# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Jul 22 07:43:43 2020
#   Inital geometry file: a 146 line input string
#   Ligand name: (2-oxo-2-{[(1s,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}ethyl)phosphonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[P](O)(=O)CC(=O)O[C@H]1[C@H](O[P](O)(O)=O)[C@@H](O[P](O)(O)=O)[C@@H](O[P](O)(O)=O)[C@@H](O[P](O)(O)=O)[C@@H]1O[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0EJ  0EJ  '(2-oxo-2-{[(1s,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}ethyl)phosphonic acid'  ligand  47  39  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_0EJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0EJ  C1    C  CH1    0   0.090   1.0154   1.4705   0.6822
 0EJ  C2    C  CH1    0  -0.010   2.0588   0.4335   0.2483
 0EJ  C3    C  CH1    0   0.045   1.5983  -0.9628   0.6833
 0EJ  C4    C  CH1    0   0.127   0.2647  -1.3086   0.0136
 0EJ  C5    C  CH1    0  -0.025  -0.7596  -0.2378   0.3729
 0EJ  C6    C  CH1    0   0.066  -0.3216   1.1752  -0.0062
 0EJ  O11   O  O2     0  -0.580   1.4044   2.7757   0.4053
 0EJ  O12   O  O2     0  -0.601   2.2118   0.4373  -1.1472
 0EJ  O13   O  O2     0  -0.633   2.5285  -1.9553   0.3786
 0EJ  O14   O  O2     0  -0.650  -0.1810  -2.5617   0.4353
 0EJ  O15   O  O2     0  -0.404  -1.9672  -0.5421  -0.3174
 0EJ  O16   O  O2     0  -0.548  -1.3090   2.0864   0.3586
 0EJ  O21   O  OP    -1  -0.946   2.4114   5.0133   0.8634
 0EJ  O22   O  OP    -1  -1.041   3.5198   2.4074  -2.1939
 0EJ  O23   O  OP    -1  -0.920   4.2934  -3.6511   0.8151
 0EJ  O24   O  OP    -1  -0.963  -0.1713  -5.0364   0.1634
 0EJ  O25   O  O      0  -0.495  -3.2805  -0.5419   1.4971
 0EJ  O26   O  OP    -1  -1.044  -2.5709   4.1995  -0.1042
 0EJ  O31   O  OP    -1  -0.947   1.0474   3.8738   2.7148
 0EJ  O32   O  O      0  -0.829   4.7860   0.4835  -1.0715
 0EJ  O33   O  O      0  -0.967   4.3338  -1.4617   2.1687
 0EJ  O34   O  O      0  -0.857  -2.1155  -3.7228  -0.8252
 0EJ  O36   O  OP    -1  -0.932  -1.3625   3.0318  -2.0501
 0EJ  O41   O  O      0  -0.858   3.3366   2.9672   2.0961
 0EJ  O42   O  OP    -1  -0.953   3.4817   0.0843  -3.2423
 0EJ  O43   O  OP    -1  -0.891   2.5364  -3.1946   2.6344
 0EJ  O44   O  OP    -1  -0.955   0.1889  -3.5664  -1.9188
 0EJ  O45   O  OP    -1  -0.954  -6.5936  -2.0209  -1.3246
 0EJ  O46   O  O      0  -0.951  -3.4627   2.0025  -1.0344
 0EJ  O55   O  OP    -1  -0.849  -6.4562  -0.2334   0.5000
 0EJ  O65   O  O      0  -0.961  -5.7477  -2.6527   1.0092
 0EJ  PA1   P  P      0   1.183   2.0943   3.7139   1.6084
 0EJ  PA2   P  P      0   1.190   3.6109   0.9028  -1.9502
 0EJ  PA3   P  P      0   1.189   3.4918  -2.6024   1.5946
 0EJ  PA4   P  P      0   1.238  -0.5994  -3.8010  -0.6298
 0EJ  CA5   C  C      0   0.542  -3.1235  -0.7223   0.3086
 0EJ  PA6   P  P      0   1.211  -2.2321   2.8816  -0.8026
 0EJ  CB5   C  CH2    0  -0.801  -4.1695  -1.1679  -0.6618
 0EJ  PB5   P  P      0   1.113  -5.8811  -1.5447  -0.0429
 0EJ  H1    H  HCH1   0   0.185   0.8599   1.3283   1.7665
 0EJ  H2    H  HCH1   0   0.227   3.0020   0.6551   0.7499
 0EJ  H3    H  HCH1   0   0.200   1.4115  -0.9277   1.7693
 0EJ  H4    H  HCH1   0   0.168   0.4239  -1.3017  -1.0718
 0EJ  H5    H  HCH1   0   0.181  -0.9316  -0.2748   1.4535
 0EJ  H6    H  HCH1   0   0.147  -0.1608   1.2272  -1.0904
 0EJ  HB5   H  HCH2   0   0.233  -4.2214  -0.3928  -1.4319
 0EJ  HB5A  H  HCH2   0   0.230  -3.7498  -2.0653  -1.1261

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0EJ  O11  C1    single  1.390  0.020  1.390
 0EJ  C2   C1    single  1.534  0.020  1.534
 0EJ  C1   C6    single  1.532  0.020  1.532
 0EJ  C1   H1    single  0.970  0.020  1.090
 0EJ  O12  C2    single  1.404  0.020  1.404
 0EJ  C2   C3    single  1.533  0.020  1.533
 0EJ  C2   H2    single  0.970  0.020  1.090
 0EJ  O13  C3    single  1.394  0.020  1.394
 0EJ  C3   C4    single  1.532  0.020  1.532
 0EJ  C3   H3    single  0.970  0.020  1.090
 0EJ  C4   C5    single  1.525  0.020  1.525
 0EJ  C4   O14   single  1.395  0.020  1.395
 0EJ  C4   H4    single  0.970  0.020  1.090
 0EJ  C6   C5    single  1.527  0.020  1.527
 0EJ  C5   O15   single  1.424  0.020  1.424
 0EJ  C5   H5    single  0.970  0.020  1.090
 0EJ  C6   O16   single  1.392  0.020  1.392
 0EJ  C6   H6    single  0.970  0.020  1.090
 0EJ  PA1  O11   single  1.674  0.020  1.674
 0EJ  PA2  O12   single  1.679  0.020  1.679
 0EJ  O13  PA3   single  1.681  0.020  1.681
 0EJ  O14  PA4   single  1.687  0.020  1.687
 0EJ  O15  CA5   single  1.327  0.020  1.327
 0EJ  PA6  O16   single  1.683  0.020  1.683
 0EJ  PA1  O21   deloc   1.531  0.020  1.531
 0EJ  PA2  O22   deloc   1.527  0.020  1.527
 0EJ  PA3  O23   deloc   1.533  0.020  1.533
 0EJ  O24  PA4   deloc   1.529  0.020  1.529
 0EJ  CA5  O25   double  1.212  0.020  1.212
 0EJ  PA6  O26   deloc   1.530  0.020  1.530
 0EJ  O31  PA1   deloc   1.532  0.020  1.532
 0EJ  O32  PA2   deloc   1.526  0.020  1.526
 0EJ  O33  PA3   deloc   1.530  0.020  1.530
 0EJ  O34  PA4   deloc   1.531  0.020  1.531
 0EJ  PA6  O36   deloc   1.528  0.020  1.528
 0EJ  O41  PA1   deloc   1.529  0.020  1.529
 0EJ  O42  PA2   deloc   1.535  0.020  1.535
 0EJ  O43  PA3   deloc   1.531  0.020  1.531
 0EJ  PA4  O44   deloc   1.529  0.020  1.529
 0EJ  PB5  O45   deloc   1.542  0.020  1.542
 0EJ  O46  PA6   deloc   1.530  0.020  1.530
 0EJ  O55  PB5   deloc   1.531  0.020  1.531
 0EJ  O65  PB5   deloc   1.534  0.020  1.534
 0EJ  CA5  CB5   single  1.495  0.020  1.495
 0EJ  PB5  CB5   single  1.859  0.020  1.859
 0EJ  CB5  HB5   single  0.970  0.020  1.090
 0EJ  CB5  HB5A  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0EJ  H1    C1   O11  110.85  3.000
 0EJ  H1    C1   C6   107.06  3.000
 0EJ  O11   C1   C6   109.61  3.000
 0EJ  H1    C1   C2   106.64  3.000
 0EJ  C6    C1   C2   109.64  3.000
 0EJ  O11   C1   C2   112.84  3.000
 0EJ  H2    C2   O12  111.24  3.000
 0EJ  H2    C2   C3   108.31  3.000
 0EJ  O12   C2   C3   108.50  3.000
 0EJ  H2    C2   C1   108.70  3.000
 0EJ  C3    C2   C1   109.34  3.000
 0EJ  O12   C2   C1   110.70  3.000
 0EJ  H3    C3   O13  110.55  3.000
 0EJ  H3    C3   C4   106.88  3.000
 0EJ  O13   C3   C4   108.94  3.000
 0EJ  H3    C3   C2   107.54  3.000
 0EJ  C4    C3   C2   110.06  3.000
 0EJ  O13   C3   C2   112.70  3.000
 0EJ  H4    C4   O14  110.55  3.000
 0EJ  H4    C4   C5   109.04  3.000
 0EJ  O14   C4   C5   110.17  3.000
 0EJ  H4    C4   C3   107.75  3.000
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 0EJ  C5    C4   C3   108.86  3.000
 0EJ  H5    C5   O15  109.76  3.000
 0EJ  H5    C5   C6   108.75  3.000
 0EJ  O15   C5   C6   108.70  3.000
 0EJ  H5    C5   C4   108.32  3.000
 0EJ  O15   C5   C4   107.78  3.000
 0EJ  C6    C5   C4   113.49  3.000
 0EJ  H6    C6   O16  109.37  3.000
 0EJ  H6    C6   C5   109.34  3.000
 0EJ  O16   C6   C5   109.70  3.000
 0EJ  H6    C6   C1   107.87  3.000
 0EJ  O16   C6   C1   112.02  3.000
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 0EJ  PA1   O11  C1   119.89  3.000
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 0EJ  O41   PA1  O21  113.66  3.000
 0EJ  O31   PA1  O21  113.86  3.000
 0EJ  O41   PA1  O11  106.87  3.000
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 0EJ  O42   PA2  O32  113.76  3.000
 0EJ  O42   PA2  O22  112.71  3.000
 0EJ  O32   PA2  O22  114.12  3.000
 0EJ  O42   PA2  O12  100.64  3.000
 0EJ  O32   PA2  O12  106.86  3.000
 0EJ  O22   PA2  O12  107.45  3.000
 0EJ  O43   PA3  O33  112.15  3.000
 0EJ  O43   PA3  O23  114.02  3.000
 0EJ  O33   PA3  O23  114.40  3.000
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 0EJ  O33   PA3  O13  107.45  3.000
 0EJ  O23   PA3  O13  101.26  3.000
 0EJ  O44   PA4  O34  113.27  3.000
 0EJ  O44   PA4  O24  114.64  3.000
 0EJ  O34   PA4  O24  112.63  3.000
 0EJ  O44   PA4  O14  106.96  3.000
 0EJ  O34   PA4  O14  106.78  3.000
 0EJ  O24   PA4  O14  101.34  3.000
 0EJ  CB5   CA5  O25  126.17  3.000
 0EJ  CB5   CA5  O15  110.12  3.000
 0EJ  O25   CA5  O15  123.71  3.000
 0EJ  O46   PA6  O36  112.99  3.000
 0EJ  O46   PA6  O26  112.71  3.000
 0EJ  O36   PA6  O26  114.46  3.000
 0EJ  O46   PA6  O16  105.91  3.000
 0EJ  O36   PA6  O16  107.31  3.000
 0EJ  O26   PA6  O16  102.33  3.000
 0EJ  HB5A  CB5  HB5  107.50  3.000
 0EJ  HB5A  CB5  PB5  109.16  3.000
 0EJ  HB5   CB5  PB5  109.53  3.000
 0EJ  HB5A  CB5  CA5  104.57  3.000
 0EJ  HB5   CB5  CA5  106.20  3.000
 0EJ  PB5   CB5  CA5  119.25  3.000
 0EJ  CB5   PB5  O65  107.14  3.000
 0EJ  CB5   PB5  O55  106.88  3.000
 0EJ  O65   PB5  O55  114.08  3.000
 0EJ  CB5   PB5  O45  102.20  3.000
 0EJ  O65   PB5  O45  112.79  3.000
 0EJ  O55   PB5  O45  112.69  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0EJ  Var_01  O21  PA1  O11  C1    177.67  30.0  2
 0EJ  Var_02  O22  PA2  O12  C2    -88.89  30.0  3
 0EJ  Var_03  O23  PA3  O13  C3    178.27  30.0  3
 0EJ  Var_04  O24  PA4  O14  C4    146.66  30.0  3
 0EJ  Var_05  O25  CA5  O15  C5      6.09  30.0  3
 0EJ  Var_06  O26  PA6  O16  C6   -150.86  30.0  3
 0EJ  Var_07  PB5  CB5  CA5  O15   178.20  30.0  3
 0EJ  Var_08  CA5  CB5  PB5  O45  -177.34  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0EJ  chir_01  C1  O11  C2  C6  positiv
 0EJ  chir_02  C2  O12  C3  C1  positiv
 0EJ  chir_03  C3  O13  C2  C4  negativ
 0EJ  chir_04  C4  O14  C5  C3  negativ
 0EJ  chir_05  C5  O15  C6  C4  positiv
 0EJ  chir_06  C6  O16  C1  C5  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0EJ  plan-1  O15  0.020
 0EJ  plan-1  O25  0.020
 0EJ  plan-1  CA5  0.020
 0EJ  plan-1  CB5  0.020

