# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 23 18:59:51 2020
#   Inital geometry file: a 61 line input string
#   Ligand name: 2-(carboxymethyl)benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)Cc1ccccc1C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0A7  0A7  '2-(carboxymethyl)benzoic acid'  ligand  21  13  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0A7
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0A7  O01   O  O     0  -0.441  -1.8476  -0.9356  -1.3824
 0A7  C02   C  CR16  0  -0.227   2.4009  -1.8469   0.0634
 0A7  C03   C  CR16  0  -0.312   1.0684  -1.8736   0.4464
 0A7  C04   C  CR6   0   0.174   0.2900  -0.7217   0.4626
 0A7  C05   C  CR6   0  -0.101   0.8900   0.4919   0.0903
 0A7  C06   C  CR16  0  -0.250   2.2358   0.5153  -0.2822
 0A7  C07   C  CR16  0  -0.255   2.9884  -0.6463  -0.3036
 0A7  C08   C  C     0   0.520   0.1035   1.7509   0.0564
 0A7  O09   O  O     0  -0.437  -1.1043   1.8060   0.0635
 0A7  C10   C  CH2   0  -0.689  -1.1389  -0.8383   0.9129
 0A7  C11   C  C     0   0.565  -2.1177  -0.7276  -0.2272
 0A7  O12   O  OH1   0  -0.595  -3.3428  -0.4452   0.1991
 0A7  OXT   O  OH1   0  -0.591   0.8663   2.8346   0.0095
 0A7  H03   H  HCR6  0   0.264   0.6214  -2.8151   0.7399
 0A7  H07   H  HCR6  0   0.267   4.0267  -0.6111  -0.6048
 0A7  H101  H  HCH2  0   0.308  -1.2880  -1.8287   1.3552
 0A7  H102  H  HCH2  0   0.294  -1.3860  -0.1207   1.6948
 0A7  H06   H  HCR6  0   0.271   2.7037   1.4455  -0.5710
 0A7  HOT   H  HOH1  0   0.489   0.3101   3.6261  -0.0440
 0A7  H12   H  HOH1  0   0.478  -3.9575  -0.4347  -0.5498
 0A7  H02   H  HCR6  0   0.268   2.9773  -2.7628   0.0544

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0A7  O01  C11   double    1.205  0.020  1.205
 0A7  C02  C03   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0A7  C02  C07   aromatic  1.386  0.020  1.386
 0A7  C02  H02   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C03  C04   aromatic  1.390  0.020  1.390
 0A7  C03  H03   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C04  C05   aromatic  1.404  0.020  1.404
 0A7  C04  C10   single    1.503  0.020  1.503
 0A7  C05  C06   aromatic  1.397  0.020  1.397
 0A7  C05  C08   single    1.485  0.020  1.485
 0A7  C06  C07   aromatic  1.384  0.020  1.384
 0A7  C06  H06   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C07  H07   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C08  O09   double    1.209  0.020  1.209
 0A7  C08  OXT   single    1.326  0.020  1.326
 0A7  C10  C11   single    1.507  0.020  1.507
 0A7  C10  H101  single    0.970  0.020  1.090
 0A7  C10  H102  single    0.970  0.020  1.090
 0A7  C11  O12   single    1.328  0.020  1.328
 0A7  O12  H12   single    0.850  0.020  0.980
 0A7  OXT  HOT   single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0A7  H02   C02  C07   120.34  3.000
 0A7  H02   C02  C03   119.85  3.000
 0A7  C07   C02  C03   119.81  3.000
 0A7  H03   C03  C04   119.08  3.000
 0A7  H03   C03  C02   119.24  3.000
 0A7  C04   C03  C02   121.68  3.000
 0A7  C10   C04  C05   123.56  3.000
 0A7  C10   C04  C03   118.14  3.000
 0A7  C05   C04  C03   118.28  3.000
 0A7  C08   C05  C06   119.35  3.000
 0A7  C08   C05  C04   120.84  3.000
 0A7  C06   C05  C04   119.80  3.000
 0A7  H06   C06  C07   118.87  3.000
 0A7  H06   C06  C05   120.20  3.000
 0A7  C07   C06  C05   120.93  3.000
 0A7  H07   C07  C06   119.92  3.000
 0A7  H07   C07  C02   120.58  3.000
 0A7  C06   C07  C02   119.49  3.000
 0A7  OXT   C08  O09   122.51  3.000
 0A7  OXT   C08  C05   112.90  3.000
 0A7  O09   C08  C05   124.59  3.000
 0A7  H102  C10  H101  105.96  3.000
 0A7  H102  C10  C11   110.32  3.000
 0A7  H101  C10  C11   106.48  3.000
 0A7  H102  C10  C04   112.30  3.000
 0A7  H101  C10  C04   108.71  3.000
 0A7  C11   C10  C04   112.66  3.000
 0A7  O12   C11  C10   111.85  3.000
 0A7  O12   C11  O01   123.48  3.000
 0A7  C10   C11  O01   124.56  3.000
 0A7  H12   O12  C11   109.85  3.000
 0A7  HOT   OXT  C08   109.84  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0A7  CONST_01  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_02  C05  C06  C07  C02     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_03  C06  C07  C02  C03     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_04  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_05  C07  C02  C03  C04     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_06  C07  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_07  C10  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_08  C08  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_09  C10  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_10  C08  C05  C06  C07   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_11  H06  C06  C07  C02   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_12  H07  C07  C02  C03   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_13  H02  C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_14  H03  C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_15  HOT  OXT  C08  C05   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_16  H12  O12  C11  O01     0.00   0.0  0
 0A7  Var_01    C11  C10  C04  C03  -106.72  30.0  2
 0A7  Var_02    O09  C08  C05  C04   -15.86  30.0  2
 0A7  Var_03    C04  C10  C11  O01    21.74  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0A7  plan-1  C02  0.020
 0A7  plan-1  C03  0.020
 0A7  plan-1  C04  0.020
 0A7  plan-1  C05  0.020
 0A7  plan-1  C06  0.020
 0A7  plan-1  C07  0.020
 0A7  plan-1  C08  0.020
 0A7  plan-1  C10  0.020
 0A7  plan-1  H03  0.020
 0A7  plan-1  H07  0.020
 0A7  plan-1  H06  0.020
 0A7  plan-1  H02  0.020
 0A7  plan-2  C05  0.020
 0A7  plan-2  C08  0.020
 0A7  plan-2  O09  0.020
 0A7  plan-2  OXT  0.020
 0A7  plan-2  HOT  0.020
 0A7  plan-3  O01  0.020
 0A7  plan-3  C10  0.020
 0A7  plan-3  C11  0.020
 0A7  plan-3  O12  0.020
 0A7  plan-3  H12  0.020

