# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr  4 13:53:30 2020
#   Inital geometry file: a 136 line input string
#   Ligand name: 4-[(4R)-4-(4-nitrophenyl)-6-oxidanylidene-3-phenyl-1,4-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-5-yl]benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1ccc(cc1)N2[C@H](c3ccc(cc3)[N+]([O-])=O)c4c([nH]nc4c5ccccc5)C2=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0MT  0MT  '4-[(4R)-4-(4-nitrophenyl)-6-oxidanylidene-3-phenyl-1,4-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-5-yl]benzoic acid'  ligand  48  33  .  2022-07-22  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_0MT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0MT  CAO  C  C1     0  -0.269   2.5475  -0.8530  -1.5267
 0MT  CAI  C  C1     0  -0.283   3.8148  -0.3276  -1.7227
 0MT  CAW  C  C      0  -0.101   4.6830  -0.1304  -0.6531
 0MT  CAU  C  C      0   0.399   6.0767   0.4453  -0.8722
 0MT  OAD  O  OC    -1  -0.590   6.7839   0.5887   0.1428
 0MT  OAA  O  O      0  -0.590   6.3851   0.7234  -2.0462
 0MT  CAJ  C  C1     0  -0.286   4.2424  -0.4666   0.6243
 0MT  CAP  C  C1     0  -0.253   2.9718  -0.9768   0.8356
 0MT  CAZ  C  C      0   0.356   2.1187  -1.1758  -0.2441
 0MT  NBF  N  NR5    0  -0.623   0.8139  -1.6710  -0.0425
 0MT  CAV  C  CR5    0   0.560   0.5246  -2.8295   0.6391
 0MT  OAB  O  O      0  -0.438   1.3151  -3.5962   1.1404
 0MT  CBC  C  CR55   0   0.229  -0.9396  -2.8895   0.5920
 0MT  NAT  N  NR15   0  -0.494  -1.9563  -3.6412   1.0254
 0MT  NAS  N  N      0  -0.256  -3.1201  -3.1262   0.6604
 0MT  CBB  C  CR5    0   0.190  -2.8602  -2.0153  -0.0259
 0MT  CAX  C  C      0   0.061  -3.9394  -1.1839  -0.5589
 0MT  CAK  C  C1     0  -0.318  -3.6680  -0.1890  -1.4963
 0MT  CAG  C  C1     0  -0.222  -4.6849   0.6104  -1.9962
 0MT  CAF  C  C1     0  -0.249  -5.9914   0.4240  -1.5683
 0MT  CAH  C  C1     0  -0.222  -6.2729  -0.5696  -0.6388
 0MT  CAL  C  C1     0  -0.271  -5.2576  -1.3668  -0.1371
 0MT  CBD  C  CR55   0  -0.014  -1.4656  -1.8378  -0.0915
 0MT  CBE  C  CR15   0  -0.255  -0.3579  -0.9590  -0.5709
 0MT  CAY  C  CR6    0   0.224  -0.4141   0.4568  -0.0520
 0MT  CAM  C  CR16   0  -0.276  -0.5259   0.6986   1.3136
 0MT  CAQ  C  CR16   0  -0.232  -0.5722   1.9904   1.7982
 0MT  CBA  C  CR6    0   0.249  -0.5076   3.0464   0.8984
 0MT  NBG  N  N      1   0.331  -0.5628   4.4118   1.4003
 0MT  OAE  O  O      0  -0.373  -0.6611   4.5725   2.5933
 0MT  OAC  O  O     -1  -0.373  -0.5082   5.3125   0.5976
 0MT  CAR  C  CR16   0  -0.230  -0.3909   2.8321  -0.4638
 0MT  CAN  C  CR16   0  -0.289  -0.3390   1.5287  -0.9285
 0MT  H1   H  H      0   0.237   1.8987  -1.0194  -2.3781
 0MT  H2   H  H      0   0.248   4.1383  -0.0766  -2.7238
 0MT  H4   H  H      0   0.246   4.9010  -0.3144   1.4686
 0MT  H5   H  H      0   0.247   2.6398  -1.2034   1.8396
 0MT  H6   H  HNR5   0   0.407  -1.9326  -4.4936   1.5603
 0MT  H7   H  H      0   0.222  -2.6591  -0.0364  -1.8559
 0MT  H8   H  H      0   0.249  -4.4556   1.3780  -2.7232
 0MT  H9   H  H      0   0.245  -6.7849   1.0505  -1.9531
 0MT  H10  H  H      0   0.238  -7.2888  -0.7208  -0.2992
 0MT  H11  H  H      0   0.238  -5.4851  -2.1320   0.5928
 0MT  H12  H  HCR5   0   0.273  -0.3147  -0.9436  -1.6657
 0MT  H13  H  HCR6   0   0.253  -0.5805  -0.1249   2.0138
 0MT  H14  H  HCR6   0   0.281  -0.6588   2.1622   2.8603
 0MT  H15  H  HCR6   0   0.282  -0.3368   3.6539  -1.1613
 0MT  H16  H  HCR6   0   0.242  -0.2364   1.3562  -1.9922

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0MT  OAA  CAU  deloc     1.245  0.020  1.245
 0MT  CAJ  CAP  aromatic  1.385  0.020  1.385
 0MT  CAJ  CAW  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0MT  CAU  OAD  deloc     1.245  0.020  1.245
 0MT  CAU  CAW  single    1.524  0.020  1.524
 0MT  CAP  CAZ  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0MT  CAW  CAI  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0MT  CAG  CAK  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0MT  CAG  CAF  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0MT  CAM  CAQ  aromatic  1.381  0.020  1.381
 0MT  CAM  CAY  aromatic  1.391  0.020  1.391
 0MT  CAQ  CBA  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0MT  CAK  CAX  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0MT  CAF  CAH  aromatic  1.389  0.020  1.389
 0MT  CAZ  NBF  single    1.410  0.020  1.410
 0MT  CAZ  CAO  aromatic  1.390  0.020  1.390
 0MT  CBE  CAY  single    1.509  0.020  1.509
 0MT  CBE  NBF  single    1.469  0.020  1.469
 0MT  CBE  CBD  single    1.493  0.020  1.493
 0MT  CAY  CAN  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0MT  CAI  CAO  aromatic  1.386  0.020  1.386
 0MT  NBF  CAV  single    1.375  0.020  1.375
 0MT  OAC  NBG  single    1.208  0.020  1.208
 0MT  CAX  CBB  single    1.463  0.020  1.463
 0MT  CAX  CAL  aromatic  1.396  0.020  1.396
 0MT  CBA  NBG  single    1.456  0.020  1.456
 0MT  CBA  CAR  aromatic  1.384  0.020  1.384
 0MT  CAH  CAL  aromatic  1.385  0.020  1.385
 0MT  CBD  CBB  aromatic  1.407  0.020  1.407
 0MT  CBD  CBC  aromatic  1.360  0.020  1.360
 0MT  NBG  OAE  double    1.208  0.020  1.208
 0MT  CBB  NAS  aromatic  1.331  0.020  1.331
 0MT  CAV  CBC  single    1.466  0.020  1.466
 0MT  CAV  OAB  double    1.210  0.020  1.210
 0MT  CAN  CAR  aromatic  1.385  0.020  1.385
 0MT  CBC  NAT  aromatic  1.337  0.020  1.337
 0MT  NAS  NAT  aromatic  1.324  0.020  1.324
 0MT  CAO  H1   single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAI  H2   single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAJ  H4   single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAP  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0MT  NAT  H6   single    0.860  0.020  1.020
 0MT  CAK  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAG  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAF  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAH  H10  single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAL  H11  single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CBE  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0MT  CAM  H13  single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAQ  H14  single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAR  H15  single    0.930  0.020  1.080
 0MT  CAN  H16  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0MT  H1   CAO  CAZ  120.31  3.000
 0MT  H1   CAO  CAI  119.65  3.000
 0MT  CAZ  CAO  CAI  120.04  3.000
 0MT  H2   CAI  CAW  119.47  3.000
 0MT  H2   CAI  CAO  119.50  3.000
 0MT  CAW  CAI  CAO  121.03  3.000
 0MT  CAJ  CAW  CAU  120.84  3.000
 0MT  CAU  CAW  CAI  120.91  3.000
 0MT  CAJ  CAW  CAI  118.26  3.000
 0MT  OAA  CAU  OAD  127.01  3.000
 0MT  OAD  CAU  CAW  116.47  3.000
 0MT  OAA  CAU  CAW  116.52  3.000
 0MT  H4   CAJ  CAP  119.42  3.000
 0MT  H4   CAJ  CAW  119.31  3.000
 0MT  CAP  CAJ  CAW  121.27  3.000
 0MT  H5   CAP  CAZ  120.17  3.000
 0MT  H5   CAP  CAJ  120.02  3.000
 0MT  CAZ  CAP  CAJ  119.80  3.000
 0MT  NBF  CAZ  CAP  120.46  3.000
 0MT  NBF  CAZ  CAO  119.92  3.000
 0MT  CAP  CAZ  CAO  119.60  3.000
 0MT  CBE  NBF  CAV  114.76  3.000
 0MT  CAV  NBF  CAZ  124.16  3.000
 0MT  CBE  NBF  CAZ  121.08  3.000
 0MT  CBC  CAV  OAB  129.78  3.000
 0MT  OAB  CAV  NBF  127.00  3.000
 0MT  CBC  CAV  NBF  103.22  3.000
 0MT  CBD  CBC  NAT  107.68  3.000
 0MT  NAT  CBC  CAV  140.55  3.000
 0MT  CBD  CBC  CAV  111.76  3.000
 0MT  H6   NAT  NAS  119.78  3.000
 0MT  H6   NAT  CBC  129.09  3.000
 0MT  NAS  NAT  CBC  111.13  3.000
 0MT  CBB  NAS  NAT  107.17  3.000
 0MT  CBD  CBB  CAX  129.97  3.000
 0MT  CBD  CBB  NAS  108.82  3.000
 0MT  CAX  CBB  NAS  121.20  3.000
 0MT  CAL  CAX  CAK  118.72  3.000
 0MT  CAL  CAX  CBB  120.80  3.000
 0MT  CAK  CAX  CBB  120.47  3.000
 0MT  H7   CAK  CAG  118.86  3.000
 0MT  H7   CAK  CAX  120.39  3.000
 0MT  CAG  CAK  CAX  120.74  3.000
 0MT  H8   CAG  CAF  120.15  3.000
 0MT  H8   CAG  CAK  119.72  3.000
 0MT  CAF  CAG  CAK  120.13  3.000
 0MT  H9   CAF  CAH  120.23  3.000
 0MT  H9   CAF  CAG  120.22  3.000
 0MT  CAH  CAF  CAG  119.55  3.000
 0MT  H10  CAH  CAL  119.62  3.000
 0MT  H10  CAH  CAF  120.01  3.000
 0MT  CAL  CAH  CAF  120.36  3.000
 0MT  H11  CAL  CAH  119.83  3.000
 0MT  H11  CAL  CAX  119.67  3.000
 0MT  CAH  CAL  CAX  120.49  3.000
 0MT  CBE  CBD  CBB  145.53  3.000
 0MT  CBB  CBD  CBC  105.20  3.000
 0MT  CBE  CBD  CBC  109.24  3.000
 0MT  H12  CBE  CAY  109.38  3.000
 0MT  H12  CBE  CBD  111.00  3.000
 0MT  CAY  CBE  CBD  114.47  3.000
 0MT  H12  CBE  NBF  109.55  3.000
 0MT  CBD  CBE  NBF  101.01  3.000
 0MT  CAY  CBE  NBF  111.14  3.000
 0MT  CAN  CAY  CAM  119.37  3.000
 0MT  CAN  CAY  CBE  120.39  3.000
 0MT  CAM  CAY  CBE  120.23  3.000
 0MT  H13  CAM  CAQ  118.89  3.000
 0MT  H13  CAM  CAY  120.46  3.000
 0MT  CAQ  CAM  CAY  120.65  3.000
 0MT  H14  CAQ  CBA  121.35  3.000
 0MT  H14  CAQ  CAM  119.80  3.000
 0MT  CBA  CAQ  CAM  118.85  3.000
 0MT  CAR  CBA  NBG  119.20  3.000
 0MT  CAR  CBA  CAQ  121.59  3.000
 0MT  NBG  CBA  CAQ  119.21  3.000
 0MT  OAC  NBG  OAE  124.12  3.000
 0MT  OAE  NBG  CBA  117.93  3.000
 0MT  OAC  NBG  CBA  117.95  3.000
 0MT  H15  CAR  CAN  119.87  3.000
 0MT  H15  CAR  CBA  121.50  3.000
 0MT  CAN  CAR  CBA  118.63  3.000
 0MT  H16  CAN  CAR  118.90  3.000
 0MT  H16  CAN  CAY  120.21  3.000
 0MT  CAR  CAN  CAY  120.89  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0MT  CONST_01  CAJ  CAP  CAZ  CAO    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_02  CAJ  CAW  CAI  CAO    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_03  CAP  CAJ  CAW  CAI    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_04  CAP  CAZ  CAO  CAI    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_05  CAZ  CAP  CAJ  CAW    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_06  CAZ  CAO  CAI  CAW    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_07  CAX  CBB  CBD  CBC  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_08  NAS  CBB  CBD  CBC    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_09  CBB  NAS  NAT  CBC    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_10  CBB  CBD  CBC  NAT    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_11  CAX  CBB  NAS  NAT  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_12  CBD  CBB  NAS  NAT    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_13  CAK  CAX  CBB  NAS  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_14  CAL  CAX  CBB  NAS    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_15  CBD  CBC  NAT  NAS    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_16  CAG  CAK  CAX  CBB  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_17  CAH  CAL  CAX  CBB  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_18  CAF  CAG  CAK  CAX    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_19  CAF  CAH  CAL  CAX    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_20  CAH  CAF  CAG  CAK    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_21  CBD  CBB  CAX  CAK    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_22  CAH  CAL  CAX  CAK    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_23  CAL  CAX  CAK  CAG    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_24  CAL  CAH  CAF  CAG    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_25  CBD  CBB  CAX  CAL  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_26  CBA  CAQ  CAM  CAY    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_27  CBA  CAR  CAN  CAY    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_28  CAR  CBA  CAQ  CAM    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_29  CAR  CAN  CAY  CAM    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_30  CAN  CAY  CAM  CAQ    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_31  CAN  CAR  CBA  CAQ    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_32  NBF  CAZ  CAO  CAI  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_33  NBF  CAZ  CAP  CAJ  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_34  CBE  CBD  CBB  CAX    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_35  CAQ  CAM  CAY  CBE  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_36  CAR  CAN  CAY  CBE  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_37  CBC  CAV  NBF  CAZ  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_38  CBE  NBF  CAV  CBC    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_39  CAU  CAW  CAI  CAO  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_40  CAP  CAJ  CAW  CAU  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_41  NBG  CBA  CAQ  CAM  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_42  CAN  CAR  CBA  NBG  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_43  OAB  CAV  NBF  CAZ    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_44  CBE  NBF  CAV  OAB  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_45  H5   CAP  CAZ  CAO  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_46  H4   CAJ  CAW  CAI  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_47  H1   CAO  CAI  CAW  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_48  H2   CAI  CAW  CAJ  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_49  H6   NAT  CBC  CAV    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_50  H7   CAK  CAX  CBB    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_51  H11  CAL  CAX  CBB    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_52  H8   CAG  CAK  CAX  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_53  H10  CAH  CAL  CAX  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_54  H9   CAF  CAG  CAK  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_55  H13  CAM  CAY  CBE    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_56  H16  CAN  CAY  CBE    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_57  H14  CAQ  CAM  CAY  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_58  H15  CAR  CAN  CAY  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_59  OAC  NBG  CBA  CAQ  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_60  OAE  NBG  CBA  CAQ    0.00   0.0  0
 0MT  CONST_61  CAR  CBA  NBG  OAE  180.00   0.0  0
 0MT  CONST_62  CAR  CBA  NBG  OAC    0.00   0.0  0
 0MT  Var_01    CBE  NBF  CAZ  CAO  -52.11  30.0  2
 0MT  Var_02    OAA  CAU  CAW  CAI    0.01  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0MT  chir_01  CBE  CAY  NBF  CBD  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0MT  plan-1  CAO  0.020
 0MT  plan-1  CAI  0.020
 0MT  plan-1  CAW  0.020
 0MT  plan-1  CAU  0.020
 0MT  plan-1  CAJ  0.020
 0MT  plan-1  CAP  0.020
 0MT  plan-1  CAZ  0.020
 0MT  plan-1  NBF  0.020
 0MT  plan-1  H1   0.020
 0MT  plan-1  H2   0.020
 0MT  plan-1  H4   0.020
 0MT  plan-1  H5   0.020
 0MT  plan-2  CBB  0.020
 0MT  plan-2  CAX  0.020
 0MT  plan-2  CAK  0.020
 0MT  plan-2  CAG  0.020
 0MT  plan-2  CAF  0.020
 0MT  plan-2  CAH  0.020
 0MT  plan-2  CAL  0.020
 0MT  plan-2  H7   0.020
 0MT  plan-2  H8   0.020
 0MT  plan-2  H9   0.020
 0MT  plan-2  H10  0.020
 0MT  plan-2  H11  0.020
 0MT  plan-3  CBE  0.020
 0MT  plan-3  CAY  0.020
 0MT  plan-3  CAM  0.020
 0MT  plan-3  CAQ  0.020
 0MT  plan-3  CBA  0.020
 0MT  plan-3  NBG  0.020
 0MT  plan-3  CAR  0.020
 0MT  plan-3  CAN  0.020
 0MT  plan-3  H13  0.020
 0MT  plan-3  H14  0.020
 0MT  plan-3  H15  0.020
 0MT  plan-3  H16  0.020
 0MT  plan-4  CBA  0.020
 0MT  plan-4  NBG  0.020
 0MT  plan-4  OAE  0.020
 0MT  plan-4  OAC  0.020
 0MT  plan-5  CAZ  0.020
 0MT  plan-5  NBF  0.020
 0MT  plan-5  CAV  0.020
 0MT  plan-5  OAB  0.020
 0MT  plan-5  CBC  0.020
 0MT  plan-5  NAT  0.020
 0MT  plan-5  NAS  0.020
 0MT  plan-5  CBB  0.020
 0MT  plan-5  CAX  0.020
 0MT  plan-5  CBD  0.020
 0MT  plan-5  CBE  0.020
 0MT  plan-5  H6   0.020
 0MT  plan-6  CAW  0.020
 0MT  plan-6  CAU  0.020
 0MT  plan-6  OAD  0.020
 0MT  plan-6  OAA  0.020

