# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 18 03:22:01 2020
#   Inital geometry file: a 85 line input string
#   Ligand name: [2-(cyclohexylamino)-1-phosphono-ethyl]phosphonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[P](O)(=O)C(CNC1CCCCC1)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0MQ  0MQ  '[2-(cyclohexylamino)-1-phosphono-ethyl]phosphonic acid'  ligand  32  17  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0MQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0MQ  O6   O  OP    -1  -0.913  -3.2306  -1.7734  -0.1905
 0MQ  P2   P  P      0   1.172  -1.7370  -1.6077  -0.4978
 0MQ  O4   O  OP    -1  -0.904  -0.8308  -2.0777   0.6681
 0MQ  O5   O  O      0  -0.936  -1.3393  -2.2772  -1.8311
 0MQ  C1   C  CH1    0  -0.771  -1.3937   0.2048  -0.7547
 0MQ  P1   P  P      0   1.164  -2.0954   1.4192   0.4715
 0MQ  O3   O  O      0  -0.927  -1.7685   0.9364   1.8923
 0MQ  O2   O  OP    -1  -0.939  -1.4083   2.7631   0.1339
 0MQ  O1   O  OP    -1  -0.938  -3.6096   1.4829   0.1951
 0MQ  C2   C  CH2    0  -0.239   0.0969   0.4261  -1.0166
 0MQ  N1   N  NH1    0  -0.633   0.9183   0.0925   0.1366
 0MQ  C3   C  CH1    0  -0.020   2.2812  -0.2492  -0.1946
 0MQ  C4   C  CH2    0  -0.428   3.0634   0.9630  -0.6991
 0MQ  C5   C  CH2    0  -0.431   4.5200   0.6199  -0.9946
 0MQ  C6   C  CH2    0  -0.427   5.2055   0.0117   0.2240
 0MQ  C7   C  CH2    0  -0.432   4.4347  -1.1997   0.7401
 0MQ  C8   C  CH2    0  -0.441   2.9787  -0.8471   1.0252
 0MQ  H3   H  HCH1   0   0.148  -1.8954   0.4592  -1.7003
 0MQ  H6   H  HCH2   0   0.132   0.3938  -0.1830  -1.8901
 0MQ  H7   H  HCH2   0   0.167   0.2575   1.4718  -1.2959
 0MQ  H8   H  HNH1   0   0.354   0.4631  -0.7224   0.5594
 0MQ  H10  H  HCH1   0   0.140   2.3237  -1.0133  -1.0009
 0MQ  H11  H  HCH2   0   0.222   2.5872   1.3701  -1.5953
 0MQ  H12  H  HCH2   0   0.193   3.0145   1.7495   0.0644
 0MQ  H13  H  HCH2   0   0.203   4.5644  -0.0926  -1.8265
 0MQ  H14  H  HCH2   0   0.220   5.0585   1.5117  -1.3261
 0MQ  H15  H  HCH2   0   0.220   6.2348  -0.2671  -0.0166
 0MQ  H16  H  HCH2   0   0.204   5.2642   0.7657   1.0174
 0MQ  H17  H  HCH2   0   0.204   4.4775  -2.0002  -0.0072
 0MQ  H18  H  HCH2   0   0.220   4.9109  -1.5952   1.6411
 0MQ  H19  H  HCH2   0   0.198   2.9300  -0.1231   1.8477
 0MQ  H20  H  HCH2   0   0.216   2.4292  -1.7343   1.3561

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0MQ  C5  C6   single  1.525  0.020  1.525
 0MQ  C5  C4   single  1.525  0.020  1.525
 0MQ  C6  C7   single  1.526  0.020  1.526
 0MQ  C7  C8   single  1.525  0.020  1.525
 0MQ  C4  C3   single  1.528  0.020  1.528
 0MQ  C3  C8   single  1.527  0.020  1.527
 0MQ  C3  N1   single  1.444  0.020  1.444
 0MQ  O3  P1   deloc   1.536  0.020  1.536
 0MQ  C2  N1   single  1.455  0.020  1.455
 0MQ  C2  C1   single  1.529  0.020  1.529
 0MQ  O1  P1   deloc   1.541  0.020  1.541
 0MQ  P1  C1   single  1.863  0.020  1.863
 0MQ  P1  O2   deloc   1.547  0.020  1.547
 0MQ  C1  P2   single  1.862  0.020  1.862
 0MQ  O5  P2   deloc   1.544  0.020  1.544
 0MQ  P2  O4   deloc   1.550  0.020  1.550
 0MQ  P2  O6   deloc   1.534  0.020  1.534
 0MQ  C1  H3   single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C2  H6   single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C2  H7   single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  N1  H8   single  0.890  0.020  1.040
 0MQ  C3  H10  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C4  H11  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C4  H12  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C5  H13  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C5  H14  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C6  H15  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C6  H16  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C7  H17  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C7  H18  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C8  H19  single  0.970  0.020  1.090
 0MQ  C8  H20  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0MQ  C1   P2  O5   104.80  3.000
 0MQ  O5   P2  O4   111.56  3.000
 0MQ  C1   P2  O4   106.93  3.000
 0MQ  O4   P2  O6   112.70  3.000
 0MQ  O5   P2  O6   112.15  3.000
 0MQ  C1   P2  O6   108.19  3.000
 0MQ  H3   C1  C2   105.29  3.000
 0MQ  H3   C1  P1   104.08  3.000
 0MQ  C2   C1  P1   112.67  3.000
 0MQ  H3   C1  P2   105.04  3.000
 0MQ  P1   C1  P2   118.30  3.000
 0MQ  C2   C1  P2   110.12  3.000
 0MQ  O1   P1  O2   111.20  3.000
 0MQ  O2   P1  O3   112.37  3.000
 0MQ  O1   P1  O3   112.84  3.000
 0MQ  O2   P1  C1   104.80  3.000
 0MQ  O1   P1  C1   106.21  3.000
 0MQ  O3   P1  C1   108.90  3.000
 0MQ  H7   C2  H6   106.59  3.000
 0MQ  H7   C2  N1   109.79  3.000
 0MQ  H6   C2  N1   110.39  3.000
 0MQ  H7   C2  C1   108.97  3.000
 0MQ  H6   C2  C1   108.50  3.000
 0MQ  N1   C2  C1   112.42  3.000
 0MQ  H8   N1  C3   109.02  3.000
 0MQ  H8   N1  C2   104.99  3.000
 0MQ  C3   N1  C2   113.92  3.000
 0MQ  H10  C3  C8   107.02  3.000
 0MQ  H10  C3  C4   106.63  3.000
 0MQ  C8   C3  C4   109.90  3.000
 0MQ  H10  C3  N1   111.42  3.000
 0MQ  C8   C3  N1   109.91  3.000
 0MQ  C4   C3  N1   111.79  3.000
 0MQ  H12  C4  H11  106.51  3.000
 0MQ  H12  C4  C5   109.79  3.000
 0MQ  H11  C4  C5   109.93  3.000
 0MQ  H12  C4  C3   108.42  3.000
 0MQ  H11  C4  C3   110.05  3.000
 0MQ  C5   C4  C3   111.98  3.000
 0MQ  H14  C5  H13  106.27  3.000
 0MQ  H14  C5  C6   110.26  3.000
 0MQ  H13  C5  C6   109.21  3.000
 0MQ  H14  C5  C4   110.22  3.000
 0MQ  H13  C5  C4   109.39  3.000
 0MQ  C6   C5  C4   111.36  3.000
 0MQ  H16  C6  H15  106.51  3.000
 0MQ  H16  C6  C7   109.17  3.000
 0MQ  H15  C6  C7   110.34  3.000
 0MQ  H16  C6  C5   109.16  3.000
 0MQ  H15  C6  C5   110.44  3.000
 0MQ  C7   C6  C5   111.10  3.000
 0MQ  H18  C7  H17  106.30  3.000
 0MQ  H18  C7  C8   110.21  3.000
 0MQ  H17  C7  C8   109.49  3.000
 0MQ  H18  C7  C6   110.24  3.000
 0MQ  H17  C7  C6   109.24  3.000
 0MQ  C8   C7  C6   111.22  3.000
 0MQ  H20  C8  H19  106.62  3.000
 0MQ  H20  C8  C7   110.38  3.000
 0MQ  H19  C8  C7   109.58  3.000
 0MQ  H20  C8  C3   109.24  3.000
 0MQ  H19  C8  C3   108.68  3.000
 0MQ  C7   C8  C3   112.17  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0MQ  Var_01  C6  C5  C4  C3  -55.72  30.0  1
 0MQ  Var_02  C6  C7  C8  C3   55.67  30.0  1
 0MQ  Var_03  C7  C6  C5  C4   54.83  30.0  1
 0MQ  Var_04  C8  C7  C6  C5  -54.72  30.0  1
 0MQ  Var_05  C3  N1  C2  C1  155.75  30.0  3
 0MQ  Var_06  C2  C1  P2  O6  178.03  30.0  3
 0MQ  Var_07  N1  C2  C1  P2  -65.52  30.0  1
 0MQ  Var_08  O3  P1  C1  P2   48.88  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0MQ  chir_01  C3  C4  C8  N1  negativ

