# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 29 00:35:02 2022
#   Inital geometry file: a 99 line input string
#   Ligand name: methyl 2-[2,6-bis(oxidanyl)phenyl]carbonyl-5-methyl-3,6-bis(oxidanyl)benzoate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COC(=O)c1c(O)c(C)cc(O)c1C(=O)c2c(O)cccc2O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0ER  0ER  "methyl 2-[2,6-bis(oxidanyl)phenyl]carbonyl-5-methyl-3,6-bis(oxidanyl)benzoate"  ligand  37  23  .  2022-09-22  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0ER
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0ER  C14  C  C     0   0.331  29.2238  -4.3988   6.4572
 0ER  C5   C  CH3   0  -0.422  30.5500  -7.8114   5.6228
 0ER  C6   C  CR6   0   0.318  26.7349  -5.5312   3.7665
 0ER  C11  C  CR6   0   0.336  27.2306  -3.3601   5.4553
 0ER  C8   C  CR6   0   0.014  25.8950  -4.4051   3.7146
 0ER  C9   C  CH3   0  -0.710  24.7455  -4.3708   2.7555
 0ER  C10  C  CR16  0  -0.363  26.1603  -3.3492   4.5553
 0ER  C13  C  CR6   0  -0.088  28.0554  -4.4673   5.5169
 0ER  C1   C  CR6   0  -0.197  27.8174  -5.5586   4.6557
 0ER  C15  C  CR6   0  -0.233  29.1788  -4.9378   7.8107
 0ER  C16  C  CR6   0   0.396  30.3103  -4.7454   8.6520
 0ER  C18  C  CR16  0  -0.376  30.3233  -5.2451   9.9519
 0ER  C19  C  CR16  0  -0.215  29.2246  -5.9351  10.4221
 0ER  C2   C  C     0   0.641  28.6546  -6.7662   4.6782
 0ER  C20  C  CR16  0  -0.418  28.1044  -6.1467   9.6318
 0ER  C21  C  CR6   0   0.350  28.0769  -5.6581   8.3334
 0ER  O17  O  OH1   0  -0.620  31.3867  -4.0899   8.2385
 0ER  O22  O  OH1   0  -0.607  27.0165  -5.8543   7.5461
 0ER  O23  O  O     0  -0.440  30.1961  -3.7549   6.0583
 0ER  O3   O  O     0  -0.486  28.4307  -7.7564   4.0010
 0ER  O4   O  O2    0  -0.461  29.6792  -6.6854   5.4951
 0ER  O7   O  OH1   0  -0.621  26.4434  -6.5345   2.9343
 0ER  H1   H  HCH3  0   0.259  31.2963  -7.5221   6.3563
 0ER  H2   H  HCH3  0   0.247  30.0090  -8.6874   5.9772
 0ER  H3   H  HCH3  0   0.249  31.0363  -8.0397   4.6755
 0ER  H4   H  HCH3  0   0.248  24.0522  -5.1950   2.9293
 0ER  H5   H  HCH3  0   0.249  24.1891  -3.4400   2.8520
 0ER  H6   H  HCH3  0   0.248  25.0846  -4.4515   1.7215
 0ER  H7   H  HCR6  0   0.270  25.5221  -2.4735   4.5264
 0ER  H8   H  HCR6  0   0.265  31.1936  -5.0860  10.5742
 0ER  H9   H  HCR6  0   0.272  29.2347  -6.3240  11.4322
 0ER  H10  H  HCR6  0   0.275  27.2560  -6.6947  10.0235
 0ER  H11  H  HOH1  0   0.475  28.1661  -2.2492   6.7495
 0ER  H12  H  HOH1  0   0.479  31.2199  -3.8005   7.3085
 0ER  H13  H  HOH1  0   0.484  26.3374  -6.3595   8.0112
 0ER  H14  H  HOH1  0   0.477  27.0816  -7.2613   3.0980
 0ER  O12  O  OH1   0  -0.626  27.3524  -2.2602   6.2354

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0ER  C9   C8   single    1.497  0.020  1.497
 0ER  O7   C6   single    1.336  0.020  1.336
 0ER  O3   C2   double    1.220  0.020  1.220
 0ER  C8   C6   aromatic  1.406  0.020  1.406
 0ER  C8   C10  aromatic  1.376  0.020  1.376
 0ER  C6   C1   aromatic  1.401  0.020  1.401
 0ER  C2   C1   single    1.470  0.020  1.470
 0ER  C2   O4   single    1.313  0.020  1.313
 0ER  C1   C13  aromatic  1.410  0.020  1.410
 0ER  C10  C11  aromatic  1.398  0.020  1.398
 0ER  C5   O4   single    1.429  0.020  1.429
 0ER  C11  C13  aromatic  1.382  0.020  1.382
 0ER  C11  O12  single    1.354  0.020  1.354
 0ER  C13  C14  single    1.501  0.020  1.501
 0ER  O23  C14  double    1.232  0.020  1.232
 0ER  C14  C15  single    1.458  0.020  1.458
 0ER  O22  C21  single    1.335  0.020  1.335
 0ER  C15  C21  aromatic  1.416  0.020  1.416
 0ER  C15  C16  aromatic  1.423  0.020  1.423
 0ER  O17  C16  single    1.326  0.020  1.326
 0ER  C21  C20  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0ER  C16  C18  aromatic  1.393  0.020  1.393
 0ER  C20  C19  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0ER  C18  C19  aromatic  1.380  0.020  1.380
 0ER  C5   H1   single    0.970  0.020  1.090
 0ER  C5   H2   single    0.970  0.020  1.090
 0ER  C5   H3   single    0.970  0.020  1.090
 0ER  C9   H4   single    0.970  0.020  1.090
 0ER  C9   H5   single    0.970  0.020  1.090
 0ER  C9   H6   single    0.970  0.020  1.090
 0ER  C10  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0ER  C18  H8   single    0.930  0.020  1.080
 0ER  C19  H9   single    0.930  0.020  1.080
 0ER  C20  H10  single    0.930  0.020  1.080
 0ER  O12  H11  single    0.850  0.020  0.980
 0ER  O17  H12  single    0.850  0.020  0.980
 0ER  O22  H13  single    0.850  0.020  0.980
 0ER  O7   H14  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0ER  O23  C14  C15  121.20  3.000
 0ER  C15  C14  C13  122.73  3.000
 0ER  O23  C14  C13  115.79  3.000
 0ER  H3   C5   H2   109.65  3.000
 0ER  H3   C5   H1   109.67  3.000
 0ER  H2   C5   H1   109.64  3.000
 0ER  H3   C5   O4   111.07  3.000
 0ER  H2   C5   O4   111.11  3.000
 0ER  H1   C5   O4   105.62  3.000
 0ER  O7   C6   C1   123.32  3.000
 0ER  C1   C6   C8   120.05  3.000
 0ER  O7   C6   C8   116.63  3.000
 0ER  O12  C11  C13  124.85  3.000
 0ER  O12  C11  C10  115.67  3.000
 0ER  C13  C11  C10  119.46  3.000
 0ER  C10  C8   C9   121.46  3.000
 0ER  C10  C8   C6   118.49  3.000
 0ER  C9   C8   C6   120.05  3.000
 0ER  H6   C9   H5   107.82  3.000
 0ER  H6   C9   H4   107.01  3.000
 0ER  H5   C9   H4   107.88  3.000
 0ER  H6   C9   C8   111.51  3.000
 0ER  H5   C9   C8   110.81  3.000
 0ER  H4   C9   C8   111.62  3.000
 0ER  H7   C10  C8   119.36  3.000
 0ER  H7   C10  C11  118.30  3.000
 0ER  C8   C10  C11  122.34  3.000
 0ER  C1   C13  C11  119.47  3.000
 0ER  C11  C13  C14  117.12  3.000
 0ER  C1   C13  C14  123.30  3.000
 0ER  C2   C1   C13  122.03  3.000
 0ER  C13  C1   C6   120.18  3.000
 0ER  C2   C1   C6   117.77  3.000
 0ER  C21  C15  C16  117.98  3.000
 0ER  C16  C15  C14  118.32  3.000
 0ER  C21  C15  C14  123.69  3.000
 0ER  O17  C16  C18  117.43  3.000
 0ER  C18  C16  C15  120.71  3.000
 0ER  O17  C16  C15  121.85  3.000
 0ER  H8   C18  C19  121.20  3.000
 0ER  H8   C18  C16  119.46  3.000
 0ER  C19  C18  C16  119.34  3.000
 0ER  H9   C19  C20  118.97  3.000
 0ER  H9   C19  C18  119.36  3.000
 0ER  C20  C19  C18  121.67  3.000
 0ER  O4   C2   O3   122.58  3.000
 0ER  O4   C2   C1   113.80  3.000
 0ER  O3   C2   C1   123.62  3.000
 0ER  H10  C20  C21  120.06  3.000
 0ER  H10  C20  C19  120.24  3.000
 0ER  C21  C20  C19  119.70  3.000
 0ER  O22  C21  C20  121.05  3.000
 0ER  C20  C21  C15  120.59  3.000
 0ER  O22  C21  C15  118.36  3.000
 0ER  H12  O17  C16  107.53  3.000
 0ER  H13  O22  C21  110.57  3.000
 0ER  C2   O4   C5   118.86  3.000
 0ER  H14  O7   C6   108.09  3.000
 0ER  H11  O12  C11  113.15  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0ER  CONST_01  C11  C10  C8   C6      0.00   0.0  0
 0ER  CONST_02  C11  C13  C1   C6      0.00   0.0  0
 0ER  CONST_03  C13  C1   C6   C8      0.00   0.0  0
 0ER  CONST_04  C13  C11  C10  C8      0.00   0.0  0
 0ER  CONST_05  C1   C6   C8   C10     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_06  C1   C13  C11  C10     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_07  C19  C20  C21  C15     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_08  C19  C18  C16  C15     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_09  C20  C21  C15  C16     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_10  C20  C19  C18  C16     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_11  C21  C15  C16  C18     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_12  C21  C20  C19  C18     0.00   0.0  0
 0ER  CONST_13  C6   C1   C13  C14   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_14  C10  C11  C13  C14   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_15  C20  C21  C15  C14   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_16  C18  C16  C15  C14   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_17  C9   C8   C10  C11   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_18  C2   C1   C13  C11   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_19  C2   C1   C6   C8    180.00   0.0  0
 0ER  CONST_20  O12  C11  C10  C8    180.00   0.0  0
 0ER  CONST_21  C1   C6   C8   C9    180.00   0.0  0
 0ER  CONST_22  O7   C6   C8   C10   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_23  O7   C6   C1   C13   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_24  O12  C11  C13  C1    180.00   0.0  0
 0ER  CONST_25  O22  C21  C15  C16   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_26  O22  C21  C20  C19   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_27  O17  C16  C18  C19   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_28  O17  C16  C15  C21   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_29  H7   C10  C8   C6    180.00   0.0  0
 0ER  CONST_30  H7   C10  C11  C13   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_31  H10  C20  C21  C15   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_32  H8   C18  C16  C15   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_33  H9   C19  C18  C16   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_34  H10  C20  C19  C18   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_35  H8   C18  C19  C20   180.00   0.0  0
 0ER  CONST_36  H9   C19  C20  C21   180.00   0.0  0
 0ER  Var_01    C15  C14  C13  C11    95.58  30.0  2
 0ER  Var_02    C21  C15  C14  C13     4.79  30.0  2
 0ER  Var_03    C16  C15  C14  C13  -175.99  30.0  2
 0ER  Var_04    C15  C14  C13  C1    -88.27  30.0  2
 0ER  Var_05    O3   C2   C1   C6     -2.59  30.0  2
 0ER  Var_06    O4   C2   C1   C6    177.16  30.0  2
 0ER  Var_07    O23  C14  C13  C11   -78.45  30.0  2
 0ER  Var_08    O3   C2   C1   C13   175.71  30.0  2
 0ER  Var_09    O4   C2   C1   C13    -4.55  30.0  2
 0ER  Var_10    O23  C14  C13  C1     97.70  30.0  2
 0ER  Var_11    O23  C14  C15  C16    -2.27  30.0  2
 0ER  Var_12    O23  C14  C15  C21   178.50  30.0  2
 0ER  Var_13    H4   C9   C8   C6     58.89  30.0  2
 0ER  Var_14    H5   C9   C8   C6    179.14  30.0  2
 0ER  Var_15    H6   C9   C8   C6    -60.74  30.0  2
 0ER  Var_16    H4   C9   C8   C10  -121.38  30.0  2
 0ER  Var_17    H5   C9   C8   C10    -1.12  30.0  2
 0ER  Var_18    H6   C9   C8   C10   118.99  30.0  2
 0ER  Var_19    C1   C2   O4   C5    178.70  30.0  1
 0ER  Var_20    O3   C2   O4   C5     -1.55  30.0  1
 0ER  Var_21    H1   C5   O4   C2   -178.81  30.0  3
 0ER  Var_22    H2   C5   O4   C2    -59.99  30.0  3
 0ER  Var_23    H3   C5   O4   C2     62.36  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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