# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr  4 11:55:18 2020
#   Inital geometry file: a 135 line input string
#   Ligand name: N~1~-(3-aminobenzyl)-N~2~-[(2R)-2-(hydroxycarbamoyl)-4-methylpentanoyl]-L-aspartamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C[C@@H](C(=O)NO)C(=O)N[C@H](CC(N)=O)C(=O)NCc1cccc(N)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0DY  0DY  N~1~-(3-aminobenzyl)-N~2~-[(2R)-2-(hydroxycarbamoyl)-4-methylpentanoyl]-L-aspartamide  peptide  55  28  .  2022-08-09  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND (side chain)
;

data_comp_0DY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0DY  N     N  NH1   0  -0.367   5.1202  -1.5284  -0.4656
 0DY  OH    O  OH1   0  -0.540   5.9038  -2.3927  -1.1639
 0DY  C1    C  C     0   0.555   4.6389  -0.4227  -1.0584
 0DY  O1    O  O     0  -0.460   4.9696  -0.0500  -2.1670
 0DY  CA    C  CH1   0  -0.565   3.6429   0.3323  -0.1877
 0DY  CB    C  CH2   0  -0.384   4.0549   1.7998  -0.0603
 0DY  CG    C  CH1   0  -0.247   3.0963   2.6699   0.7555
 0DY  CD1   C  CH3   0  -0.660   2.8090   2.0926   2.1377
 0DY  CD2   C  CH3   0  -0.651   3.6733   4.0776   0.8694
 0DY  C     C  C     0   0.591   2.2682   0.1917  -0.8284
 0DY  O     O  O     0  -0.471   1.9498   0.7983  -1.8355
 0DY  N1    N  NH1   0  -0.632   1.4466  -0.6806  -0.2165
 0DY  CA1   C  CH1   0  -0.206   0.0787  -0.8332  -0.6322
 0DY  C2    C  C     0   0.564  -0.7244   0.4338  -0.3225
 0DY  O2    O  O     0  -0.477  -0.4478   1.1453   0.6280
 0DY  CB1   C  CH2   0  -0.607  -0.5488  -2.0120   0.1063
 0DY  CG1   C  C     0   0.531   0.1143  -3.3218  -0.2843
 0DY  OD1   O  O     0  -0.487   0.3197  -3.6057  -1.4547
 0DY  ND2   N  NH2   0  -0.798   0.4310  -4.1246   0.7379
 0DY  N2    N  NH1   0  -0.620  -1.7604   0.6364  -1.1495
 0DY  CB2   C  CH2   0  -0.378  -2.7709   1.6515  -0.9583
 0DY  CG2   C  CR6   0   0.132  -4.0565   1.0966  -0.3916
 0DY  CD11  C  CR16  0  -0.334  -4.0483   0.3347   0.7762
 0DY  CE1   C  CR16  0  -0.234  -5.2479  -0.1473   1.2786
 0DY  CD21  C  CR16  0  -0.389  -5.2574   1.3598  -1.0326
 0DY  CE2   C  CR6   0   0.323  -6.4746   0.8797  -0.5297
 0DY  CZ    C  CR16  0  -0.340  -6.4514   0.1169   0.6421
 0DY  NE2   N  NH2   0  -0.861  -7.6528   1.1074  -1.2083
 0DY  HN    H  HNH1  0   0.419   4.7665  -1.8814   0.4117
 0DY  HOH   H  HOH1  0   0.480   6.8179  -2.1610  -0.9531
 0DY  HA    H  HCH1  0   0.288   3.6262  -0.1179   0.8083
 0DY  HB1   H  HCH2  0   0.237   5.0441   1.8279   0.4082
 0DY  HB2   H  HCH2  0   0.242   4.1711   2.2269  -1.0580
 0DY  HG    H  HCH1  0   0.229   2.1459   2.7371   0.2162
 0DY  HD11  H  HCH3  0   0.214   3.7344   1.8777   2.6776
 0DY  HD12  H  HCH3  0   0.230   2.2307   2.7979   2.7367
 0DY  HD13  H  HCH3  0   0.223   2.2249   1.1730   2.0843
 0DY  HD21  H  HCH3  0   0.225   3.8895   4.5047  -0.1118
 0DY  HD22  H  HCH3  0   0.227   2.9777   4.7478   1.3770
 0DY  HD23  H  HCH3  0   0.214   4.6047   4.0705   1.4412
 0DY  H     H  HNH1  0   0.405   1.7070  -1.0351   0.6902
 0DY  HA1   H  HCH1  0   0.290   0.0486  -1.0360  -1.7053
 0DY  HB21  H  HCH2  0   0.279  -0.5130  -1.8440   1.1853
 0DY  HB3   H  HCH2  0   0.303  -1.6061  -2.0865  -0.1614
 0DY  HD24  H  HNH2  0   0.411   0.2598  -3.8643   1.6935
 0DY  HD25  H  HNH2  0   0.404   0.8502  -5.0253   0.5702
 0DY  HN1   H  HNH1  0   0.406  -1.9015  -0.0128  -1.9075
 0DY  HB11  H  HCH2  0   0.268  -2.3620   2.4141  -0.2950
 0DY  HB22  H  HCH2  0   0.270  -2.9643   2.1366  -1.9159
 0DY  HD14  H  HCR6  0   0.239  -3.1212   0.1309   1.2972
 0DY  HC11  H  HCR6  0   0.250  -5.2512  -0.7362   2.1875
 0DY  HC21  H  HCR6  0   0.251  -5.2588   1.9483  -1.9444
 0DY  HCZ1  H  HCR6  0   0.254  -7.3782  -0.2666   1.0526
 0DY  HE21  H  HNH2  0   0.378  -7.6656   1.9225  -1.8004
 0DY  HE22  H  HNH2  0   0.378  -8.4938   1.0338  -0.6587

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0DY  N     OH    single    1.360  0.020  1.360
 0DY  N     C1    single    1.344  0.020  1.344
 0DY  N     HN    single    0.860  0.020  1.020
 0DY  OH    HOH   single    0.850  0.020  0.980
 0DY  C1    O1    double    1.215  0.020  1.215
 0DY  C1    CA    single    1.523  0.020  1.523
 0DY  CA    CB    single    1.521  0.033  1.521
 0DY  CA    C     single    1.525  0.021  1.525
 0DY  CA    HA    single    0.970  0.020  0.970
 0DY  CB    CG    single    1.530  0.020  1.530
 0DY  CB    HB1   single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CB    HB2   single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CG    CD1   single    1.525  0.020  1.525
 0DY  CG    CD2   single    1.526  0.020  1.526
 0DY  CG    HG    single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CD1   HD11  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CD1   HD12  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CD1   HD13  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CD2   HD21  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CD2   HD22  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CD2   HD23  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  C     O     double    1.231  0.020  1.231
 0DY  N1    CA1   single    1.438  0.020  1.438
 0DY  N1    H     single    0.890  0.020  1.040
 0DY  CA1   C2    single    1.532  0.020  1.532
 0DY  CA1   CB1   single    1.526  0.020  1.526
 0DY  CA1   HA1   single    0.970  0.020  1.090
 0DY  C2    O2    double    1.219  0.020  1.219
 0DY  CB1   CG1   single    1.519  0.020  1.519
 0DY  CB1   HB21  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CB1   HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CG1   OD1   double    1.222  0.020  1.222
 0DY  CG1   ND2   single    1.338  0.020  1.338
 0DY  ND2   HD24  single    0.860  0.020  1.020
 0DY  ND2   HD25  single    0.860  0.020  1.020
 0DY  N2    CB2   single    1.445  0.020  1.445
 0DY  N2    HN1   single    0.860  0.020  1.020
 0DY  CB2   CG2   single    1.511  0.020  1.511
 0DY  CB2   HB11  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CB2   HB22  single    0.970  0.020  1.090
 0DY  CG2   CD11  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0DY  CG2   CD21  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0DY  CD11  CE1   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0DY  CD11  HD14  single    0.930  0.020  1.080
 0DY  CE1   CZ    aromatic  1.387  0.020  1.387
 0DY  CE1   HC11  single    0.930  0.020  1.080
 0DY  CD21  CE2   aromatic  1.402  0.020  1.402
 0DY  CD21  HC21  single    0.930  0.020  1.080
 0DY  CE2   CZ    aromatic  1.398  0.020  1.398
 0DY  CE2   NE2   single    1.379  0.020  1.379
 0DY  CZ    HCZ1  single    0.930  0.020  1.080
 0DY  NE2   HE21  single    0.890  0.020  1.040
 0DY  NE2   HE22  single    0.890  0.020  1.040
 0DY  C     N1    single    1.346  0.020  1.346
 0DY  C2    N2    single    1.341  0.020  1.341

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0DY  HN    N     C1    123.06  3.000
 0DY  HN    N     OH    115.21  3.000
 0DY  C1    N     OH    120.20  3.000
 0DY  HOH   OH    N     106.30  3.000
 0DY  CA    C1    O1    123.19  3.000
 0DY  CA    C1    N     112.95  3.000
 0DY  O1    C1    N     123.86  3.000
 0DY  HA    CA    C     110.00  3.000
 0DY  HA    CA    CB    109.00  3.000
 0DY  C     CA    CB    110.50  1.500
 0DY  HA    CA    C1    109.06  3.000
 0DY  C     CA    C1    107.69  3.000
 0DY  CB    CA    C1    110.31  3.000
 0DY  HB2   CB    HB1   106.55  3.000
 0DY  HB2   CB    CG    109.36  3.000
 0DY  HB1   CB    CG    108.86  3.000
 0DY  HB2   CB    CA    109.15  3.000
 0DY  HB1   CB    CA    107.68  3.000
 0DY  CG    CB    CA    114.91  3.000
 0DY  HG    CG    CD2   107.97  3.000
 0DY  HG    CG    CD1   107.83  3.000
 0DY  CD2   CG    CD1   110.66  3.000
 0DY  HG    CG    CB    108.42  3.000
 0DY  CD2   CG    CB    109.12  3.000
 0DY  CD1   CG    CB    112.70  3.000
 0DY  HD13  CD1   HD12  106.74  3.000
 0DY  HD13  CD1   HD11  108.17  3.000
 0DY  HD12  CD1   HD11  107.74  3.000
 0DY  HD13  CD1   CG    112.06  3.000
 0DY  HD12  CD1   CG    110.65  3.000
 0DY  HD11  CD1   CG    111.26  3.000
 0DY  HD23  CD2   HD22  107.69  3.000
 0DY  HD23  CD2   HD21  107.69  3.000
 0DY  HD22  CD2   HD21  107.71  3.000
 0DY  HD23  CD2   CG    110.82  3.000
 0DY  HD22  CD2   CG    111.12  3.000
 0DY  HD21  CD2   CG    111.64  3.000
 0DY  N1    C     O     122.63  3.000
 0DY  N1    C     CA    114.81  3.000
 0DY  O     C     CA    120.80  1.700
 0DY  H     N1    CA1   117.94  3.000
 0DY  H     N1    C     118.65  3.000
 0DY  CA1   N1    C     121.21  3.000
 0DY  HA1   CA1   CB1   108.70  3.000
 0DY  HA1   CA1   C2    109.74  3.000
 0DY  CB1   CA1   C2    109.00  3.000
 0DY  HA1   CA1   N1    109.26  3.000
 0DY  CB1   CA1   N1    109.47  3.000
 0DY  C2    CA1   N1    110.64  3.000
 0DY  N2    C2    O2    124.61  3.000
 0DY  N2    C2    CA1   113.91  3.000
 0DY  O2    C2    CA1   121.43  3.000
 0DY  HB3   CB1   HB21  106.50  3.000
 0DY  HB3   CB1   CG1   107.48  3.000
 0DY  HB21  CB1   CG1   111.85  3.000
 0DY  HB3   CB1   CA1   109.38  3.000
 0DY  HB21  CB1   CA1   110.22  3.000
 0DY  CG1   CB1   CA1   111.23  3.000
 0DY  ND2   CG1   OD1   123.56  3.000
 0DY  ND2   CG1   CB1   115.10  3.000
 0DY  OD1   CG1   CB1   121.34  3.000
 0DY  HD25  ND2   HD24  117.43  3.000
 0DY  HD25  ND2   CG1   120.51  3.000
 0DY  HD24  ND2   CG1   122.06  3.000
 0DY  HN1   N2    CB2   117.00  3.000
 0DY  HN1   N2    C2    118.34  3.000
 0DY  CB2   N2    C2    124.39  3.000
 0DY  HB22  CB2   HB11  106.83  3.000
 0DY  HB22  CB2   CG2   109.99  3.000
 0DY  HB11  CB2   CG2   110.36  3.000
 0DY  HB22  CB2   N2    108.68  3.000
 0DY  HB11  CB2   N2    108.03  3.000
 0DY  CG2   CB2   N2    112.75  3.000
 0DY  CD21  CG2   CD11  119.74  3.000
 0DY  CD21  CG2   CB2   119.60  3.000
 0DY  CD11  CG2   CB2   120.66  3.000
 0DY  HD14  CD11  CE1   120.06  3.000
 0DY  HD14  CD11  CG2   120.72  3.000
 0DY  CE1   CD11  CG2   119.22  3.000
 0DY  HC11  CE1   CZ    119.09  3.000
 0DY  HC11  CE1   CD11  119.71  3.000
 0DY  CZ    CE1   CD11  121.21  3.000
 0DY  HC21  CD21  CE2   119.08  3.000
 0DY  HC21  CD21  CG2   119.50  3.000
 0DY  CE2   CD21  CG2   121.41  3.000
 0DY  NE2   CE2   CZ    121.12  3.000
 0DY  NE2   CE2   CD21  120.59  3.000
 0DY  CZ    CE2   CD21  118.23  3.000
 0DY  HCZ1  CZ    CE2   119.75  3.000
 0DY  HCZ1  CZ    CE1   120.05  3.000
 0DY  CE2   CZ    CE1   120.19  3.000
 0DY  HE22  NE2   HE21  111.66  3.000
 0DY  HE22  NE2   CE2   115.65  3.000
 0DY  HE21  NE2   CE2   115.71  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0DY  CONST_01  CZ    CE1   CD11  CG2      0.00   0.0  0
 0DY  CONST_02  CZ    CE2   CD21  CG2      0.00   0.0  0
 0DY  CONST_03  CE2   CD21  CG2   CD11     0.00   0.0  0
 0DY  CONST_04  CE2   CZ    CE1   CD11     0.00   0.0  0
 0DY  CONST_05  CD21  CG2   CD11  CE1      0.00   0.0  0
 0DY  CONST_06  CD21  CE2   CZ    CE1      0.00   0.0  0
 0DY  CONST_07  CE1   CD11  CG2   CB2    180.00   0.0  0
 0DY  CONST_08  CE2   CD21  CG2   CB2    180.00   0.0  0
 0DY  CONST_09  NE2   CE2   CD21  CG2    180.00   0.0  0
 0DY  CONST_10  NE2   CE2   CZ    CE1    180.00   0.0  0
 0DY  CONST_11  HC11  CE1   CD11  CG2    180.00   0.0  0
 0DY  CONST_12  HC21  CD21  CG2   CD11   180.00   0.0  0
 0DY  CONST_13  HCZ1  CZ    CE1   CD11   180.00   0.0  0
 0DY  CONST_14  HD14  CD11  CG2   CD21   180.00   0.0  0
 0DY  CONST_17  O1    C1    N     OH       0.00   0.0  0
 0DY  CONST_18  CA    C1    N     OH     180.00   0.0  0
 0DY  CONST_19  CA1   N1    C     CA     180.00   0.0  0
 0DY  CONST_20  CA1   N1    C     O        0.00   0.0  0
 0DY  CONST_21  CB2   N2    C2    CA1    180.00   0.0  0
 0DY  CONST_22  CB2   N2    C2    O2       0.00   0.0  0
 0DY  CONST_23  HN    N     C1    O1     180.00   0.0  0
 0DY  CONST_24  H     N1    C     CA       0.00   0.0  0
 0DY  CONST_25  HN1   N2    C2    CA1      0.00   0.0  0
 0DY  CONST_26  HD24  ND2   CG1   CB1      0.00   0.0  0
 0DY  CONST_27  HD25  ND2   CG1   CB1    180.00   0.0  0
 0DY  Var_01    CD11  CG2   CB2   N2      53.28  30.0  2
 0DY  Var_02    CG2   CB2   N2    C2    -101.54  30.0  3
 0DY  Var_03    CD1   CG    CB    CA      53.22  30.0  3
 0DY  Var_04    OD1   CG1   CB1   CA1    -47.14  30.0  3
 0DY  Var_05    HD11  CD1   CG    CB      52.87  30.0  3
 0DY  Var_06    HD21  CD2   CG    CB      55.17  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0DY  chir_01  CA   C1  CB   C   negativ
 0DY  chir_02  CA1  N1  CB1  C2  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0DY  plan-1  CB2   0.020
 0DY  plan-1  CG2   0.020
 0DY  plan-1  CD11  0.020
 0DY  plan-1  CE1   0.020
 0DY  plan-1  CD21  0.020
 0DY  plan-1  CE2   0.020
 0DY  plan-1  CZ    0.020
 0DY  plan-1  NE2   0.020
 0DY  plan-1  HD14  0.020
 0DY  plan-1  HC11  0.020
 0DY  plan-1  HC21  0.020
 0DY  plan-1  HCZ1  0.020
 0DY  plan-2  N     0.020
 0DY  plan-2  OH    0.020
 0DY  plan-2  C1    0.020
 0DY  plan-2  O1    0.020
 0DY  plan-2  CA    0.020
 0DY  plan-2  HN    0.020
 0DY  plan-3  CA    0.020
 0DY  plan-3  C     0.020
 0DY  plan-3  O     0.020
 0DY  plan-3  N1    0.020
 0DY  plan-3  CA1   0.020
 0DY  plan-3  H     0.020
 0DY  plan-4  CA1   0.020
 0DY  plan-4  C2    0.020
 0DY  plan-4  O2    0.020
 0DY  plan-4  N2    0.020
 0DY  plan-4  CB2   0.020
 0DY  plan-4  HN1   0.020
 0DY  plan-5  CB1   0.020
 0DY  plan-5  CG1   0.020
 0DY  plan-5  OD1   0.020
 0DY  plan-5  ND2   0.020
 0DY  plan-5  HD24  0.020
 0DY  plan-5  HD25  0.020
 0DY  plan-6  CE2   0.020
 0DY  plan-6  NE2   0.020
 0DY  plan-6  HE21  0.020
 0DY  plan-6  HE22  0.020

