@HD	VN:1.0	SO:coordinate
@SQ	SN:chr1	LN:197195432
@SQ	SN:chr10	LN:129993255
@SQ	SN:chr11	LN:121843856
@SQ	SN:chr12	LN:121257530
@SQ	SN:chr13	LN:120284312
@SQ	SN:chr14	LN:125194864
@SQ	SN:chr15	LN:103494974
@SQ	SN:chr16	LN:98319150
@SQ	SN:chr17	LN:95272651
@SQ	SN:chr18	LN:90772031
@SQ	SN:chr19	LN:61342430
@SQ	SN:chr2	LN:181748087
@SQ	SN:chr3	LN:159599783
@SQ	SN:chr4	LN:155630120
@SQ	SN:chr5	LN:152537259
@SQ	SN:chr6	LN:149517037
@SQ	SN:chr7	LN:152524553
@SQ	SN:chr8	LN:131738871
@SQ	SN:chr9	LN:124076172
@SQ	SN:chrM	LN:16299
@SQ	SN:chrX	LN:166650296
@SQ	SN:chrY	LN:15902555
@PG	ID:TopHat	VN:1.4.0	CL:/data/results/tools/align/tophat-1.4.0.Linux_x86_64/tophat -p 10 -n 2 -o wt0hrep1d -G /data/results/reference/mmu/Mus_musculus.NCBIM37.64-toMM9.gtf -C /data/results/reference/mmu/mm9/bowtie1/mm9c ../fastq/0hrep1b.fastq