930  0.020  1.080
 0O1  C21  H25  single    0.930  0.020  1.080
 0O1  C22  H26  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C22  H27  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C23  H28  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C23  H29  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C24  H30  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C24  H31  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C25  H32  single    0.970  0.020  1.090
 0O1  C25  H33  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0O1  H2   C1   H1   106.12  3.000
 0O1  H2   C1   C14  108.80  3.000
 0O1  H1   C1   C14  109.42  3.000
 0O1  H2   C1   N1   108.34  3.000
 0O1  H1   C1   N1   112.34  3.000
 0O1  C14  C1   N1   111.62  3.000
 0O1  H3   N1   C2   108.82  3.000
 0O1  H3   N1   C1   108.47  3.000
 0O1  C2   N1   C1   112.94  3.000
 0O1  H6   C2   H5   106.36  3.000
 0O1  H6   C2   C3   108.69  3.000
 0O1  H5   C2   C3   109.28  3.000
 0O1  H6   C2   N1   113.03  3.000
 0O1  H5   C2   N1   108.25  3.000
 0O1  C3   C2   N1   111.08  3.000
 0O1  H8   C3   H7   106.32  3.000
 0O1  H8   C3   C4   110.55  3.000
 0O1  H7   C3   C4   109.85  3.000
 0O1  H8   C3   C2   108.98  3.000
 0O1  H7   C3   C2   109.27  3.000
 0O1  C4   C3   C2   111.71  3.000
 0O1  C11  C4   C5   115.81  3.000
 0O1  C5   C4   C3   122.08  3.000
 0O1  C11  C4   C3   122.05  3.000
 0O1  C8   C5   N2   122.20  3.000
 0O1  N2   C5   C4   117.73  3.000
 0O1  C8   C5   C4   120.07  3.000
 0O1  C6   N2   C5   118.40  3.000
 0O1  N7   C6   N3   116.14  3.000
 0O1  N7   C6   N2   120.84  3.000
 0O1  N3   C6   N2   122.98  3.000
 0O1  H9   N3   C7   116.59  3.000
 0O1  H9   N3   C6   119.51  3.000
 0O1  C7   N3   C6   123.90  3.000
 0O1  O1   C7   C8   125.56  3.000
 0O1  O1   C7   N3   120.33  3.000
 0O1  C8   C7   N3   114.11  3.000
 0O1  C9   C8   C7   119.26  3.000
 0O1  C7   C8   C5   118.41  3.000
 0O1  C9   C8   C5   122.32  3.000
 0O1  H10  C9   C10  121.45  3.000
 0O1  H10  C9   C8   120.55  3.000
 0O1  C10  C9   C8   118.00  3.000
 0O1  N5   C10  C11  110.42  3.000
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 0O1  N5   C10  C9   130.60  3.000
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 0O1  C10  C11  C4   124.81  3.000
 0O1  N4   C11  C4   130.91  3.000
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 0O1  H32  C25  C23  113.04  3.000
 0O1  C24  C25  C23  102.82  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0O1  chir_01  C14  C23  C22  C1  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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 0O1  plan-3  H13  0.020

