# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 13 08:57:39 2020
#   Inital geometry file: a 115 line input string
#   Ligand name: [(1S,3E)-1-amino-4-methoxybut-3-en-1-yl](dihydroxy)diphenoxy-lambda~5~-phosphane
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO\C=C\C[C@@H](N)[P](O)(O)(Oc1ccccc1)Oc2ccccc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 02E  02E  '[(1S,3E)-1-amino-4-methoxybut-3-en-1-yl](dihydroxy)diphenoxy-lambda~5~-phosphane'  ligand  46  24  .  2021-07-27  2021-07-27  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_02E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 02E  OP1   O  OH1   0  -0.717  16.6329  -11.1847  17.8123
 02E  OP4   O  OH1   0  -0.725  13.9691  -12.0711  17.3618
 02E  OP3   O  O2    0  -0.647  15.8009  -12.5800  16.1530
 02E  C1    C  CH3   0  -0.429  15.6446  -19.2242  18.7092
 02E  C2    C  C1    0   0.048  15.4889  -16.9037  19.1041
 02E  C4    C  CH2   0  -0.450  15.7203  -15.1256  17.3200
 02E  C5    C  CH1   0  -0.384  15.8057  -14.0534  18.3996
 02E  O2    O  O2    0  -0.452  15.4433  -18.1527  19.6058
 02E  P     P  P     0   1.576  15.4946  -12.3236  17.8073
 02E  C61   C  CR6   0   0.377  16.9692  -12.5246  15.4767
 02E  OP2   O  O2    0  -0.701  15.2204  -11.7998  19.5056
 02E  C51   C  CR6   0   0.326  14.1335  -11.9893  20.2788
 02E  C52   C  CR16  0  -0.381  13.0500  -11.1110  20.1950
 02E  C53   C  CR16  0  -0.245  11.9341  -11.2978  21.0022
 02E  C54   C  CR16  0  -0.268  11.8867  -12.3474  21.9075
 02E  C55   C  CR16  0  -0.248  12.9748  -13.2068  22.0099
 02E  C56   C  CR16  0  -0.335  14.0901  -13.0341  21.2050
 02E  N6    N  NH2   0  -0.800  17.1091  -14.0629  19.0435
 02E  C411  C  CR16  0  -0.343  16.9106  -12.0582  14.1638
 02E  C421  C  CR16  0  -0.352  18.1899  -12.9562  15.9957
 02E  C431  C  CR16  0  -0.256  19.3279  -12.9153  15.2014
 02E  C441  C  CR16  0  -0.279  19.2727  -12.4522  13.8932
 02E  C451  C  CR16  0  -0.249  18.0546  -12.0267  13.3797
 02E  HOP1  H  HOH1  0   0.485  16.7051  -10.7554  18.6751
 02E  H50   H  HOH1  0   0.491  13.3364  -11.9211  18.0779
 02E  HC11  H  HCH3  0   0.255  15.5641  -20.1412  19.2881
 02E  HC12  H  HCH3  0   0.224  14.8914  -19.2370  17.9162
 02E  HC13  H  HCH3  0   0.223  16.6344  -19.1841  18.2456
 02E  H2    H  H     0   0.247  15.3085  -16.1843  19.8962
 02E  H3    H  H     0   0.263  15.8854  -17.2928  17.0816
 02E  HC41  H  HCH2  0   0.250  16.5550  -15.0249  16.6239
 02E  HC42  H  HCH2  0   0.256  14.8154  -14.9747  16.7249
 02E  HC5   H  HCH1  0   0.247  14.9751  -14.2395  19.0943
 02E  H52   H  HCR6  0   0.287  13.0932  -10.2570  19.5277
 02E  H53   H  HCR6  0   0.262  11.1025  -10.6096  20.9237
 02E  H54   H  HCR6  0   0.258  11.0177  -12.4894  22.5360
 02E  H55   H  HCR6  0   0.262  12.9577  -14.0203  22.7235
 02E  H56   H  HCR6  0   0.264  14.9398  -13.6988  21.3091
 02E  HN6   H  HNH2  0   0.361  17.0774  -13.6015  19.9433
 02E  H441  H  HCR6  0   0.257  15.9622  -11.7245  13.7609
 02E  H451  H  HCR6  0   0.282  18.2537  -13.3275  17.0125
 02E  H461  H  HCR6  0   0.253  20.2697  -13.2514  15.6164
 02E  H47   H  HCR6  0   0.249  20.1655  -12.4224  13.2827
 02E  H48   H  HCR6  0   0.253  17.9908  -11.6622  12.3621
 02E  H1    H  HNH2  0   0.365  17.3993  -15.0176  19.2131
 02E  C3    C  C1    0  -0.360  15.7143  -16.5388  17.8418

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 02E  OP1   P     single    1.610  0.020  1.610
 02E  OP4   P     single    1.609  0.020  1.609
 02E  OP3   P     single    1.702  0.020  1.702
 02E  OP3   C61   single    1.351  0.020  1.351
 02E  C1    O2    single    1.412  0.020  1.412
 02E  C2    C3    double    1.333  0.020  1.333
 02E  C2    O2    single    1.347  0.020  1.347
 02E  C3    C4    single    1.506  0.020  1.506
 02E  C4    C5    single    1.524  0.020  1.524
 02E  C5    P     single    1.855  0.020  1.855
 02E  C5    N6    single    1.454  0.020  1.454
 02E  P     OP2   single    1.798  0.020  1.798
 02E  C61   C421  aromatic  1.395  0.020  1.395
 02E  OP2   C51   single    1.347  0.020  1.347
 02E  C51   C52   aromatic  1.397  0.020  1.397
 02E  C51   C56   aromatic  1.397  0.020  1.397
 02E  C52   C53   aromatic  1.390  0.020  1.390
 02E  C53   C54   aromatic  1.387  0.020  1.387
 02E  C54   C55   aromatic  1.390  0.020  1.390
 02E  C55   C56   aromatic  1.386  0.020  1.386
 02E  C411  C61   aromatic  1.395  0.020  1.395
 02E  C411  C451  aromatic  1.387  0.020  1.387
 02E  C421  C431  aromatic  1.388  0.020  1.388
 02E  C431  C441  aromatic  1.389  0.020  1.389
 02E  C441  C451  aromatic  1.389  0.020  1.389
 02E  OP1   HOP1  single    0.850  0.020  0.980
 02E  OP4   H50   single    0.850  0.020  0.980
 02E  C1    HC11  single    0.970  0.020  1.090
 02E  C1    HC12  single    0.970  0.020  1.090
 02E  C1    HC13  single    0.970  0.020  1.090
 02E  C2    H2    single    0.930  0.020  1.080
 02E  C3    H3    single    0.930  0.020  1.080
 02E  C4    HC41  single    0.970  0.020  1.090
 02E  C4    HC42  single    0.970  0.020  1.090
 02E  C5    HC5   single    0.970  0.020  1.090
 02E  C52   H52   single    0.930  0.020  1.080
 02E  C53   H53   single    0.930  0.020  1.080
 02E  C54   H54   single    0.930  0.020  1.080
 02E  C55   H55   single    0.930  0.020  1.080
 02E  C56   H56   single    0.930  0.020  1.080
 02E  N6    HN6   single    0.890  0.020  1.040
 02E  C411  H441  single    0.930  0.020  1.080
 02E  C421  H451  single    0.930  0.020  1.080
 02E  C431  H461  single    0.930  0.020  1.080
 02E  C441  H47   single    0.930  0.020  1.080
 02E  C451  H48   single    0.930  0.020  1.080
 02E  N6    H1    single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 02E  HOP1  OP1   P     111.69  3.000
 02E  H50   OP4   P     116.07  3.000
 02E  C61   OP3   P     129.50  3.000
 02E  HC13  C1    HC12  108.44  3.000
 02E  HC13  C1    HC11  108.88  3.000
 02E  HC12  C1    HC11  108.97  3.000
 02E  HC13  C1    O2    111.74  3.000
 02E  HC12  C1    O2    111.79  3.000
 02E  HC11  C1    O2    106.94  3.000
 02E  H2    C2    O2    109.71  3.000
 02E  H2    C2    C3    122.54  3.000
 02E  O2    C2    C3    127.75  3.000
 02E  HC42  C4    HC41  105.85  3.000
 02E  HC42  C4    C5    109.56  3.000
 02E  HC41  C4    C5    110.12  3.000
 02E  HC42  C4    C3    108.34  3.000
 02E  HC41  C4    C3    108.09  3.000
 02E  C5    C4    C3    114.51  3.000
 02E  HC5   C5    N6    113.36  3.000
 02E  HC5   C5    P     103.48  3.000
 02E  N6    C5    P     107.33  3.000
 02E  HC5   C5    C4    106.65  3.000
 02E  N6    C5    C4    111.06  3.000
 02E  P     C5    C4    114.87  3.000
 02E  C2    O2    C1    117.55  3.000
 02E  OP2   P     C5     89.75  3.000
 02E  OP2   P     OP3   171.63  3.000
 02E  C5    P     OP3    98.03  3.000
 02E  OP2   P     OP4    94.08  3.000
 02E  C5    P     OP4   113.19  3.000
 02E  OP3   P     OP4    85.71  3.000
 02E  OP2   P     OP1    84.20  3.000
 02E  C5    P     OP1   122.69  3.000
 02E  OP3   P     OP1    88.99  3.000
 02E  OP4   P     OP1   124.06  3.000
 02E  C421  C61   C411  119.38  3.000
 02E  C411  C61   OP3   116.65  3.000
 02E  C421  C61   OP3   123.91  3.000
 02E  C51   OP2   P     128.61  3.000
 02E  C56   C51   C52   119.07  3.000
 02E  C56   C51   OP2   120.71  3.000
 02E  C52   C51   OP2   120.18  3.000
 02E  H52   C52   C53   119.68  3.000
 02E  H52   C52   C51   120.06  3.000
 02E  C53   C52   C51   120.22  3.000
 02E  H53   C53   C54   120.15  3.000
 02E  H53   C53   C52   119.30  3.000
 02E  C54   C53   C52   120.55  3.000
 02E  H54   C54   C55   120.32  3.000
 02E  H54   C54   C53   120.40  3.000
 02E  C55   C54   C53   119.28  3.000
 02E  H55   C55   C56   119.29  3.000
 02E  H55   C55   C54   120.05  3.000
 02E  C56   C55   C54   120.66  3.000
 02E  H56   C56   C55   119.90  3.000
 02E  H56   C56   C51   119.87  3.000
 02E  C55   C56   C51   120.21  3.000
 02E  H1    N6    HN6   106.87  3.000
 02E  H1    N6    C5    109.71  3.000
 02E  HN6   N6    C5    111.27  3.000
 02E  H441  C411  C451  120.32  3.000
 02E  H441  C411  C61   119.35  3.000
 02E  C451  C411  C61   120.33  3.000
 02E  H451  C421  C431  119.89  3.000
 02E  H451  C421  C61   120.41  3.000
 02E  C431  C421  C61   119.69  3.000
 02E  H461  C431  C441  119.94  3.000
 02E  H461  C431  C421  118.99  3.000
 02E  C441  C431  C421  121.07  3.000
 02E  H47   C441  C451  120.44  3.000
 02E  H47   C441  C431  120.53  3.000
 02E  C451  C441  C431  119.03  3.000
 02E  H48   C451  C441  120.15  3.000
 02E  H48   C451  C411  119.36  3.000
 02E  C441  C451  C411  120.49  3.000
 02E  H3    C3    C4    114.13  3.000
 02E  H3    C3    C2    120.01  3.000
 02E  C4    C3    C2    125.83  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 02E  CONST_01  C441  C431  C421  C61      0.00   0.0  0
 02E  CONST_02  C441  C451  C411  C61      0.00   0.0  0
 02E  CONST_03  C54   C53   C52   C51      0.00   0.0  0
 02E  CONST_04  C54   C55   C56   C51      0.00   0.0  0
 02E  CONST_05  C55   C56   C51   C52      0.00   0.0  0
 02E  CONST_06  C55   C54   C53   C52      0.00   0.0  0
 02E  CONST_07  C56   C51   C52   C53      0.00   0.0  0
 02E  CONST_08  C56   C55   C54   C53      0.00   0.0  0
 02E  CONST_09  C431  C421  C61   C411     0.00   0.0  0
 02E  CONST_10  C431  C441  C451  C411     0.00   0.0  0
 02E  CONST_11  C451  C411  C61   C421     0.00   0.0  0
 02E  CONST_12  C451  C441  C431  C421     0.00   0.0  0
 02E  CONST_13  C431  C421  C61   OP3    180.00   0.0  0
 02E  CONST_14  C451  C411  C61   OP3    180.00   0.0  0
 02E  CONST_15  C53   C52   C51   OP2    180.00   0.0  0
 02E  CONST_16  C55   C56   C51   OP2    180.00   0.0  0
 02E  CONST_17  H461  C431  C421  C61    180.00   0.0  0
 02E  CONST_18  H48   C451  C411  C61    180.00   0.0  0
 02E  CONST_19  H53   C53   C52   C51    180.00   0.0  0
 02E  CONST_20  H55   C55   C56   C51    180.00   0.0  0
 02E  CONST_21  H56   C56   C51   C52    180.00   0.0  0
 02E  CONST_22  H54   C54   C53   C52    180.00   0.0  0
 02E  CONST_23  H52   C52   C53   C54    180.00   0.0  0
 02E  CONST_24  H451  C421  C61   C411   180.00   0.0  0
 02E  CONST_25  H47   C441  C451  C411   180.00   0.0  0
 02E  CONST_26  H441  C411  C61   C421   180.00   0.0  0
 02E  Var_01    C421  C61   OP3   P       36.87  30.0  2
 02E  Var_02    C52   C51   OP2   P      -84.13  30.0  2
 02E  Var_03    OP2   P     OP3   C61     70.97  30.0  3
 02E  Var_04    O2    C2    C3    C4     178.30   0.0  2
 02E  Var_05    C3    C2    O2    C1      -0.53  30.0  2
 02E  Var_06    C5    C4    C3    C2      15.29  30.0  3
 02E  Var_07    HC11  C1    O2    C2    -179.52  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 02E  chir_01  C5  C4  P  N6  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 02E  plan-1  OP3   0.020
 02E  plan-1  C61   0.020
 02E  plan-1  C411  0.020
 02E  plan-1  C421  0.020
 02E  plan-1  C431  0.020
 02E  plan-1  C441  0.020
 02E  plan-1  C451  0.020
 02E  plan-1  H441  0.020
 02E  plan-1  H451  0.020
 02E  plan-1  H461  0.020
 02E  plan-1  H47   0.020
 02E  plan-1  H48   0.020
 02E  plan-2  OP2   0.020
 02E  plan-2  C51   0.020
 02E  plan-2  C52   0.020
 02E  plan-2  C53   0.020
 02E  plan-2  C54   0.020
 02E  plan-2  C55   0.020
 02E  plan-2  C56   0.020
 02E  plan-2  H52   0.020
 02E  plan-2  H53   0.020
 02E  plan-2  H54   0.020
 02E  plan-2  H55   0.020
 02E  plan-2  H56   0.020
 02E  plan-3  C2    0.020
 02E  plan-3  C4    0.020
 02E  plan-3  O2    0.020
 02E  plan-3  H2    0.020
 02E  plan-3  H3    0.020
 02E  plan-3  C3    0.020

