# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 13 10:50:13 2020
#   Inital geometry file: a 61 line input string
#   Ligand name: 2-(carboxymethyl)benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)Cc1ccccc1C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 0A7  0A7  '2-(carboxymethyl)benzoic acid'  ligand  19  13  .  2021-08-03  2021-08-03  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_0A7
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 0A7  O01   O  O      0  -0.611  -1.8324  -0.8940  -1.3380
 0A7  C02   C  CR16   0  -0.251   2.3457  -1.8804   0.0153
 0A7  C03   C  CR16   0  -0.327   1.0228  -1.8666   0.4284
 0A7  C04   C  CR6    0   0.167   0.2643  -0.6947   0.4798
 0A7  C05   C  CR6    0  -0.162   0.8798   0.5118   0.0992
 0A7  C06   C  CR16   0  -0.278   2.2165   0.4838  -0.3047
 0A7  C07   C  CR16   0  -0.271   2.9524  -0.6893  -0.3543
 0A7  C08   C  C      0   0.387   0.1766   1.8693   0.0873
 0A7  O09   O  O      0  -0.574  -1.0349   1.9044   0.3707
 0A7  C10   C  CH2    0  -0.667  -1.1547  -0.8144   0.9507
 0A7  C11   C  C      0   0.432  -2.2133  -0.7188  -0.1663
 0A7  O12   O  OC    -1  -0.640  -3.3901  -0.5377   0.2118
 0A7  OXT   O  OC    -1  -0.603   0.8821   2.8558  -0.2134
 0A7  H07   H  HCR6   0   0.239   3.9869  -0.6730  -0.6743
 0A7  H101  H  HCH2   0   0.222  -1.2750  -1.8006   1.4165
 0A7  H102  H  HCH2   0   0.225  -1.3830  -0.0832   1.7231
 0A7  H06   H  HCR6   0   0.236   2.6851   1.4166  -0.5875
 0A7  H02   H  HCR6   0   0.243   2.8963  -2.8127  -0.0153
 0A7  H03   H  HCR6   0   0.233   0.5570  -2.8005   0.7225

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 0A7  O01  C11   deloc     1.244  0.020  1.244
 0A7  C02  C03   aromatic  1.386  0.020  1.386
 0A7  C02  C07   aromatic  1.387  0.020  1.387
 0A7  C02  H02   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C03  C04   aromatic  1.397  0.020  1.397
 0A7  C03  H03   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C04  C05   aromatic  1.407  0.020  1.407
 0A7  C04  C10   single    1.500  0.020  1.500
 0A7  C05  C06   aromatic  1.397  0.020  1.397
 0A7  C05  C08   single    1.529  0.020  1.529
 0A7  C06  C07   aromatic  1.386  0.020  1.386
 0A7  C06  H06   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C07  H07   single    0.930  0.020  1.080
 0A7  C08  O09   deloc     1.245  0.020  1.245
 0A7  C08  OXT   deloc     1.250  0.020  1.250
 0A7  C10  C11   single    1.542  0.020  1.542
 0A7  C10  H101  single    0.970  0.020  1.090
 0A7  C10  H102  single    0.970  0.020  1.090
 0A7  C11  O12   deloc     1.249  0.020  1.249

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 0A7  H02   C02  C07   120.62  3.000
 0A7  H02   C02  C03   120.14  3.000
 0A7  C07   C02  C03   119.24  3.000
 0A7  H03   C03  C04   118.64  3.000
 0A7  H03   C03  C02   118.84  3.000
 0A7  C04   C03  C02   122.52  3.000
 0A7  C10   C04  C05   124.56  3.000
 0A7  C10   C04  C03   117.28  3.000
 0A7  C05   C04  C03   118.16  3.000
 0A7  C08   C05  C06   117.12  3.000
 0A7  C08   C05  C04   124.21  3.000
 0A7  C06   C05  C04   118.67  3.000
 0A7  H06   C06  C07   119.39  3.000
 0A7  H06   C06  C05   118.23  3.000
 0A7  C07   C06  C05   122.38  3.000
 0A7  H07   C07  C06   120.34  3.000
 0A7  H07   C07  C02   120.63  3.000
 0A7  C06   C07  C02   119.03  3.000
 0A7  OXT   C08  O09   125.60  3.000
 0A7  OXT   C08  C05   116.31  3.000
 0A7  O09   C08  C05   118.10  3.000
 0A7  H102  C10  H101  106.24  3.000
 0A7  H102  C10  C11   109.18  3.000
 0A7  H101  C10  C11   106.73  3.000
 0A7  H102  C10  C04   111.58  3.000
 0A7  H101  C10  C04   107.98  3.000
 0A7  C11   C10  C04   114.65  3.000
 0A7  O12   C11  C10   115.88  3.000
 0A7  O12   C11  O01   126.42  3.000
 0A7  C10   C11  O01   117.59  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 0A7  CONST_01  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_02  C05  C06  C07  C02     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_03  C06  C07  C02  C03     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_04  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_05  C07  C02  C03  C04     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_06  C07  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 0A7  CONST_07  C10  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_08  C08  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_09  C10  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_10  C08  C05  C06  C07   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_11  H06  C06  C07  C02   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_12  H07  C07  C02  C03   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_13  H02  C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 0A7  CONST_14  H03  C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 0A7  Var_01    C11  C10  C04  C03  -104.84  30.0  2
 0A7  Var_02    O09  C08  C05  C04    -3.57  30.0  2
 0A7  Var_03    C04  C10  C11  O01    17.73  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 0A7  plan-1  C02  0.020
 0A7  plan-1  C03  0.020
 0A7  plan-1  C04  0.020
 0A7  plan-1  C05  0.020
 0A7  plan-1  C06  0.020
 0A7  plan-1  C07  0.020
 0A7  plan-1  C08  0.020
 0A7  plan-1  C10  0.020
 0A7  plan-1  H07  0.020
 0A7  plan-1  H06  0.020
 0A7  plan-1  H02  0.020
 0A7  plan-1  H03  0.020
 0A7  plan-2  C05  0.020
 0A7  plan-2  C08  0.020
 0A7  plan-2  O09  0.020
 0A7  plan-2  OXT  0.020
 0A7  plan-3  O01  0.020
 0A7  plan-3  C10  0.020
 0A7  plan-3  C11  0.020
 0A7  plan-3  O12  0.020

