# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr  4 10:23:17 2020
#   Inital geometry file: a 163 line input string
#   Ligand name: N-({1-[(2S)-2-carboxy-4-phenylbutyl]cyclopentyl}carbonyl)-L-tryptophan
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)[C@H](CCc1ccccc1)CC2(CCCC2)C(=O)N[C@@H](Cc3c[nH]c4ccccc34)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0DB  0DB  N-({1-[(2S)-2-carboxy-4-phenylbutyl]cyclopentyl}carbonyl)-L-tryptophan  peptide  65  35  .  2022-03-08  2022-03-08
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0DB
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0DB  CA    C  CH1    0  -0.331   1.8392  -1.4657  -1.3810
 0DB  CB1   C  CH2    0  -0.409   2.7313  -0.7823  -0.3494
 0DB  CG    C  CH2    0  -0.505   3.8355   0.0702  -0.9789
 0DB  CD    C  CR6    0   0.145   4.6482   0.7946   0.0593
 0DB  CE1   C  CR16   0  -0.328   5.9660   0.4314   0.3255
 0DB  CE2   C  CR16   0  -0.332   4.0842   1.8302   0.8059
 0DB  CZ1   C  CR16   0  -0.241   6.7057   1.0832   1.3058
 0DB  CZ2   C  CR16   0  -0.249   4.8191   2.4845   1.7846
 0DB  CH    C  CR16   0  -0.277   6.1346   2.1138   2.0390
 0DB  CB2   C  C      0   0.404   2.6677  -2.3746  -2.3138
 0DB  OG1   O  O      0  -0.618   3.3534  -3.2609  -1.7616
 0DB  OG2   O  OC    -1  -0.618   2.5835  -2.1730  -3.5433
 0DB  CH2   C  CH2    0  -0.405   0.7020  -2.3058  -0.7816
 0DB  CA1   C  CR5    0  -0.158  -0.2626  -1.6273   0.2158
 0DB  CB11  C  CH2    0  -0.446  -1.5092  -2.5461   0.4613
 0DB  CB21  C  CH2    0  -0.480   0.3662  -1.4981   1.6306
 0DB  CG1   C  CH2    0  -0.434  -1.4002  -3.0548   1.8977
 0DB  CG2   C  CH2    0  -0.434  -0.7214  -1.8991   2.6188
 0DB  C     C  C      0   0.593  -0.7866  -0.3426  -0.4315
 0DB  O     O  O      0  -0.517  -1.2388  -0.3863  -1.5716
 0DB  N     N  NH1    0  -0.629  -0.7531   0.7853   0.2895
 0DB  CA2   C  CH1    0  -0.195  -1.0700   2.0952  -0.2238
 0DB  C1    C  C      0   0.427  -0.0681   3.1389   0.3228
 0DB  O1    O  O      0  -0.585   0.6755   2.7843   1.2598
 0DB  CB    C  CH2    0  -0.535  -2.5053   2.5326   0.1303
 0DB  CG3   C  CR5    0   0.032  -3.5401   1.5394  -0.2763
 0DB  CD1   C  CR15   0  -0.074  -4.1272   1.4163  -1.5024
 0DB  CD2   C  CR56   0   0.026  -4.0435   0.4556   0.5113
 0DB  NE1   N  NR15   0  -0.690  -4.9528   0.3254  -1.5257
 0DB  CE21  C  CR56   0   0.354  -4.9238  -0.2864  -0.3078
 0DB  CE3   C  CR16   0  -0.360  -3.8385   0.0434   1.8322
 0DB  CZ21  C  CR16   0  -0.317  -5.5895  -1.4207   0.1555
 0DB  CZ3   C  CR16   0  -0.262  -4.4971  -1.0775   2.2974
 0DB  CH21  C  CR16   0  -0.284  -5.3618  -1.8059   1.4633
 0DB  OXT   O  OC    -1  -0.608  -0.1206   4.2625  -0.2100
 0DB  HA1   H  HCH1   0   0.195   1.3839  -0.6816  -1.9939
 0DB  HB11  H  HCH2   0   0.224   2.1259  -0.1252   0.2775
 0DB  HB12  H  HCH2   0   0.206   3.1846  -1.5222   0.3155
 0DB  HG1   H  HCH2   0   0.237   4.4975  -0.5548  -1.5822
 0DB  HG2   H  HCH2   0   0.228   3.3777   0.7933  -1.6616
 0DB  HE1   H  HCR6   0   0.241   6.4223  -0.3721  -0.2415
 0DB  HE2   H  HCR6   0   0.271   3.0545   2.1227   0.6310
 0DB  HZ1   H  HCR6   0   0.249   7.7291   0.7844   1.4948
 0DB  HZ2   H  HCR6   0   0.247   4.3630   3.2871   2.3510
 0DB  HH    H  HCR6   0   0.249   6.7089   2.6236   2.8019
 0DB  HH21  H  HCH2   0   0.221   0.1106  -2.6860  -1.6188
 0DB  HH22  H  HCH2   0   0.215   1.1242  -3.1843  -0.2841
 0DB  HB13  H  HCH2   0   0.264  -2.4327  -1.9707   0.3676
 0DB  HB14  H  HCH2   0   0.226  -1.5590  -3.3523  -0.2724
 0DB  HB21  H  HCH2   0   0.239   1.1839  -2.2194   1.7079
 0DB  HB22  H  HCH2   0   0.227   0.8189  -0.5323   1.8582
 0DB  HG11  H  HCH2   0   0.225  -2.3736  -3.3158   2.3167
 0DB  HG12  H  HCH2   0   0.213  -0.7666  -3.9453   1.9492
 0DB  HG21  H  HCH2   0   0.225  -0.3241  -2.1653   3.6000
 0DB  HG22  H  HCH2   0   0.225  -1.4354  -1.0833   2.7579
 0DB  H     H  HNH1   0   0.383  -0.2652   0.7997   1.1702
 0DB  HA    H  HCH1   0   0.232  -0.9897   2.0622  -1.3124
 0DB  HB2   H  HCH2   0   0.225  -2.5682   2.7081   1.2093
 0DB  HB3   H  HCH2   0   0.239  -2.6916   3.4953  -0.3488
 0DB  HD1   H  HCR5   0   0.270  -4.0075   2.0289  -2.3827
 0DB  HE11  H  HNR5   0   0.402  -5.5121   0.0429  -2.3122
 0DB  HE3   H  HCR6   0   0.231  -3.1655   0.5914   2.4804
 0DB  HZ21  H  HCR6   0   0.252  -6.2598  -1.9810  -0.4845
 0DB  HZ3   H  HCR6   0   0.237  -4.3388  -1.4092   3.3157
 0DB  HH2   H  HCR6   0   0.242  -5.8607  -2.6843   1.8527

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0DB  CA    CB1   single    1.526  0.020  1.526
 0DB  CA    CB2   single    1.544  0.020  1.544
 0DB  CA    HA1   single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CB1   CG    single    1.530  0.020  1.530
 0DB  CB1   HB11  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CB1   HB12  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CG    CD    single    1.504  0.020  1.504
 0DB  CG    HG1   single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CG    HG2   single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CD    CE1   aromatic  1.393  0.020  1.393
 0DB  CD    CE2   aromatic  1.396  0.020  1.396
 0DB  CE1   CZ1   aromatic  1.390  0.020  1.390
 0DB  CE1   HE1   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CE2   CZ2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 0DB  CE2   HE2   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CZ1   CH    aromatic  1.388  0.020  1.388
 0DB  CZ1   HZ1   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CZ2   CH    aromatic  1.390  0.020  1.390
 0DB  CZ2   HZ2   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CH    HH    single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CB2   OG1   deloc     1.249  0.020  1.249
 0DB  CB2   OG2   deloc     1.249  0.020  1.249
 0DB  CH2   CA1   single    1.545  0.020  1.545
 0DB  CH2   HH21  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CH2   HH22  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CA1   CB11  single    1.568  0.020  1.568
 0DB  CA1   CB21  single    1.554  0.020  1.554
 0DB  CA1   C     single    1.531  0.020  1.531
 0DB  CB11  CG1   single    1.528  0.020  1.528
 0DB  CB11  HB13  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CB11  HB14  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CB21  CG2   single    1.523  0.020  1.523
 0DB  CB21  HB21  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CB21  HB22  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CG1   CG2   single    1.522  0.020  1.522
 0DB  CG1   HG11  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CG1   HG12  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CG2   HG21  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CG2   HG22  single    0.970  0.020  1.090
 0DB  C     O     double    1.231  0.020  1.231
 0DB  N     CA2   single    1.442  0.020  1.442
 0DB  N     H     single    0.860  0.020  0.860
 0DB  CA2   C1    single    1.547  0.020  1.547
 0DB  CA2   CB    single    1.542  0.020  1.542
 0DB  CA2   HA    single    0.970  0.020  1.090
 0DB  C1    O1    deloc     1.248  0.020  1.248
 0DB  C1    OXT   deloc     1.245  0.020  1.245
 0DB  CB    CG3   single    1.491  0.020  1.491
 0DB  CB    HB2   single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CB    HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0DB  CG3   CD1   aromatic  1.365  0.020  1.365
 0DB  CG3   CD2   aromatic  1.431  0.020  1.431
 0DB  CD1   NE1   aromatic  1.368  0.020  1.368
 0DB  CD1   HD1   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CD2   CE21  aromatic  1.413  0.020  1.413
 0DB  CD2   CE3   aromatic  1.399  0.020  1.399
 0DB  NE1   CE21  aromatic  1.363  0.020  1.363
 0DB  NE1   HE11  single    0.860  0.020  1.020
 0DB  CE21  CZ21  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0DB  CE3   CZ3   aromatic  1.381  0.020  1.381
 0DB  CE3   HE3   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CZ21  CH21  aromatic  1.382  0.020  1.382
 0DB  CZ21  HZ21  single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CZ3   CH21  aromatic  1.405  0.020  1.405
 0DB  CZ3   HZ3   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CH21  HH2   single    0.930  0.020  1.080
 0DB  CA    CH2   single    1.536  0.020  1.536
 0DB  C     N     single    1.339  0.020  1.339

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0DB  HA1   CA    CH2   107.61  3.000
 0DB  CH2   CA    CB2   108.13  3.000
 0DB  HA1   CA    CB2   107.87  3.000
 0DB  CH2   CA    CB1   114.46  3.000
 0DB  HA1   CA    CB1   107.52  3.000
 0DB  CB2   CA    CB1   111.01  3.000
 0DB  HB12  CB1   HB11  106.75  3.000
 0DB  HB12  CB1   CG    109.15  3.000
 0DB  HB11  CB1   CG    107.52  3.000
 0DB  HB12  CB1   CA    110.52  3.000
 0DB  HB11  CB1   CA    109.50  3.000
 0DB  CG    CB1   CA    113.16  3.000
 0DB  HG2   CG    HG1   106.68  3.000
 0DB  HG2   CG    CD    109.77  3.000
 0DB  HG1   CG    CD    109.23  3.000
 0DB  HG2   CG    CB1   108.83  3.000
 0DB  HG1   CG    CB1   110.23  3.000
 0DB  CD    CG    CB1   111.97  3.000
 0DB  CE2   CD    CE1   118.27  3.000
 0DB  CE2   CD    CG    120.54  3.000
 0DB  CE1   CD    CG    121.17  3.000
 0DB  HE1   CE1   CZ1   119.49  3.000
 0DB  HE1   CE1   CD    119.45  3.000
 0DB  CZ1   CE1   CD    121.06  3.000
 0DB  HE2   CE2   CZ2   119.29  3.000
 0DB  HE2   CE2   CD    119.84  3.000
 0DB  CZ2   CE2   CD    120.87  3.000
 0DB  HZ1   CZ1   CH    120.11  3.000
 0DB  HZ1   CZ1   CE1   119.77  3.000
 0DB  CH    CZ1   CE1   120.11  3.000
 0DB  HZ2   CZ2   CH    120.03  3.000
 0DB  HZ2   CZ2   CE2   119.68  3.000
 0DB  CH    CZ2   CE2   120.29  3.000
 0DB  HH    CH    CZ2   120.36  3.000
 0DB  HH    CH    CZ1   120.25  3.000
 0DB  CZ2   CH    CZ1   119.39  3.000
 0DB  OG2   CB2   OG1   125.93  3.000
 0DB  OG2   CB2   CA    117.62  3.000
 0DB  OG1   CB2   CA    116.44  3.000
 0DB  HH22  CH2   HH21  106.12  3.000
 0DB  HH22  CH2   CA1   107.46  3.000
 0DB  HH21  CH2   CA1   108.02  3.000
 0DB  HH22  CH2   CA    109.32  3.000
 0DB  HH21  CH2   CA    106.97  3.000
 0DB  CA1   CH2   CA    118.31  3.000
 0DB  C     CA1   CB21  116.99  3.000
 0DB  C     CA1   CB11  106.61  3.000
 0DB  CB21  CA1   CB11  103.18  3.000
 0DB  C     CA1   CH2   108.02  3.000
 0DB  CB21  CA1   CH2   111.83  3.000
 0DB  CB11  CA1   CH2   109.89  3.000
 0DB  HB14  CB11  HB13  107.03  3.000
 0DB  HB14  CB11  CG1   112.92  3.000
 0DB  HB13  CB11  CG1   108.45  3.000
 0DB  HB14  CB11  CA1   111.35  3.000
 0DB  HB13  CB11  CA1   110.50  3.000
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 0DB  HB22  CB21  CG2   113.21  3.000
 0DB  HB21  CB21  CG2   108.33  3.000
 0DB  HB22  CB21  CA1   115.57  3.000
 0DB  HB21  CB21  CA1   108.20  3.000
 0DB  CG2   CB21  CA1   106.26  3.000
 0DB  HG12  CG1   HG11  107.68  3.000
 0DB  HG12  CG1   CG2   109.72  3.000
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 0DB  HG12  CG1   CB11  110.89  3.000
 0DB  HG11  CG1   CB11  112.15  3.000
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 0DB  HG22  CG2   HG21  107.78  3.000
 0DB  HG22  CG2   CG1   109.61  3.000
 0DB  HG21  CG2   CG1   113.78  3.000
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 0DB  HG21  CG2   CB21  112.80  3.000
 0DB  CG1   CG2   CB21  102.18  3.000
 0DB  N     C     O     122.64  3.000
 0DB  N     C     CA1   118.07  3.000
 0DB  O     C     CA1   119.28  3.000
 0DB  H     N     CA2   113.88  3.000
 0DB  H     N     C     119.68  3.000
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 0DB  CB    CA2   C1    109.30  3.000
 0DB  HA    CA2   N     108.13  3.000
 0DB  CB    CA2   N     112.37  3.000
 0DB  C1    CA2   N     110.17  3.000
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 0DB  OXT   C1    CA2   115.51  3.000
 0DB  O1    C1    CA2   117.37  3.000
 0DB  HB3   CB    HB2   106.34  3.000
 0DB  HB3   CB    CG3   110.46  3.000
 0DB  HB2   CB    CG3   109.61  3.000
 0DB  HB3   CB    CA2   107.96  3.000
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 0DB  CG3   CB    CA2   113.24  3.000
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 0DB  CE3   CD2   CG3   133.73  3.000
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 0DB  HE3   CE3   CD2   120.46  3.000
 0DB  CZ3   CE3   CD2   119.17  3.000
 0DB  HZ21  CZ21  CH21  121.13  3.000
 0DB  HZ21  CZ21  CE21  121.33  3.000
 0DB  CH21  CZ21  CE21  117.54  3.000
 0DB  HZ3   CZ3   CH21  119.31  3.000
 0DB  HZ3   CZ3   CE3   119.73  3.000
 0DB  CH21  CZ3   CE3   120.96  3.000
 0DB  HH2   CH21  CZ3   119.39  3.000
 0DB  HH2   CH21  CZ21  119.37  3.000
 0DB  CZ3   CH21  CZ21  121.24  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0DB  CONST_01  CH    CZ1   CE1   CD      0.00   0.0  0
 0DB  CONST_02  CH    CZ2   CE2   CD      0.00   0.0  0
 0DB  CONST_03  CZ2   CE2   CD    CE1     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_04  CZ2   CH    CZ1   CE1     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_05  CZ1   CE1   CD    CE2     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_06  CZ1   CH    CZ2   CE2     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_07  CE21  NE1   CD1   CG3     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_08  NE1   CE21  CD2   CG3     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_09  CZ21  CE21  CD2   CG3   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_10  CZ3   CE3   CD2   CG3   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_11  CE21  CD2   CG3   CD1     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_12  CE3   CD2   CG3   CD1   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_13  CD2   CE21  NE1   CD1     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_14  CZ21  CE21  NE1   CD1   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_15  NE1   CD1   CG3   CD2     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_16  CH21  CZ21  CE21  CD2     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_17  CH21  CZ3   CE3   CD2     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_18  CE3   CD2   CE21  NE1   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_19  CH21  CZ21  CE21  NE1   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_20  CZ3   CE3   CD2   CE21    0.00   0.0  0
 0DB  CONST_21  CZ3   CH21  CZ21  CE21    0.00   0.0  0
 0DB  CONST_22  CZ21  CE21  CD2   CE3     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_23  CZ21  CH21  CZ3   CE3     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_24  CZ1   CE1   CD    CG    180.00   0.0  0
 0DB  CONST_25  CZ2   CE2   CD    CG    180.00   0.0  0
 0DB  CONST_26  NE1   CD1   CG3   CB    180.00   0.0  0
 0DB  CONST_27  CE21  CD2   CG3   CB    180.00   0.0  0
 0DB  CONST_28  CE3   CD2   CG3   CB      0.00   0.0  0
 0DB  CONST_29  HZ1   CZ1   CE1   CD    180.00   0.0  0
 0DB  CONST_30  HZ2   CZ2   CE2   CD    180.00   0.0  0
 0DB  CONST_31  HE2   CE2   CD    CE1   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_32  HH    CH    CZ1   CE1   180.00   0.0  0
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 0DB  CONST_34  HE11  NE1   CD1   CG3   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_35  HE3   CE3   CD2   CG3     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_36  HD1   CD1   CG3   CD2   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_37  HZ21  CZ21  CE21  CD2   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_38  HZ3   CZ3   CE3   CD2   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_39  HH2   CH21  CZ21  CE21  180.00   0.0  0
 0DB  CONST_40  CA2   N     C     CA1   180.00   0.0  0
 0DB  CONST_41  H     N     C     CA1     0.00   0.0  0
 0DB  CONST_42  CA2   N     C     O       0.00   0.0  0
 0DB  Var_01    CG2   CG1   CB11  CA1    32.29  30.0  1
 0DB  Var_02    CG1   CG2   CB21  CA1    38.52  30.0  1
 0DB  Var_03    CB21  CG2   CG1   CB11  -43.23  30.0  1
 0DB  Var_04    CE1   CD    CG    CB1   109.53  30.0  2
 0DB  Var_05    CD1   CG3   CB    CA2   -84.54  30.0  2
 0DB  Var_06    CD    CG    CB1   CA    176.68  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0DB  chir_01  CA   CB1   CB2   CH2  negativ
 0DB  chir_02  CA1  CB11  CB21  C    positiv
 0DB  chir_03  CA2  N     CB    C1   negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0DB  plan-1  CG    0.020
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 0DB  plan-1  CZ2   0.020
 0DB  plan-1  CH    0.020
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 0DB  plan-1  HZ2   0.020
 0DB  plan-1  HH    0.020
 0DB  plan-2  CB    0.020
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 0DB  plan-2  CZ3   0.020
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 0DB  plan-4  OG2   0.020
 0DB  plan-5  CA2   0.020
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 0DB  plan-5  O1    0.020
 0DB  plan-5  OXT   0.020

