# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-1137 (Mon Aug 22 05:16:00 2012)
#   - file written: Tue Aug 28 14:50:26 2012
#
#   Inital geometry file: a 79 line input string
#   Ligand name: N~5~-(N-acetylcarbamimidoyl)-L-ornithine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: AM1
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)NC(=N)NCCC[C@H](N)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
0AR        0AR 'N~5~-(N-acetylcarbamimidoyl)-L-ornithine' L-peptide 31 15 .
2012-08-28 2012-08-28
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_0AR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
0AR         C      C   C     .          4.6000    0.0750   -0.0914
0AR         N      N   NH2   .          3.1966   -1.6902    0.9476
0AR         O      O   O     .          5.4584    0.1437    0.7938
0AR         CA     C   CH1   .          3.2641   -0.6642   -0.0634
0AR         CB     C   CH2   .          2.1496    0.3881    0.0520
0AR         CD     C   CH2   .         -0.2881    0.8407   -0.0119
0AR         NE     N   NH1   .         -1.6303    0.2962   -0.0520
0AR         CG     C   CH2   .          0.7795   -0.2539    0.0412
0AR         CZ     C   C     .         -2.7867    1.1240    0.0442
0AR         C0B    C   C     .         -4.3365   -0.8828   -0.1410
0AR         O0C    O   O     .         -3.4216   -1.7232   -0.2359
0AR         C1B    C   CH3   .         -5.7882   -1.3013   -0.1672
0AR         NH1    N   N     .         -2.6661    2.4211    0.1736
0AR         NH2    N   NH1   .         -4.0832    0.4742   -0.0070
0AR        HN      H   HNH2  .          3.9331   -2.3572    0.8261
0AR        HNA     H   HNH2  .          3.2536   -1.2987    1.8671
0AR        HA      H   HCH1  .          3.1677   -1.1768   -1.0703
0AR        HB      H   HCH2  .          2.2837    0.9894    0.9886
0AR        HBA     H   HCH2  .          2.2495    1.0885   -0.8201
0AR        HD      H   HCH2  .         -0.1403    1.4582   -0.9442
0AR        HDA     H   HCH2  .         -0.1438    1.5263    0.8733
0AR        HNE     H   HNH1  .         -1.7306   -0.6972   -0.1511
0AR        HG      H   HCH2  .          0.6849   -0.9304   -0.8489
0AR        HGA     H   HCH2  .          0.6429   -0.8851    0.9587
0AR        H1B     H   HCH3  .         -6.2962   -1.0195    0.7868
0AR        H1BA    H   HCH3  .         -6.3188   -0.8176   -1.0229
0AR        H1BB    H   HCH3  .         -5.8367   -2.4115   -0.2901
0AR        HNH1    H   H     .         -3.5140    2.9400    0.2353
0AR        HNH2    H   HNH1  .         -4.8674    1.0809    0.0628
0AR         OXT    O   OH1   .          4.8558    0.7362   -1.2520
0AR        HXT     H   HOH1  .          5.7189    1.1793   -1.1935
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
0AR   CA      C     single        1.527 0.020
0AR   C       O     double        1.235 0.020
0AR   CA      N     single        1.442 0.020
0AR   N      HN     single        1.001 0.020
0AR   N      HNA    single        1.001 0.020
0AR   CB      CA    single        1.537 0.020
0AR   CA     HA     single        1.134 0.020
0AR   CG      CB    single        1.513 0.020
0AR   CB     HB     single        1.121 0.020
0AR   CB     HBA    single        1.123 0.020
0AR   CD      CG    single        1.530 0.020
0AR   CD      NE    single        1.449 0.020
0AR   CD     HD     single        1.128 0.020
0AR   CD     HDA    single        1.129 0.020
0AR   CZ      NE    single        1.425 0.020
0AR   NE     HNE    single        1.003 0.020
0AR   CG     HG     single        1.122 0.020
0AR   CG     HGA    single        1.122 0.020
0AR   NH1     CZ    double        1.309 0.020
0AR   CZ      NH2   single        1.451 0.020
0AR   O0C     C0B   double        1.246 0.020
0AR   C0B     NH2   single        1.387 0.020
0AR   C0B     C1B   single        1.511 0.020
0AR   C1B    H1B    single        1.117 0.020
0AR   C1B    H1BA   single        1.117 0.020
0AR   C1B    H1BB   single        1.118 0.020
0AR   NH1    HNH1   single        0.996 0.020
0AR   NH2    HNH2   single        0.994 0.020
0AR   C       OXT   single        1.360 0.020
0AR   OXT    HXT    single        0.972 0.020
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
0AR   OXT     C       CA          114.55 3.000
0AR   OXT     C       O           117.00 3.000
0AR   CA      C       O           128.45 3.000
0AR  HNA      N      HN           109.28 3.000
0AR  HNA      N       CA          111.29 3.000
0AR  HN       N       CA          110.77 3.000
0AR  HA       CA      CB          108.33 3.000
0AR  HA       CA      N           107.27 3.000
0AR   CB      CA      N           113.61 3.000
0AR  HA       CA      C           106.08 3.000
0AR   CB      CA      C           107.72 3.000
0AR   N       CA      C           113.47 3.000
0AR  HBA      CB     HB           107.68 3.000
0AR  HBA      CB      CG          109.85 3.000
0AR  HB       CB      CG          109.99 3.000
0AR  HBA      CB      CA          107.71 3.000
0AR  HB       CB      CA          110.07 3.000
0AR   CG      CB      CA          111.44 3.000
0AR  HDA      CD     HD           107.39 3.000
0AR  HDA      CD      CG          108.55 3.000
0AR  HD       CD      CG          109.20 3.000
0AR  HDA      CD      NE          111.61 3.000
0AR  HD       CD      NE          107.71 3.000
0AR   CG      CD      NE          112.24 3.000
0AR  HNE      NE      CZ          120.03 3.000
0AR  HNE      NE      CD          117.87 3.000
0AR   CZ      NE      CD          122.10 3.000
0AR  HGA      CG     HG           107.42 3.000
0AR  HGA      CG      CD          110.24 3.000
0AR  HG       CG      CD          110.18 3.000
0AR  HGA      CG      CB          110.07 3.000
0AR  HG       CG      CB          109.74 3.000
0AR   CD      CG      CB          109.18 3.000
0AR   NH2     CZ      NH1         121.97 3.000
0AR   NH2     CZ      NE          117.54 3.000
0AR   NH1     CZ      NE          120.49 3.000
0AR   NH2     C0B     C1B         116.63 3.000
0AR   C1B     C0B     O0C         121.15 3.000
0AR   NH2     C0B     O0C         122.22 3.000
0AR  H1BB     C1B    H1BA         108.98 3.000
0AR  H1BB     C1B    H1B          108.95 3.000
0AR  H1BA     C1B    H1B          109.21 3.000
0AR  H1BB     C1B     C0B         108.58 3.000
0AR  H1BA     C1B     C0B         110.47 3.000
0AR  H1B      C1B     C0B         110.63 3.000
0AR  HNH1     NH1     CZ          116.35 3.000
0AR  HNH2     NH2     C0B         117.38 3.000
0AR  HNH2     NH2     CZ          115.41 3.000
0AR   C0B     NH2     CZ          127.21 3.000
0AR  HXT      OXT     C           109.71 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
0AR CONST_01       O0C     C0B     NH2     CZ           -0.00   0.0 0
0AR CONST_02       C1B     C0B     NH2     CZ          180.00   0.0 0
0AR CONST_03       NH1     CZ      NE      CD           -0.00   0.0 0
0AR CONST_04       NH2     CZ      NE      CD          180.00   0.0 0
0AR CONST_05       C0B     NH2     CZ      NE           -0.00   0.0 0
0AR CONST_06       NH1     CZ      NH2     C0B        -180.00   0.0 0
0AR CONST_07      HNH2     NH2     C0B     O0C         180.00   0.0 0
0AR CONST_08       HXT     OXT     C       O             0.00   0.0 0
0AR CONST_09      HNH1     NH1     CZ      NE         -180.00   0.0 0
0AR CONST_10       HNE     NE      CZ      NH1        -180.00   0.0 0
0AR Var_01         CD      CG      CB      CA         -173.25  30.0 1
0AR Var_02         NE      CD      CG      CB          178.84  30.0 2
0AR Var_03         CZ      NE      CD      CG          172.93  30.0 3
0AR Var_04        H1B      C1B     C0B     O0C         118.89  30.0 3
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
0AR chir_01   CA      C       N       CB    negativ
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
0AR plan-1     CD 0.020
0AR plan-1     NE 0.020
0AR plan-1     CZ 0.020
0AR plan-1    C0B 0.020
0AR plan-1    O0C 0.020
0AR plan-1    C1B 0.020
0AR plan-1    NH1 0.020
0AR plan-1    NH2 0.020
0AR plan-1    HNE 0.020
0AR plan-1   HNH1 0.020
0AR plan-1   HNH2 0.020
0AR plan-2      C 0.020
0AR plan-2      O 0.020
0AR plan-2     CA 0.020
0AR plan-2    OXT 0.020
0AR plan-2    HXT 0.020
