B ‰°b;ã@s<dZddlmZmZddlmZGdd„deƒZdd„ZdS) zParsing AlignACE output files.é)ÚMotifÚ Instances)ÚSeqc@seZdZdZdd„ZdS)ÚRecordz*AlignACE record (subclass of Python list).cCs d|_dS)zInitialize the class.N)Ú parameters)Úself©rú2lib/python3.7/site-packages/Bio/motifs/alignace.pyÚ__init__szRecord.__init__N)Ú__name__Ú __module__Ú __qualname__Ú__doc__r rrrr rsrc CsÆtƒ}t|ƒ}| ¡|_t|ƒ}| ¡|_d}d}xŒ|D]‚}| ¡}|dkrRq:|dd…dkrji|_q:|ddkr’| d¡d}|j |¡q:d |krÄ| d ¡\}}| ¡}| ¡}||j|<q:|dd …d krÜg|_q:|dd …d kr| ¡}|dd kst ‚t |dƒ}g} q:|dd …dkrnd} t | | ƒ} t | | ƒ} t | ¡dƒ| _|| _|| _| | ¡q:t| d¡ƒdkr t| d¡dƒ} |  | ¡q:d|kr¶| d¡}q:t|ƒ‚q:W|S)z3Parse an AlignACE format handle as a Record object.NÚéZPararú#ú éú=éZInputréZMAPZACGTéÿÿÿÿÚ*z )rÚnextÚstripÚversionZcommandrÚsplitÚ sequencesÚappendÚAssertionErrorÚintrrÚfloatZscoreÚnumberÚmaskÚlenrÚ ValueError) ZhandleÚrecordÚliner#r"Zseq_nameZpar_nameZ par_valueZwordsZ instancesZalphabetZmotifÚseqrrr ÚreadsV            r)N) rZ Bio.motifsrrZBio.SeqrÚlistrr)rrrr Ús