#!/usr/bin/env bash

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# generate input files for mEAT
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# covariates
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params_file_cov=params/covariates.params
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# covariates
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# pre-processing parameters
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params_file_HUR=params/HUR.params
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# pre-processing parameters
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# HUR_EbR_5deep
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./preprocess_PARCLIP.rb params_file=$params_file_HUR
./extract_seq_covariates.rb io_params_file=$params_file_HUR params_file=$params_file_cov
./copy_files.rb params_file=$params_file_HUR
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# HUR_EbR_5deep
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