from __future__ import nested_scopes, generators, division, absolute_import from __future__ import with_statement, print_function import os, sys, inspect from io import StringIO currentdir = os.path.dirname(os.path.abspath(inspect.getfile(inspect.currentframe()))) parentdir = os.path.dirname(currentdir) sys.path.insert(0, parentdir) # here, before importing suitename, is an opportunity to set command line # options and to redirect output. # sys.argv.extend(["--noinc", "--chart", "--causes"]) # sys.stdout = open("output.txt", "w") import suitename, suites, regression # The test data: # # The first portion is to test membership in every cluster. # The second portion is to test triage by out of bounds angle # for each dihedral angle. The unnecessary part of each residue is damaged so # the extra suite generated will be incomplete and will vanish. input1=u''' :1a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :1a: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.035: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1m: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 83.513: 218.120: 291.593: 180.000 :1m: : : : : Z: 292.247: 222.300: 58.067: 86.093: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1L: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 85.664: 245.014: 268.257: 180.000 :1L: : : : : Z: 303.879: 138.164: 61.950: 79.457: 9999.000: 9999.000: 180.000 :&a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 82.112: 190.682: 264.945: 180.000 :&a: : : : : Z: 295.967: 181.839: 51.455: 81.512: 9999.000: 9999.000: 180.000 :7a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 83.414: 217.400: 222.006: 180.000 :7a: : : : : Z: 302.856: 160.719: 49.097: 82.444: 9999.000: 9999.000: 180.000 :3a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 85.072: 216.324: 173.276: 180.000 :3a: : : : : Z: 289.320: 164.132: 45.876: 84.956: 9999.000: 9999.000: 180.000 :9a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 83.179: 210.347: 121.474: 180.000 :9a: : : : : Z: 288.568: 157.268: 49.347: 81.047: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1g: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 80.888: 218.636: 290.735: 180.000 :1g: : : : : Z: 167.447: 159.565: 51.326: 85.213: 9999.000: 9999.000: 180.000 :7d: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 83.856: 238.750: 256.875: 180.000 :7d: : : : : Z: 69.562: 170.200: 52.800: 85.287: 9999.000: 9999.000: 180.000 :3d: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 85.295: 244.085: 203.815: 180.000 :3d: : : : : Z: 65.880: 181.130: 54.680: 86.035: 9999.000: 9999.000: 180.000 :5d: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 79.671: 202.471: 63.064: 180.000 :5d: : : : : Z: 68.164: 143.450: 49.664: 82.757: 9999.000: 9999.000: 180.000 :3g: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 84.000: 195.000: 146.000: 180.000 :3g: : : : : Z: 170.000: 170.000: 52.000: 84.000: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1e: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 80.514: 200.545: 280.510: 180.000 :1e: : : : : Z: 249.314: 82.662: 167.890: 85.507: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1c: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 80.223: 196.591: 291.299: 180.000 :1c: : : : : Z: 153.060: 194.379: 179.061: 83.648: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1f: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 81.395: 203.030: 294.445: 180.000 :1f: : : : : Z: 172.195: 138.540: 175.565: 84.470: 9999.000: 9999.000: 180.000 :5j: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 87.417: 223.558: 80.175: 180.000 :5j: : : : : Z: 66.667: 109.150: 176.475: 83.833: 9999.000: 9999.000: 180.000 :5n: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 86.055: 246.502: 100.392: 180.000 :5n: : : : : Z: 73.595: 213.752: 183.395: 85.483: 9999.000: 9999.000: 180.000 :!!: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 0.000: 0.000: 0.000: 0.000 :!!: : : : : Z: 0.000: 0.000: 0.000: 0.000: 9999.000: 9999.000: 0.000 :1b: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 84.215: 215.014: 288.672: 180.000 :1b: : : : : Z: 300.420: 177.476: 58.307: 144.841: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1[: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 82.731: 220.463: 288.665: 180.000 :1[: : : : : Z: 296.983: 221.654: 54.213: 143.771: 9999.000: 9999.000: 180.000 :3b: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 84.700: 226.400: 168.336: 180.000 :3b: : : : : Z: 292.771: 177.629: 48.629: 147.950: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1z: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 83.358: 206.042: 277.567: 180.000 :1z: : : : : Z: 195.700: 161.600: 50.750: 145.258: 9999.000: 9999.000: 180.000 :5z: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 82.614: 206.440: 52.524: 180.000 :5z: : : : : Z: 163.669: 148.421: 50.176: 147.590: 9999.000: 9999.000: 180.000 :7p: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 84.285: 236.600: 220.400: 180.000 :7p: : : : : Z: 68.300: 200.122: 53.693: 145.730: 9999.000: 9999.000: 180.000 :5p: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 84.457: 213.286: 69.086: 180.000 :5p: : : : : Z: 75.500: 156.671: 57.486: 147.686: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1t: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 81.200: 199.243: 288.986: 180.000 :1t: : : : : Z: 180.286: 194.743: 178.200: 147.386: 9999.000: 9999.000: 180.000 :5q: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 82.133: 204.933: 69.483: 180.000 :5q: : : : : Z: 63.417: 115.233: 176.283: 145.733: 9999.000: 9999.000: 180.000 :1o: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 83.977: 216.508: 287.192: 180.000 :1o: : : : : Z: 297.254: 225.154: 293.738: 150.677: 9999.000: 9999.000: 180.000 :7r: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 84.606: 232.856: 248.125: 180.000 :7r: : : : : Z: 63.269: 181.975: 295.744: 149.744: 9999.000: 9999.000: 180.000 :5r: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 83.000: 196.900: 65.350: 180.000 :5r: : : : : Z: 60.150: 138.425: 292.550: 154.275: 9999.000: 9999.000: 180.000 :2a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 145.399: 260.339: 288.756: 180.000 :2a: : : : : Z: 288.444: 192.733: 53.097: 84.067: 9999.000: 9999.000: 180.000 :4a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 146.275: 259.783: 169.958: 180.000 :4a: : : : : Z: 298.450: 169.583: 50.908: 83.967: 9999.000: 9999.000: 180.000 :0a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 149.286: 223.159: 139.421: 180.000 :0a: : : : : Z: 284.559: 158.107: 47.900: 84.424: 9999.000: 9999.000: 180.000 :#a: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 148.006: 191.944: 146.231: 180.000 :#a: : : : : Z: 289.288: 150.781: 42.419: 84.956: 9999.000: 9999.000: 180.000 :4g: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 148.028: 256.922: 165.194: 180.000 :4g: : : : : Z: 204.961: 165.194: 49.383: 82.983: 9999.000: 9999.000: 180.000 :6g: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 145.337: 262.869: 79.588: 180.000 :6g: : : : : Z: 203.863: 189.688: 58.000: 84.900: 9999.000: 9999.000: 180.000 :8d: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 148.992: 270.596: 240.892: 180.000 :8d: : : : : Z: 62.225: 176.271: 53.600: 87.262: 9999.000: 9999.000: 180.000 :4d: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 149.822: 249.956: 187.678: 180.000 :4d: : : : : Z: 80.433: 198.133: 61.000: 89.378: 9999.000: 9999.000: 180.000 :6d: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 146.922: 241.222: 88.894: 180.000 :6d: : : : : Z: 59.344: 160.683: 52.333: 83.417: 9999.000: 9999.000: 180.000 :2g: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 141.900: 258.383: 286.517: 180.000 :2g: : : : : Z: 178.267: 165.217: 48.350: 84.783: 9999.000: 9999.000: 180.000 :2h: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 147.782: 260.712: 290.424: 180.000 :2h: : : : : Z: 296.200: 177.282: 175.594: 86.565: 9999.000: 9999.000: 180.000 :4n: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 143.722: 227.256: 203.789: 180.000 :4n: : : : : Z: 73.856: 216.733: 194.444: 80.911: 9999.000: 9999.000: 180.000 :0i: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 148.717: 274.683: 100.283: 180.000 :0i: : : : : Z: 80.600: 248.133: 181.817: 82.600: 9999.000: 9999.000: 180.000 :6n: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 150.311: 268.383: 84.972: 180.000 :6n: : : : : Z: 63.811: 191.483: 176.644: 85.600: 9999.000: 9999.000: 180.000 :6j: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 141.633: 244.100: 66.056: 180.000 :6j: : : : : Z: 71.667: 122.167: 182.200: 83.622: 9999.000: 9999.000: 180.000 :0k: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 149.070: 249.780: 111.520: 180.000 :0k: : : : : Z: 278.370: 207.780: 287.820: 86.650: 9999.000: 9999.000: 180.000 :2[: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 146.383: 259.402: 291.275: 180.000 :2[: : : : : Z: 291.982: 210.048: 54.412: 147.760: 9999.000: 9999.000: 180.000 :4b: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 145.256: 244.622: 162.822: 180.000 :4b: : : : : Z: 294.159: 171.630: 45.900: 145.804: 9999.000: 9999.000: 180.000 :0b: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 147.593: 248.421: 112.086: 180.000 :0b: : : : : Z: 274.943: 164.764: 56.843: 146.264: 9999.000: 9999.000: 180.000 :4p: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 150.077: 260.246: 213.785: 180.000 :4p: : : : : Z: 71.900: 207.638: 56.715: 148.131: 9999.000: 9999.000: 180.000 :6p: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 146.415: 257.831: 89.597: 180.000 :6p: : : : : Z: 67.923: 173.051: 55.513: 147.623: 9999.000: 9999.000: 180.000 :2z: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 142.900: 236.550: 268.800: 180.000 :2z: : : : : Z: 180.783: 185.133: 54.467: 143.350: 9999.000: 9999.000: 180.000 :4s: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 149.863: 247.562: 170.488: 180.000 :4s: : : : : Z: 277.938: 84.425: 176.413: 148.087: 9999.000: 9999.000: 180.000 :2u: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 143.940: 258.200: 298.240: 180.000 :2u: : : : : Z: 279.640: 183.680: 183.080: 145.120: 9999.000: 9999.000: 180.000 :2o: : : : : Z: 9999.000: 9999.000: 9999.000: 147.342: 256.475: 295.508: 180.000 :2o: : : : : Z: 287.408: 194.525: 293.725: 150.458: 9999.000: 9999.000: 180.000 :epsilon: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 154.000: 288.831: 180.000 :epsilon: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :alpha: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :alpha: : : : : Z: 24.000: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :beta: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :beta: : : : : Z: 294.967: 49.000: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :zeta: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 24.000: 180.000 :zeta: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :delta-1: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 59.000: 212.250: 288.831: 180.000 :delta-1: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :gamma: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :gamma: : : : : Z: 294.967: 173.990: 139.000: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :delta: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 81.495: 212.250: 288.831: 180.000 :delta: : : : : Z: 294.967: 173.990: 53.550: 59.000: 212.250: 288.831: 180.000 ''' # A manually selected group of test cases from real files # designed to test each code path through membership(). The first residue from # each pair has intentionally been damaged so that it will not produce separate # output from a report. We use the causes option to illustrate what code path # is being used. input2 = u'''2xLk:1: C: 11: : : G:__?__:__?__:__?__:81.132:-127.583:-70.677 2xLk:1: C: 12: : : U:169.008:153.891:51.391:80.277:-135.347:-70.614 3cgp:1: B: 19: : : U:__?__:__?__:__?__:82.839:-147.528:-179.087 3cgp:1: B: 20: : : A:139.983:-154.445:63.134:88.055:-145.599:70.874 4pco:1: B: 3: : : U:__?__:__?__:__?__:77.659:-165.227:-68.525 4pco:1: B: 4: : : G:151.914:-179.903:176.058:83.039:-148.171:-66.728 5b2q:1: B: 62: : : G:__?__:__?__:__?__:83.537:-131.816:-116.417 5b2q:1: B: 63: : : U:-69.320:-146.615:47.107:147.038:-148.815:45.665 6gc5:1: F: 2: : : U:__?__:__?__:__?__:144.610:-116.227:152.694 6gc5:1: F: 3: : : U:-66.167:162.580:41.697:145.644:-122.673:127.881 3bns:1: A: 21: : : C:__?__:__?__:__?__:76.224:-166.174:-73.594 3bns:1: A: 22: : : G:150.784:-158.788:175.706:87.605:-146.172:-63.516 3gm7:1: H: 5: : : U:__?__:__?__:__?__:68.910:-153.989:-56.381 3gm7:1: H: 6: : : G:-105.747:164.057:92.120:74.597:-150.523:-79.724 6qit:1: A: 2: : : C:__?__:__?__:__?__:82.169:-138.695:-63.417 6qit:1: A: 3: : : A:-71.504:-131.618:54.061:144.409:-95.827:-140.754 3rer:1: K: 7: : : U:__?__:__?__:__?__:87.510:-99.276:-118.108 3rer:1: K: 8: : : A:-66.924:-158.118:48.287:81.250:__?__:__?__ 3diL:1: A: 59: : : C:__?__:__?__:__?__:80.668:-145.667:-36.026 3diL:1: A: 60: : : G:-143.441:115.188:149.951:86.379:-141.567:-69.901 5ho4:1: B: 3: : : G:__?__:__?__:__?__:160.213:-123.685:-174.677 5ho4:1: B: 4: : : G:-107.676:163.883:39.081:85.911:-157.392:-71.638 4mcf:1: E: 4: : : U:__?__:__?__:__?__:78.239:-156.881:-70.399 4mcf:1: E: 5: : : G:-91.794:163.594:87.552:70.675:-141.886:-72.556 3pdr:1: A: 59: : : C:__?__:__?__:__?__:80.441:-149.674:-76.690 3pdr:1: A: 60: : : A:-62.415:171.383:47.537:79.461:-145.680:-71.359 3gm7:1: G: 1: : : C:__?__:__?__:__?__:84.065:-128.784:-61.905 3gm7:1: G: 2: : : U:-76.914:-166.398:55.279:74.218:-157.766:-64.720 6h0r:1: B: 15: : : U:__?__:__?__:__?__:83.971:-122.349:-103.636 6h0r:1: B: 16: : : U:-30.804:145.657:33.314:81.109:-141.719:-75.527 2zko:1: C: 13: : : G:__?__:__?__:__?__:76.629:-150.027:-67.298 2zko:1: C: 14: : : C:-70.016:164.567:71.735:76.499:-160.106:-73.474 3pdr:1: X: 138: : : U:__?__:__?__:__?__:77.324:-177.192:-105.412 3pdr:1: X: 139: : : A:-46.950:179.570:49.599:71.442:-143.233:-61.461 4jah:1: B: 10: : : U:__?__:__?__:__?__:85.890:-164.804:-95.055 4jah:1: B: 11: : : G:-64.134:178.767:49.773:77.067:-152.496:-70.128 3diL:1: A: 13: : : C:__?__:__?__:__?__:135.303:-125.074:-69.725 3diL:1: A: 14: : : G:75.452:147.741:32.719:83.048:-146.012:-75.223 3pdr:1: X: 132: : : U:__?__:__?__:__?__:77.469:-157.795:-115.458 3pdr:1: X: 133: : : U:47.309:136.943:-25.259:83.460:-150.210:-61.763 ''' output1=''' :1a: : : : : Z 33 p 1a 1.000 :1m: : : : : Z 33 p 1m 1.000 :1L: : : : : Z 33 p 1L 1.000 :&a: : : : : Z 33 p &a 1.000 :7a: : : : : Z 33 p 7a 1.000 :3a: : : : : Z 33 p 3a 1.000 :9a: : : : : Z 33 p 9a 1.000 :1g: : : : : Z 33 p 1g 1.000 :7d: : : : : Z 33 p 7d 1.000 :3d: : : : : Z 33 p 3d 1.000 :5d: : : : : Z 33 p 5d 1.000 :3g: : : : : Z 33 p 3g 1.000 wannabe :1e: : : : : Z 33 t 1e 1.000 :1c: : : : : Z 33 t 1c 1.000 :1f: : : : : Z 33 t 1f 1.000 :5j: : : : : Z 33 t 5j 1.000 :5n: : : : : Z 33 t 5n 1.000 wannabe :!!: : : : : Z trig !! 0.000 epsilon-1 :1b: : : : : Z 32 p 1b 1.000 :1[: : : : : Z 32 p 1[ 1.000 :3b: : : : : Z 32 p 3b 1.000 :1z: : : : : Z 32 p 1z 1.000 :5z: : : : : Z 32 p 5z 1.000 :7p: : : : : Z 32 p 7p 1.000 :5p: : : : : Z 32 p 5p 1.000 wannabe :1t: : : : : Z 32 t 1t 1.000 :5q: : : : : Z 32 t 5q 1.000 :1o: : : : : Z 32 m 1o 1.000 :7r: : : : : Z 32 m 7r 1.000 :5r: : : : : Z 32 m 5r 1.000 wannabe :2a: : : : : Z 23 p 2a 1.000 :4a: : : : : Z 23 p 4a 1.000 :0a: : : : : Z 23 p 0a 1.000 :#a: : : : : Z 23 p #a 1.000 :4g: : : : : Z 23 p 4g 1.000 :6g: : : : : Z 23 p 6g 1.000 :8d: : : : : Z 23 p 8d 1.000 :4d: : : : : Z 23 p 4d 1.000 :6d: : : : : Z 23 p 6d 1.000 :2g: : : : : Z 23 p 2g 1.000 wannabe :2h: : : : : Z 23 t 2h 1.000 :4n: : : : : Z 23 t 4n 1.000 :0i: : : : : Z 23 t 0i 1.000 :6n: : : : : Z 23 t 6n 1.000 :6j: : : : : Z 23 t 6j 1.000 :0k: : : : : Z 23 m 0k 1.000 wannabe :2[: : : : : Z 22 p 2[ 1.000 :4b: : : : : Z 22 p 4b 1.000 :0b: : : : : Z 22 p 0b 1.000 :4p: : : : : Z 22 p 4p 1.000 :6p: : : : : Z 22 p 6p 1.000 :2z: : : : : Z 22 p 2z 1.000 wannabe :4s: : : : : Z 22 t 4s 1.000 :2u: : : : : Z 22 t 2u 1.000 wannabe :2o: : : : : Z 22 m 2o 1.000 :epsilon: : : : : Z trig !! 0.000 epsilon-1 :alpha: : : : : Z 33 p 1a 0.999 :alpha: : : : : Z trig !! 0.000 alpha :beta: : : : : Z 33 p 1a 0.999 :beta: : : : : Z trig !! 0.000 beta :zeta: : : : : Z 33 p 1a 0.999 :zeta: : : : : Z trig !! 0.000 zeta-1 :delta-1: : : : : Z trig !! 0.000 delta :delta-1: : : : : Z trig !! 0.000 delta-1 :gamma: : : : : Z 33 p 1a 0.999 :gamma: : : : : Z trig !! 0.000 gamma :delta: : : : : Z 33 p 1a 0.999 :delta: : : : : Z trig !! 0.000 delta ''' output2 = '''2xLk:1: C: 12: : : U 33 p 1g 0.839 1-only-one 3cgp:1: B: 20: : : A 33 p 3g 0.040 1-only-one wannabe 4pco:1: B: 4: : : G 33 t 1c 0.890 2-BETWEEN-dom-sat( 0.22| 0.913) 5b2q:1: B: 63: : : U 32 p 1[ 0.072 2-BETWEEN-dom-sat( 0.941| 0.829) 6gc5:1: F: 3: : : U 22 p 4b 0.889 2-None-dom 3bns:1: A: 22: : : G 33 t 1c 0.901 2-OUTSIDE-dom 3gm7:1: H: 6: : : G 33 p !! 0.000 7D dist 1a 6qit:1: A: 3: : : A 32 p 1[ 0.899 2-OUTSIDE-sat 3rer:1: K: 8: : : A 33 p 7a 0.047 2-None-dom 3diL:1: A: 60: : : G 33 t !! 0.000 7D dist 1e 5ho4:1: B: 4: : : G 23 p !! 0.000 7D dist 4a 4mcf:1: E: 5: : : G 33 p !! 0.000 7D dist 1a 3pdr:1: A: 60: : : A 33 p 1a 0.916 4-BETWEEN-dom-sat( 0.1| 1.2) 3gm7:1: G: 2: : : U 33 p 1a 0.589 4-BETWEEN-dom-sat( 0.428| 0.904) 6h0r:1: B: 16: : : U 33 p 1L 0.033 4-BETWEEN-dom-sat( 0.862| 0.655) 2zko:1: C: 14: : : C 33 p 1a 0.444 4-OUTSIDE-dom 3pdr:1: X: 139: : : A 33 p &a 0.555 4-OUTSIDE-sat 4jah:1: B: 11: : : G 33 p &a 0.912 5-BETWEEN-dom-sat( 0.442| 0.226) 3diL:1: A: 14: : : G 23 p !! 0.000 outlier distance 1.01 3pdr:1: X: 133: : : U 33 m !! 0.000 vacant bin ''' def test(input, canonicalOutput, options, identity): opt = suites.parseOptions(options) stream = StringIO(input) outFile=StringIO() suitename.clearStats() suitename.main(stream, outFile=outFile, optionsIn=opt) suitename.clearStats() output = outFile.getvalue() assert output.strip() == canonicalOutput.strip(), identity def testAll(): test(input1, output1, "chart=true noinc=true", "cluster and triage test") test(input2, output2, "chart=true noinc=true causes=true", "code paths test") test(regression.in_1ehz, regression.out_1ehz, "", "1ehz regression test") # Not normally used, but useful for diagnosing failures def testVerbose(input, canonicalOutput, options, identity): opt = suites.parseOptions(options) stream = StringIO(input) outFile=StringIO("") suitename.clearStats() suitename.main(stream, outFile=outFile, optionsIn=opt) output = outFile.getvalue() if output.strip() == canonicalOutput.strip(): result = True sys.stderr.write("Success\n") else: result = False sys.stderr.write("Failed\n") sys.stderr.write("========================================\n") sys.stderr.write(canonicalOutput.strip()) sys.stderr.write("\n\n=========================================\n") sys.stderr.write(output.strip()) out2 = open("UnitTest-output.txt", "w") out2.write(output.strip()) out2.close() return result testAll()