@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:chr10	LN:129993255
@SQ	SN:chr11	LN:121843856
@SQ	SN:chr12	LN:121257530
@SQ	SN:chr13	LN:120284312
@SQ	SN:chr14	LN:125194864
@SQ	SN:chr15	LN:103494974
@SQ	SN:chr16	LN:98319150
@SQ	SN:chr17	LN:95272651
@SQ	SN:chr18	LN:90772031
@SQ	SN:chr19	LN:61342430
@SQ	SN:chr1	LN:197195432
@SQ	SN:chr2	LN:181748087
@SQ	SN:chr3	LN:159599783
@SQ	SN:chr4	LN:155630120
@SQ	SN:chr5	LN:152537259
@SQ	SN:chr6	LN:149517037
@SQ	SN:chr7	LN:152524553
@SQ	SN:chr8	LN:131738871
@SQ	SN:chr9	LN:124076172
@SQ	SN:chrM	LN:16299
@SQ	SN:chrX	LN:166650296
@SQ	SN:chrY	LN:15902555
@PG	ID:Bowtie	VN:0.12.9	CL:"/data/results/tools/align/bowtie-0.12.9/bowtie /data/results/reference/mmu/mm9/bowtie1/mm9c -C -v 2 -m 10 --best --strata -S -f 2hrep2filt2_T_F3.csfasta.coll --quiet"
120-3	0	chr18	68851843	255	48M	*	0	0	CGATCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGAAGCCCGGCTCG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
286-2	16	chr5	22774270	255	48M	*	0	0	TGGTGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
541-2	0	chr17	7472795	255	48M	*	0	0	CCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACACAAC	qqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
172931-1	16	chr3	136376844	255	48M	*	0	0	AAGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
216733-1	16	chr14	105115100	255	48M	*	0	0	GAGCCGGGCTTCTTACCCATTTAAAGTTTGAGAATAGGTTGAGATCGT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqq!!qq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
274521-1	16	chr5	112787656	255	48M	*	0	0	ACTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTG	qqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
315955-1	0	chr17	71313012	255	48M	*	0	0	GACAGGTTAGTTTTACCCTACTGATGATGTGTTGTTGCCATGGTAATC	qqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
780450-1	16	chr12	111097770	255	48M	*	0	0	GGTGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG	qqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
802474-1	0	chr12	18089567	255	48M	*	0	0	TTCCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAC	qqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
914324-1	16	chr2	138126344	255	48M	*	0	0	TTCAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACACA	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!q!!qqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
1054863-1	0	chr15	13156381	255	48M	*	0	0	ACCACCACCACCACCACCACCACTGCCACCACCACCACCACCACCACC	qqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
1142788-1	16	chr10	12175037	255	48M	*	0	0	AACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAGGCG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:0	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:0
1157637-1	0	chr17	71313014	255	48M	*	0	0	CAGGTTAGTTTTACCCTACTGATGATGTGTTGTTGCCATGGTAATCCT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!q!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
1321650-1	0	chr9	123371235	255	48M	*	0	0	CAGGTTAGTTTTACCCTACTGATGATGTGTTGTTGCCATGGTAATCCT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
1338538-1	16	chr5	116509552	255	48M	*	0	0	CACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACACAACA	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqq!!qqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
1369718-1	16	chr17	33740711	255	48M	*	0	0	GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGGGTGGTGGTGGTGGTG	qqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
1380439-1	16	chr9	81529468	255	48M	*	0	0	TGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCC	qqqqq!!qq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
1401456-1	16	chr16	12983568	255	48M	*	0	0	GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTGTTCAT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
1614159-1	16	chr4	51275569	255	48M	*	0	0	CCCCCCCCCCAAAAAAAAAACAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	qqqqqqqqq!!qqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
1816054-1	0	chr12	18089567	255	48M	*	0	0	TTCCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAC	qqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
2139834-1	16	chrM	11193	255	48M	*	0	0	ATCATGGCCCGAGGACTTCAAATGGTCTTCCCACTTATAGCCACATGA	q!!qqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
2326416-1	16	chr13	6033582	255	48M	*	0	0	TGTGTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGG	qqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
2452392-1	16	chrX	59164823	255	48M	*	0	0	GTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTTTTTGTTGTTGTTG	!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
2471945-1	16	chrX	75058782	255	48M	*	0	0	TGTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTA	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
2531434-1	0	chr7	59098414	255	48M	*	0	0	GGAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACCACA	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
2783447-1	16	chr10	20222573	255	48M	*	0	0	CAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACCA	qqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
2976463-1	16	chr3	136376844	255	48M	*	0	0	AAGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqq!!qqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
3155053-1	0	chr19	27810191	255	48M	*	0	0	CACACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAAA	qqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
3173975-1	16	chrY	626212	255	48M	*	0	0	CCAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACG	qqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
3240463-1	0	chr8	118219110	255	48M	*	0	0	GCTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqq!!	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
3461321-1	0	chr9	123371235	255	48M	*	0	0	CAGGTTAGTTTTACCCTACTGATGATGTGTTGTTGCCATGGTAATCCT	qqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
3560892-1	16	chr5	22774270	255	48M	*	0	0	TGGTGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTT	qqqqqqqqqqqqqq!!qqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
3619158-1	0	chr9	52212505	255	48M	*	0	0	GGAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:0	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:0
3843090-1	16	chr11	21258599	255	48M	*	0	0	CACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACACCTTG	!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
3894192-1	16	chr17	86067149	255	48M	*	0	0	CACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCTT	q!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
4155819-1	16	chr19	21303355	255	48M	*	0	0	TCTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCC	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
4669742-1	0	chr3	5860591	255	48M	*	0	0	CCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCTGGCACGGTGAAGAGACATGAGAGG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
4720730-1	16	chr2	118569816	255	48M	*	0	0	ACACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCTATC	qqqqqIIqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
5171627-1	16	chr15	56808083	255	48M	*	0	0	TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTAT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qq!!qqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
5312012-1	16	chr17	86067152	255	48M	*	0	0	CACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCTTAGG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
5409526-1	16	chr16	18533352	255	48M	*	0	0	GCCGTGCGTACTTAGACATGCATGGCTTAATCTTTGAGACAAGCATAT	qqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
5568211-1	16	chr2	44475863	255	48M	*	0	0	AAACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCA	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqq!!qqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
5584558-1	0	chr6	44743167	255	48M	*	0	0	GATCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGAAGCCCGGCTCGC	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
5588470-1	0	chr12	18089567	255	48M	*	0	0	TTCCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAC	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
5767290-1	16	chr3	95884940	255	48M	*	0	0	AACACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACATCC	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
5849072-1	16	chr2	29343058	255	48M	*	0	0	TGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTA	qqqqqqqqqqqqqq!!qqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
5957122-1	0	chr5	147072709	255	48M	*	0	0	ATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGGC	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
5960203-1	16	chr10	43681684	255	48M	*	0	0	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	qqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
5972155-1	0	chr10	5616281	255	48M	*	0	0	ACCACCACCACCCCCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACC	qqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
5973225-1	16	chrX	59164823	255	48M	*	0	0	GTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTTTTTGTTGTTGTTG	!!qqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6075679-1	16	chrX	35818842	255	48M	*	0	0	AGAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
6182592-1	0	chr15	86025583	255	48M	*	0	0	CGATCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGAAGCCCGGCTCG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6202584-1	0	chr12	100883707	255	48M	*	0	0	TGATCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGAAGCCCGGCTCG	!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!q	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6294015-1	0	chr14	35071314	255	48M	*	0	0	GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTGTGTGTGTGGT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqq!!qqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6325652-1	0	chr5	147072708	255	48M	*	0	0	AATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
6462014-1	16	chr16	57391307	255	48M	*	0	0	CGAGCCGGGCTTCTTACCCATTTAAAGTTTGAGAATAGGTTGAGATCG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6478848-1	0	chr19	28747035	255	48M	*	0	0	ATTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqq!!qqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6557461-1	0	chr17	71313015	255	48M	*	0	0	AGGTTAGTTTTACCCTACTGATGATGTGTTGTTGCCATGGTAATCCTG	qqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
6569492-1	0	chr2	90741414	255	48M	*	0	0	GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqq	XA:i:1	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:1
6752918-1	0	chr18	68851842	255	48M	*	0	0	ACGATCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGAAGCCCGGCTC	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6801098-1	0	chr16	12983564	255	48M	*	0	0	GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTGT	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqq!!qqqqqqqqqqqqqq	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2
6875019-1	0	chr18	68851843	255	48M	*	0	0	CGATCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGAAGCCCGGCTCG	qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqq!!qqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqqI	XA:i:2	MD:Z:48	NM:i:0	CM:i:2