# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 30 08:50:58 2021
#   Inital geometry file: a 225 line input string
#   Ligand name: (6S,7S,12S,13S,17S)-6-benzyl-12-(cyclohexylmethyl)-7,13-dihydroxy-2,2-dimethyl-17-(2-methylpropyl)-4,10,15-trioxo-3-oxa-5,11,16-triazaoctadecan-18-oic acid (non-preferred name)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C[C@H](NC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC1CCCCC1)NC(=O)CC[C@H](O)[C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)OC(C)(C)C)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0EO  0EO  '(6S,7S,12S,13S,17S)-6-benzyl-12-(cyclohexylmethyl)-7,13-dihydroxy-2,2-dimethyl-17-(2-methylpropyl)-4,10,15-trioxo-3-oxa-5,11,16-triazaoctadecan-18-oic acid (non-preferred name)'  peptide  100  45  .  2022-08-09  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND (side chain)
;

data_comp_0EO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0EO  O1    O  O     0  -0.515   2.1166  27.0004  20.2504
 0EO  C     C  C     0   0.757   2.7824  26.2415  19.5759
 0EO  O2    O  O2    0  -0.505   2.7811  24.9120  19.6702
 0EO  CT    C  CT    0   0.188   1.9795  24.1922  20.6441
 0EO  C1    C  CH3   0  -0.657   2.3312  22.7359  20.3632
 0EO  C2    C  CH3   0  -0.670   0.4918  24.4189  20.4028
 0EO  C3    C  CH3   0  -0.669   2.3906  24.5592  22.0650
 0EO  C4    C  C     0   0.525   3.1586  31.7991  15.1854
 0EO  O11   O  O     0  -0.500   2.4996  32.6667  15.7420
 0EO  CA1   C  CH2   0  -0.551   2.8150  30.3328  15.3288
 0EO  CM    C  CH2   0  -0.466   3.2647  29.8885  16.7247
 0EO  CH    C  CH1   0   0.089   3.2697  28.3831  16.9241
 0EO  OH    O  OH1   0  -0.669   1.9365  27.9440  16.8505
 0EO  CA    C  CH1   0  -0.124   3.9177  28.0068  18.2750
 0EO  N     N  NH1   0  -0.663   3.6428  26.6285  18.6077
 0EO  CB    C  CH2   0  -0.525   5.4285  28.2328  18.2442
 0EO  CG    C  CR6   0   0.154   6.1603  27.9847  19.5374
 0EO  CD1   C  CR16  0  -0.307   5.5680  28.1584  20.7859
 0EO  CD2   C  CR16  0  -0.304   7.5048  27.6186  19.4926
 0EO  CE1   C  CR16  0  -0.240   6.2988  27.9717  21.9526
 0EO  CE2   C  CR16  0  -0.240   8.2399  27.4356  20.6549
 0EO  CZ    C  CR16  0  -0.274   7.6375  27.6108  21.8937
 0EO  N1    N  NH1   0  -0.615   4.2809  32.0485  14.4840
 0EO  CA2   C  CH1   0  -0.128   5.0116  33.2999  14.5015
 0EO  CB1   C  CH2   0  -0.416   6.4410  33.0797  15.0080
 0EO  CG1   C  CH1   0  -0.236   6.5614  32.3443  16.3415
 0EO  CD11  C  CH2   0  -0.433   5.8508  33.0536  17.4935
 0EO  CD21  C  CH2   0  -0.406   8.0309  32.1180  16.6976
 0EO  CE11  C  CH2   0  -0.434   6.0000  32.2902  18.8071
 0EO  CE21  C  CH2   0  -0.440   8.1915  31.3444  18.0021
 0EO  CZ1   C  CH2   0  -0.425   7.4617  32.0284  19.1525
 0EO  CH1   C  CH1   0   0.081   5.0128  33.9448  13.1114
 0EO  OH1   O  OH1   0  -0.674   5.4305  32.9601  12.1948
 0EO  CM1   C  CH2   0  -0.617   3.6347  34.5131  12.7207
 0EO  C5    C  C     0   0.547   3.4240  35.8760  13.3345
 0EO  O     O  O     0  -0.488   3.2014  36.0482  14.5260
 0EO  N2    N  NH1   0  -0.643   3.5526  36.9154  12.4922
 0EO  CA3   C  CH1   0  -0.139   3.4688  38.2764  12.9576
 0EO  C6    C  C     0   0.539   2.1077  38.5215  13.5901
 0EO  O3    O  O     0  -0.440   1.0741  38.0932  13.1454
 0EO  CB2   C  CH2   0  -0.466   3.6766  39.2122  11.7608
 0EO  CG2   C  CH1   0  -0.249   3.6900  40.7112  12.0608
 0EO  CD12  C  CH3   0  -0.661   4.7722  41.0938  13.0660
 0EO  CD22  C  CH3   0  -0.649   3.8845  41.4734  10.7531
 0EO  OXT   O  OH1   0  -0.586   2.1861  39.3076  14.6533
 0EO  H11   H  HCH3  0   0.230   1.7816  22.0830  21.0406
 0EO  H12   H  HCH3  0   0.237   2.0702  22.4542  19.3418
 0EO  H13   H  HCH3  0   0.237   3.3961  22.5502  20.5109
 0EO  H21   H  HCH3  0   0.234  -0.0815  23.7391  21.0342
 0EO  H22   H  HCH3  0   0.246   0.1802  25.4335  20.6396
 0EO  H23   H  HCH3  0   0.234   0.2281  24.2052  19.3656
 0EO  H31   H  HCH3  0   0.234   1.8853  23.8965  22.7684
 0EO  H32   H  HCH3  0   0.234   3.4653  24.4309  22.2043
 0EO  H33   H  HCH3  0   0.246   2.1260  25.5820  22.3213
 0EO  HA1   H  HCH2  0   0.264   1.7412  30.1935  15.2043
 0EO  HM    H  HCH2  0   0.241   4.2747  30.2645  16.8957
 0EO  HA    H  HCH1  0   0.256   3.4623  28.6300  19.0474
 0EO  H     H  HNH1  0   0.395   4.1823  25.9151  18.1407
 0EO  HB2   H  HCH2  0   0.255   5.8642  27.6087  17.4569
 0EO  HB3   H  HCH2  0   0.254   5.6306  29.2614  17.9342
 0EO  HD1   H  HCR6  0   0.241   4.5246  28.4344  20.8680
 0EO  HD2   H  HCR6  0   0.243   7.9838  27.4721  18.5310
 0EO  HE1   H  HCR6  0   0.252   5.8161  28.1105  22.9117
 0EO  HE2   H  HCR6  0   0.252   9.2826  27.1515  20.5920
 0EO  HZ    H  HCR6  0   0.252   8.2045  27.4622  22.8037
 0EO  HCH   H  HCH1  0   0.199   3.8731  27.9246  16.1234
 0EO  HO1   H  HOH1  0   0.450   1.9312  26.9818  16.8666
 0EO  HM1   H  HCH2  0   0.246   2.6325  30.3547  17.4854
 0EO  HA2   H  HCH2  0   0.247   3.3182  29.7311  14.5683
 0EO  H1    H  HNH1  0   0.392   4.7527  31.2623  14.0661
 0EO  HA3   H  HCH1  0   0.277   4.4796  33.9714  15.1748
 0EO  HB21  H  HCH2  0   0.230   7.0074  32.5256  14.2525
 0EO  HB31  H  HCH2  0   0.226   6.9229  34.0600  15.0904
 0EO  HG    H  HCH1  0   0.204   6.1048  31.3519  16.2217
 0EO  HD12  H  HCH2  0   0.208   6.2752  34.0589  17.6087
 0EO  HD13  H  HCH2  0   0.233   4.7893  33.1926  17.2734
 0EO  HD23  H  HCH2  0   0.223   8.5317  31.5864  15.8833
 0EO  HD22  H  HCH2  0   0.205   8.5316  33.0898  16.7870
 0EO  HE12  H  HCH2  0   0.229   5.5126  32.8415  19.6150
 0EO  HE13  H  HCH2  0   0.204   5.4660  31.3354  18.7327
 0EO  HE23  H  HCH2  0   0.212   7.7971  30.3298  17.8741
 0EO  HE22  H  HCH2  0   0.226   9.2515  31.2305  18.2424
 0EO  HZ2   H  HCH2  0   0.208   7.9535  32.9816  19.3757
 0EO  HZ3   H  HCH2  0   0.224   7.5315  31.4201  20.0578
 0EO  HH    H  HCH1  0   0.222   5.7338  34.7754  13.1301
 0EO  HO    H  HOH1  0   0.456   5.5878  33.3796  11.3437
 0EO  HM11  H  HCH2  0   0.264   3.5765  34.5809  11.6318
 0EO  HM2   H  HCH2  0   0.276   2.8367  33.8436  13.0472
 0EO  H2    H  HNH1  0   0.408   3.6984  36.7516  11.5093
 0EO  HA4   H  HCH1  0   0.279   4.2462  38.4552  13.7047
 0EO  HB22  H  HCH2  0   0.251   4.6357  38.9403  11.3075
 0EO  HB32  H  HCH2  0   0.249   2.9032  38.9982  11.0161
 0EO  HG1   H  HCH1  0   0.229   2.7172  41.0025  12.4715
 0EO  HD11  H  HCH3  0   0.232   4.8233  42.1776  13.1812
 0EO  HD14  H  HCH3  0   0.230   4.5900  40.6753  14.0558
 0EO  HD15  H  HCH3  0   0.217   5.7541  40.7503  12.7315
 0EO  HD21  H  HCH3  0   0.230   3.8505  42.5508  10.9200
 0EO  HD24  H  HCH3  0   0.216   4.8524  41.2371  10.3047
 0EO  HD25  H  HCH3  0   0.228   3.1108  41.2255  10.0246
 0EO  HXT   H  HOH1  0   0.481   1.2995  39.4901  15.0004

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0EO  O1    C     double    1.214  0.020  1.214
 0EO  C     O2    single    1.333  0.020  1.333
 0EO  O2    CT    single    1.452  0.020  1.452
 0EO  CT    C1    single    1.524  0.020  1.524
 0EO  CT    C2    single    1.524  0.020  1.524
 0EO  CT    C3    single    1.524  0.020  1.524
 0EO  C1    H11   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C1    H12   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C1    H13   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C2    H21   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C2    H22   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C2    H23   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C3    H31   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C3    H32   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C3    H33   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C4    O11   double    1.223  0.020  1.223
 0EO  C4    CA1   single    1.513  0.020  1.513
 0EO  CA1   CM    single    1.532  0.020  1.532
 0EO  CA1   HA1   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CA1   HA2   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CM    CH    single    1.519  0.020  1.519
 0EO  CM    HM    single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CM    HM1   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CH    OH    single    1.406  0.020  1.406
 0EO  CH    CA    single    1.545  0.020  1.545
 0EO  CH    HCH   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  OH    HO1   single    0.850  0.020  0.980
 0EO  CA    N     single    1.458  0.019  1.458
 0EO  CA    CB    single    1.521  0.033  1.521
 0EO  CA    HA    single    0.970  0.020  0.970
 0EO  N     H     single    0.860  0.020  0.860
 0EO  CB    CG    single    1.506  0.020  1.506
 0EO  CB    HB2   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CB    HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CG    CD1   aromatic  1.393  0.020  1.393
 0EO  CG    CD2   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0EO  CD1   CE1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 0EO  CD1   HD1   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CD2   CE2   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0EO  CD2   HD2   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CE1   CZ    aromatic  1.388  0.020  1.388
 0EO  CE1   HE1   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CE2   CZ    aromatic  1.389  0.020  1.389
 0EO  CE2   HE2   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CZ    HZ    single    0.930  0.020  1.080
 0EO  N1    CA2   single    1.449  0.020  1.449
 0EO  N1    H1    single    0.860  0.020  1.020
 0EO  CA2   CB1   single    1.532  0.020  1.532
 0EO  CA2   CH1   single    1.532  0.020  1.532
 0EO  CA2   HA3   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CB1   CG1   single    1.528  0.020  1.528
 0EO  CB1   HB21  single    0.970  0.020  1.090
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_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0EO  CONST_01  CZ    CE1   CD1   CG       0.00   0.0  0
 0EO  CONST_02  CZ    CE2   CD2   CG       0.00   0.0  0
 0EO  CONST_03  CE2   CD2   CG    CD1      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_04  CE2   CZ    CE1   CD1      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_05  CE1   CD1   CG    CD2      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_06  CE1   CZ    CE2   CD2      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_07  CE1   CD1   CG    CB     180.00   0.0  0
 0EO  CONST_08  CE2   CD2   CG    CB     180.00   0.0  0
 0EO  CONST_09  HE1   CE1   CD1   CG     180.00   0.0  0
 0EO  CONST_10  HE2   CE2   CD2   CG     180.00   0.0  0
 0EO  CONST_11  HD2   CD2   CG    CD1    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_12  HZ    CZ    CE1   CD1    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_13  HD1   CD1   CG    CD2    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_14  CA2   N1    C4    O11      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_16  CA3   N2    C5    CM1    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_17  CA3   N2    C5    O        0.00   0.0  0
 0EO  CONST_18  H1    N1    C4    O11    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_19  H2    N2    C5    CM1      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_20  HXT   OXT   C6    CA3    180.00   0.0  0
 0EO  Var_01    CZ1   CE11  CD11  CG1     55.01  30.0  1
 0EO  Var_02    CZ1   CE21  CD21  CG1    -55.45  30.0  1
 0EO  Var_03    CE21  CZ1   CE11  CD11   -53.38  30.0  1
 0EO  Var_04    CE11  CZ1   CE21  CD21    53.42  30.0  1
 0EO  Var_05    CD1   CG    CB    CA     -29.36  30.0  2
 0EO  Var_06    CA    N     C     O1       2.10  30.0  2
 0EO  Var_07    C1    CT    O2    C     -179.43  30.0  3
 0EO  Var_08    N     C     O2    CT     178.51  30.0  1
 0EO  Var_09    CH    CM    CA1   C4    -167.43  30.0  3
 0EO  Var_10    CM    CA1   C4    O11    -75.21  30.0  3
 0EO  Var_11    O     C5    CM1   CH1    -73.15  30.0  3
 0EO  Var_12    CD12  CG2   CB2   CA3     58.25  30.0  3
 0EO  Var_13    H11   C1    CT    O2    -179.87  30.0  3
 0EO  Var_14    H21   C2    CT    O2     170.46  30.0  3
 0EO  Var_15    H31   C3    CT    O2    -171.31  30.0  3
 0EO  Var_16    HD11  CD12  CG2   CB2    174.21  30.0  3
 0EO  Var_17    HD21  CD22  CG2   CB2    177.22  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0EO  chir_01  CH   CM   OH    CA    positiv
 0EO  chir_02  CA   N    CB    CH    negativ
 0EO  chir_03  CA2  N1   CB1   CH1   negativ
 0EO  chir_04  CG1  CB1  CD11  CD21  positiv
 0EO  chir_05  CH1  OH1  CM1   CA2   negativ
 0EO  chir_06  CA3  N2   C6    CB2   positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0EO  plan-1  CB   0.020
 0EO  plan-1  CG   0.020
 0EO  plan-1  CD1  0.020
 0EO  plan-1  CD2  0.020
 0EO  plan-1  CE1  0.020
 0EO  plan-1  CE2  0.020
 0EO  plan-1  CZ   0.020
 0EO  plan-1  HD1  0.020
 0EO  plan-1  HD2  0.020
 0EO  plan-1  HE1  0.020
 0EO  plan-1  HE2  0.020
 0EO  plan-1  HZ   0.020
 0EO  plan-2  C4   0.020
 0EO  plan-2  O11  0.020
 0EO  plan-2  CA1  0.020
 0EO  plan-2  N1   0.020
 0EO  plan-2  CA2  0.020
 0EO  plan-2  H1   0.020
 0EO  plan-3  CM1  0.020
 0EO  plan-3  C5   0.020
 0EO  plan-3  O    0.020
 0EO  plan-3  N2   0.020
 0EO  plan-3  CA3  0.020
 0EO  plan-3  H2   0.020
 0EO  plan-4  CA3  0.020
 0EO  plan-4  C6   0.020
 0EO  plan-4  O3   0.020
 0EO  plan-4  OXT  0.020
 0EO  plan-4  HXT  0.020
 0EO  plan-5  O1   0.020
 0EO  plan-5  C    0.020
 0EO  plan-5  O2   0.020
 0EO  plan-5  N    0.020

