# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr  5 06:20:41 2020
#   Inital geometry file: a 163 line input string
#   Ligand name: N-[4-chloranyl-5-[4-[[3-(2-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]carbonyl]piperazin-1-yl]-2-nitro-phenyl]thiophene-2-carboxamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccccc1c2noc(C)c2C(=O)N3CCN(CC3)c4cc(NC(=O)c5sccc5)c(cc4Cl)[N+]([O-])=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0MH  0MH  N-[4-chloranyl-5-[4-[[3-(2-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]carbonyl]piperazin-1-yl]-2-nitro-phenyl]thiophene-2-carboxamide  ligand  64  40  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0MH
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0MH  C1   C   CR16   0  -0.273  -2.4056   2.6755   0.4051
 0MH  C2   C   CR16   0  -0.237  -2.0204   2.9666  -0.8940
 0MH  C3   C   CR15   0  -0.173   5.9997   4.1183   3.3781
 0MH  C4   C   CR16   0  -0.266  -3.4445   1.7815   0.6138
 0MH  C5   C   CR16   0  -0.381  -2.6581   2.3744  -1.9758
 0MH  C6   C   CR15   0  -0.174   4.9174   3.2149   3.2820
 0MH  C7   C   CR16   0  -0.470   1.9355  -0.2246   0.2722
 0MH  C8   C   CR16   0  -0.265   2.8477  -1.4771  -2.0020
 0MH  C9   C   CR15   0  -0.440   6.7070   4.2095   2.2148
 0MH  C10  C   CR6    0  -0.107  -4.1040   1.1813  -0.4529
 0MH  C11  C   CR5    0  -0.336  -5.1147  -0.8930   0.7233
 0MH  C12  C   CR6    0   0.483   1.0955  -1.1194  -0.3838
 0MH  C13  C   CR6    0   0.455   3.2269   0.0753  -0.1630
 0MH  C14  C   CR6    0   0.160   3.6716  -0.5628  -1.3452
 0MH  C15  C   CR6    0   0.382  -3.7018   1.4751  -1.7654
 0MH  C16  C   CR6    0  -0.128   1.5937  -1.7618  -1.5351
 0MH  C17  C   CR5    0   0.285  -5.1731   0.2138  -0.1746
 0MH  C18  C   CR5    0  -0.337   4.8239   2.6273   2.0489
 0MH  C19  C   CR5    0   0.453  -6.3651  -1.4224   0.6670
 0MH  C21  C   C      0   0.578   3.7844   1.6562   1.6689
 0MH  C22  C   CH2    0  -0.330  -0.4491  -1.1224   1.4907
 0MH  C23  C   CH2    0  -0.317  -1.3009  -1.0149  -0.7509
 0MH  C24  C   CH2    0  -0.304  -1.6819  -1.8928   1.9319
 0MH  C25  C   CH2    0  -0.311  -2.5452  -1.7690  -0.3260
 0MH  C26  C   CH3    0  -0.751  -7.0132  -2.5723   1.3338
 0MH  C27  C   CH3    0  -0.441  -3.9231   1.0268  -4.0858
 0MH  N28  N   N      0  -0.159  -6.3547   0.3087  -0.7111
 0MH  N29  N   NT     0  -0.508  -0.1696  -1.4002   0.0925
 0MH  N30  N   NT     0  -0.455  -2.8126  -1.5621   1.0855
 0MH  N31  N   NH1    0  -0.796   4.0276   0.9833   0.4998
 0MH  N32  N   N      1   0.353   4.9681  -0.3475  -1.9284
 0MH  O33  O   O      0  -0.420   5.7443   0.4263  -1.3886
 0MH  O34  O   O      0  -0.476  -4.2532  -1.4531   2.8251
 0MH  O35  O   O      0  -0.437   2.8056   1.4896   2.3700
 0MH  O36  O   O     -1  -0.370   5.2542  -0.9395  -2.9410
 0MH  O37  O   O      0  -0.335  -7.0904  -0.7156  -0.1975
 0MH  O38  O   O2     0  -0.459  -4.3442   0.8287  -2.7492
 0MH  S39  S   S2     0   0.243   6.0645   3.2039   0.9974
 0MH  CL4  CL  CL     0  -0.086   0.6875  -3.0106  -2.3117
 0MH  H1   H   HCR6   0   0.260  -1.9045   3.1344   1.2460
 0MH  H2   H   HCR6   0   0.267  -1.2094   3.6592  -1.0769
 0MH  H4   H   HCR6   0   0.264  -3.7572   1.5516   1.6251
 0MH  H5   H   HCR6   0   0.286  -2.3261   2.6170  -2.9755
 0MH  H6   H   HCR5   0   0.280   4.2362   2.9991   4.0923
 0MH  H7   H   HCR6   0   0.321   1.5710   0.2782   1.1502
 0MH  H8   H   HCR6   0   0.319   3.2140  -1.9915  -2.8777
 0MH  H9   H   HCR5   0   0.313   7.5692   4.8244   2.0066
 0MH  H10  H   HCH2   0   0.232  -0.6085  -0.0501   1.6737
 0MH  H11  H   HCH2   0   0.277   0.3919  -1.4491   2.1024
 0MH  H12  H   HCH2   0   0.269  -1.1018  -1.2348  -1.7967
 0MH  H13  H   HCH2   0   0.254  -1.4670   0.0660  -0.6674
 0MH  H14  H   HCH2   0   0.252  -1.4823  -2.9679   1.8800
 0MH  H15  H   HCH2   0   0.277  -1.9077  -1.6428   2.9649
 0MH  H16  H   HCH2   0   0.277  -3.3886  -1.4531  -0.9336
 0MH  H17  H   HCH2   0   0.262  -2.3953  -2.8387  -0.5071
 0MH  H18  H   HCH3   0   0.276  -7.8031  -2.2335   2.0055
 0MH  H19  H   HCH3   0   0.274  -7.4628  -3.2445   0.6032
 0MH  H20  H   HCH3   0   0.268  -6.2893  -3.1310   1.9198
 0MH  H21  H   HCH3   0   0.234  -4.0589   2.0625  -4.4062
 0MH  H22  H   HCH3   0   0.231  -2.8770   0.7451  -4.2297
 0MH  H23  H   HCH3   0   0.263  -4.5477   0.3848  -4.7012
 0MH  H24  H   HNH1   0   0.438   4.9342   1.0980   0.0632
 0MH  C20  C   C      0   0.474  -4.0255  -1.3328   1.6285
 0MH  H3   H   HCR5   0   0.280   6.2436   4.6799   4.2677

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0MH  O33  N32  double    1.222  0.020  1.222
 0MH  C3   C6   aromatic  1.413  0.020  1.413
 0MH  C3   C9   aromatic  1.365  0.020  1.365
 0MH  C6   C18  aromatic  1.369  0.020  1.369
 0MH  C9   S39  aromatic  1.705  0.020  1.705
 0MH  N32  O36  single    1.207  0.020  1.207
 0MH  N32  C14  single    1.438  0.020  1.438
 0MH  C18  S39  aromatic  1.725  0.020  1.725
 0MH  C18  C21  single    1.473  0.020  1.473
 0MH  N31  C21  single    1.371  0.020  1.371
 0MH  N31  C13  single    1.380  0.020  1.380
 0MH  C14  C13  aromatic  1.415  0.020  1.415
 0MH  C14  C8   aromatic  1.395  0.020  1.395
 0MH  C21  O35  double    1.215  0.020  1.215
 0MH  C13  C7   aromatic  1.395  0.020  1.395
 0MH  C8   C16  aromatic  1.368  0.020  1.368
 0MH  C7   C12  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0MH  C16  C12  aromatic  1.409  0.020  1.409
 0MH  C16  CL4  single    1.727  0.020  1.727
 0MH  C12  N29  single    1.381  0.020  1.381
 0MH  C22  N29  single    1.453  0.020  1.453
 0MH  C22  C24  single    1.519  0.020  1.519
 0MH  N29  C23  single    1.463  0.020  1.463
 0MH  C24  N30  single    1.451  0.020  1.451
 0MH  C23  C25  single    1.516  0.020  1.516
 0MH  N30  C25  single    1.451  0.020  1.451
 0MH  N30  C20  single    1.349  0.020  1.349
 0MH  C20  O34  double    1.224  0.020  1.224
 0MH  C20  C11  single    1.483  0.020  1.483
 0MH  C27  O38  single    1.415  0.020  1.415
 0MH  C5   C2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 0MH  C5   C15  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0MH  C2   C1   aromatic  1.386  0.020  1.386
 0MH  O38  C15  single    1.341  0.020  1.341
 0MH  C15  C10  aromatic  1.404  0.020  1.404
 0MH  C11  C17  aromatic  1.426  0.020  1.426
 0MH  C11  C19  aromatic  1.359  0.020  1.359
 0MH  C1   C4   aromatic  1.386  0.020  1.386
 0MH  C10  C4   aromatic  1.390  0.020  1.390
 0MH  C10  C17  single    1.469  0.020  1.469
 0MH  C17  N28  aromatic  1.301  0.020  1.301
 0MH  C26  C19  single    1.479  0.020  1.479
 0MH  C19  O37  aromatic  1.331  0.020  1.331
 0MH  N28  O37  aromatic  1.362  0.020  1.362
 0MH  C1   H1   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C2   H2   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C3   H3   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C4   H4   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C5   H5   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C6   H6   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C7   H7   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C8   H8   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C9   H9   single    0.930  0.020  1.080
 0MH  C22  H10  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C22  H11  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C23  H12  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C23  H13  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C24  H14  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C24  H15  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C25  H16  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C25  H17  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C26  H18  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C26  H19  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C26  H20  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C27  H21  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C27  H22  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  C27  H23  single    0.970  0.020  1.090
 0MH  N31  H24  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0MH  H1   C1   C4   120.26  3.000
 0MH  H1   C1   C2   120.74  3.000
 0MH  C4   C1   C2   119.00  3.000
 0MH  H2   C2   C5   119.05  3.000
 0MH  H2   C2   C1   120.08  3.000
 0MH  C5   C2   C1   120.87  3.000
 0MH  H3   C3   C9   123.40  3.000
 0MH  H3   C3   C6   124.16  3.000
 0MH  C9   C3   C6   112.44  3.000
 0MH  H4   C4   C10  119.20  3.000
 0MH  H4   C4   C1   119.58  3.000
 0MH  C10  C4   C1   121.22  3.000
 0MH  H5   C5   C15  120.96  3.000
 0MH  H5   C5   C2   118.93  3.000
 0MH  C15  C5   C2   120.10  3.000
 0MH  H6   C6   C18  123.14  3.000
 0MH  H6   C6   C3   124.03  3.000
 0MH  C18  C6   C3   112.82  3.000
 0MH  H7   C7   C13  117.90  3.000
 0MH  H7   C7   C12  118.74  3.000
 0MH  C13  C7   C12  123.35  3.000
 0MH  H8   C8   C16  119.25  3.000
 0MH  H8   C8   C14  119.59  3.000
 0MH  C16  C8   C14  121.14  3.000
 0MH  H9   C9   S39  119.96  3.000
 0MH  H9   C9   C3   128.07  3.000
 0MH  S39  C9   C3   111.97  3.000
 0MH  C17  C10  C15  121.57  3.000
 0MH  C17  C10  C4   118.97  3.000
 0MH  C15  C10  C4   119.41  3.000
 0MH  C20  C11  C19  125.84  3.000
 0MH  C19  C11  C17  103.80  3.000
 0MH  C20  C11  C17  130.12  3.000
 0MH  N29  C12  C16  120.87  3.000
 0MH  N29  C12  C7   121.42  3.000
 0MH  C16  C12  C7   117.69  3.000
 0MH  N31  C13  C14  121.03  3.000
 0MH  C14  C13  C7   117.03  3.000
 0MH  N31  C13  C7   121.90  3.000
 0MH  N32  C14  C13  123.69  3.000
 0MH  C13  C14  C8   120.21  3.000
 0MH  N32  C14  C8   116.09  3.000
 0MH  O38  C15  C10  116.60  3.000
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 0MH  O38  C15  C5   123.99  3.000
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_chem_comp_tor.id
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_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
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