# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Jul 21 10:20:48 2020
#   Inital geometry file: a 165 line input string
#   Ligand name: N-acetyl-L-tyrosyl-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-oxopropan-2-yl]-L-alaninamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)[C@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccc(O)cc1)NC(C)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0E4  0E4  N-acetyl-L-tyrosyl-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-oxopropan-2-yl]-L-alaninamide  peptide  66  35  .  2022-03-08  2022-03-08
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0E4
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0E4  C     C  C      0   0.532   4.4060   1.7636   1.3526
 0E4  O     O  O      0  -0.502   3.3574   1.3976   1.8675
 0E4  CH3   C  CH3    0  -0.774   5.4549   2.5270   2.1181
 0E4  N     N  NH1    0  -0.621   4.6880   1.5191   0.0631
 0E4  CA    C  CH1    0  -0.178   3.7967   0.7808  -0.7922
 0E4  C1    C  C      0   0.578   2.4377   1.4952  -0.8507
 0E4  O1    O  O      0  -0.493   2.3832   2.7133  -0.8679
 0E4  CB    C  CH2    0  -0.591   3.7508  -0.7212  -0.4543
 0E4  CG    C  CR6    0   0.144   5.1265  -1.3029  -0.3034
 0E4  CD1   C  CR16   0  -0.297   5.7014  -1.4692   0.9514
 0E4  CD2   C  CR16   0  -0.293   5.8842  -1.6582  -1.4168
 0E4  CE1   C  CR16   0  -0.371   6.9853  -1.9742   1.0996
 0E4  CE2   C  CR16   0  -0.323   7.1691  -2.1606  -1.2898
 0E4  CZ    C  CR6    0   0.338   7.7291  -2.3213  -0.0243
 0E4  OH    O  OH1    0  -0.635   8.9825  -2.8160   0.0538
 0E4  N1    N  NH1    0  -0.651   1.3612   0.7019  -0.9675
 0E4  CA1   C  CH1    0  -0.211   0.0093   1.1957  -1.0068
 0E4  C2    C  C      0   0.569  -0.8328   0.3768  -0.0304
 0E4  O2    O  O      0  -0.490  -0.4450  -0.6927   0.4184
 0E4  CB1   C  CH1    0  -0.224  -0.6049   1.1504  -2.4240
 0E4  CG1   C  CH3    0  -0.656   0.1930   2.0144  -3.3930
 0E4  CG2   C  CH3    0  -0.670  -0.7454  -0.2733  -2.9511
 0E4  N2    N  NH1    0  -0.636  -2.0299   0.9060   0.2477
 0E4  CA2   C  CH1    0  -0.213  -3.0027   0.2670   1.0999
 0E4  C3    C  C      0   0.565  -4.3875   0.7457   0.6809
 0E4  O3    O  O      0  -0.491  -4.5558   1.8398   0.1628
 0E4  CB2   C  CH3    0  -0.646  -2.7766   0.5925   2.5785
 0E4  N3    N  NH1    0  -0.625  -5.3805  -0.1080   0.9547
 0E4  CA3   C  CH1    0  -0.186  -6.7680   0.2459   0.8255
 0E4  C4    C  C1     0   0.187  -7.2251   1.1355   1.9535
 0E4  O4    O  O      0  -0.369  -6.5390   1.4818   2.8795
 0E4  CB3   C  CH2    0  -0.615  -7.6420  -0.9993   0.7496
 0E4  CG3   C  C      0   0.429  -7.4128  -1.8199  -0.5399
 0E4  OD1   O  O      0  -0.599  -7.1652  -1.1740  -1.5745
 0E4  OD2   O  OC    -1  -0.608  -7.5334  -3.0538  -0.4315
 0E4  H1    H  HCH3   0   0.265   5.7007   1.9909   3.0338
 0E4  H2    H  HCH3   0   0.250   6.3711   2.6899   1.5541
 0E4  H3    H  HCH3   0   0.268   5.0530   3.4984   2.4074
 0E4  H     H  HNH1   0   0.404   5.5690   1.8209  -0.3162
 0E4  HA    H  HCH1   0   0.304   4.2042   0.8774  -1.8031
 0E4  HB2   H  HCH2   0   0.267   3.1823  -0.8818   0.4632
 0E4  HB3   H  HCH2   0   0.262   3.2273  -1.2446  -1.2590
 0E4  HD1   H  HCR6   0   0.248   5.1365  -1.2070   1.8384
 0E4  HD2   H  HCR6   0   0.248   5.4648  -1.5427  -2.4097
 0E4  HE1   H  HCR6   0   0.268   7.4033  -2.0993   2.0923
 0E4  HE2   H  HCR6   0   0.260   7.7393  -2.4318  -2.1698
 0E4  HH    H  HOH1   0   0.473   9.2592  -2.8799   0.9743
 0E4  H4    H  HNH1   0   0.410   1.4624  -0.2868  -0.8033
 0E4  HA1   H  HCH1   0   0.289   0.0183   2.2369  -0.6749
 0E4  HB    H  HCH1   0   0.233  -1.6057   1.5854  -2.3396
 0E4  HG11  H  HCH3   0   0.234  -0.3224   2.0743  -4.3524
 0E4  HG12  H  HCH3   0   0.231   0.3210   3.0305  -3.0191
 0E4  HG13  H  HCH3   0   0.221   1.1829   1.5956  -3.5807
 0E4  HG21  H  HCH3   0   0.235  -1.4084  -0.8836  -2.3363
 0E4  HG22  H  HCH3   0   0.238  -1.1605  -0.2612  -3.9594
 0E4  HG23  H  HCH3   0   0.221   0.2222  -0.7771  -3.0043
 0E4  H5    H  HNH1   0   0.404  -2.2717   1.8157  -0.1171
 0E4  HA2   H  HCH1   0   0.280  -2.9322  -0.8133   0.9564
 0E4  HB1   H  HCH3   0   0.240  -3.5125   0.0917   3.2069
 0E4  HB21  H  HCH3   0   0.250  -1.7866   0.2589   2.8859
 0E4  HB31  H  HCH3   0   0.236  -2.8508   1.6658   2.7531
 0E4  H6    H  HNH1   0   0.406  -5.1584  -0.9726   1.4239
 0E4  HA3   H  HCH1   0   0.280  -6.9180   0.8074  -0.1025
 0E4  HB22  H  HCH2   0   0.238  -7.4970  -1.6223   1.6364
 0E4  HB32  H  HCH2   0   0.261  -8.6921  -0.6876   0.7653
 0E4  HXT   H  H      0   0.200  -8.2787   1.4583   1.8642

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0E4  C    O     double    1.231  0.020  1.231
 0E4  C    CH3   single    1.506  0.020  1.506
 0E4  CH3  H1    single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CH3  H2    single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CH3  H3    single    0.970  0.020  1.090
 0E4  N    CA    single    1.458  0.019  1.458
 0E4  N    H     single    0.860  0.020  0.860
 0E4  CA   C1    single    1.536  0.020  1.536
 0E4  CA   CB    single    1.521  0.033  1.521
 0E4  CA   HA    single    0.970  0.020  0.970
 0E4  C1   O1    double    1.219  0.020  1.219
 0E4  CB   CG    single    1.501  0.020  1.501
 0E4  CB   HB2   single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CB   HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG   CD1   aromatic  1.390  0.020  1.390
 0E4  CG   CD2   aromatic  1.393  0.020  1.393
 0E4  CD1  CE1   aromatic  1.388  0.020  1.388
 0E4  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 0E4  CD2  CE2   aromatic  1.385  0.020  1.385
 0E4  CD2  HD2   single    0.930  0.020  1.080
 0E4  CE1  CZ    aromatic  1.392  0.020  1.392
 0E4  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080
 0E4  CE2  CZ    aromatic  1.393  0.020  1.393
 0E4  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080
 0E4  CZ   OH    single    1.350  0.020  1.350
 0E4  OH   HH    single    0.850  0.020  0.980
 0E4  N1   CA1   single    1.440  0.020  1.440
 0E4  N1   H4    single    0.860  0.020  1.020
 0E4  CA1  C2    single    1.527  0.020  1.527
 0E4  CA1  CB1   single    1.545  0.020  1.545
 0E4  CA1  HA1   single    0.970  0.020  1.090
 0E4  C2   O2    double    1.223  0.020  1.223
 0E4  CB1  CG1   single    1.524  0.020  1.524
 0E4  CB1  CG2   single    1.525  0.020  1.525
 0E4  CB1  HB    single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG1  HG11  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG1  HG12  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG1  HG13  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG2  HG21  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG2  HG22  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG2  HG23  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  N2   CA2   single    1.442  0.020  1.442
 0E4  N2   H5    single    0.860  0.020  1.020
 0E4  CA2  C3    single    1.524  0.020  1.524
 0E4  CA2  CB2   single    1.531  0.020  1.531
 0E4  CA2  HA2   single    0.970  0.020  1.090
 0E4  C3   O3    double    1.222  0.020  1.222
 0E4  CB2  HB1   single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CB2  HB21  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CB2  HB31  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  N3   CA3   single    1.438  0.020  1.438
 0E4  N3   H6    single    0.860  0.020  1.020
 0E4  CA3  C4    single    1.508  0.020  1.508
 0E4  CA3  CB3   single    1.523  0.020  1.523
 0E4  CA3  HA3   single    0.970  0.020  1.090
 0E4  C4   O4    double    1.203  0.020  1.203
 0E4  C4   HXT   single    0.930  0.020  1.080
 0E4  CB3  CG3   single    1.546  0.020  1.546
 0E4  CB3  HB22  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CB3  HB32  single    0.970  0.020  1.090
 0E4  CG3  OD1   deloc     1.245  0.020  1.245
 0E4  CG3  OD2   deloc     1.245  0.020  1.245
 0E4  C    N     single    1.342  0.020  1.342
 0E4  C1   N1    single    1.342  0.020  1.342
 0E4  C2   N2    single    1.338  0.020  1.338
 0E4  C3   N3    single    1.338  0.020  1.338

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0E4  N     C    CH3   115.73  3.000
 0E4  N     C    O     121.97  3.000
 0E4  CH3   C    O     122.29  3.000
 0E4  H3    CH3  H2    108.34  3.000
 0E4  H3    CH3  H1    107.37  3.000
 0E4  H2    CH3  H1    108.63  3.000
 0E4  H3    CH3  C     109.25  3.000
 0E4  H2    CH3  C     113.50  3.000
 0E4  H1    CH3  C     109.57  3.000
 0E4  H     N    CA    114.00  3.000
 0E4  H     N    C     119.46  3.000
 0E4  CA    N    C     111.00  2.800
 0E4  HA    CA   CB    109.00  3.000
 0E4  HA    CA   C1    104.66  3.000
 0E4  CB    CA   C1    115.81  3.000
 0E4  HA    CA   N     110.00  3.000
 0E4  CB    CA   N     110.40  1.500
 0E4  C1    CA   N     109.38  3.000
 0E4  N1    C1   O1    123.59  3.000
 0E4  N1    C1   CA    115.97  3.000
 0E4  O1    C1   CA    120.30  3.000
 0E4  HB3   CB   HB2   107.39  3.000
 0E4  HB3   CB   CG    109.10  3.000
 0E4  HB2   CB   CG    109.63  3.000
 0E4  HB3   CB   CA    108.64  3.000
 0E4  HB2   CB   CA    110.09  3.000
 0E4  CG    CB   CA    111.88  3.000
 0E4  CD2   CG   CD1   117.77  3.000
 0E4  CD2   CG   CB    121.14  3.000
 0E4  CD1   CG   CB    121.07  3.000
 0E4  HD1   CD1  CE1   118.88  3.000
 0E4  HD1   CD1  CG    119.61  3.000
 0E4  CE1   CD1  CG    121.51  3.000
 0E4  HD2   CD2  CE2   118.77  3.000
 0E4  HD2   CD2  CG    119.64  3.000
 0E4  CE2   CD2  CG    121.59  3.000
 0E4  HE1   CE1  CZ    120.30  3.000
 0E4  HE1   CE1  CD1   119.76  3.000
 0E4  CZ    CE1  CD1   119.94  3.000
 0E4  HE2   CE2  CZ    119.83  3.000
 0E4  HE2   CE2  CD2   120.31  3.000
 0E4  CZ    CE2  CD2   119.86  3.000
 0E4  OH    CZ   CE2   117.91  3.000
 0E4  OH    CZ   CE1   122.75  3.000
 0E4  CE2   CZ   CE1   119.34  3.000
 0E4  HH    OH   CZ    110.26  3.000
 0E4  H4    N1   CA1   115.81  3.000
 0E4  H4    N1   C1    119.03  3.000
 0E4  CA1   N1   C1    123.56  3.000
 0E4  HA1   CA1  CB1   108.05  3.000
 0E4  HA1   CA1  C2    108.74  3.000
 0E4  CB1   CA1  C2    110.58  3.000
 0E4  HA1   CA1  N1    108.10  3.000
 0E4  CB1   CA1  N1    112.84  3.000
 0E4  C2    CA1  N1    108.44  3.000
 0E4  N2    C2   O2    123.59  3.000
 0E4  N2    C2   CA1   114.46  3.000
 0E4  O2    C2   CA1   121.91  3.000
 0E4  HB    CB1  CG2   108.27  3.000
 0E4  HB    CB1  CG1   107.60  3.000
 0E4  CG2   CB1  CG1   110.97  3.000
 0E4  HB    CB1  CA1   106.32  3.000
 0E4  CG2   CB1  CA1   112.40  3.000
 0E4  CG1   CB1  CA1   111.01  3.000
 0E4  HG13  CG1  HG12  108.07  3.000
 0E4  HG13  CG1  HG11  107.37  3.000
 0E4  HG12  CG1  HG11  107.82  3.000
 0E4  HG13  CG1  CB1   111.52  3.000
 0E4  HG12  CG1  CB1   111.83  3.000
 0E4  HG11  CG1  CB1   110.06  3.000
 0E4  HG23  CG2  HG22  107.29  3.000
 0E4  HG23  CG2  HG21  107.93  3.000
 0E4  HG22  CG2  HG21  107.22  3.000
 0E4  HG23  CG2  CB1   111.46  3.000
 0E4  HG22  CG2  CB1   110.14  3.000
 0E4  HG21  CG2  CB1   112.56  3.000
 0E4  H5    N2   CA2   116.82  3.000
 0E4  H5    N2   C2    119.70  3.000
 0E4  CA2   N2   C2    123.43  3.000
 0E4  HA2   CA2  CB2   109.13  3.000
 0E4  HA2   CA2  C3    109.47  3.000
 0E4  CB2   CA2  C3    109.45  3.000
 0E4  HA2   CA2  N2    108.48  3.000
 0E4  CB2   CA2  N2    112.14  3.000
 0E4  C3    CA2  N2    108.14  3.000
 0E4  N3    C3   O3    123.77  3.000
 0E4  N3    C3   CA2   114.69  3.000
 0E4  O3    C3   CA2   121.52  3.000
 0E4  HB31  CB2  HB21  108.56  3.000
 0E4  HB31  CB2  HB1   108.32  3.000
 0E4  HB21  CB2  HB1   108.09  3.000
 0E4  HB31  CB2  CA2   110.73  3.000
 0E4  HB21  CB2  CA2   109.99  3.000
 0E4  HB1   CB2  CA2   111.08  3.000
 0E4  H6    N3   CA3   117.74  3.000
 0E4  H6    N3   C3    118.61  3.000
 0E4  CA3   N3   C3    122.74  3.000
 0E4  HA3   CA3  CB3   107.36  3.000
 0E4  HA3   CA3  C4    106.85  3.000
 0E4  CB3   CA3  C4    110.22  3.000
 0E4  HA3   CA3  N3    109.55  3.000
 0E4  CB3   CA3  N3    110.92  3.000
 0E4  C4    CA3  N3    111.76  3.000
 0E4  HXT   C4   O4    121.43  3.000
 0E4  HXT   C4   CA3   113.64  3.000
 0E4  O4    C4   CA3   124.93  3.000
 0E4  HB32  CB3  HB22  106.12  3.000
 0E4  HB32  CB3  CG3   107.77  3.000
 0E4  HB22  CB3  CG3   110.76  3.000
 0E4  HB32  CB3  CA3   108.47  3.000
 0E4  HB22  CB3  CA3   110.45  3.000
 0E4  CG3   CB3  CA3   112.99  3.000
 0E4  OD2   CG3  OD1   127.32  3.000
 0E4  OD2   CG3  CB3   116.06  3.000
 0E4  OD1   CG3  CB3   116.59  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0E4  CONST_01  CZ    CE1  CD1  CG      0.00   0.0  0
 0E4  CONST_02  CZ    CE2  CD2  CG      0.00   0.0  0
 0E4  CONST_03  CE2   CD2  CG   CD1     0.00   0.0  0
 0E4  CONST_04  CE2   CZ   CE1  CD1     0.00   0.0  0
 0E4  CONST_05  CE1   CD1  CG   CD2     0.00   0.0  0
 0E4  CONST_06  CE1   CZ   CE2  CD2     0.00   0.0  0
 0E4  CONST_07  CE1   CD1  CG   CB    180.00   0.0  0
 0E4  CONST_08  CE2   CD2  CG   CB    180.00   0.0  0
 0E4  CONST_09  OH    CZ   CE1  CD1   180.00   0.0  0
 0E4  CONST_10  OH    CZ   CE2  CD2   180.00   0.0  0
 0E4  CONST_11  HE1   CE1  CD1  CG    180.00   0.0  0
 0E4  CONST_12  HE2   CE2  CD2  CG    180.00   0.0  0
 0E4  CONST_13  HD2   CD2  CG   CD1   180.00   0.0  0
 0E4  CONST_14  HD1   CD1  CG   CD2   180.00   0.0  0
 0E4  CONST_15  CA    N    C    O       0.00   0.0  0
 0E4  CONST_16  CA    N    C    CH3   180.00   0.0  0
 0E4  CONST_17  CA1   N1   C1   CA    180.00   0.0  0
 0E4  CONST_18  CA1   N1   C1   O1      0.00   0.0  0
 0E4  CONST_19  CA2   N2   C2   CA1   180.00   0.0  0
 0E4  CONST_20  CA2   N2   C2   O2      0.00   0.0  0
 0E4  CONST_21  CA3   N3   C3   CA2   180.00   0.0  0
 0E4  CONST_22  CA3   N3   C3   O3      0.00   0.0  0
 0E4  CONST_23  H     N    C    O     180.00   0.0  0
 0E4  CONST_24  H4    N1   C1   CA      0.00   0.0  0
 0E4  CONST_25  H5    N2   C2   CA1     0.00   0.0  0
 0E4  CONST_26  H6    N3   C3   CA2     0.00   0.0  0
 0E4  Var_01    CD1   CG   CB   CA     97.96  30.0  2
 0E4  Var_02    OD1   CG3  CB3  CA3   -35.31  30.0  3
 0E4  Var_03    H1    CH3  C    O      52.36  30.0  3
 0E4  Var_04    HG11  CG1  CB1  CA1  -172.79  30.0  3
 0E4  Var_05    HG21  CG2  CB1  CA1    61.67  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0E4  chir_01  CA   N   C1   CB   positiv
 0E4  chir_02  CA1  N1  C2   CB1  positiv
 0E4  chir_03  CA2  N2  C3   CB2  positiv
 0E4  chir_04  CA3  N3  CB3  C4   negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0E4  plan-1  CB   0.020
 0E4  plan-1  CG   0.020
 0E4  plan-1  CD1  0.020
 0E4  plan-1  CD2  0.020
 0E4  plan-1  CE1  0.020
 0E4  plan-1  CE2  0.020
 0E4  plan-1  CZ   0.020
 0E4  plan-1  OH   0.020
 0E4  plan-1  HD1  0.020
 0E4  plan-1  HD2  0.020
 0E4  plan-1  HE1  0.020
 0E4  plan-1  HE2  0.020
 0E4  plan-2  CB3  0.020
 0E4  plan-2  CG3  0.020
 0E4  plan-2  OD1  0.020
 0E4  plan-2  OD2  0.020
 0E4  plan-3  CA3  0.020
 0E4  plan-3  C4   0.020
 0E4  plan-3  O4   0.020
 0E4  plan-3  HXT  0.020
 0E4  plan-4  C    0.020
 0E4  plan-4  O    0.020
 0E4  plan-4  CH3  0.020
 0E4  plan-4  N    0.020
 0E4  plan-4  CA   0.020
 0E4  plan-4  H    0.020
 0E4  plan-5  CA   0.020
 0E4  plan-5  C1   0.020
 0E4  plan-5  O1   0.020
 0E4  plan-5  N1   0.020
 0E4  plan-5  CA1  0.020
 0E4  plan-5  H4   0.020
 0E4  plan-6  CA1  0.020
 0E4  plan-6  C2   0.020
 0E4  plan-6  O2   0.020
 0E4  plan-6  N2   0.020
 0E4  plan-6  CA2  0.020
 0E4  plan-6  H5   0.020
 0E4  plan-7  CA2  0.020
 0E4  plan-7  C3   0.020
 0E4  plan-7  O3   0.020
 0E4  plan-7  N3   0.020
 0E4  plan-7  CA3  0.020
 0E4  plan-7  H6   0.020

