# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Mar 14 00:48:52 2022
#   Inital geometry file: a 356 line input string
#   Ligand name: a 2 line input string
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO[C@@H](Cc1ccccc1)[C@@H](C)\C=C(C)\C=C\[C@@H]2NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=[NH2+])NC(=O)[C@@H](C)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](C)NC(=O)C(=C)N(C)C(=O)CC[C@@H](NC(=O)[C@H]2C)C(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0D5  0D5  amino({3-[(5R,8S,11R,12S,15S,18S,19S,22R)-11,22-dicarboxy-18-[(1E,3E,5S,6S)-6-methoxy-3,5-dimethyl-7-phenylhepta-1,3-dien-1-yl]-1,5,12,19-tetramethyl-2-methylidene-8-(2-methylpropyl)-3,6,9,13,16,20,25-heptaoxo-1,4,7,10,14,17,21-heptaazacyclopentacosan-15-yl]propyl}amino)methaniminium  peptide  144  71  .  2019-03-22  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND (side chain)
;

data_comp_0D5
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0D5  C11   C  C      0   0.478  127.3455  242.3113  126.0479
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 0D5  O21   O  OC    -1  -0.561  126.4522  241.9746  125.2549
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 0D5  C3    C  CH1    0  -0.382  128.2784  241.4918  128.2694
 0D5  C4    C  C      0   0.567  126.9047  241.7957  128.8368
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 0D5  C5    C  C      0   0.543  125.0580  244.8012  129.0028
 0D5  O4    O  OC     0  -0.494  124.1724  245.5247  129.4406
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 0D5  CD    C  CH2    0  -0.341  127.6533  245.0267  132.0711
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 0D5  CZ    C  C      0   0.819  128.5917  246.3747  130.2176
 0D5  NH1   N  NH2    0  -0.817  129.3949  246.4336  129.1634
 0D5  NH2   N  NC2    1  -0.808  127.9582  247.4652  130.6210
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 0D5  HM3   H  HCH3   0   0.266  120.6735  237.1511  129.0417
 0D5  HB1   H  H      0   0.271  121.6953  234.3127  126.8882
 0D5  HB2   H  H      0   0.273  120.3451  235.5698  126.9028
 0D5  H     H  HNH1   0   0.413  124.0116  237.4223  128.7179
 0D5  HA    H  HCH1   0   0.276  125.9934  235.3527  128.7112
 0D5  HB11  H  HCH3   0   0.255  127.3001  237.0067  130.0094
 0D5  HB21  H  HCH3   0   0.242  126.1514  238.2810  129.5894
 0D5  HB3   H  HCH3   0   0.257  125.6417  236.9196  130.5980
 0D5  H1    H  HNH1   0   0.434  125.3573  237.7587  126.3445
 0D5  HA1   H  HCH1   0   0.270  127.8701  237.0780  125.0305
 0D5  HB22  H  HCH2   0   0.238  125.5889  238.9151  124.1726
 0D5  HB31  H  HCH2   0   0.240  126.9315  238.4129  123.1660
 0D5  HG    H  HCH1   0   0.224  124.8320  236.5386  124.3290
 0D5  HD11  H  HCH3   0   0.225  124.0159  236.4033  121.9912
 0D5  HD12  H  HCH3   0   0.224  123.9232  238.0553  122.5988
 0D5  HD13  H  HCH3   0   0.212  125.2166  237.5941  121.4925
 0D5  HD21  H  HCH3   0   0.228  125.8157  234.8519  122.7791
 0D5  HD22  H  HCH3   0   0.213  127.1144  235.9734  122.3788
 0D5  HD23  H  HCH3   0   0.228  126.9678  235.3279  124.0143
 0D5  C16   C  C1     0  -0.205  126.6153  246.8061  126.5993

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0D5  N     CM    single    1.456  0.020  1.456
 0D5  N     CA    single    1.458  0.019  1.458
 0D5  CM    HM1   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CM    HM2   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CM    HM3   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CA    CB    double    1.521  0.033  1.521
 0D5  CA    C     single    1.525  0.021  1.525
 0D5  CB    HB1   single    0.930  0.020  1.080
 0D5  CB    HB2   single    0.930  0.020  1.080
 0D5  C     O     double    1.231  0.020  1.231
 0D5  N1    CA1   single    1.442  0.020  1.442
 0D5  N1    H     single    0.860  0.020  1.020
 0D5  CA1   CB1   single    1.525  0.020  1.525
 0D5  CA1   C1    single    1.530  0.020  1.530
 0D5  CA1   HA    single    0.970  0.020  1.090
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 0D5  CB1   HB21  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CB1   HB3   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C1    O1    double    1.222  0.020  1.222
 0D5  N2    CA2   single    1.444  0.020  1.444
 0D5  N2    H1    single    0.860  0.020  1.020
 0D5  CA2   C2    single    1.529  0.020  1.529
 0D5  CA2   CB2   single    1.531  0.020  1.531
 0D5  CA2   HA1   single    0.970  0.020  1.090
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 0D5  CB2   CG    single    1.530  0.020  1.530
 0D5  CB2   HB22  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CB2   HB31  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CG    CD1   single    1.525  0.020  1.525
 0D5  CG    CD2   single    1.524  0.020  1.524
 0D5  CG    HG    single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD1   HD11  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD1   HD12  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD1   HD13  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD2   HD21  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD2   HD22  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD2   HD23  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C11   O11   deloc     1.252  0.020  1.252
 0D5  C11   O21   deloc     1.241  0.020  1.241
 0D5  C11   C21   single    1.553  0.020  1.553
 0D5  C21   N21   single    1.437  0.020  1.437
 0D5  C21   C3    single    1.543  0.020  1.543
 0D5  C21   H2    single    0.970  0.020  1.090
 0D5  N21   HN22  single    0.860  0.020  1.020
 0D5  C3    C4    single    1.517  0.020  1.517
 0D5  C3    C41   single    1.525  0.020  1.525
 0D5  C3    H3    single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C4    O3    double    1.227  0.020  1.227
 0D5  C41   H41   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C41   H42   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C41   H43   aromatic  0.970  0.020  1.090
 0D5  N3    CA3   aromatic  1.441  0.020  1.441
 0D5  N3    H4    aromatic  0.860  0.020  1.020
 0D5  CA3   C5    aromatic  1.534  0.020  1.534
 0D5  CA3   CB3   aromatic  1.534  0.020  1.534
 0D5  CA3   HA2   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C5    O4    aromatic  1.225  0.020  1.225
 0D5  CB3   CG1   single    1.529  0.020  1.529
 0D5  CB3   HB23  aromatic  0.970  0.020  1.090
 0D5  CB3   HB32  single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CG1   CD    single    1.526  0.020  1.526
 0D5  CG1   HG2   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CG1   HG3   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD    NE    single    1.459  0.020  1.459
 0D5  CD    HD2   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  CD    HD3   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  NE    CZ    single    1.335  0.020  1.335
 0D5  NE    HE    single    0.890  0.020  1.040
 0D5  CZ    NH1   single    1.327  0.020  1.327
 0D5  CZ    NH2   double    1.324  0.020  1.324
 0D5  NH1   HH11  single    0.860  0.020  1.020
 0D5  NH1   HH12  single    0.860  0.020  1.020
 0D5  NH2   HH21  single    0.860  0.020  1.020
 0D5  NH2   HH22  single    0.860  0.020  1.020
 0D5  C12   O12   single    1.405  0.020  1.405
 0D5  O12   C22   single    1.412  0.020  1.412
 0D5  C22   C31   single    1.532  0.020  1.532
 0D5  C31   C42   single    1.501  0.020  1.501
 0D5  C42   C51   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0D5  C51   C6    aromatic  1.388  0.020  1.388
 0D5  C6    C7    aromatic  1.389  0.020  1.389
 0D5  C7    C8    aromatic  1.389  0.020  1.389
 0D5  C8    C9    aromatic  1.389  0.020  1.389
 0D5  C42   C9    aromatic  1.393  0.020  1.393
 0D5  C22   C10   single    1.541  0.020  1.541
 0D5  C10   C111  single    1.530  0.020  1.530
 0D5  C10   C121  single    1.497  0.020  1.497
 0D5  C121  C13   double    1.343  0.020  1.343
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 0D5  C15   C16   double    1.333  0.020  1.333
 0D5  C16   C17   single    1.500  0.020  1.500
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 0D5  C17   C18   single    1.541  0.020  1.541
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 0D5  C18   C20   single    1.519  0.020  1.519
 0D5  C20   O31   double    1.227  0.020  1.227
 0D5  C12   H11   single    0.970  0.020  1.090
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 0D5  C1A   O13   double    1.223  0.020  1.223
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 0D5  C32   H32   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C32   H3A   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  N4    C43   single    1.447  0.020  1.447
 0D5  C43   C4'   single    1.553  0.020  1.553
 0D5  C43   H44   single    0.970  0.020  1.090
 0D5  C4'   O1'   deloc     1.248  0.020  1.248
 0D5  C4'   OXT   deloc     1.243  0.020  1.243
 0D5  N4    HN4   single    0.860  0.020  1.020
 0D5  N     C1A   single    1.366  0.020  1.366
 0D5  C     N1    single    1.346  0.020  1.346
 0D5  C1    N2    single    1.342  0.020  1.342
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 0D5  C4    N3    single    1.345  0.020  1.345
 0D5  C5    N11   single    1.337  0.020  1.337
 0D5  C20   N4    single    1.337  0.020  1.337

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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 0D5  O21   C11   O11   127.32  3.000
 0D5  H2    C21   C3    106.40  3.000
 0D5  H2    C21   N21   107.52  3.000
 0D5  C3    C21   N21   111.85  3.000
 0D5  H2    C21   C11   107.59  3.000
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 0D5  HN22  N21   C21   117.27  3.000
 0D5  H3    C3    C41   108.16  3.000
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 0D5  H3    C3    C21   106.20  3.000
 0D5  C41   C3    C21   112.57  3.000
 0D5  C4    C3    C21   109.41  3.000
 0D5  N3    C4    O3    123.19  3.000
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 0D5  O3    C4    C3    121.44  3.000
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 0D5  H43   C41   H41   107.78  3.000
 0D5  H42   C41   H41   108.02  3.000
 0D5  H43   C41   C3    110.03  3.000
 0D5  H42   C41   C3    112.32  3.000
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0D5  CONST_01  C7    C6   C51   C42      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_02  C7    C8   C9    C42      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_03  C8    C9   C42   C51      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_04  C8    C7   C6    C51      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_05  C9    C42  C51   C6       0.00   0.0  0
 0D5  CONST_06  C9    C8   C7    C6       0.00   0.0  0
 0D5  CONST_07  CA2   C2   N21   C21    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_08  CA3   N3   C4    C3     180.00   0.0  0
 0D5  CONST_09  C43   N4   C20   C18    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_10  CA    N    C1A   C23    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_12  CA1   N1   C     CA     180.00   0.0  0
 0D5  CONST_13  CA2   N2   C1    CA1    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_14  O4    C5   CA3   N3     180.00   0.0  0
 0D5  CONST_15  C6    C51  C42   C31    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_16  C8    C9   C42   C31    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_17  O2    C2   N21   C21      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_18  CA3   N3   C4    O3       0.00   0.0  0
 0D5  CONST_19  C43   N4   C20   O31      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_20  CM    N    C1A   C23      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_21  CA    N    C1A   O13      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_22  CA1   N1   C     O        0.00   0.0  0
 0D5  CONST_23  CA2   N2   C1    O1       0.00   0.0  0
 0D5  CONST_25  H8    C6   C51   C42    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_26  H10   C8   C9    C42    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_27  H111  C9   C42   C51    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_28  H9    C7   C6    C51    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_29  H7    C51  C6    C7     180.00   0.0  0
 0D5  CONST_30  HN4   N4   C20   C18      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_31  H     N1   C     CA       0.00   0.0  0
 0D5  CONST_32  H1    N2   C1    CA1      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_33  HN22  N21  C2    CA2      0.00   0.0  0
 0D5  CONST_35  CM    N    C1A   O13    180.00   0.0  0
 0D5  CONST_37  NH1   CZ   NE    CD     180.00   0.0  0
 0D5  CONST_38  NH2   CZ   NE    CD       0.00   0.0  0
 0D5  CONST_39  HH11  NH1  CZ    NE     180.00   0.0  0
 0D5  CONST_40  HH12  NH1  CZ    NE       0.00   0.0  0
 0D5  CONST_41  HH21  NH2  CZ    NE     180.00   0.0  0
 0D5  CONST_42  HH22  NH2  CZ    NE       0.00   0.0  0
 0D5  Var_01    C5    CA3  N3    C4    -116.98  30.0  1
 0D5  Var_02    N11   C5   CA3   N3      16.58  30.0  1
 0D5  Var_03    C17   N11  C5    CA3    178.07  30.0  1
 0D5  Var_04    C43   C32  C23   C1A    174.99  30.0  1
 0D5  Var_05    C     CA   N     C1A     59.08  30.0  1
 0D5  Var_06    N     C1A  C23   C32    168.80  30.0  1
 0D5  Var_07    CG1   CB3  CA3   N3      77.81  30.0  1
 0D5  Var_08    C51   C42  C31   C22    -86.16  30.0  2
 0D5  Var_09    HB1   CB   CA    N     -175.39   0.0  2
 0D5  Var_10    HM1   CM   N     C1A    -43.24  30.0  3
 0D5  Var_11    C17   C16  C15   C13    176.11   0.0  2
 0D5  Var_12    CD    CG1  CB3   CA3    -76.82  30.0  2
 0D5  Var_13    CD1   CG   CB2   CA2    176.40  30.0  3
 0D5  Var_14    C14   C13  C121  C10     -2.25   0.0  2
 0D5  Var_15    NE    CD   CG1   CB3     75.90  30.0  3
 0D5  Var_16    CZ    NE   CD    CG1     74.77  30.0  3
 0D5  Var_17    C16   C15  C13   C121  -174.80  30.0  2
 0D5  Var_18    H11   C12  O12   C22    179.65  30.0  3
 0D5  Var_19    H17   C14  C13   C121   126.20  30.0  3
 0D5  Var_20    HD11  CD1  CG    CB2   -178.76  30.0  3
 0D5  Var_21    HD21  CD2  CG    CB2   -176.86  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0D5  chir_01  C21  C11   N21   C3   positiv
 0D5  chir_02  C3   C21   C4    C41  negativ
 0D5  chir_04  C22  O12   C31   C10  negativ
 0D5  chir_05  C10  C121  C111  C22  positiv
 0D5  chir_06  C17  N11   C16   C18  negativ
 0D5  chir_07  C18  C17   C19   C20  positiv
 0D5  chir_08  C43  N4    C4'   C32  negativ
 0D5  chir_09  CA1  N1    CB1   C1   positiv
 0D5  chir_10  CA2  N2    CB2   C2   negativ
 0D5  chir_11  CA3  N3    C5    CB3  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0D5  plan-1   C31   0.020
 0D5  plan-1   C42   0.020
 0D5  plan-1   C51   0.020
 0D5  plan-1   C6    0.020
 0D5  plan-1   C7    0.020
 0D5  plan-1   C8    0.020
 0D5  plan-1   C9    0.020
 0D5  plan-1   H7    0.020
 0D5  plan-1   H8    0.020
 0D5  plan-1   H9    0.020
 0D5  plan-1   H10   0.020
 0D5  plan-1   H111  0.020
 0D5  plan-2   CA3   0.020
 0D5  plan-2   C5    0.020
 0D5  plan-2   O4    0.020
 0D5  plan-2   N11   0.020
 0D5  plan-3   CD    0.020
 0D5  plan-3   NE    0.020
 0D5  plan-3   CZ    0.020
 0D5  plan-3   NH1   0.020
 0D5  plan-3   NH2   0.020
 0D5  plan-3   HE    0.020
 0D5  plan-3   HH11  0.020
 0D5  plan-3   HH12  0.020
 0D5  plan-3   HH21  0.020
 0D5  plan-3   HH22  0.020
 0D5  plan-4   C11   0.020
 0D5  plan-4   O11   0.020
 0D5  plan-4   O21   0.020
 0D5  plan-4   C21   0.020
 0D5  plan-5   C43   0.020
 0D5  plan-5   C4'   0.020
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 0D5  plan-5   OXT   0.020
 0D5  plan-6   C3    0.020
 0D5  plan-6   C4    0.020
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 0D5  plan-6   CA3   0.020
 0D5  plan-6   H4    0.020
 0D5  plan-7   C10   0.020
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 0D5  plan-7   H16   0.020
 0D5  plan-8   C13   0.020
 0D5  plan-8   C15   0.020
 0D5  plan-8   C17   0.020
 0D5  plan-8   H20   0.020
 0D5  plan-8   H211  0.020
 0D5  plan-8   C16   0.020
 0D5  plan-9   C18   0.020
 0D5  plan-9   C20   0.020
 0D5  plan-9   O31   0.020
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 0D5  plan-9   N4    0.020
 0D5  plan-9   HN4   0.020
 0D5  plan-10  C1A   0.020
 0D5  plan-10  C23   0.020
 0D5  plan-10  O13   0.020
 0D5  plan-10  N     0.020
 0D5  plan-10  CM    0.020
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 0D5  plan-11  CA    0.020
 0D5  plan-11  CB    0.020
 0D5  plan-11  C     0.020
 0D5  plan-11  O     0.020
 0D5  plan-11  N1    0.020
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 0D5  plan-11  HB2   0.020
 0D5  plan-11  H     0.020
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 0D5  plan-13  N21   0.020
 0D5  plan-13  CA2   0.020
 0D5  plan-13  C2    0.020
 0D5  plan-13  O2    0.020
 0D5  plan-13  HN22  0.020

