# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 09:15:37 2020
#   Inital geometry file: a 85 line input string
#   Ligand name: [2-(cyclohexylamino)-1-phosphono-ethyl]phosphonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[P](O)(=O)C(CNC1CCCCC1)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0MQ  0MQ  '[2-(cyclohexylamino)-1-phosphono-ethyl]phosphonic acid'  ligand  36  17  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0MQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0MQ  O6   O  OH1   0  -0.737  -2.6647  -2.2979  -1.0899
 0MQ  P2   P  P     0   1.375  -2.1133  -1.5213   0.2014
 0MQ  O4   O  OH1   0  -0.771  -3.4465  -1.2348   0.9905
 0MQ  O5   O  O     0  -0.722  -1.0179  -2.2490   0.9114
 0MQ  C1   C  CH1   0  -0.878  -1.5374   0.1154  -0.3686
 0MQ  P1   P  P     0   1.357  -1.6592   1.3984   0.9724
 0MQ  O3   O  O     0  -0.780  -2.9206   1.0814   1.7587
 0MQ  O2   O  OH1   0  -0.758  -0.3256   1.4628   1.6723
 0MQ  O1   O  OH1   0  -0.757  -1.8202   2.7946   0.1720
 0MQ  C2   C  CH2   0  -0.335  -0.1314   0.0444  -0.9651
 0MQ  N1   N  NH1   0  -0.713   0.8745  -0.3026   0.0712
 0MQ  C3   C  CH1   0  -0.074   2.2938  -0.3290  -0.3821
 0MQ  C4   C  CH2   0  -0.453   2.7927   1.0746  -0.6958
 0MQ  C5   C  CH2   0  -0.436   4.2656   1.0376  -1.0966
 0MQ  C6   C  CH2   0  -0.436   5.1218   0.3632  -0.0313
 0MQ  C7   C  CH2   0  -0.441   4.6034  -1.0349   0.2839
 0MQ  C8   C  CH2   0  -0.453   3.1353  -0.9993   0.6959
 0MQ  H1   H  HOH1  0   0.496  -2.0699  -2.9880  -1.4108
 0MQ  H2   H  HOH1  0   0.493  -3.3894  -0.2964   1.4094
 0MQ  H3   H  HCH1  0   0.354  -2.2147   0.4242  -1.1720
 0MQ  H4   H  HOH1  0   0.457   0.7234   0.3830   0.8486
 0MQ  H5   H  HOH1  0   0.483  -2.7095   2.9516  -0.1691
 0MQ  H6   H  HCH2  0   0.310  -0.0668  -0.6984  -1.7600
 0MQ  H7   H  HCH2  0   0.311   0.1368   1.0071  -1.3947
 0MQ  H8   H  HNH1  0   0.453   0.6074  -1.2186   0.4575
 0MQ  H10  H  HCH1  0   0.279   2.3136  -0.9419  -1.2878
 0MQ  H11  H  HCH2  0   0.258   2.2082   1.5270  -1.4990
 0MQ  H12  H  HCH2  0   0.236   2.6689   1.7075   0.1895
 0MQ  H13  H  HCH2  0   0.224   4.3690   0.5009  -2.0451
 0MQ  H14  H  HCH2  0   0.244   4.6124   2.0562  -1.2789
 0MQ  H15  H  HCH2  0   0.238   6.1620   0.3140  -0.3599
 0MQ  H16  H  HCH2  0   0.218   5.1090   0.9687   0.8809
 0MQ  H17  H  HCH2  0   0.224   4.7168  -1.6761  -0.5958
 0MQ  H18  H  HCH2  0   0.244   5.1925  -1.4922   1.0808
 0MQ  H19  H  HCH2  0   0.237   3.0323  -0.4463   1.6357
 0MQ  H20  H  HCH2  0   0.255   2.7676  -2.0127   0.8784

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0MQ  C5  C6   single  1.524  0.020  1.524
 0MQ  C5  C4   single  1.527  0.020  1.527
 0MQ  C6  C7   single  1.524  0.020  1.524
 0MQ  C7  C8   single  1.525  0.020  1.525
 0MQ  C4  C3   single  1.522  0.020  1.522
 0MQ  C3  C8   single  1.523  0.020  1.523
 0MQ  C3  N1   single  1.490  0.020  1.490
 0MQ  O3  P1   double  1.520  0.020  1.520
 0MQ  C2  N1   single  1.485  0.020  1.485
 0MQ  C2  C1   single  1.529  0.020  1.529
 0MQ  O1  P1   single  1.617  0.020  1.617
 0MQ  P1  C1   single  1.860  0.020  1.860
 0MQ  P1  O2   single  1.507  0.020  1.507
 0MQ  C1  P2   single  1.826  0.020  1.826
 0MQ  O5  P2   double  1.495  0.020  1.495
 0MQ  P2  O4   single  1.576  0.020  1.576
 0MQ  P2  O6   single  1.604  0.020  1.604
 0MQ  O6  H1   single  0.850  0.020  0.980
 0MQ  O4  H2   single  0.850  0.020  0.980
 0MQ  C1  H3   single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  O2  H4   single  0.850  0.020  0.980
 0MQ  O1  H5   single  0.850  0.020  0.980
 0MQ  C2  H6   single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C2  H7   single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  N1  H8   single  0.890  0.020  1.040
 0MQ  C3  H10  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C4  H11  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C4  H12  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C5  H13  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C5  H14  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C6  H15  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C6  H16  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C7  H17  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C7  H18  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C8  H19  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C8  H20  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0MQ  H1   O6  P2   113.67  3.000
 0MQ  C1   P2  O5   110.71  3.000
 0MQ  O5   P2  O4   118.09  3.000
 0MQ  C1   P2  O4   105.08  3.000
 0MQ  O4   P2  O6   101.55  3.000
 0MQ  O5   P2  O6   113.49  3.000
 0MQ  C1   P2  O6   106.92  3.000
 0MQ  H2   O4  P2   108.83  3.000
 0MQ  H3   C1  C2   107.19  3.000
 0MQ  H3   C1  P1   107.09  3.000
 0MQ  C2   C1  P1   111.93  3.000
 0MQ  H3   C1  P2   106.65  3.000
 0MQ  P1   C1  P2   111.87  3.000
 0MQ  C2   C1  P2   111.72  3.000
 0MQ  O1   P1  O2   106.32  3.000
 0MQ  O2   P1  O3   120.20  3.000
 0MQ  O1   P1  O3   110.70  3.000
 0MQ  O2   P1  C1   107.83  3.000
 0MQ  O1   P1  C1   104.19  3.000
 0MQ  O3   P1  C1   106.47  3.000
 0MQ  H4   O2  P1   106.92  3.000
 0MQ  H5   O1  P1   114.01  3.000
 0MQ  H7   C2  H6   107.49  3.000
 0MQ  H7   C2  N1   108.38  3.000
 0MQ  H6   C2  N1   108.03  3.000
 0MQ  H7   C2  C1   109.86  3.000
 0MQ  H6   C2  C1   111.76  3.000
 0MQ  N1   C2  C1   111.19  3.000
 0MQ  H8   N1  C3   110.22  3.000
 0MQ  H8   N1  C2   107.10  3.000
 0MQ  C3   N1  C2   115.91  3.000
 0MQ  H10  C3  C8   109.24  3.000
 0MQ  H10  C3  C4   109.89  3.000
 0MQ  C8   C3  C4   111.75  3.000
 0MQ  H10  C3  N1   106.20  3.000
 0MQ  C8   C3  N1   108.58  3.000
 0MQ  C4   C3  N1   111.01  3.000
 0MQ  H12  C4  H11  107.14  3.000
 0MQ  H12  C4  C5   109.58  3.000
 0MQ  H11  C4  C5   109.48  3.000
 0MQ  H12  C4  C3   109.22  3.000
 0MQ  H11  C4  C3   110.99  3.000
 0MQ  C5   C4  C3   110.36  3.000
 0MQ  H14  C5  H13  106.43  3.000
 0MQ  H14  C5  C6   110.56  3.000
 0MQ  H13  C5  C6   109.61  3.000
 0MQ  H14  C5  C4   109.13  3.000
 0MQ  H13  C5  C4   109.30  3.000
 0MQ  C6   C5  C4   111.66  3.000
 0MQ  H16  C6  H15  106.66  3.000
 0MQ  H16  C6  C7   109.33  3.000
 0MQ  H15  C6  C7   110.17  3.000
 0MQ  H16  C6  C5   109.34  3.000
 0MQ  H15  C6  C5   110.17  3.000
 0MQ  C7   C6  C5   111.06  3.000
 0MQ  H18  C7  H17  106.58  3.000
 0MQ  H18  C7  C8   109.40  3.000
 0MQ  H17  C7  C8   109.30  3.000
 0MQ  H18  C7  C6   110.60  3.000
 0MQ  H17  C7  C6   109.63  3.000
 0MQ  C8   C7  C6   111.22  3.000
 0MQ  H20  C8  H19  107.05  3.000
 0MQ  H20  C8  C7   110.31  3.000
 0MQ  H19  C8  C7   109.51  3.000
 0MQ  H20  C8  C3   109.90  3.000
 0MQ  H19  C8  C3   109.46  3.000
 0MQ  C7   C8  C3   110.54  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0MQ  Var_01  C6  C5  C4  C3   -55.28  30.0  1
 0MQ  Var_02  C6  C7  C8  C3    55.92  30.0  1
 0MQ  Var_03  C7  C6  C5  C4    55.37  30.0  1
 0MQ  Var_04  C8  C7  C6  C5   -55.53  30.0  1
 0MQ  Var_05  C3  N1  C2  C1  -176.87  30.0  3
 0MQ  Var_06  C2  C1  P2  O6   -81.71  30.0  2
 0MQ  Var_07  N1  C2  C1  P2   -66.36  30.0  2
 0MQ  Var_08  O3  P1  C1  P2   -36.47  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0MQ  chir_01  C3  C4  C8  N1  negativ

