#include <vector>
#include <scitbx/array_family/shared.h>
#include <scitbx/array_family/versa.h>
#include <scitbx/array_family/accessors/c_grid.h>

namespace mmtbx {
namespace alignment {

const short dayhoff_mdm78[] = {
   18,-20,  3,  3,-35, 13,-14, -5,-12,-19,-11,  2, 11, -4,-15, 11, 12,  2,-58,-35,
  -20,119,-51,-53,-43,-34,-34,-23,-54,-60,-52,-36,-28,-54,-36,  0,-22,-19,-78,  3,
    3,-51, 39, 34,-56,  6,  7,-24,  1,-40,-26, 21,-10, 16,-13,  3, -1,-21,-68,-43,
    3,-53, 34, 38,-54,  2,  7,-20, -1,-34,-21, 14, -6, 25,-11,  0, -4,-18,-70,-43,
  -35,-43,-56,-54, 91,-48,-18, 10,-53, 18,  2,-35,-46,-47,-45,-32,-31,-12,  4, 70,
   13,-34,  6,  2,-48, 48,-21,-26,-17,-41,-28,  3, -5,-12,-26, 11,  0,-14,-70,-52,
  -14,-34,  7,  7,-18,-21, 65,-24,  0,-21,-21, 16, -2, 29, 16, -8,-13,-22,-28, -1,
   -5,-23,-24,-20, 10,-26,-24, 45,-19, 24, 22,-18,-20,-20,-20,-14,  1, 37,-51, -9,
  -12,-54,  1, -1,-53,-17,  0,-19, 47,-29,  4, 10,-11,  7, 34, -2,  0,-24,-35,-44,
  -19,-60,-40,-34, 18,-41,-21, 24,-29, 59, 37,-29,-25,-18,-30,-28,-17, 19,-18, -9,
  -11,-52,-26,-21,  2,-28,-21, 22,  4, 37, 64,-17,-21,-10, -4,-16, -6, 18,-42,-24,
    2,-36, 21, 14,-35,  3, 16,-18, 10,-29,-17, 20, -5,  8,  0,  7,  4,-17,-42,-21,
   11,-28,-10, -6,-46, -5, -2,-20,-11,-25,-21, -5, 59,  2, -2,  9,  3,-12,-56,-49,
   -4,-54, 16, 25,-47,-12, 29,-20,  7,-18,-10,  8,  2, 40, 13, -5, -8,-19,-48,-40,
  -15,-36,-13,-11,-45,-26, 16,-20, 34,-30, -4,  0, -2, 13, 61, -3, -9,-25, 22,-42,
   11,  0,  3,  0,-32, 11, -8,-14, -2,-28,-16,  7,  9, -5, -3, 16, 13,-10,-25,-28,
   12,-22, -1, -4,-31,  0,-13,  1,  0,-17, -6,  4,  3, -8, -9, 13, 26,  3,-52,-27,
    2,-19,-21,-18,-12,-14,-22, 37,-24, 19, 18,-17,-12,-19,-25,-10,  3, 43,-62,-25,
  -58,-78,-68,-70,  4,-70,-28,-51,-35,-18,-42,-42,-56,-48, 22,-25,-52,-62,173, -2,
  -35,  3,-43,-43, 70,-52, -1, -9,-44, -9,-24,-21,-49,-40,-42,-28,-27,-25, -2,101,
};

const short blosum50[] = {
   5,-2,-1,-2,-1,-3, 0,-2,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-2, 1, 0, 0,-3,-1,-2,-1,
  -2, 5,-3, 5, 1,-4,-1, 0,-4, 0,-4,-3, 4,-2, 0,-1, 0, 0,-4,-5,-1,-3, 2,
  -1,-3,13,-4,-3,-2,-3,-3,-2,-3,-2,-2,-2,-4,-3,-4,-1,-1,-1,-5,-2,-3,-3,
  -2, 5,-4, 8, 2,-5,-1,-1,-4,-1,-4,-4, 2,-1, 0,-2, 0,-1,-4,-5,-1,-3, 1,
  -1, 1,-3, 2, 6,-3,-3, 0,-4, 1,-3,-2, 0,-1, 2, 0,-1,-1,-3,-3,-1,-2, 5,
  -3,-4,-2,-5,-3, 8,-4,-1, 0,-4, 1, 0,-4,-4,-4,-3,-3,-2,-1, 1,-2, 4,-4,
   0,-1,-3,-1,-3,-4, 8,-2,-4,-2,-4,-3, 0,-2,-2,-3, 0,-2,-4,-3,-2,-3,-2,
  -2, 0,-3,-1, 0,-1,-2,10,-4, 0,-3,-1, 1,-2, 1, 0,-1,-2,-4,-3,-1, 2, 0,
  -1,-4,-2,-4,-4, 0,-4,-4, 5,-3, 2, 2,-3,-3,-3,-4,-3,-1, 4,-3,-1,-1,-3,
  -1, 0,-3,-1, 1,-4,-2, 0,-3, 6,-3,-2, 0,-1, 2, 3, 0,-1,-3,-3,-1,-2, 1,
  -2,-4,-2,-4,-3, 1,-4,-3, 2,-3, 5, 3,-4,-4,-2,-3,-3,-1, 1,-2,-1,-1,-3,
  -1,-3,-2,-4,-2, 0,-3,-1, 2,-2, 3, 7,-2,-3, 0,-2,-2,-1, 1,-1,-1, 0,-1,
  -1, 4,-2, 2, 0,-4, 0, 1,-3, 0,-4,-2, 7,-2, 0,-1, 1, 0,-3,-4,-1,-2, 0,
  -1,-2,-4,-1,-1,-4,-2,-2,-3,-1,-4,-3,-2,10,-1,-3,-1,-1,-3,-4,-2,-3,-1,
  -1, 0,-3, 0, 2,-4,-2, 1,-3, 2,-2, 0, 0,-1, 7, 1, 0,-1,-3,-1,-1,-1, 4,
  -2,-1,-4,-2, 0,-3,-3, 0,-4, 3,-3,-2,-1,-3, 1, 7,-1,-1,-3,-3,-1,-1, 0,
   1, 0,-1, 0,-1,-3, 0,-1,-3, 0,-3,-2, 1,-1, 0,-1, 5, 2,-2,-4,-1,-2, 0,
   0, 0,-1,-1,-1,-2,-2,-2,-1,-1,-1,-1, 0,-1,-1,-1, 2, 5, 0,-3, 0,-2,-1,
   0,-4,-1,-4,-3,-1,-4,-4, 4,-3, 1, 1,-3,-3,-3,-3,-2, 0, 5,-3,-1,-1,-3,
  -3,-5,-5,-5,-3, 1,-3,-3,-3,-3,-2,-1,-4,-4,-1,-3,-4,-3,-3,15,-3, 2,-2,
  -1,-1,-2,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1, 0,-1,-3,-1,-1,-1,
  -2,-3,-3,-3,-2, 4,-3, 2,-1,-2,-1, 0,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-1, 2,-1, 8,-2,
  -1, 2,-3, 1, 5,-4,-2, 0,-3, 1,-3,-1, 0,-1, 4, 0, 0,-1,-3,-2,-1,-2, 5,
};

const short blosum62[] = {
   4,  0, -2, -1, -2,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1,  1,  0,  0, -3, -2,
   0,  9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -3, -1, -1, -3, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -2,
  -2, -3,  6,  2, -3, -1, -1, -3, -1, -4, -3,  1, -1,  0, -2,  0, -1, -3, -4, -3,
  -1, -4,  2,  5, -3, -2,  0, -3,  1, -3, -2,  0, -1,  2,  0,  0, -1, -2, -3, -2,
  -2, -2, -3, -3,  6, -3, -1,  0, -3,  0,  0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1,  1,  3,
   0, -3, -1, -2, -3,  6, -2, -4, -2, -4, -3,  0, -2, -2, -2,  0, -2, -3, -2, -3,
  -2, -3, -1,  0, -1, -2,  8, -3, -1, -3, -2,  1, -2,  0,  0, -1, -2, -3, -2,  2,
  -1, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4, -3,  2,  1, -3, -3, -3, -3, -2, -1,  3, -3, -1,
  -1, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3,  5, -2, -1,  0, -1,  1,  2,  0, -1, -2, -3, -2,
  -1, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2, -2,  4,  2, -3, -3, -2, -2, -2, -1,  1, -2, -1,
  -1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1, -1,  2,  5, -2, -2,  0, -1, -1, -1,  1, -1, -1,
  -2, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3,  0, -3, -2,  6, -2,  0,  0,  1,  0, -3, -4, -2,
  -1, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2,  7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -3,
  -1, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3,  1, -2,  0,  0, -1,  5,  1,  0, -1, -2, -2, -1,
  -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -1,  0, -2,  1,  5, -1, -1, -3, -3, -2,
   1, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2,  0, -2, -1,  1, -1,  0, -1,  4,  1, -2, -3, -2,
   0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1,  0, -1, -1, -1,  1,  5,  0, -2, -2,
   0, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3, -2,  1,  1, -3, -2, -2, -3, -2,  0,  4, -3, -1,
  -3, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11,  2,
  -2, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1,  2,  7,
};

scitbx::af::const_ref<short, scitbx::af::c_grid<2> > dayhoff_mdm78_similarity_scores(dayhoff_mdm78, 20, 20);
scitbx::af::const_ref<short, scitbx::af::c_grid<2> > blosum50_similarity_scores(blosum50, 23, 23);
scitbx::af::const_ref<short, scitbx::af::c_grid<2> > blosum62_similarity_scores(blosum62, 20, 20);

}}