# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 18 08:36:15 2020
#   Inital geometry file: a 89 line input string
#   Ligand name: [2-(hexylamino)ethane-1,1-diyl]bis(phosphonic acid)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCNCC([P](O)(O)=O)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0MW  0MW  '[2-(hexylamino)ethane-1,1-diyl]bis(phosphonic acid)'  ligand  34  17  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0MW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0MW  O1   O  O      0  -0.937   2.0651  -2.7228   1.0850
 0MW  P1   P  P      0   1.172   2.1978  -1.6689  -0.0359
 0MW  O2   O  OP    -1  -0.913   3.5629  -1.7315  -0.7330
 0MW  O3   O  OP    -1  -0.907   1.0129  -1.7496  -1.0305
 0MW  C9   C  CH1    0  -0.771   2.0680  -0.0265   0.8336
 0MW  P2   P  P      0   1.166   2.5939   1.4981  -0.0985
 0MW  O5   O  OP    -1  -0.927   1.9781   1.4587  -1.5049
 0MW  O4   O  O      0  -0.939   2.0707   2.6850   0.7444
 0MW  O6   O  OP    -1  -0.939   4.1342   1.4680  -0.1169
 0MW  C8   C  CH2    0  -0.240   0.6928   0.1211   1.4806
 0MW  N1   N  NH1    0  -0.615  -0.3708   0.2406   0.5011
 0MW  C7   C  CH2    0  -0.237  -1.6770   0.0110   1.0637
 0MW  C6   C  CH2    0  -0.434  -2.7756   0.0934   0.0135
 0MW  C5   C  CH2    0  -0.412  -4.1735  -0.0435   0.6032
 0MW  C4   C  CH2    0  -0.405  -5.2805   0.0134  -0.4417
 0MW  C3   C  CH2    0  -0.418  -6.6790  -0.0748   0.1577
 0MW  C2   C  CH3    0  -0.662  -7.7789  -0.0253  -0.8936
 0MW  H3   H  HCH1   0   0.150   2.7795  -0.0910   1.6700
 0MW  H6   H  HCH2   0   0.134   0.5227  -0.7463   2.1460
 0MW  H7   H  HCH2   0   0.165   0.6834   1.0091   2.1238
 0MW  H8   H  HNH1   0   0.339  -0.1583  -0.4529  -0.2193
 0MW  H10  H  HCH2   0   0.151  -1.7553  -0.9616   1.5875
 0MW  H11  H  HCH2   0   0.181  -1.8695   0.7691   1.8344
 0MW  H12  H  HCH2   0   0.203  -2.6937   1.0490  -0.5151
 0MW  H13  H  HCH2   0   0.203  -2.6174  -0.6879  -0.7389
 0MW  H14  H  HCH2   0   0.205  -4.2470  -0.9854   1.1584
 0MW  H15  H  HCH2   0   0.204  -4.3314   0.7526   1.3393
 0MW  H16  H  HCH2   0   0.204  -5.1927   0.9429  -1.0160
 0MW  H17  H  HCH2   0   0.205  -5.1427  -0.7999  -1.1629
 0MW  H18  H  HCH2   0   0.209  -6.7655  -0.9991   0.7379
 0MW  H19  H  HCH2   0   0.209  -6.8165   0.7429   0.8722
 0MW  H20  H  HCH3   0   0.215  -7.7313   0.9009  -1.4698
 0MW  H21  H  HCH3   0   0.216  -7.6882  -0.8546  -1.5971
 0MW  H22  H  HCH3   0   0.224  -8.7703  -0.0812  -0.4423

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0MW  C2  C3   single  1.522  0.020  1.522
 0MW  C3  C4   single  1.524  0.020  1.524
 0MW  C4  C5   single  1.523  0.020  1.523
 0MW  C5  C6   single  1.523  0.020  1.523
 0MW  C7  C6   single  1.522  0.020  1.522
 0MW  C7  N1   single  1.441  0.020  1.441
 0MW  O1  P1   deloc   1.544  0.020  1.544
 0MW  O3  P1   deloc   1.549  0.020  1.549
 0MW  C8  C9   single  1.527  0.020  1.527
 0MW  C8  N1   single  1.451  0.020  1.451
 0MW  C9  P1   single  1.863  0.020  1.863
 0MW  C9  P2   single  1.863  0.020  1.863
 0MW  P1  O2   deloc   1.534  0.020  1.534
 0MW  O4  P2   deloc   1.547  0.020  1.547
 0MW  P2  O6   deloc   1.541  0.020  1.541
 0MW  P2  O5   deloc   1.536  0.020  1.536
 0MW  C9  H3   single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C8  H6   single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C8  H7   single  0.970  0.020  1.090
 0MW  N1  H8   single  0.890  0.020  1.040
 0MW  C7  H10  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C7  H11  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C6  H12  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C6  H13  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C5  H14  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C5  H15  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C4  H16  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C4  H17  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C3  H18  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C3  H19  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C2  H20  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C2  H21  single  0.970  0.020  1.090
 0MW  C2  H22  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0MW  C9   P1  O3   106.99  3.000
 0MW  C9   P1  O2   108.07  3.000
 0MW  O3   P1  O2   112.75  3.000
 0MW  O2   P1  O1   112.24  3.000
 0MW  C9   P1  O1   104.89  3.000
 0MW  O3   P1  O1   111.39  3.000
 0MW  H3   C9  C8   105.42  3.000
 0MW  H3   C9  P2   104.23  3.000
 0MW  C8   C9  P2   112.78  3.000
 0MW  H3   C9  P1   104.96  3.000
 0MW  P2   C9  P1   117.93  3.000
 0MW  C8   C9  P1   110.23  3.000
 0MW  O6   P2  O4   111.08  3.000
 0MW  O6   P2  O5   112.92  3.000
 0MW  O4   P2  O5   112.52  3.000
 0MW  O5   P2  C9   108.90  3.000
 0MW  O6   P2  C9   105.80  3.000
 0MW  O4   P2  C9   105.06  3.000
 0MW  H7   C8  H6   106.31  3.000
 0MW  H7   C8  N1   108.85  3.000
 0MW  H6   C8  N1   110.97  3.000
 0MW  H7   C8  C9   109.55  3.000
 0MW  H6   C8  C9   108.51  3.000
 0MW  N1   C8  C9   112.46  3.000
 0MW  H8   N1  C7   110.83  3.000
 0MW  H8   N1  C8   105.52  3.000
 0MW  C7   N1  C8   112.83  3.000
 0MW  H11  C7  H10  105.19  3.000
 0MW  H11  C7  C6   108.69  3.000
 0MW  H10  C7  C6   108.84  3.000
 0MW  H11  C7  N1   108.84  3.000
 0MW  H10  C7  N1   112.88  3.000
 0MW  C6   C7  N1   112.11  3.000
 0MW  H13  C6  H12  106.25  3.000
 0MW  H13  C6  C5   109.52  3.000
 0MW  H12  C6  C5   109.51  3.000
 0MW  H13  C6  C7   109.32  3.000
 0MW  H12  C6  C7   109.04  3.000
 0MW  C5   C6  C7   112.98  3.000
 0MW  H15  C5  H14  105.93  3.000
 0MW  H15  C5  C4   109.21  3.000
 0MW  H14  C5  C4   109.32  3.000
 0MW  H15  C5  C6   109.09  3.000
 0MW  H14  C5  C6   109.57  3.000
 0MW  C4   C5  C6   113.45  3.000
 0MW  H17  C4  H16  105.93  3.000
 0MW  H17  C4  C3   109.35  3.000
 0MW  H16  C4  C3   109.19  3.000
 0MW  H17  C4  C5   109.41  3.000
 0MW  H16  C4  C5   109.44  3.000
 0MW  C3   C4  C5   113.26  3.000
 0MW  H19  C3  H18  105.96  3.000
 0MW  H19  C3  C2   109.61  3.000
 0MW  H18  C3  C2   109.66  3.000
 0MW  H19  C3  C4   109.19  3.000
 0MW  H18  C3  C4   109.26  3.000
 0MW  C2   C3  C4   112.92  3.000
 0MW  H22  C2  H21  107.66  3.000
 0MW  H22  C2  H20  107.55  3.000
 0MW  H21  C2  H20  107.51  3.000
 0MW  H22  C2  C3   111.67  3.000
 0MW  H21  C2  C3   111.12  3.000
 0MW  H20  C2  C3   111.14  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0MW  Var_01  C8   C9  P1  O1   -63.27  30.0  3
 0MW  Var_02  N1   C8  C9  P1   -68.09  30.0  1
 0MW  Var_03  O4   P2  C9  P1   167.40  30.0  3
 0MW  Var_04  C7   N1  C8  C9   163.92  30.0  3
 0MW  Var_05  C6   C7  N1  C8  -178.05  30.0  1
 0MW  Var_06  C5   C6  C7  N1  -175.73  30.0  3
 0MW  Var_07  C4   C5  C6  C7  -179.00  30.0  1
 0MW  Var_08  C3   C4  C5  C6  -177.98  30.0  1
 0MW  Var_09  C2   C3  C4  C5  -179.67  30.0  1
 0MW  Var_10  H20  C2  C3  C4   -59.41  30.0  3

