# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Jul 21 16:56:40 2020
#   Inital geometry file: a 225 line input string
#   Ligand name: (6S,7S,12S,13S,17S)-6-benzyl-12-(cyclohexylmethyl)-7,13-dihydroxy-2,2-dimethyl-17-(2-methylpropyl)-4,10,15-trioxo-3-oxa-5,11,16-triazaoctadecan-18-oic acid (non-preferred name)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C[C@H](NC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC1CCCCC1)NC(=O)CC[C@H](O)[C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)OC(C)(C)C)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0EO  0EO  '(6S,7S,12S,13S,17S)-6-benzyl-12-(cyclohexylmethyl)-7,13-dihydroxy-2,2-dimethyl-17-(2-methylpropyl)-4,10,15-trioxo-3-oxa-5,11,16-triazaoctadecan-18-oic acid (non-preferred name)'  peptide  99  45  .  2022-08-09  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND (side chain)
;

data_comp_0EO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0EO  O1    O  O      0  -0.511   -5.4440  -0.8675   1.0584
 0EO  C     C  C      0   0.770   -5.2303   0.2847   1.3709
 0EO  O2    O  O2     0  -0.505   -5.4967   0.8308   2.5573
 0EO  CT    C  CT     0   0.192   -6.2177   0.1283   3.6015
 0EO  C1    C  CH3    0  -0.670   -5.4439  -1.0910   4.0900
 0EO  C2    C  CH3    0  -0.659   -6.2985   1.1639   4.7169
 0EO  C3    C  CH3    0  -0.668   -7.6212  -0.2376   3.1340
 0EO  C4    C  C      0   0.568    0.3572  -0.4555  -0.4611
 0EO  O11   O  O      0  -0.502    0.2613  -0.7983   0.7096
 0EO  CA1   C  CH2    0  -0.575   -0.5933   0.5460  -1.0816
 0EO  CM    C  CH2    0  -0.466   -2.0331   0.3229  -0.6361
 0EO  CH    C  CH1    0   0.043   -3.0042   1.3240  -1.2496
 0EO  OH    O  OH1    0  -0.670   -2.6590   2.6601  -0.9454
 0EO  CA    C  CH1    0  -0.089   -4.4534   1.0116  -0.8510
 0EO  N     N  NH1    0  -0.667   -4.6493   1.2075   0.5677
 0EO  CB    C  CH2    0  -0.523   -5.4645   1.8435  -1.6536
 0EO  CG    C  CR6    0   0.145   -6.8784   1.4839  -1.2952
 0EO  CD1   C  CR16   0  -0.315   -7.5778   2.1954  -0.3235
 0EO  CD2   C  CR16   0  -0.302   -7.5002   0.3876  -1.8896
 0EO  CE1   C  CR16   0  -0.231   -8.8622   1.8208   0.0486
 0EO  CE2   C  CR16   0  -0.240   -8.7844   0.0103  -1.5236
 0EO  CZ    C  CR16   0  -0.271   -9.4692   0.7251  -0.5489
 0EO  N1    N  NH1    0  -0.653    1.3200  -0.9120  -1.2844
 0EO  CA2   C  CH1    0  -0.109    2.3201  -1.8980  -0.9168
 0EO  CB1   C  CH2    0  -0.403    2.3735  -2.9728  -2.0050
 0EO  CG1   C  CH1    0  -0.254    3.3686  -4.1085  -1.7689
 0EO  CD11  C  CH2    0  -0.408    3.3145  -5.1055  -2.9280
 0EO  CD21  C  CH2    0  -0.425    3.1278  -4.8346  -0.4449
 0EO  CE11  C  CH2    0  -0.432    4.2930  -6.2599  -2.7373
 0EO  CE21  C  CH2    0  -0.428    4.0999  -5.9939  -0.2469
 0EO  CZ1   C  CH2    0  -0.429    4.0512  -6.9756  -1.4125
 0EO  CH1   C  CH1    0   0.042    3.6826  -1.2446  -0.6532
 0EO  OH1   O  OH1    0  -0.664    4.2072  -0.6353  -1.8129
 0EO  CM1   C  CH2    0  -0.616    3.6465  -0.2626   0.5119
 0EO  C5    C  C      0   0.575    5.0350   0.2687   0.8018
 0EO  O     O  O      0  -0.522    5.9884  -0.4870   0.9558
 0EO  N2    N  NH1    0  -0.623    5.1468   1.5999   0.8488
 0EO  CA3   C  CH1    0  -0.190    6.3696   2.2635   1.2311
 0EO  C6    C  C      0   0.413    6.6981   2.1060   2.7385
 0EO  O3    O  O      0  -0.597    5.7990   1.6949   3.4903
 0EO  CB2   C  CH2    0  -0.448    6.2886   3.7460   0.8667
 0EO  CG2   C  CH1    0  -0.223    6.0176   4.0542  -0.6087
 0EO  CD12  C  CH3    0  -0.652    5.9556   5.5648  -0.8140
 0EO  CD22  C  CH3    0  -0.660    7.0588   3.4258  -1.5278
 0EO  OXT   O  OC    -1  -0.619    7.8569   2.4415   3.0580
 0EO  H11   H  HCH3   0   0.234   -4.4206  -0.8226   4.3580
 0EO  H12   H  HCH3   0   0.232   -5.9267  -1.4825   4.9864
 0EO  H13   H  HCH3   0   0.245   -5.4118  -1.8888   3.3518
 0EO  H21   H  HCH3   0   0.236   -6.8311   2.0583   4.3903
 0EO  H22   H  HCH3   0   0.229   -6.8347   0.7499   5.5705
 0EO  H23   H  HCH3   0   0.236   -5.3053   1.4601   5.0576
 0EO  H31   H  HCH3   0   0.245   -7.6167  -0.9932   2.3519
 0EO  H32   H  HCH3   0   0.230   -8.1912  -0.6292   3.9778
 0EO  H33   H  HCH3   0   0.236   -8.1465   0.6403   2.7546
 0EO  HA1   H  HCH2   0   0.269   -0.2551   1.5412  -0.7778
 0EO  HM    H  HCH2   0   0.242   -2.3529  -0.6828  -0.9218
 0EO  HA    H  HCH1   0   0.262   -4.6307  -0.0430  -1.0669
 0EO  H     H  HNH1   0   0.387   -4.6457   2.1592   0.9031
 0EO  HB2   H  HCH2   0   0.250   -5.2863   2.9068  -1.4742
 0EO  HB3   H  HCH2   0   0.252   -5.2895   1.6672  -2.7180
 0EO  HD1   H  HCR6   0   0.242   -7.1166   3.0567   0.1459
 0EO  HD2   H  HCR6   0   0.242   -6.9715  -0.1782  -2.6490
 0EO  HE1   H  HCR6   0   0.249   -9.3898   2.3865   0.8061
 0EO  HE2   H  HCR6   0   0.249   -9.2522  -0.8417  -2.0006
 0EO  HZ    H  HCR6   0   0.249  -10.4710   0.4332  -0.2611
 0EO  HCH   H  HCH1   0   0.234   -2.9467   1.2442  -2.3409
 0EO  HO1   H  HOH1   0   0.445   -2.4767   2.7224  -0.0012
 0EO  HM1   H  HCH2   0   0.239   -2.0977   0.3714   0.4541
 0EO  HA2   H  HCH2   0   0.250   -0.5262   0.5190  -2.1722
 0EO  H1    H  HNH1   0   0.395    1.2848  -0.6262  -2.2503
 0EO  HA3   H  HCH1   0   0.250    1.9871  -2.3510   0.0184
 0EO  HB21  H  HCH2   0   0.229    1.3691  -3.3999  -2.0992
 0EO  HB31  H  HCH2   0   0.225    2.5992  -2.5038  -2.9681
 0EO  HG    H  HCH1   0   0.215    4.3848  -3.6925  -1.7488
 0EO  HD12  H  HCH2   0   0.205    2.2959  -5.5045  -3.0064
 0EO  HD13  H  HCH2   0   0.224    3.5185  -4.5897  -3.8707
 0EO  HD23  H  HCH2   0   0.227    3.2153  -4.1429   0.3975
 0EO  HD22  H  HCH2   0   0.208    2.0973  -5.2107  -0.4300
 0EO  HE12  H  HCH2   0   0.225    4.2112  -6.9623  -3.5703
 0EO  HE13  H  HCH2   0   0.208    5.3176  -5.8726  -2.7571
 0EO  HE23  H  HCH2   0   0.209    5.1158  -5.5939  -0.1555
 0EO  HE22  H  HCH2   0   0.225    3.8839  -6.5060   0.6939
 0EO  HZ2   H  HCH2   0   0.207    3.0705  -7.4639  -1.4376
 0EO  HZ3   H  HCH2   0   0.225    4.7890  -7.7691  -1.2698
 0EO  HH    H  HCH1   0   0.242    4.3848  -2.0412  -0.3939
 0EO  HO    H  HOH1   0   0.441    3.6990   0.1619  -1.9986
 0EO  HM11  H  HCH2   0   0.251    2.9449   0.5503   0.3063
 0EO  HM2   H  HCH2   0   0.270    3.2825  -0.7714   1.4085
 0EO  H2    H  HNH1   0   0.387    4.3015   2.1467   0.8207
 0EO  HA4   H  HCH1   0   0.232    7.1895   1.8121   0.6661
 0EO  HB22  H  HCH2   0   0.224    5.5113   4.2211   1.4778
 0EO  HB32  H  HCH2   0   0.229    7.2340   4.2102   1.1584
 0EO  HG1   H  HCH1   0   0.212    5.0391   3.6422  -0.8785
 0EO  HD11  H  HCH3   0   0.212    6.9131   6.0325  -0.5709
 0EO  HD14  H  HCH3   0   0.225    5.7175   5.8153  -1.8490
 0EO  HD15  H  HCH3   0   0.223    5.1942   6.0220  -0.1789
 0EO  HD21  H  HCH3   0   0.229    7.0499   2.3369  -1.4687
 0EO  HD24  H  HCH3   0   0.226    6.8750   3.6964  -2.5691
 0EO  HD25  H  HCH3   0   0.212    8.0652   3.7648  -1.2698

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0EO  O1    C     double    1.213  0.020  1.213
 0EO  C     O2    single    1.333  0.020  1.333
 0EO  O2    CT    single    1.450  0.020  1.450
 0EO  CT    C1    single    1.525  0.020  1.525
 0EO  CT    C2    single    1.524  0.020  1.524
 0EO  CT    C3    single    1.524  0.020  1.524
 0EO  C1    H11   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C1    H12   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C1    H13   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C2    H21   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C2    H22   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C2    H23   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C3    H31   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C3    H32   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C3    H33   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  C4    O11   double    1.224  0.020  1.224
 0EO  C4    CA1   single    1.514  0.020  1.514
 0EO  CA1   CM    single    1.524  0.020  1.524
 0EO  CA1   HA1   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CA1   HA2   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CM    CH    single    1.524  0.020  1.524
 0EO  CM    HM    single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CM    HM1   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CH    OH    single    1.413  0.020  1.413
 0EO  CH    CA    single    1.535  0.020  1.535
 0EO  CH    HCH   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  OH    HO1   single    0.850  0.020  0.980
 0EO  CA    N     single    1.458  0.019  1.458
 0EO  CA    CB    single    1.521  0.033  1.521
 0EO  CA    HA    single    0.970  0.020  0.970
 0EO  N     H     single    0.860  0.020  0.860
 0EO  CB    CG    single    1.502  0.020  1.502
 0EO  CB    HB2   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CB    HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CG    CD1   aromatic  1.393  0.020  1.393
 0EO  CG    CD2   aromatic  1.393  0.020  1.393
 0EO  CD1   CE1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 0EO  CD1   HD1   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CD2   CE2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 0EO  CD2   HD2   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CE1   CZ    aromatic  1.388  0.020  1.388
 0EO  CE1   HE1   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CE2   CZ    aromatic  1.389  0.020  1.389
 0EO  CE2   HE2   single    0.930  0.020  1.080
 0EO  CZ    HZ    single    0.930  0.020  1.080
 0EO  N1    CA2   single    1.452  0.020  1.452
 0EO  N1    H1    single    0.860  0.020  1.020
 0EO  CA2   CB1   single    1.530  0.020  1.530
 0EO  CA2   CH1   single    1.534  0.020  1.534
 0EO  CA2   HA3   single    0.970  0.020  1.090
 0EO  CB1   CG1   single    1.528  0.020  1.528
 0EO  CB1   HB21  single    0.970  0.020  1.090
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 0EO  CG1   CD11  single    1.530  0.020  1.530
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0EO  CONST_01  CZ    CE1   CD1   CG      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_02  CZ    CE2   CD2   CG      0.00   0.0  0
 0EO  CONST_03  CE2   CD2   CG    CD1     0.00   0.0  0
 0EO  CONST_04  CE2   CZ    CE1   CD1     0.00   0.0  0
 0EO  CONST_05  CE1   CD1   CG    CD2     0.00   0.0  0
 0EO  CONST_06  CE1   CZ    CE2   CD2     0.00   0.0  0
 0EO  CONST_07  CE1   CD1   CG    CB    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_08  CE2   CD2   CG    CB    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_09  HE1   CE1   CD1   CG    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_10  HE2   CE2   CD2   CG    180.00   0.0  0
 0EO  CONST_11  HD2   CD2   CG    CD1   180.00   0.0  0
 0EO  CONST_12  HZ    CZ    CE1   CD1   180.00   0.0  0
 0EO  CONST_13  HD1   CD1   CG    CD2   180.00   0.0  0
 0EO  CONST_14  CA2   N1    C4    O11     0.00   0.0  0
 0EO  CONST_15  CA2   N1    C4    CA1   180.00   0.0  0
 0EO  CONST_16  CA3   N2    C5    CM1   180.00   0.0  0
 0EO  CONST_17  CA3   N2    C5    O       0.00   0.0  0
 0EO  CONST_18  H1    N1    C4    O11   180.00   0.0  0
 0EO  CONST_19  H2    N2    C5    CM1     0.00   0.0  0
 0EO  Var_01    CZ1   CE11  CD11  CG1    56.01  30.0  1
 0EO  Var_02    CZ1   CE21  CD21  CG1   -55.44  30.0  1
 0EO  Var_03    CE21  CZ1   CE11  CD11  -54.92  30.0  1
 0EO  Var_04    CE11  CZ1   CE21  CD21   54.80  30.0  1
 0EO  Var_05    CD1   CG    CB    CA     93.88  30.0  2
 0EO  Var_06    CA    N     C     O1     12.86  30.0  2
 0EO  Var_07    C1    CT    O2    C      64.07  30.0  3
 0EO  Var_08    N     C     O2    CT    174.92  30.0  1
 0EO  Var_09    CH    CM    CA1   C4    179.91  30.0  3
 0EO  Var_10    CM    CA1   C4    O11   -40.97  30.0  3
 0EO  Var_11    O     C5    CM1   CH1   -51.12  30.0  3
 0EO  Var_12    CD12  CG2   CB2   CA3   179.62  30.0  3
 0EO  Var_13    H11   C1    CT    O2     51.64  30.0  3
 0EO  Var_14    H21   C2    CT    O2     60.18  30.0  3
 0EO  Var_15    H31   C3    CT    O2     68.34  30.0  3
 0EO  Var_16    HD11  CD12  CG2   CB2    62.69  30.0  3
 0EO  Var_17    HD21  CD22  CG2   CB2    62.82  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0EO  chir_01  CH   CM   OH    CA    positiv
 0EO  chir_02  CA   N    CB    CH    negativ
 0EO  chir_03  CA2  N1   CB1   CH1   negativ
 0EO  chir_04  CG1  CB1  CD11  CD21  positiv
 0EO  chir_05  CH1  OH1  CM1   CA2   negativ
 0EO  chir_06  CA3  N2   C6    CB2   positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0EO  plan-1  CB   0.020
 0EO  plan-1  CG   0.020
 0EO  plan-1  CD1  0.020
 0EO  plan-1  CD2  0.020
 0EO  plan-1  CE1  0.020
 0EO  plan-1  CE2  0.020
 0EO  plan-1  CZ   0.020
 0EO  plan-1  HD1  0.020
 0EO  plan-1  HD2  0.020
 0EO  plan-1  HE1  0.020
 0EO  plan-1  HE2  0.020
 0EO  plan-1  HZ   0.020
 0EO  plan-2  C4   0.020
 0EO  plan-2  O11  0.020
 0EO  plan-2  CA1  0.020
 0EO  plan-2  N1   0.020
 0EO  plan-2  CA2  0.020
 0EO  plan-2  H1   0.020
 0EO  plan-3  CM1  0.020
 0EO  plan-3  C5   0.020
 0EO  plan-3  O    0.020
 0EO  plan-3  N2   0.020
 0EO  plan-3  CA3  0.020
 0EO  plan-3  H2   0.020
 0EO  plan-4  CA3  0.020
 0EO  plan-4  C6   0.020
 0EO  plan-4  O3   0.020
 0EO  plan-4  OXT  0.020
 0EO  plan-5  O1   0.020
 0EO  plan-5  C    0.020
 0EO  plan-5  O2   0.020
 0EO  plan-5  N    0.020

