# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 23 20:21:22 2020
#   Inital geometry file: a 89 line input string
#   Ligand name: [2-(hexylamino)ethane-1,1-diyl]bis(phosphonic acid)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCNCC([P](O)(O)=O)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0MW  0MW  '[2-(hexylamino)ethane-1,1-diyl]bis(phosphonic acid)'  ligand  38  17  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0MW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0MW  O1   O  O     0  -0.689   2.1194  -2.7696   0.6374
 0MW  P1   P  P     0   1.388   2.5165  -1.5198  -0.0459
 0MW  O2   O  OH1   0  -0.740   4.1031  -1.4582  -0.2277
 0MW  O3   O  OH1   0  -0.763   1.8636  -1.2888  -1.5037
 0MW  C9   C  CH1   0  -0.874   2.0085   0.0102   0.7984
 0MW  P2   P  P     0   1.388   2.1985   1.5573  -0.1446
 0MW  O5   O  OH1   0  -0.742   1.3647   1.5090  -1.5049
 0MW  O4   O  O     0  -0.695   1.8752   2.7809   0.6213
 0MW  O6   O  OH1   0  -0.763   3.7504   1.3898  -0.5691
 0MW  C8   C  CH2   0  -0.276   0.6159  -0.0923   1.4346
 0MW  N1   N  NH1   0  -0.592  -0.4451  -0.0601   0.4567
 0MW  C7   C  CH2   0  -0.252  -1.7618  -0.0102   1.0669
 0MW  C6   C  CH2   0  -0.442  -2.8593  -0.0170   0.0161
 0MW  C5   C  CH2   0  -0.416  -4.2529   0.0264   0.6296
 0MW  C4   C  CH2   0  -0.406  -5.3664   0.0110  -0.4096
 0MW  C3   C  CH2   0  -0.419  -6.7607   0.0501   0.2044
 0MW  C2   C  CH3   0  -0.662  -7.8676   0.0313  -0.8404
 0MW  H1   H  HOH1  0   0.493   4.4419  -0.6097  -0.5545
 0MW  H2   H  HOH1  0   0.508   1.9792  -2.0150  -2.1340
 0MW  H3   H  HCH1  0   0.360   2.7229   0.1037   1.6263
 0MW  H4   H  HOH1  0   0.493   1.3330   0.6374  -1.9293
 0MW  H5   H  HOH1  0   0.503   4.0907   2.0745  -1.1631
 0MW  H6   H  HCH2  0   0.240   0.5975  -0.9800   2.0817
 0MW  H7   H  HCH2  0   0.260   0.4945   0.7671   2.0974
 0MW  H8   H  HNH1  0   0.343  -0.3998  -0.8799  -0.1377
 0MW  H10  H  HCH2  0   0.190  -1.9266  -0.8407   1.7722
 0MW  H11  H  HCH2  0   0.219  -1.8283   0.9086   1.6583
 0MW  H12  H  HCH2  0   0.218  -2.7206   0.8358  -0.6554
 0MW  H13  H  HCH2  0   0.214  -2.7639  -0.9167  -0.6028
 0MW  H14  H  HCH2  0   0.210  -4.3787  -0.8250   1.3074
 0MW  H15  H  HCH2  0   0.210  -4.3488   0.9234   1.2512
 0MW  H16  H  HCH2  0   0.207  -5.2446   0.8635  -1.0871
 0MW  H17  H  HCH2  0   0.207  -5.2703  -0.8852  -1.0330
 0MW  H18  H  HCH2  0   0.210  -6.8802  -0.8009   0.8823
 0MW  H19  H  HCH2  0   0.210  -6.8560   0.9459   0.8262
 0MW  H20  H  HCH3  0   0.216  -7.7921   0.8906  -1.5090
 0MW  H21  H  HCH3  0   0.216  -7.8130  -0.8692  -1.4550
 0MW  H22  H  HCH3  0   0.226  -8.8559   0.0566  -0.3800

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0MW  C2  C3   single  1.522  0.020  1.522
 0MW  C3  C4   single  1.524  0.020  1.524
 0MW  C4  C5   single  1.523  0.020  1.523
 0MW  C5  C6   single  1.523  0.020  1.523
 0MW  C7  C6   single  1.519  0.020  1.519
 0MW  C7  N1   single  1.452  0.020  1.452
 0MW  O1  P1   double  1.479  0.020  1.479
 0MW  O3  P1   single  1.614  0.020  1.614
 0MW  C8  C9   single  1.534  0.020  1.534
 0MW  C8  N1   single  1.443  0.020  1.443
 0MW  C9  P1   single  1.820  0.020  1.820
 0MW  C9  P2   single  1.822  0.020  1.822
 0MW  P1  O2   single  1.598  0.020  1.598
 0MW  O4  P2   double  1.479  0.020  1.479
 0MW  P2  O6   single  1.618  0.020  1.618
 0MW  P2  O5   single  1.596  0.020  1.596
 0MW  O2  H1   single  0.850  0.020  0.980
 0MW  O3  H2   single  0.850  0.020  0.980
 0MW  C9  H3   single  0.970  0.020  1.090
 0MW  O5  H4   single  0.850  0.020  0.980
 0MW  O6  H5   single  0.850  0.020  0.980
 0MW  C8  H6   single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C8  H7   single  0.970  0.020  1.090
 0MW  N1  H8   single  0.890  0.020  1.040
 0MW  C7  H10  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C7  H11  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C6  H12  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C6  H13  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C5  H14  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C5  H15  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C4  H16  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C4  H17  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C3  H18  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C3  H19  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C2  H20  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C2  H21  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C2  H22  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0MW  C9   P1  O3   100.71  3.000
 0MW  C9   P1  O2   107.30  3.000
 0MW  O3   P1  O2   107.06  3.000
 0MW  O2   P1  O1   110.60  3.000
 0MW  C9   P1  O1   114.91  3.000
 0MW  O3   P1  O1   115.45  3.000
 0MW  H1   O2  P1   114.75  3.000
 0MW  H2   O3  P1   115.61  3.000
 0MW  H3   C9  C8   106.48  3.000
 0MW  H3   C9  P2   104.49  3.000
 0MW  C8   C9  P2   111.47  3.000
 0MW  H3   C9  P1   103.88  3.000
 0MW  P2   C9  P1   116.40  3.000
 0MW  C8   C9  P1   112.92  3.000
 0MW  O6   P2  O4   115.54  3.000
 0MW  O6   P2  O5   105.92  3.000
 0MW  O4   P2  O5   110.61  3.000
 0MW  O5   P2  C9   111.16  3.000
 0MW  O6   P2  C9    98.51  3.000
 0MW  O4   P2  C9   114.31  3.000
 0MW  H4   O5  P2   114.65  3.000
 0MW  H5   O6  P2   115.15  3.000
 0MW  H7   C8  H6   106.04  3.000
 0MW  H7   C8  N1   108.18  3.000
 0MW  H6   C8  N1   113.88  3.000
 0MW  H7   C8  C9   107.45  3.000
 0MW  H6   C8  C9   108.26  3.000
 0MW  N1   C8  C9   112.63  3.000
 0MW  H8   N1  C7   108.35  3.000
 0MW  H8   N1  C8   110.27  3.000
 0MW  C7   N1  C8   112.50  3.000
 0MW  H11  C7  H10  106.12  3.000
 0MW  H11  C7  C6   109.48  3.000
 0MW  H10  C7  C6   109.34  3.000
 0MW  H11  C7  N1   108.12  3.000
 0MW  H10  C7  N1   112.25  3.000
 0MW  C6   C7  N1   111.36  3.000
 0MW  H13  C6  H12  106.39  3.000
 0MW  H13  C6  C5   109.30  3.000
 0MW  H12  C6  C5   109.93  3.000
 0MW  H13  C6  C7   109.34  3.000
 0MW  H12  C6  C7   109.23  3.000
 0MW  C5   C6  C7   112.47  3.000
 0MW  H15  C5  H14  105.98  3.000
 0MW  H15  C5  C4   109.35  3.000
 0MW  H14  C5  C4   109.29  3.000
 0MW  H15  C5  C6   109.38  3.000
 0MW  H14  C5  C6   109.40  3.000
 0MW  C4   C5  C6   113.19  3.000
 0MW  H17  C4  H16  105.95  3.000
 0MW  H17  C4  C3   109.29  3.000
 0MW  H16  C4  C3   109.32  3.000
 0MW  H17  C4  C5   109.41  3.000
 0MW  H16  C4  C5   109.44  3.000
 0MW  C3   C4  C5   113.19  3.000
 0MW  H19  C3  H18  105.96  3.000
 0MW  H19  C3  C2   109.67  3.000
 0MW  H18  C3  C2   109.64  3.000
 0MW  H19  C3  C4   109.24  3.000
 0MW  H18  C3  C4   109.23  3.000
 0MW  C2   C3  C4   112.86  3.000
 0MW  H22  C2  H21  107.59  3.000
 0MW  H22  C2  H20  107.64  3.000
 0MW  H21  C2  H20  107.52  3.000
 0MW  H22  C2  C3   111.65  3.000
 0MW  H21  C2  C3   111.12  3.000
 0MW  H20  C2  C3   111.13  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0MW  Var_01  C8   C9  P1  O1   -38.27  30.0  3
 0MW  Var_02  N1   C8  C9  P1   -73.59  30.0  1
 0MW  Var_03  O4   P2  C9  P1  -175.33  30.0  3
 0MW  Var_04  C7   N1  C8  C9  -173.71  30.0  3
 0MW  Var_05  C6   C7  N1  C8  -178.38  30.0  1
 0MW  Var_06  C5   C6  C7  N1   179.66  30.0  3
 0MW  Var_07  C4   C5  C6  C7  -179.63  30.0  1
 0MW  Var_08  C3   C4  C5  C6   179.83  30.0  1
 0MW  Var_09  C2   C3  C4  C5  -179.87  30.0  1
 0MW  Var_10  H20  C2  C3  C4   -59.99  30.0  3

