# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 29 15:47:15 2022
#   Inital geometry file: a 138 line input string
#   Ligand name: 6-(1,3-dimethyl-5-oxidanyl-pyrazol-4-yl)carbonyl-1,5-dimethyl-3-(2-methylphenyl)quinazoline-2,4-dione
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cn1nc(C)c(c1O)C(=O)c2ccc3N(C)C(=O)N(C(=O)c3c2C)c4ccccc4C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0O0  0O0  "6-(1,3-dimethyl-5-oxidanyl-pyrazol-4-yl)carbonyl-1,5-dimethyl-3-(2-methylphenyl)quinazoline-2,4-dione"  ligand  53  31  .  2022-09-22  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0O0
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0O0  C13  C  CR16  0  -0.246  -4.4317  -2.3999  83.6143
 0O0  C15  C  CR16  0  -0.229  -6.0911  -4.0370  84.1668
 0O0  C17  C  CR6   0   0.099  -3.8620  -4.2315  85.1013
 0O0  C24  C  CR5   0  -0.340   4.2668  -3.8161  82.3641
 0O0  C28  C  CR5   0   0.268   4.1340  -4.9122  83.2653
 0O0  C2   C  CR6   0  -0.088   2.3907  -2.2684  83.0438
 0O0  C3   C  CR16  0  -0.238   2.6110  -1.3567  84.0712
 0O0  C4   C  CR16  0  -0.361   1.6069  -1.0010  84.9393
 0O0  C5   C  CR66  0   0.447   0.3331  -1.5515  84.7811
 0O0  C6   C  CR66  0  -0.143   0.0945  -2.4583  83.7345
 0O0  C7   C  CR6   0   0.079   1.1313  -2.8237  82.8462
 0O0  C9   C  CR6   0   0.719  -1.9532  -1.6683  85.5567
 0O0  C11  C  CR6   0   0.574  -1.2551  -3.0127  83.5991
 0O0  C12  C  CR6   0   0.284  -3.5204  -3.0697  84.4128
 0O0  C14  C  CR16  0  -0.285  -5.7259  -2.8833  83.4886
 0O0  C16  C  CR16  0  -0.322  -5.1664  -4.6992  84.9622
 0O0  C18  C  CH3   0  -0.733   0.9261  -3.7701  81.6959
 0O0  C19  C  CH3   0  -0.737  -2.8675  -4.9546  85.9586
 0O0  C25  C  CR5   0   0.653   5.3800  -4.1580  81.5870
 0O0  C31  C  CH3   0  -0.759   3.1331  -5.1222  84.3462
 0O0  N8   N  NR6   0  -0.620  -0.6757  -1.1907  85.6575
 0O0  N10  N  NR6   0  -0.703  -2.1873  -2.5545  84.5208
 0O0  N26  N  NR5   0  -0.333   5.8191  -5.3344  82.0143
 0O0  N27  N  N     0  -0.308   5.0648  -5.8036  83.0432
 0O0  O23  O  O     0  -0.465  -2.8437  -1.3536  86.3164
 0O0  O30  O  OH1   0  -0.591   5.9521  -3.5023  80.6026
 0O0  H1   H  HCR6  0   0.260  -4.1272  -1.5004  83.0941
 0O0  H2   H  HCR6  0   0.257  -7.0976  -4.4246  84.0776
 0O0  H3   H  HCH3  0   0.290  -1.2763  -0.1058  87.3296
 0O0  H4   H  HCH3  0   0.263   0.3930  -0.6708  87.3901
 0O0  H5   H  HCH3  0   0.263  -0.0524   0.6962  86.3469
 0O0  H7   H  HCR6  0   0.275   3.5946  -0.9242  84.2063
 0O0  H8   H  HCR6  0   0.298   1.8257  -0.2960  85.7258
 0O0  H9   H  HCR6  0   0.259  -6.4405  -2.3619  82.8657
 0O0  H10  H  HCR6  0   0.254  -5.4606  -5.6001  85.4867
 0O0  H11  H  HCH3  0   0.259   0.6219  -4.7592  82.0337
 0O0  H12  H  HCH3  0   0.264   0.1558  -3.4120  81.0159
 0O0  H13  H  HCH3  0   0.247   1.8401  -3.8886  81.1194
 0O0  H14  H  HCH3  0   0.250  -2.4752  -4.3166  86.7518
 0O0  H15  H  HCH3  0   0.257  -3.3253  -5.8216  86.4317
 0O0  H16  H  HCH3  0   0.251  -2.0155  -5.3088  85.3759
 0O0  H17  H  HCH3  0   0.265   7.6247  -6.3127  82.3474
 0O0  H18  H  HCH3  0   0.264   6.5795  -7.0584  81.1219
 0O0  H19  H  HCH3  0   0.265   7.4548  -5.5659  80.7541
 0O0  H20  H  HCH3  0   0.261   3.3925  -6.0051  84.9277
 0O0  H21  H  HCH3  0   0.254   3.0851  -4.2666  85.0193
 0O0  H22  H  HCH3  0   0.257   2.1319  -5.2701  83.9404
 0O0  H6   H  HOH1  0   0.490   5.4636  -2.6604  80.5025
 0O0  O22  O  O     0  -0.422  -1.6041  -3.8217  82.7669
 0O0  C20  C  CH3   0  -0.563  -0.3814  -0.2639  86.7418
 0O0  C1   C  C     0   0.320   3.5616  -2.5870  82.1705
 0O0  C29  C  CH3   0  -0.518   6.9321  -6.1140  81.5323
 0O0  O21  O  O     0  -0.440   3.9396  -1.7667  81.3344

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0O0  O30  C25  single    1.314  0.020  1.314
 0O0  O21  C1   double    1.231  0.020  1.231
 0O0  C18  C7   single    1.504  0.020  1.504
 0O0  C25  N26  aromatic  1.326  0.020  1.326
 0O0  C25  C24  aromatic  1.400  0.020  1.400
 0O0  C1   C24  single    1.430  0.020  1.430
 0O0  C1   C2   single    1.495  0.020  1.495
 0O0  C29  N26  single    1.442  0.020  1.442
 0O0  N26  N27  aromatic  1.359  0.020  1.359
 0O0  C24  C28  aromatic  1.425  0.020  1.425
 0O0  C7   C2   aromatic  1.391  0.020  1.391
 0O0  C7   C6   aromatic  1.413  0.020  1.413
 0O0  O22  C11  double    1.212  0.020  1.212
 0O0  C2   C3   aromatic  1.391  0.020  1.391
 0O0  N27  C28  aromatic  1.308  0.020  1.308
 0O0  C28  C31  single    1.488  0.020  1.488
 0O0  C11  C6   single    1.465  0.020  1.465
 0O0  C11  N10  single    1.389  0.020  1.389
 0O0  C6   C5   aromatic  1.405  0.020  1.405
 0O0  C14  C13  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0O0  C14  C15  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0O0  C13  C12  aromatic  1.385  0.020  1.385
 0O0  C3   C4   aromatic  1.374  0.020  1.374
 0O0  C15  C16  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0O0  C12  N10  single    1.433  0.020  1.433
 0O0  C12  C17  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0O0  N10  C9   single    1.383  0.020  1.383
 0O0  C5   C4   aromatic  1.397  0.020  1.397
 0O0  C5   N8   single    1.384  0.020  1.384
 0O0  C16  C17  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0O0  C17  C19  single    1.499  0.020  1.499
 0O0  C9   N8   single    1.368  0.020  1.368
 0O0  C9   O23  double    1.212  0.020  1.212
 0O0  N8   C20  single    1.456  0.020  1.456
 0O0  C13  H1   single    0.930  0.020  1.080
 0O0  C15  H2   single    0.930  0.020  1.080
 0O0  C20  H3   single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C20  H4   single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C20  H5   single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C3   H7   single    0.930  0.020  1.080
 0O0  C4   H8   single    0.930  0.020  1.080
 0O0  C14  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0O0  C16  H10  single    0.930  0.020  1.080
 0O0  C18  H11  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C18  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C18  H13  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C19  H14  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C19  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C19  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C29  H17  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C29  H18  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C29  H19  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C31  H20  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C31  H21  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  C31  H22  single    0.970  0.020  1.090
 0O0  O30  H6   single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0O0  H1   C13  C14  120.55  3.000
 0O0  H1   C13  C12  119.59  3.000
 0O0  C14  C13  C12  119.85  3.000
 0O0  H2   C15  C16  119.73  3.000
 0O0  H2   C15  C14  120.16  3.000
 0O0  C16  C15  C14  120.11  3.000
 0O0  C19  C17  C16  121.10  3.000
 0O0  C19  C17  C12  121.49  3.000
 0O0  C16  C17  C12  117.42  3.000
 0O0  C25  C24  C1   121.79  3.000
 0O0  C1   C24  C28  134.47  3.000
 0O0  C25  C24  C28  103.72  3.000
 0O0  N27  C28  C31  120.39  3.000
 0O0  C31  C28  C24  129.09  3.000
 0O0  N27  C28  C24  110.52  3.000
 0O0  C7   C2   C3   120.67  3.000
 0O0  C3   C2   C1   116.55  3.000
 0O0  C7   C2   C1   122.77  3.000
 0O0  H7   C3   C4   118.78  3.000
 0O0  H7   C3   C2   119.85  3.000
 0O0  C4   C3   C2   121.36  3.000
 0O0  H8   C4   C5   121.68  3.000
 0O0  H8   C4   C3   118.79  3.000
 0O0  C5   C4   C3   119.53  3.000
 0O0  N8   C5   C6   121.06  3.000
 0O0  N8   C5   C4   119.36  3.000
 0O0  C6   C5   C4   119.58  3.000
 0O0  C11  C6   C7   121.32  3.000
 0O0  C11  C6   C5   117.99  3.000
 0O0  C7   C6   C5   120.68  3.000
 0O0  C18  C7   C6   122.92  3.000
 0O0  C6   C7   C2   118.16  3.000
 0O0  C18  C7   C2   118.92  3.000
 0O0  O23  C9   N10  120.76  3.000
 0O0  O23  C9   N8   123.33  3.000
 0O0  N10  C9   N8   115.92  3.000
 0O0  O22  C11  N10  118.87  3.000
 0O0  N10  C11  C6   115.60  3.000
 0O0  O22  C11  C6   125.53  3.000
 0O0  N10  C12  C17  119.38  3.000
 0O0  C17  C12  C13  121.81  3.000
 0O0  N10  C12  C13  118.80  3.000
 0O0  H9   C14  C15  120.56  3.000
 0O0  H9   C14  C13  120.03  3.000
 0O0  C15  C14  C13  119.41  3.000
 0O0  H10  C16  C17  119.04  3.000
 0O0  H10  C16  C15  119.56  3.000
 0O0  C17  C16  C15  121.40  3.000
 0O0  H13  C18  H12  107.44  3.000
 0O0  H13  C18  H11  107.49  3.000
 0O0  H12  C18  H11  107.16  3.000
 0O0  H13  C18  C7   111.07  3.000
 0O0  H12  C18  C7   111.56  3.000
 0O0  H11  C18  C7   111.88  3.000
 0O0  H16  C19  H15  107.57  3.000
 0O0  H16  C19  H14  107.29  3.000
 0O0  H15  C19  H14  107.52  3.000
 0O0  H16  C19  C17  111.67  3.000
 0O0  H15  C19  C17  110.72  3.000
 0O0  H14  C19  C17  111.86  3.000
 0O0  O30  C25  N26  122.67  3.000
 0O0  N26  C25  C24  107.52  3.000
 0O0  O30  C25  C24  129.81  3.000
 0O0  H22  C31  H21  107.21  3.000
 0O0  H22  C31  H20  107.91  3.000
 0O0  H21  C31  H20  108.50  3.000
 0O0  H22  C31  C28  111.50  3.000
 0O0  H21  C31  C28  111.56  3.000
 0O0  H20  C31  C28  110.01  3.000
 0O0  C9   N8   C5   122.89  3.000
 0O0  C9   N8   C20  117.77  3.000
 0O0  C5   N8   C20  119.34  3.000
 0O0  C12  N10  C11  117.11  3.000
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