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# filter settings for PAR-CLIP sequence clusters
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# allowed values: FilterType=NA, not_NA
FilterType=NA
# possible values: TranscriptLocation={3UTR,CDS,intron,3UTR+CDS,...}
TranscriptLocation=3UTR
# possible values: ConversionEventCount={1,2,...}
ConversionEventCount=2
#ReadCount=5

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# I/O parameters
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# peaks file
clusters_file=data/AGO_EbR_5deep.csv

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# transformation parameters
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# transform the input binding evidence 
log_transform=true
strand_specific_analysis=true

# shift all negative values to zero and then add 'fudge' factor (used only if log_transform==true)
fudge=1.0