# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Aug  6 13:42:28 2020
#   Inital geometry file: a 332 line input string
#   Ligand name: 6-ammonio-N-{[(2R,3R)-3-{[N-(tert-butoxycarbonyl)-L-phenylalanyl-3-(1H-imidazol-3-ium-4-yl)-L-alanyl]amino}-4-cyclohexyl-2-hydroxybutyl](2-methylpropyl)carbamoyl}-L-norleucyl-L-phenylalanine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)CN(C[C@H](O)[C@H](CC1CCCCC1)NC(=O)[C@H](Cc2c[nH]c[nH+]2)NC(=O)[C@H](Cc3ccccc3)NC(=O)OC(C)(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCC[NH3+])C(=O)N[C@@H](Cc4ccccc4)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0EK  0EK  6-ammonio-N-{[(2R,3R)-3-{[N-(tert-butoxycarbonyl)-L-phenylalanyl-3-(1H-imidazol-3-ium-4-yl)-L-alanyl]amino}-4-cyclohexyl-2-hydroxybutyl](2-methylpropyl)carbamoyl}-L-norleucyl-L-phenylalanine  peptide  144  68  .  2022-03-08  2022-03-08
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0EK
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0EK  O1    O  O      0  -0.499    6.7030  -2.3054   1.7828
 0EK  C     C  C      0   0.762    7.3806  -2.0012   0.8256
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 0EK  CT    C  CT     0   0.187    8.6245  -4.1009   0.6955
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 0EK  C2    C  CH3    0  -0.658    9.6993  -4.5452  -0.2883
 0EK  C3    C  CH3    0  -0.672    9.2140  -3.9891   2.0963
 0EK  N     N  NH1    0  -0.659    7.3311  -0.7974   0.2029
 0EK  CA    C  CH1    0  -0.218    6.6105   0.3321   0.7385
 0EK  C4    C  C      0   0.592    5.7173   0.8589  -0.3793
 0EK  O     O  O      0  -0.478    6.1976   1.3898  -1.3671
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 0EK  CD1   C  CR16   0  -0.310    9.7262   0.3762   1.9975
 0EK  CD2   C  CR16   0  -0.299    8.0454   0.8345   3.6398
 0EK  CE1   C  CR16   0  -0.233   10.5379  -0.1771   2.9792
 0EK  CE2   C  CR16   0  -0.240    8.8542   0.2867   4.6251
 0EK  CZ    C  CR16   0  -0.268   10.1032  -0.2249   4.2965
 0EK  N1    N  NH1    0  -0.652    4.4020   0.6385  -0.2131
 0EK  CA1   C  CH1    0  -0.207    3.4169   0.9706  -1.2064
 0EK  C5    C  C      0   0.562    2.1525   1.4704  -0.5117
 0EK  O3    O  O      0  -0.476    1.8704   1.0955   0.6148
 0EK  CB1   C  CH2    0  -0.538    3.0509  -0.2574  -2.0726
 0EK  CG1   C  CR5    0   0.314    4.2619  -0.8943  -2.6459
 0EK  ND1   N  NR15   1  -0.584    4.9961  -1.8435  -1.9753
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 0EK  CE11  C  CR15   0   0.242    6.0703  -2.1699  -2.6739
 0EK  NE2   N  NR15   0  -0.538    6.0461  -1.4566  -3.7837
 0EK  N2    N  NH1    0  -0.652    1.3864   2.2742  -1.2617
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 0EK  CH    C  CH1    0   0.036   -1.0677   2.0586  -1.4259
 0EK  OH    O  OH1    0  -0.656   -1.1513   2.1982  -2.8276
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 0EK  CG21  C  CH1    0  -0.228   -2.1245  -2.2457  -2.3986
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 0EK  O5    O  O      0  -0.509   -6.6590  -2.0299  -0.5381
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 0EK  NZ    N  NT3    1  -0.775   -6.7755   5.7072  -2.6301
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 0EK  CZ2   C  CR16   0  -0.276   -4.5118  -3.9710   4.6724
 0EK  OXT   O  OC    -1  -0.612  -10.6089  -2.5364   1.5104
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 0EK  H3    H  HNH1   0   0.398   -4.7209  -0.9767  -1.3090
 0EK  HA3   H  HCH1   0   0.266   -5.4685   0.4983   1.0940
 0EK  HB25  H  HCH2   0   0.228   -6.9587   0.7174  -1.5604
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 0EK  HG3   H  HCH2   0   0.231   -4.9893   2.2611  -1.3843
 0EK  HD24  H  HCH2   0   0.250   -7.0346   3.0232  -2.5728
 0EK  HD3   H  HCH2   0   0.250   -7.6836   3.6638  -1.0682
 0EK  HE24  H  HCH2   0   0.290   -5.7595   5.2329  -0.8793
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 0EK  HZ21  H  HNT3   0   0.471   -7.0127   5.3291  -3.5471
 0EK  HZ31  H  HNT3   0   0.471   -7.6509   5.9589  -2.1718
 0EK  H4    H  HNH1   0   0.390   -7.1955  -0.4406   2.1108
 0EK  HA4   H  HCH1   0   0.252   -8.0163  -3.1291   1.2565
 0EK  HB26  H  HCH2   0   0.246   -8.6053  -1.6080   3.8299
 0EK  HB34  H  HCH2   0   0.258   -9.0968  -3.2484   3.4542
 0EK  HD14  H  HCR6   0   0.241   -6.4000  -1.1617   4.6857
 0EK  HD25  H  HCR6   0   0.244   -7.2821  -5.0009   3.0203
 0EK  HE14  H  HCR6   0   0.250   -4.2176  -1.9952   5.4564
 0EK  HE25  H  HCR6   0   0.250   -5.1031  -5.8398   3.7943
 0EK  HZ4   H  HCR6   0   0.250   -3.5536  -4.3390   5.0158

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0EK  O1    C     double    1.212  0.020  1.212
 0EK  C     O2    single    1.331  0.020  1.331
 0EK  O2    CT    single    1.454  0.020  1.454
 0EK  CT    C1    single    1.523  0.020  1.523
 0EK  CT    C2    single    1.523  0.020  1.523
 0EK  CT    C3    single    1.524  0.020  1.524
 0EK  C1    H11   single    0.970  0.020  1.090
 0EK  C1    H12   single    0.970  0.020  1.090
 0EK  C1    H13   single    0.970  0.020  1.090
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 0EK  C3    H31   single    0.970  0.020  1.090
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 0EK  N     CA    single    1.458  0.019  1.458
 0EK  N     H     single    0.860  0.020  0.860
 0EK  CA    C4    single    1.525  0.020  1.525
 0EK  CA    CB    single    1.521  0.033  1.521
 0EK  CA    HA    single    0.970  0.020  0.970
 0EK  C4    O     double    1.220  0.020  1.220
 0EK  CB    CG    single    1.502  0.020  1.502
 0EK  CB    HB2   single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CB    HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CG    CD1   aromatic  1.392  0.020  1.392
 0EK  CG    CD2   aromatic  1.393  0.020  1.393
 0EK  CD1   CE1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 0EK  CD1   HD1   single    0.930  0.020  1.080
 0EK  CD2   CE2   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0EK  CD2   HD2   single    0.930  0.020  1.080
 0EK  CE1   CZ    aromatic  1.388  0.020  1.388
 0EK  CE1   HE1   single    0.930  0.020  1.080
 0EK  CE2   CZ    aromatic  1.389  0.020  1.389
 0EK  CE2   HE2   single    0.930  0.020  1.080
 0EK  CZ    HZ    single    0.930  0.020  1.080
 0EK  N1    CA1   single    1.438  0.020  1.438
 0EK  N1    H1    single    0.860  0.020  1.020
 0EK  CA1   C5    single    1.527  0.020  1.527
 0EK  CA1   CB1   single    1.547  0.020  1.547
 0EK  CA1   HA1   single    0.970  0.020  1.090
 0EK  C5    O3    double    1.220  0.020  1.220
 0EK  CB1   CG1   single    1.483  0.020  1.483
 0EK  CB1   HB21  single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CB1   HB31  single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CG1   ND1   aromatic  1.375  0.020  1.375
 0EK  CG1   CD21  aromatic  1.357  0.020  1.357
 0EK  ND1   CE11  aromatic  1.322  0.020  1.322
 0EK  ND1   HD11  single    0.860  0.020  1.020
 0EK  CD21  NE2   aromatic  1.368  0.020  1.368
 0EK  CD21  HD21  single    0.930  0.020  1.080
 0EK  CE11  NE2   aromatic  1.320  0.020  1.320
 0EK  CE11  HE11  single    0.930  0.020  1.080
 0EK  NE2   HE21  single    0.860  0.020  1.020
 0EK  N2    CA2   single    1.457  0.020  1.457
 0EK  N2    H2    single    0.860  0.020  1.020
 0EK  CA2   CB2   single    1.530  0.020  1.530
 0EK  CA2   CH    single    1.532  0.020  1.532
 0EK  CA2   HA2   single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CB2   CG2   single    1.528  0.020  1.528
 0EK  CB2   HB22  single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CB2   HB32  single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CG2   CD11  single    1.530  0.020  1.530
 0EK  CG2   CD22  single    1.530  0.020  1.530
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 0EK  CD22  HD22  single    0.970  0.020  1.090
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 0EK  CM    HM2   single    0.970  0.020  1.090
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 0EK  N11   C6    single    1.367  0.020  1.367
 0EK  CB21  CG21  single    1.530  0.020  1.530
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 0EK  CB21  HB24  single    0.970  0.020  1.090
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 0EK  N3    CA3   single    1.440  0.020  1.440
 0EK  N3    H3    single    0.860  0.020  1.020
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 0EK  CG3   HG3   single    0.970  0.020  1.090
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 0EK  CE    HE24  single    0.970  0.020  1.090
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 0EK  N4    H4    single    0.890  0.020  1.040
 0EK  CA4   C8    single    1.554  0.020  1.554
 0EK  CA4   CB4   single    1.533  0.020  1.533
 0EK  CA4   HA4   single    0.970  0.020  1.090
 0EK  C8    O6    deloc     1.242  0.020  1.242
 0EK  C8    OXT   deloc     1.247  0.020  1.247
 0EK  CB4   CG4   single    1.503  0.020  1.503
 0EK  CB4   HB26  single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CB4   HB34  single    0.970  0.020  1.090
 0EK  CG4   CD12  aromatic  1.392  0.020  1.392
 0EK  CG4   CD23  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0EK  CD12  CE13  aromatic  1.389  0.020  1.389
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 0EK  CD23  HD25  single    0.930  0.020  1.080
 0EK  CE13  CZ2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 0EK  CE13  HE14  single    0.930  0.020  1.080
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 0EK  CE22  HE25  single    0.930  0.020  1.080
 0EK  CZ2   HZ4   single    0.930  0.020  1.080
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 0EK  C4    N1    single    1.344  0.020  1.344
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 0EK  C7    N4    single    1.333  0.020  1.333

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0EK  N     C     O2    109.39  3.000
 0EK  N     C     O1    124.42  3.000
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 0EK  CT    O2    C     122.63  3.000
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 0EK  C2    CT    O2    102.93  3.000
 0EK  C1    CT    O2    110.88  3.000
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 0EK  CA    N     C     111.00  2.800
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 0EK  HA    CA    C4    110.70  3.000
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 0EK  HA    CA    N     110.00  3.000
 0EK  CB    CA    N     110.40  1.500
 0EK  C4    CA    N     106.91  3.000
 0EK  N1    C4    O     123.83  3.000
 0EK  N1    C4    CA    115.22  3.000
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 0EK  HB2   CB    CA    109.29  3.000
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 0EK  CONST_29  HE11  CE11  ND1   CG1    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_30  HE21  NE2   CD21  CG1    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_31  HD21  CD21  CG1   ND1    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_32  HD11  ND1   CG1   CD21   180.00   0.0  0
 0EK  CONST_33  HE14  CE13  CD12  CG4    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_34  HE25  CE22  CD23  CG4    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_35  HD25  CD23  CG4   CD12   180.00   0.0  0
 0EK  CONST_36  HZ4   CZ2   CE13  CD12   180.00   0.0  0
 0EK  CONST_37  HD14  CD12  CG4   CD23   180.00   0.0  0
 0EK  CONST_38  CA1   N1    C4    CA     180.00   0.0  0
 0EK  CONST_39  CA1   N1    C4    O        0.00   0.0  0
 0EK  CONST_40  CA2   N2    C5    CA1    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_41  CA2   N2    C5    O3       0.00   0.0  0
 0EK  CONST_42  O4    C6    N11   CM       0.00   0.0  0
 0EK  CONST_43  O4    C6    N11   CB21   180.00   0.0  0
 0EK  CONST_44  CA3   N3    C6    O4       0.00   0.0  0
 0EK  CONST_45  CA4   N4    C7    CA3    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_46  CA4   N4    C7    O5       0.00   0.0  0
 0EK  CONST_47  N3    C6    N11   CM     180.00   0.0  0
 0EK  CONST_48  CA3   N3    C6    N11    180.00   0.0  0
 0EK  CONST_49  N3    C6    N11   CB21     0.00   0.0  0
 0EK  CONST_50  H1    N1    C4    CA       0.00   0.0  0
 0EK  CONST_51  H2    N2    C5    CA1      0.00   0.0  0
 0EK  CONST_52  H3    N3    C6    O4     180.00   0.0  0
 0EK  CONST_53  H4    N4    C7    CA3      0.00   0.0  0
 0EK  Var_01    CZ1   CE12  CD11  CG2     56.22  30.0  1
 0EK  Var_02    CZ1   CE21  CD22  CG2    -54.80  30.0  1
 0EK  Var_03    CE21  CZ1   CE12  CD11   -55.23  30.0  1
 0EK  Var_04    CE12  CZ1   CE21  CD22    54.81  30.0  1
 0EK  Var_05    CD1   CG    CB    CA      92.92  30.0  2
 0EK  Var_06    ND1   CG1   CB1   CA1     86.37  30.0  2
 0EK  Var_07    CD12  CG4   CB4   CA4    101.32  30.0  2
 0EK  Var_08    CA    N     C     O1       9.85  30.0  2
 0EK  Var_09    C1    CT    O2    C       67.73  30.0  3
 0EK  Var_10    N     C     O2    CT     173.20  30.0  1
 0EK  Var_11    CB21  N11   CM    CH      94.52  30.0  3
 0EK  Var_12    CG21  CB21  N11   CM      88.71  30.0  3
 0EK  Var_13    CD3   CG21  CB21  N11     62.93  30.0  3
 0EK  Var_14    CD    CG3   CB3   CA3    177.41  30.0  3
 0EK  Var_15    CE    CD    CG3   CB3   -179.50  30.0  3
 0EK  Var_16    NZ    CE    CD    CG3    177.58  30.0  3
 0EK  Var_17    H11   C1    CT    O2      53.28  30.0  3
 0EK  Var_18    H21   C2    CT    O2      59.78  30.0  3
 0EK  Var_19    H31   C3    CT    O2      71.99  30.0  3
 0EK  Var_20    HD31  CD3   CG21  CB21    63.49  30.0  3
 0EK  Var_21    HD41  CD4   CG21  CB21    57.14  30.0  3
 0EK  Var_22    HZ1   NZ    CE    CD    -179.46  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0EK  chir_01  CA   N    C4    CB    positiv
 0EK  chir_02  CA1  N1   CB1   C5    negativ
 0EK  chir_03  CA2  N2   CB2   CH    negativ
 0EK  chir_04  CG2  CB2  CD11  CD22  positiv
 0EK  chir_05  CH   OH   CA2   CM    positiv
 0EK  chir_06  CA3  N3   C7    CB3   positiv
 0EK  chir_07  CA4  N4   CB4   C8    negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0EK  plan-1  CB1   0.020
 0EK  plan-1  CG1   0.020
 0EK  plan-1  ND1   0.020
 0EK  plan-1  CD21  0.020
 0EK  plan-1  CE11  0.020
 0EK  plan-1  NE2   0.020
 0EK  plan-1  HD11  0.020
 0EK  plan-1  HD21  0.020
 0EK  plan-1  HE11  0.020
 0EK  plan-1  HE21  0.020
 0EK  plan-2  CA4   0.020
 0EK  plan-2  C8    0.020
 0EK  plan-2  O6    0.020
 0EK  plan-2  OXT   0.020
 0EK  plan-3  O1    0.020
 0EK  plan-3  C     0.020
 0EK  plan-3  O2    0.020
 0EK  plan-3  N     0.020
 0EK  plan-4  CB    0.020
 0EK  plan-4  CG    0.020
 0EK  plan-4  CD1   0.020
 0EK  plan-4  CD2   0.020
 0EK  plan-4  CE1   0.020
 0EK  plan-4  CE2   0.020
 0EK  plan-4  CZ    0.020
 0EK  plan-4  HD1   0.020
 0EK  plan-4  HD2   0.020
 0EK  plan-4  HE1   0.020
 0EK  plan-4  HE2   0.020
 0EK  plan-4  HZ    0.020
 0EK  plan-5  CB4   0.020
 0EK  plan-5  CG4   0.020
 0EK  plan-5  CD12  0.020
 0EK  plan-5  CD23  0.020
 0EK  plan-5  CE13  0.020
 0EK  plan-5  CE22  0.020
 0EK  plan-5  CZ2   0.020
 0EK  plan-5  HD14  0.020
 0EK  plan-5  HD25  0.020
 0EK  plan-5  HE14  0.020
 0EK  plan-5  HE25  0.020
 0EK  plan-5  HZ4   0.020
 0EK  plan-6  CA1   0.020
 0EK  plan-6  C5    0.020
 0EK  plan-6  O3    0.020
 0EK  plan-6  N2    0.020
 0EK  plan-6  CA2   0.020
 0EK  plan-6  H2    0.020
 0EK  plan-7  CM    0.020
 0EK  plan-7  N11   0.020
 0EK  plan-7  CB21  0.020
 0EK  plan-7  C6    0.020
 0EK  plan-7  O4    0.020
 0EK  plan-7  N3    0.020
 0EK  plan-7  CA3   0.020
 0EK  plan-7  H3    0.020
 0EK  plan-8  CA3   0.020
 0EK  plan-8  C7    0.020
 0EK  plan-8  O5    0.020
 0EK  plan-8  N4    0.020
 0EK  plan-8  CA4   0.020
 0EK  plan-8  H4    0.020
 0EK  plan-9  CA    0.020
 0EK  plan-9  C4    0.020
 0EK  plan-9  O     0.020
 0EK  plan-9  N1    0.020
 0EK  plan-9  CA1   0.020
 0EK  plan-9  H1    0.020

