# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr  3 20:38:24 2020
#   Inital geometry file: a 111 line input string
#   Ligand name: (4R,4'S)-4,4'-diphenyl-4,4'-biimidazolidine-2,2',5,5'-tetrone
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O=C1NC(=O)[C@](N1)(c2ccccc2)[C@]3(NC(=O)NC3=O)c4ccccc4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0D2  0D2  (4R,4'S)-4,4'-diphenyl-4,4'-biimidazolidine-2,2',5,5'-tetrone  ligand  40  26  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0D2
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0D2  O20  O  O     0  -0.417  -0.0849   0.6787  -2.5468
 0D2  C19  C  CR5   0   0.612  -0.2385   1.2099  -1.4740
 0D2  N16  N  NR15  0  -0.691  -0.9404   2.3366  -1.2142
 0D2  C18  C  CR5   0  -0.061   0.3019   0.7156  -0.1213
 0D2  N17  N  NR15  0  -0.671  -0.2529   1.6968   0.7648
 0D2  C15  C  CR5   0   0.679  -0.9930   2.6412   0.1430
 0D2  O14  O  O     0  -0.455  -1.5865   3.5701   0.6341
 0D2  C21  C  CR6   0   0.158   1.8250   0.6786  -0.0791
 0D2  C26  C  CR16  0  -0.289   2.5788   0.1449  -1.1242
 0D2  C25  C  CR16  0  -0.237   3.9618   0.0756  -1.0334
 0D2  C24  C  CR16  0  -0.258   4.6173   0.5333   0.1000
 0D2  C23  C  CR16  0  -0.238   3.8763   1.0728   1.1405
 0D2  C22  C  CR16  0  -0.294   2.4941   1.1478   1.0501
 0D2  C5   C  CR5   0  -0.060  -0.3146  -0.7180   0.1545
 0D2  N4   N  NR15  0  -0.671   0.2396  -1.7003  -0.7306
 0D2  C3   C  CR5   0   0.679   0.9790  -2.6445  -0.1081
 0D2  O13  O  O     0  -0.455   1.5704  -3.5756  -0.5978
 0D2  C1   C  CR5   0   0.613   0.2261  -1.2109   1.5074
 0D2  O12  O  O     0  -0.418   0.0729  -0.6783   2.5797
 0D2  N2   N  NR15  0  -0.691   0.9284  -2.3374   1.2487
 0D2  C6   C  CR6   0   0.158  -1.8378  -0.6799   0.1119
 0D2  C7   C  CR16  0  -0.295  -2.5065  -1.1476  -1.0181
 0D2  C8   C  CR16  0  -0.238  -3.8887  -1.0718  -1.1092
 0D2  C9   C  CR16  0  -0.258  -4.6300  -0.5330  -0.0685
 0D2  C10  C  CR16  0  -0.237  -3.9749  -0.0767   1.0656
 0D2  C11  C  CR16  0  -0.290  -2.5920  -0.1468   1.1570
 0D2  H1   H  HNR5  0   0.436  -1.4232   2.8782  -1.9180
 0D2  H2   H  HNR5  0   0.424  -0.1942   1.6538   1.7695
 0D2  H3   H  HCR6  0   0.262   2.1074  -0.2088  -2.0282
 0D2  H4   H  HCR6  0   0.263   4.5248  -0.3382  -1.8595
 0D2  H5   H  HCR6  0   0.262   5.6957   0.4758   0.1690
 0D2  H6   H  HCR6  0   0.263   4.3704   1.4437   2.0287
 0D2  H7   H  HCR6  0   0.250   1.9535   1.5885   1.8754
 0D2  H8   H  HNR5  0   0.424   0.1750  -1.6620  -1.7351
 0D2  H9   H  HNR5  0   0.436   1.4114  -2.8783   1.9530
 0D2  H10  H  HCR6  0   0.252  -1.9652  -1.5868  -1.8437
 0D2  H11  H  HCR6  0   0.264  -4.3825  -1.4413  -1.9982
 0D2  H12  H  HCR6  0   0.262  -5.7083  -0.4747  -0.1383
 0D2  H13  H  HCR6  0   0.263  -4.5381   0.3373   1.8916
 0D2  H14  H  HCR6  0   0.263  -2.1209   0.2067   2.0611

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0D2  C9   C10  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0D2  C9   C8   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0D2  C10  C11  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0D2  C8   C7   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0D2  C11  C6   aromatic  1.395  0.020  1.395
 0D2  C7   C6   aromatic  1.394  0.020  1.394
 0D2  C6   C5   single    1.524  0.020  1.524
 0D2  O14  C15  double    1.207  0.020  1.207
 0D2  O12  C1   double    1.207  0.020  1.207
 0D2  C1   C5   single    1.538  0.020  1.538
 0D2  C1   N2   single    1.352  0.020  1.352
 0D2  C5   N4   single    1.434  0.020  1.434
 0D2  C5   C18  single    1.585  0.020  1.585
 0D2  C15  N16  single    1.392  0.020  1.392
 0D2  C15  N17  single    1.351  0.020  1.351
 0D2  N16  C19  single    1.353  0.020  1.353
 0D2  N17  C18  single    1.434  0.020  1.434
 0D2  N2   C3   single    1.392  0.020  1.392
 0D2  N4   C3   single    1.351  0.020  1.351
 0D2  C3   O13  double    1.207  0.020  1.207
 0D2  C19  C18  single    1.538  0.020  1.538
 0D2  C19  O20  double    1.207  0.020  1.207
 0D2  C18  C21  single    1.524  0.020  1.524
 0D2  C21  C22  aromatic  1.394  0.020  1.394
 0D2  C21  C26  aromatic  1.395  0.020  1.395
 0D2  C22  C23  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0D2  C26  C25  aromatic  1.388  0.020  1.388
 0D2  C23  C24  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0D2  C25  C24  aromatic  1.387  0.020  1.387
 0D2  N16  H1   single    0.860  0.020  1.020
 0D2  N17  H2   single    0.860  0.020  1.020
 0D2  C26  H3   single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C25  H4   single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C24  H5   single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C23  H6   single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C22  H7   single    0.930  0.020  1.080
 0D2  N4   H8   single    0.860  0.020  1.020
 0D2  N2   H9   single    0.860  0.020  1.020
 0D2  C7   H10  single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C8   H11  single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C9   H12  single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C10  H13  single    0.930  0.020  1.080
 0D2  C11  H14  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0D2  C18  C19  N16  106.33  3.000
 0D2  C18  C19  O20  126.55  3.000
 0D2  N16  C19  O20  127.11  3.000
 0D2  H1   N16  C15  122.92  3.000
 0D2  H1   N16  C19  124.09  3.000
 0D2  C15  N16  C19  112.90  3.000
 0D2  C5   C18  C21  111.22  3.000
 0D2  C21  C18  N17  112.72  3.000
 0D2  C5   C18  N17  111.16  3.000
 0D2  C21  C18  C19  112.53  3.000
 0D2  N17  C18  C19  100.81  3.000
 0D2  C5   C18  C19  107.88  3.000
 0D2  H2   N17  C15  121.38  3.000
 0D2  H2   N17  C18  124.38  3.000
 0D2  C15  N17  C18  113.94  3.000
 0D2  O14  C15  N17  128.32  3.000
 0D2  N17  C15  N16  105.96  3.000
 0D2  O14  C15  N16  125.72  3.000
 0D2  C22  C21  C26  118.45  3.000
 0D2  C26  C21  C18  121.91  3.000
 0D2  C22  C21  C18  119.60  3.000
 0D2  H3   C26  C25  118.28  3.000
 0D2  H3   C26  C21  121.14  3.000
 0D2  C25  C26  C21  120.57  3.000
 0D2  H4   C25  C24  120.28  3.000
 0D2  H4   C25  C26  119.19  3.000
 0D2  C24  C25  C26  120.54  3.000
 0D2  H5   C24  C23  120.35  3.000
 0D2  H5   C24  C25  120.37  3.000
 0D2  C23  C24  C25  119.27  3.000
 0D2  H6   C23  C22  119.34  3.000
 0D2  H6   C23  C24  120.36  3.000
 0D2  C22  C23  C24  120.30  3.000
 0D2  H7   C22  C23  118.08  3.000
 0D2  H7   C22  C21  121.06  3.000
 0D2  C23  C22  C21  120.86  3.000
 0D2  C6   C5   C1   112.57  3.000
 0D2  C1   C5   N4   100.81  3.000
 0D2  C6   C5   N4   112.72  3.000
 0D2  N4   C5   C18  111.22  3.000
 0D2  C1   C5   C18  107.83  3.000
 0D2  C6   C5   C18  111.18  3.000
 0D2  H8   N4   C3   121.40  3.000
 0D2  H8   N4   C5   124.39  3.000
 0D2  C3   N4   C5   113.95  3.000
 0D2  N2   C3   O13  125.70  3.000
 0D2  O13  C3   N4   128.34  3.000
 0D2  N2   C3   N4   105.96  3.000
 0D2  N2   C1   O12  127.11  3.000
 0D2  N2   C1   C5   106.33  3.000
 0D2  O12  C1   C5   126.54  3.000
 0D2  H9   N2   C1   124.09  3.000
 0D2  H9   N2   C3   122.93  3.000
 0D2  C1   N2   C3   112.90  3.000
 0D2  C11  C6   C7   118.45  3.000
 0D2  C7   C6   C5   119.58  3.000
 0D2  C11  C6   C5   121.94  3.000
 0D2  H10  C7   C8   118.11  3.000
 0D2  H10  C7   C6   121.03  3.000
 0D2  C8   C7   C6   120.85  3.000
 0D2  H11  C8   C9   120.35  3.000
 0D2  H11  C8   C7   119.34  3.000
 0D2  C9   C8   C7   120.31  3.000
 0D2  H12  C9   C10  120.37  3.000
 0D2  H12  C9   C8   120.35  3.000
 0D2  C10  C9   C8   119.27  3.000
 0D2  H13  C10  C11  119.19  3.000
 0D2  H13  C10  C9   120.28  3.000
 0D2  C11  C10  C9   120.53  3.000
 0D2  H14  C11  C10  118.28  3.000
 0D2  H14  C11  C6   121.13  3.000
 0D2  C10  C11  C6   120.58  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0D2  CONST_01  C24  C23  C22  C21    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_02  C24  C25  C26  C21    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_03  C23  C22  C21  C26    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_04  C23  C24  C25  C26    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_05  C22  C21  C26  C25    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_06  C22  C23  C24  C25    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_07  C9   C10  C11  C6     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_08  C9   C8   C7   C6     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_09  C10  C9   C8   C7     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_10  C10  C11  C6   C7     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_11  C11  C10  C9   C8     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_12  C11  C6   C7   C8     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_13  C23  C22  C21  C18  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_14  C25  C26  C21  C18  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_15  C10  C11  C6   C5   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_16  C8   C7   C6   C5   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_17  N17  C15  N16  C19    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_18  C18  N17  C15  N16    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_19  C15  N16  C19  C18    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_20  C3   N2   C1   C5     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_21  N2   C3   N4   C5     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_22  C1   N2   C3   N4     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_23  C15  N16  C19  O20  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_24  O14  C15  N16  C19  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_25  O14  C15  N17  C18  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_26  O13  C3   N4   C5   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_27  O12  C1   N2   C3   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_28  C1   N2   C3   O13  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_29  H7   C22  C21  C18    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_30  H3   C26  C21  C18    0.00  0.0  0
 0D2  CONST_31  H6   C23  C22  C21  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_32  H4   C25  C26  C21  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_33  H5   C24  C25  C26  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_34  H14  C11  C6   C5     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_35  H10  C7   C6   C5     0.00  0.0  0
 0D2  CONST_36  H13  C10  C11  C6   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_37  H11  C8   C7   C6   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_38  H12  C9   C8   C7   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_39  H2   N17  C15  N16  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_40  H1   N16  C19  C18  180.00  0.0  0
 0D2  CONST_41  H9   N2   C1   C5   180.00  0.0  0
 0D2  CONST_42  H8   N4   C3   N2   180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 0D2  chir_01  C18  N17  C19  C21  negativ
 0D2  chir_02  C5   C6   C1   C18  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0D2  plan-1  C18  0.020
 0D2  plan-1  C21  0.020
 0D2  plan-1  C26  0.020
 0D2  plan-1  C25  0.020
 0D2  plan-1  C24  0.020
 0D2  plan-1  C23  0.020
 0D2  plan-1  C22  0.020
 0D2  plan-1  H3   0.020
 0D2  plan-1  H4   0.020
 0D2  plan-1  H5   0.020
 0D2  plan-1  H6   0.020
 0D2  plan-1  H7   0.020
 0D2  plan-2  C5   0.020
 0D2  plan-2  C6   0.020
 0D2  plan-2  C7   0.020
 0D2  plan-2  C8   0.020
 0D2  plan-2  C9   0.020
 0D2  plan-2  C10  0.020
 0D2  plan-2  C11  0.020
 0D2  plan-2  H10  0.020
 0D2  plan-2  H11  0.020
 0D2  plan-2  H12  0.020
 0D2  plan-2  H13  0.020
 0D2  plan-2  H14  0.020
 0D2  plan-3  O20  0.020
 0D2  plan-3  C19  0.020
 0D2  plan-3  N16  0.020
 0D2  plan-3  C18  0.020
 0D2  plan-3  N17  0.020
 0D2  plan-3  C15  0.020
 0D2  plan-3  O14  0.020
 0D2  plan-3  H1   0.020
 0D2  plan-3  H2   0.020
 0D2  plan-4  C5   0.020
 0D2  plan-4  N4   0.020
 0D2  plan-4  C3   0.020
 0D2  plan-4  O13  0.020
 0D2  plan-4  C1   0.020
 0D2  plan-4  O12  0.020
 0D2  plan-4  N2   0.020
 0D2  plan-4  H8   0.020
 0D2  plan-4  H9   0.020

