for i in /data/images/proton2/external/Apidianakis/run362/bam-files/*.sorted.bam
do
    echo $i
	     /data/results/tools/rnaseq/subread/subread-1.5.2-source/bin/featureCounts  -t gene -g Name  -T $CPUS -a $GTF -o $i".cnt" $i &> $i".cntlog"
	     cat $i".cnt" | cut -f1,7- | sed 1d > $i".mx"
done

/data/results/tools/rnaseq/subread/subread-1.5.2-source/bin/featureCounts  -t gene -g Name  -T $CPUS -a $GTF -o all.cnt YAbR10-OD1-MTB-1.bam.sorted.bam    YAbR18-OD1-PACS2-3.bam.sorted.bam  YAbR24-OD3-C3719-3.bam.sorted.bam  YAbR32-OD3-PA14-2.bam.sorted.bam   YAbR4-OD1-C3719-1.bam.sorted.bam YAbR11-OD1-MTB-2.bam.sorted.bam    YAbR1-OD1-B133-1.bam.sorted.bam    YAbR25-OD3-CF5-1.bam.sorted.bam    YAbR33-OD3-PA14-3.bam.sorted.bam   YAbR5r-OD1-C3719-.bam.sorted.bam YAbR13-OD1-PA14-.bam.sorted.bam    YAbR20r-OD3-B133-2.bam.sorted.bam  YAbR27-OD3-CF5-.bam.sorted.bam     YAbR34r-OD3-PACS2-.bam.sorted.bam  YAbR8-OD1-CF5-2.bam.sorted.bam  YAbR14-OD1-PA14-.bam.sorted.bam    YAbR21-OD3-B133-3.bam.sorted.bam   YAbR28r-OD3-MTB-1.bam.sorted.bam   YAbR36-OD3-PACS2-3.bam.sorted.bam  YAbR9-OD1-CF5-3.bam.sorted.bam YAbR17-OD1-PACS2-2.bam.sorted.bam  YAbR22-OD3-C3719-1.bam.sorted.bam  YAbR30-OD3-MTB-3.bam.sorted.bam    YAbR3-OD1-B133-3.bam.sorted.bam &> all.log